Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  54  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13494213--13494328
60
1.9
60
98
0
223
56
4
6
32
1.46
13498448--13498478
16
1.9
16
93
0
53
61
0
6
32
1.21
13500050--13500080
2
15.5
2
100
0
62
48
0
0
51
1.00
13504198--13504263
10
7.0
10
69
19
52
34
4
1
59
1.27
13504198--13504243
19
2.5
18
86
10
58
32
4
0
63
1.14
13505167--13505210
18
2.5
17
78
10
52
63
0
0
36
0.95
13509672--13509721
22
2.4
20
78
18
57
34
0
4
62
1.14
13511534--13511586
26
2.0
26
96
0
97
30
32
7
30
1.85
13516165--13516228
22
3.0
22
72
19
57
31
0
3
65
1.08
13518109--13518138
15
1.9
16
93
6
53
80
0
6
13
0.91
13518290--13518342
19
2.6
21
76
11
56
64
0
7
28
1.21
13518498--13518668
19
9.3
18
70
15
91
36
2
1
59
1.21
13518499--13518654
28
5.5
28
69
15
99
38
2
1
57
1.20
13518508--13518567
9
6.3
10
79
9
63
31
1
1
65
1.13
13518498--13518604
56
1.9
56
81
7
128
34
3
0
60
1.21
13518609--13518641
9
3.7
9
100
0
66
54
0
0
45
0.99
13518798--13519048
89
2.8
87
77
10
256
39
9
13
37
1.77
13519160--13519196
3
12.3
3
94
0
65
29
0
2
67
1.04
13522479--13522519
18
2.4
18
80
11
52
36
7
7
48
1.59
13523456--13523595
53
2.6
53
83
0
163
38
12
21
27
1.90
13523728--13523811
28
3.0
28
74
10
73
30
19
25
25
1.98
13526219--13526280
30
2.1
30
90
0
97
29
1
9
59
1.38
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13530408--13530437
12
2.5
12
100
0
60
66
6
10
16
1.41
13532929--13533000
15
5.3
13
82
15
69
76
2
1
19
0.99
13532941--13533000
5
11.4
5
81
10
66
78
1
1
18
0.92
13534818--13535308
163
3.0
164
94
0
867
24
25
17
32
1.97
13553071--13553111
16
2.8
15
82
14
50
63
0
0
36
0.95
13554612--13554639
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
13556628--13556671
12
3.7
12
84
6
54
2
40
0
56
1.11
13559973--13560036
30
2.1
32
83
13
82
37
0
6
56
1.25
13562098--13562170
34
2.1
34
82
12
87
53
0
1
45
1.09
13563100--13563150
14
3.6
14
74
10
50
68
1
3
25
1.17
13563146--13563182
2
18.5
2
100
0
74
51
0
0
48
1.00
13569195--13569249
27
2.0
27
100
0
110
38
3
21
36
1.71
13584873--13584963
31
3.0
30
76
13
96
46
6
4
42
1.50
13596899--13596982
29
3.0
29
69
16
70
50
8
16
25
1.73
13605258--13605326
32
2.2
32
97
2
131
30
14
0
55
1.40
13606791--13606816
11
2.4
11
100
0
52
42
0
0
57
0.98
13620461--13620504
21
2.2
20
84
15
63
50
0
0
50
1.00
13621166--13621193
3
9.3
3
100
0
56
67
0
32
0
0.91
13622782--13622809
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
13631724--13631772
20
2.4
21
80
13
57
46
0
0
53
1.00
13636228--13636277
19
2.6
19
76
17
59
38
0
2
60
1.09
13639268--13639498
115
2.0
115
98
0
444
38
19
8
33
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13653970--13653995
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
13655171--13655247
4
20.5
4
73
21
53
1
18
2
77
0.95
13655174--13655247
18
3.7
20
74
19
66
1
17
2
78
0.94
13655171--13655248
28
2.8
27
79
14
88
1
17
2
78
0.94
13659441--13659484
2
22.0
2
100
0
88
50
0
0
50
1.00
13659478--13659714
120
2.0
118
82
6
291
35
8
5
50
1.56
13659942--13659971
8
3.8
8
95
0
51
46
23
0
30
1.52
13660969--13661025
25
2.3
25
81
6
62
43
15
24
15
1.86
13672770--13672898
46
2.8
46
95
0
222
29
29
21
19
1.98
13672778--13672917
46
3.0
45
88
4
140
28
29
21
20
1.98
13680957--13681028
39
1.9
37
83
8
92
34
2
1
61
1.19
13681759--13681808
18
2.8
18
80
14
68
30
14
6
50
1.66
13682953--13683725
397
1.9
396
83
5
981
33
12
17
35
1.88
13684458--13684632
52
3.1
58
77
16
208
44
6
19
30
1.75
13684615--13684664
6
8.2
6
95
4
91
68
0
16
16
1.22
13684615--13684677
18
3.4
19
91
4
94
65
3
