genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.173.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  173  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50350519--50350580	30	2.1	30	96	0	115	32	1	37	29	1.67
50350527--50350597	30	2.4	30	83	6	83	30	5	36	26	1.80
50351512--50351849	27	12.6	27	79	5	267	39	18	10	31	1.84
50351512--50351706	107	1.8	107	89	2	311	40	18	8	32	1.81
50351538--50351849	107	2.9	108	82	6	350	39	17	10	32	1.84
50351512--50351864	134	2.6	132	82	6	381	39	18	10	32	1.84
50351641--50351877	27	8.8	27	72	13	114	39	17	10	32	1.84
50351512--50351864	54	6.6	55	79	8	302	39	18	10	32	1.84
50351667--50351929	81	3.3	81	79	5	205	39	18	10	32	1.84
50351923--50352510	27	21.9	26	84	5	649	36	17	21	24	1.95
50351916--50352514	81	7.4	81	88	0	826	36	17	21	25	1.95
50351923--50352510	54	10.9	54	86	1	743	36	17	21	24	1.95
50352941--50353005	22	3.0	22	82	8	78	20	24	23	32	1.98
50353164--50353265	27	3.8	27	84	5	125	17	22	21	38	1.93
50353425--50353521	6	15.8	6	68	16	56	21	17	13	47	1.82
50353402--50353537	31	4.4	31	81	3	132	21	15	12	50	1.76
50355621--50355780	85	1.9	86	83	8	211	24	17	26	31	1.97
50355624--50355782	43	3.7	42	74	13	146	24	16	26	32	1.97
50368154--50368178	12	2.1	12	100	0	50	16	28	32	24	1.96
50370225--50370374	42	3.6	41	82	7	176	30	16	22	31	1.95
50376480--50376836	27	13.2	27	85	2	405	36	17	19	26	1.94
50376480--50376836	108	3.3	108	90	0	500	36	17	19	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50377539--50377590	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
50377606--50377666	31	1.9	32	83	9	81	24	24	14	36	1.93
50377629--50377687	27	2.2	26	84	3	73	25	23	15	35	1.94
50384869--50384951	42	2.0	42	95	0	148	31	15	20	32	1.94
50386041--50386164	40	3.1	40	85	6	169	36	25	15	23	1.94
50387371--50387428	27	2.1	28	84	9	75	37	12	18	31	1.88
50389778--50389937	29	5.5	30	88	8	222	33	13	25	27	1.94
50389778--50389937	59	2.8	57	89	4	223	33	13	25	27	1.94
50397053--50397239	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
50397076--50397239	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
50397076--50397273	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
50399537--50399665	40	3.3	40	82	7	131	23	26	25	24	2.00
50400516--50400575	28	2.2	27	96	3	111	36	25	10	28	1.88
50407631--50407759	40	3.3	39	82	7	111	23	26	25	24	2.00
50407666--50407812	78	1.9	80	85	5	210	24	27	23	24	2.00
50407647--50407812	40	4.2	37	77	9	125	24	27	24	24	2.00
50411446--50411605	29	5.5	30	88	8	222	33	13	25	27	1.94
50411446--50411605	59	2.8	57	89	4	223	33	13	25	27	1.94
50417394--50417444	23	2.3	22	81	15	61	35	1	19	43	1.63
50420243--50420316	28	2.6	28	86	0	103	35	12	21	31	1.90
50420422--50420536	44	2.6	44	81	10	137	24	19	28	27	1.98
50420483--50420629	40	3.6	40	73	6	127	27	19	28	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50430748--50430900	40	3.8	38	77	8	137	25	28	22	23	2.00
50433935--50434106	46	3.7	46	76	13	190	28	27	21	22	1.99
50433940--50434110	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.99
50441727--50441782	27	2.0	27	86	3	76	39	17	8	33	1.81
50441736--50441854	27	4.4	28	80	9	104	38	21	9	31	1.84
50441831--50442041	27	7.8	27	87	2	253	28	23	7	40	1.81
50442020--50442159	27	5.2	27	77	3	147	39	20	8	32	1.82
50442020--50442159	54	2.6	54	82	4	183	39	20	8	32	1.82
50441777--50442078	81	3.7	81	76	2	230	31	22	7	38	1.82
50442020--50442187	54	3.1	54	78	8	137	39	20	8	30	1.83
50442303--50442394	27	3.4	27	87	3	123	33	21	26	18	1.96
50443462--50443560	27	3.6	27	79	6	94	40	16	8	35	1.78
50443471--50443588	27	4.4	26	79	4	92	40	19	7	32	1.80
50443566--50443775	27	7.8	27	87	2	219	29	23	6	40	1.80
50443566--50443775	107	2.0	108	82	2	262	29	23	6	40	1.80
50443509--50443921	27	15.3	27	82	3	152	35	21	7	35	1.82
50443754--50443921	54	3.1	54	83	6	196	39	20	8	30	1.82
