genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  83  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22532744--22532770	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
22535413--22535469	20	3.0	20	78	17	59	57	0	15	26	1.38
22538140--22538280	20	7.1	20	67	0	75	37	19	22	20	1.94
22538169--22538281	40	2.8	40	82	0	136	38	20	22	18	1.93
22545422--22545487	29	2.3	29	84	5	80	43	1	24	30	1.63
22552323--22552371	20	2.5	20	80	6	55	16	6	0	77	0.96
22555609--22555713	43	2.4	43	79	3	122	31	13	22	32	1.93
22558097--22558171	20	3.2	26	62	31	67	30	13	25	30	1.94
22558081--22558171	45	2.0	45	100	0	182	28	13	26	31	1.93
22560714--22560763	25	2.0	25	88	0	73	32	22	18	28	1.97
22560800--22560866	20	3.3	20	89	0	107	34	11	22	31	1.90
22560915--22561060	25	6.0	24	89	5	197	28	19	22	29	1.98
22560916--22561060	47	3.0	48	87	7	195	28	19	22	28	1.98
22561254--22561317	31	2.1	31	90	0	101	35	17	23	23	1.95
22569970--22570037	33	2.0	34	94	2	120	58	4	5	30	1.41
22572357--22572424	30	2.3	30	85	10	95	20	20	22	36	1.95
22572368--22572434	30	2.2	29	82	12	82	19	19	23	37	1.94
22572723--22572768	21	2.2	21	88	0	65	23	13	23	39	1.90
22587203--22587228	12	2.2	12	100	0	52	34	19	23	23	1.96
22591006--22591185	40	4.7	40	84	4	129	23	31	21	23	1.98
22591038--22591184	75	1.9	77	93	2	253	24	31	19	24	1.98
22591036--22591185	39	3.9	38	86	6	214	24	32	20	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22599018--22599198	39	4.6	39	88	2	238	23	31	21	23	1.98
22599048--22599199	39	3.9	39	91	2	243	23	32	20	23	1.98
22608254--22608436	39	4.7	40	86	0	129	23	30	21	24	1.99
22608284--22608436	39	3.9	39	89	0	225	24	30	20	24	1.98
22614712--22614760	25	2.0	25	87	0	71	30	24	24	20	1.98
22614728--22614829	24	4.2	25	74	5	82	36	21	24	17	1.95
22614880--22614950	25	2.9	24	70	12	63	38	19	23	18	1.93
22617081--22617245	45	3.7	45	89	1	199	32	26	17	23	1.97
22617112--22617247	45	3.0	45	93	0	227	34	25	16	23	1.95
22617707--22617772	29	2.2	29	86	2	96	25	16	4	53	1.62
22618344--22618372	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
22621904--22621979	40	1.9	40	94	0	134	17	13	32	36	1.88
22628877--22628952	40	1.9	40	86	0	107	15	11	32	39	1.84
22634753--22634834	3	27.7	3	97	2	157	34	0	32	32	1.58
22637394--22637459	34	1.9	34	84	0	87	39	15	10	34	1.82
22637405--22637476	34	2.1	34	84	0	90	37	16	9	36	1.82
22639247--22639293	24	2.0	24	82	0	58	59	2	6	31	1.34
22639284--22639338	28	2.0	28	81	0	65	49	3	0	47	1.19
22639819--22639860	15	2.6	17	81	7	52	4	19	2	73	1.12
22647316--22647342	14	1.9	14	100	0	54	33	0	22	44	1.53
22648415--22648523	56	1.9	56	85	3	148	29	15	23	31	1.95
22653300--22653362	21	2.9	21	77	15	56	60	3	0	36	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22655420--22655456	12	3.0	12	96	4	65	32	8	32	27	1.86
22656531--22656566	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
22659599--22659657	29	2.0	29	96	0	109	30	10	18	40	1.84
22664464--22664726	131	2.0	131	97	0	499	29	9	30	30	1.88
22669705--22669756	13	4.2	12	85	7	52	25	13	21	40	1.89
22669712--22669765	13	4.2	13	81	11	67	24	14	20	40	1.90
22673398--22673459	25	2.4	26	83	2	81	27	12	19	40	1.88
22673398--22673444	13	3.7	13	91	5	78	25	10	23	40	1.87
22675424--22675479	13	4.4	13	86	4	78	28	8	19	42	1.81
22680875--22680917	18	2.4	18	84	7	52	58	6	6	27	1.50
22682142--22682175	14	2.5	13	81	9	50	0	14	5	79	0.91
22682139--22682185	18	2.5	20	86	10	64	0	19	4	76	0.95
22685315--22685340	12	2.2	12	100	0	52	30	15	15	38	1.88
22686215--22686274	30	2.0	30	86	0	84	58	11	1	28	1.43
22689377--22689432	15	3.5	15	73	21	51	41	0	1	57	1.09
22689414--22689482	24	2.9	24	65	4	59	37	1	4	56	1.28