15
15
1.40
13684498--13684652
51
2.9
52
74
13
145
47
6
18
27
1.73
13687198--13687269
21
3.4
21
72
11
74
22
29
33
15
1.94
13687346--13687819
259
1.8
259
86
0
678
30
29
20
20
1.97
13691265--13691535
46
5.8
47
76
10
209
29
18
29
23
1.98
13691262--13691532
47
5.8
48
75
13
201
29
18
28
23
1.98
13691270--13691535
140
1.9
141
83
6
344
29
18
28
23
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13695483--13695706
93
2.4
92
83
8
274
28
18
29
23
1.98
13695483--13695703
47
4.7
47
80
10
231
28
18
29
23
1.98
13702109--13702139
16
1.9
16
93
0
53
35
22
0
41
1.54
13702106--13702145
20
2.0
20
85
0
53
37
22
0
40
1.54
13702379--13702584
55
3.8
54
79
7
220
21
25
16
35
1.95
13709659--13709689
16
1.9
16
93
0
53
35
22
0
41
1.54
13709656--13709695
20
2.0
20
85
0
53
37
22
0
40
1.54
13709881--13710135
55
4.8
53
80
9
245
21
25
17
36
1.95
13709928--13710128
108
1.8
110
90
4
327
22
25
17
34
1.96
13717780--13717830
14
3.4
14
78
10
57
45
7
0
47
1.32
13723583--13723610
13
2.2
13
100
0
56
50
21
0
28
1.49
13730262--13730385
23
5.4
23
78
3
126
23
23
20
32
1.98
13730256--13730386
45
2.9
46
88
4
194
22
22
19
34
1.97
13731011--13731049
16
2.4
16
87
8
53
23
0
25
51
1.49
13742209--13742269
24
2.5
24
71
10
61
60
4
1
32
1.28
13742414--13742454
19
2.2
19
100
0
82
31
9
19
39
1.84
13744074--13744662
150
3.9
149
89
2
835
22
25
19
32
1.97
13746890--13746963
36
2.1
36
97
0
139
48
13
10
27
1.75
13749264--13749297
3
11.3
3
87
0
50
29
29
0
41
1.57
13749270--13749300
15
2.1
15
100
0
62
32
25
0
41
1.56
13751106--13751147
7
5.9
7
78
15
50
23
0
0
76
0.79
13752783--13752816
16
2.1
16
88
0
50
91
5
2
0
0.51
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13758897--13758949
14
3.8
14
78
7
54
35
0
3
60
1.15
13762210--13762286
38
2.0
38
92
0
127
22
28
22
27
1.99
13763634--13763663
15
2.0
15
100
0
60
20
6
20
53
1.67
13773928--13773976
26
2.0
24
84
8
62
63
8
0
28
1.23
13773967--13774051
41
2.1
40
82
2
98
65
10
3
20
1.37
13774187--13774236
23
2.2
23
82
7
57
68
22
4
6
1.29
13774197--13774265
36
1.9
35
85
8
95
69
20
7
2
1.25
13779678--13779736
30
1.9
32
89
6
95
47
0
1
50
1.11
13779677--13779721
14
3.0
15
80
6
56
48
0
2
48
1.13
13779722--13779783
27
2.3
26
76
10
63
45
0
1
53
1.10
13779690--13779776
32
2.8
33
75
18
87
48
0
1
50
1.08
13780312--13780395
42
2.0
42
90
0
132
59
2
4
33
1.31
13780488--13780532
14
3.0
15
83
9
65
46
8
6
37
1.61
13782470--13782503
7
4.9
7
100
0
68
44
11
0
44
1.40
13785880--13785917
20
1.9
20
88
0
58
57
5
5
31
1.43
13793500--13793532
2
16.5
2
100
0
66
48
0
0
51
1.00
13793723--13793772
24
2.1
24
88
0
73
56
8
4
32
1.47
13797034--13797113
40
2.0
40
100
0
160
40
15
20
25
1.90
13802412--13802460
2
24.5
2
100
0
98
51
0
0
48
1.00
13804344--13804381
18
2.1
19
90
5
60
42
5
7
44
1.56
13804946--13804976
15
2.1
15
100
0
62
6
6
6
80
1.02
13805422--13805454
3
11.0
3
93
0
57
63
0
3
33
1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13807192--13807393
92
2.2
92
90
1
307
25
19
19
35
1.95
13807458--13807710
89
2.8
89
80
7
255
31
20
15
32
1.94
13807422--13807699
44
6.3
44
76
8
224
29
22
15
32
1.95
13807453--13807718
133
2.0
133
83
5
342
30
20
15
33
1.94
13813555--13813584
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
13816848--13817014
35
4.6
35
85
7
201
33
24
10
31
1.90
13816843--13817014
75
2.4
73
84
8
226
33
23
11
31
1.90
13822925--13822982
29
2.0
29
93
0
98
31
20
15
32
1.94
13829605--13829653
3
16.3
3
100
0
98
67
0
0
32
0.91
13833129--13833178
19
2.5
20
83
9
66
40
0
0
60
0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378