50443727--50443948	81	2.7	81	76	4	196	39	19	7	33	1.80
50444045--50444128	27	3.1	27	94	0	141	33	22	23	20	1.97
50445374--50445430	20	2.8	20	89	0	87	35	10	21	33	1.87
50445374--50445440	20	3.3	20	87	4	82	34	13	19	32	1.91
50445489--50445733	24	10.0	24	87	4	321	30	20	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50445490--50445719	123	1.9	124	90	2	374	30	20	20	28	1.97
50448159--50448239	27	3.0	27	85	5	101	39	17	9	33	1.83
50448168--50448257	27	3.3	27	84	3	110	38	17	11	32	1.85
50448192--50448271	27	3.0	27	85	3	90	37	20	12	30	1.89
50448263--50448447	27	6.9	27	83	4	203	29	23	9	38	1.85
50448439--50448564	27	4.7	27	84	3	155	42	18	7	31	1.79
50448425--50448564	54	2.6	54	82	4	174	40	19	7	32	1.80
50448467--50448592	54	2.3	54	82	8	150	40	20	8	30	1.83
50448440--50448594	81	1.9	81	84	7	208	40	18	9	31	1.82
50450039--50450094	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
50450028--50450094	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
50450140--50450413	24	11.1	25	87	3	360	34	21	17	26	1.96
50450140--50450432	73	4.0	74	84	6	371	33	21	18	26	1.96
50452779--50452908	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
50452795--50452945	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
50452779--50452945	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
50457383--50457566	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
50457423--50457611	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
50465501--50465684	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
50465541--50465729	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
50469526--50469645	43	2.9	41	76	15	120	25	20	27	27	1.99
50477349--50477405	24	2.4	24	94	5	98	59	8	14	17	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50484922--50484962	18	2.1	21	86	13	61	34	9	7	48	1.64
50484953--50484987	14	2.5	14	85	0	52	40	0	5	54	1.24
50495058--50495333	27	10.3	27	80	1	304	39	19	9	31	1.83
50495065--50495325	54	4.9	54	86	1	355	38	19	9	32	1.84
50495361--50495665	27	11.3	27	85	2	371	34	19	21	24	1.96
50496110--50496174	22	3.0	23	82	13	75	20	23	23	33	1.97
50496332--50496428	27	3.6	27	74	10	72	22	21	19	36	1.95
50496570--50496689	6	19.3	6	68	21	61	21	15	13	49	1.79
50496570--50496641	31	2.3	32	92	2	119	20	12	15	51	1.75
50496599--50496668	25	2.8	25	82	8	88	20	18	12	48	1.80
50498318--50498423	48	2.2	48	89	3	160	33	26	6	33	1.82
50501142--50501277	43	3.2	43	95	0	236	30	31	23	13	1.94
50502966--50503037	37	1.9	37	94	0	126	22	34	20	22	1.97
50503169--50503274	48	2.2	48	91	0	167	33	26	5	34	1.80
50514786--50515051	48	5.6	48	79	7	256	28	27	15	28	1.96
50514786--50515053	96	2.8	95	85	2	342	29	27	14	28	1.96
50516554--50516597	22	2.0	23	81	4	54	47	20	2	29	1.62
50516851--50516990	66	2.1	65	81	3	165	23	25	26	24	2.00
50520251--50520286	16	2.2	16	95	0	63	50	22	22	5	1.70
50520502--50520622	28	4.3	28	84	4	145	23	11	35	28	1.90
50522983--50523080	40	2.5	40	78	9	110	30	28	17	23	1.97
50522983--50523091	40	2.7	39	74	13	96	30	26	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50530664--50530819	40	4.0	39	85	3	197	25	28	20	25	1.99
50533083--50533281	108	1.8	108	88	2	301	23	20	25	31	1.98
50538980--50539181	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
50538979--50539130	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
50545477--50545578	27	3.7	28	78	11	104	39	20	9	30	1.85
50545573--50545857	131	2.2	132	84	5	373	27	21	8	42	1.82
50545573--50545847	104	2.6	106	85	6	341	26	21	9	42	1.82
50545573--50545857	27	10.9	27	84	8	322	27	21	8	42	1.82
50545808--50546052	27	9.1	27	76	10	144	39	19	8	32	1.83
50545769--50545971	54	3.8	54	79	4	144	36	19	8	35	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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