22690381--22690430	24	2.1	24	88	0	73	48	14	14	24	1.80
22693307--22693342	18	2.0	18	94	0	63	50	8	0	41	1.33
22694997--22695030	16	2.1	17	88	5	52	55	8	11	23	1.63
22695569--22695617	20	2.5	21	81	18	61	71	8	0	20	1.11
22695606--22695695	46	2.0	46	80	12	105	63	3	5	27	1.33
22695691--22695715	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22695726--22695762	17	2.1	18	90	5	58	59	0	8	32	1.27
22697695--22698128	83	5.2	83	96	0	769	27	19	19	32	1.96
22698053--22698395	118	3.0	117	89	5	488	29	18	17	33	1.95
22702848--22702874	12	2.2	12	100	0	54	48	0	14	37	1.45
22709722--22709755	16	2.1	17	88	5	52	55	8	11	23	1.63
22710298--22710336	18	2.0	20	90	9	64	79	2	0	17	0.84
22710300--22710347	26	1.9	26	83	8	64	75	2	2	20	1.02
22710410--22710438	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
22710449--22710485	17	2.1	18	90	5	58	59	0	8	32	1.27
22710422--22710546	46	2.8	45	70	26	113	56	0	8	35	1.29
22710409--22710481	10	7.8	9	76	15	60	54	0	4	41	1.19
22710617--22710653	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
22715891--22715960	28	2.4	30	85	7	90	41	0	2	55	1.14
22717351--22717416	34	1.9	34	84	3	87	56	6	1	36	1.34
22717345--22717406	16	3.7	16	72	19	54	51	4	1	41	1.33
22719100--22719144	22	2.0	22	83	8	56	73	11	2	13	1.19
22721332--22721362	2	15.5	2	93	0	53	45	3	0	51	1.17
22721334--22721371	12	3.3	12	89	7	53	42	5	0	52	1.24
22722386--22722630	132	1.9	132	93	0	427	28	17	19	34	1.95
22722382--22722674	132	2.2	132	87	2	383	31	17	17	34	1.93
22722382--22722745	132	2.8	132	81	3	351	29	17	18	34	1.94
22722787--22723027	130	1.9	130	85	1	340	24	19	21	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22724565--22724619	23	2.3	23	82	14	60	29	5	5	60	1.42
22726174--22726245	16	4.4	16	75	7	56	69	2	5	22	1.22
22726296--22726841	151	3.6	152	86	5	736	60	7	5	26	1.47
22732968--22733012	24	1.9	23	81	4	54	46	0	4	48	1.22
22733231--22733277	16	2.9	16	90	0	76	25	29	6	38	1.81
22733350--22733433	26	3.1	26	68	24	73	48	10	2	38	1.51
22736368--22736406	13	2.8	13	81	11	51	48	0	0	51	1.00
22739662--22739802	27	5.3	26	90	4	174	34	23	24	17	1.96
22739662--22739800	54	2.6	54	89	2	199	34	23	24	17	1.96
22741415--22741498	26	3.2	26	96	0	150	35	23	5	34	1.80
22745375--22745489	27	4.3	27	85	3	133	36	22	23	17	1.95
22747097--22747180	26	3.2	26	94	0	141	34	23	7	34	1.82
22748822--22748863	18	2.5	17	80	7	50	19	2	9	69	1.28
22749199--22749265	33	2.0	33	82	5	82	41	1	2	53	1.25
22749340--22749388	24	2.1	23	84	3	62	44	0	0	55	0.99
22749823--22749890	35	1.9	35	88	5	102	36	16	2	44	1.63
22760566--22760601	15	2.4	15	95	0	63	22	11	25	41	1.86
22764189--22764236	25	1.9	25	91	0	78	22	14	22	39	1.91
22767750--22768000	82	3.0	82	84	4	335	48	13	11	27	1.75
22770700--22770751	25	2.1	25	81	0	59	55	7	7	28	1.56
22771705--22771745	22	1.9	21	85	5	55	41	4	0	53	1.22
22773974--22774064	22	4.1	22	84	2	112	21	20	18	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22781232--22781356	19	6.9	18	78	17	100	36	11	15	36	1.83
22781239--22781356	35	3.3	35	95	3	200	37	11	14	36	1.83
22781840--22781897	17	3.6	16	76	9	64	31	1	1	65	1.13
22787856--22787893	11	3.4	11	92	3	58	89	0	7	2	0.57
22787856--22787909	21	2.6	21	82	11	67	85	0	11	3	0.73
22788791--22789115	44	7.4	45	70	12	165	31	18	23	26	1.97
22788791--22789102	132	2.4	131	88	2	462	32	18	23	25	1.97
22789054--22789138	44	1.9	44	88	4	127	29	17	27	25	1.98
22789131--22789839	205	3.5	205	93	0	1168	30	17	21	30	1.96
22790202--22790292	19	4.9	19	88	8	143	37	10	15	36	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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