genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  203  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60059896--60059939	18	2.3	20	80	11	56	40	6	2	50	1.42
60062310--60062352	22	1.9	23	86	13	63	44	4	4	46	1.45
60063173--60063211	13	3.2	12	82	10	53	58	0	0	41	0.98
60071485--60071524	20	2.0	20	90	0	62	35	10	2	52	1.48
60074020--60074282	27	9.7	27	88	0	355	32	15	16	35	1.91
60074274--60074373	27	3.7	26	77	2	101	39	17	19	25	1.92
60084687--60084825	51	2.7	50	82	8	140	25	18	27	28	1.98
60084754--60084875	46	2.5	47	79	12	122	24	15	30	29	1.96
60087083--60087146	33	1.9	34	90	3	103	35	20	15	28	1.93
60090779--60090908	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
60098912--60099021	39	2.8	41	83	9	131	21	26	30	21	1.99
60098909--60099037	40	3.2	40	81	6	165	21	24	29	24	1.99
60100597--60100660	31	2.1	31	93	0	110	23	21	14	40	1.90
60100852--60100994	24	6.0	24	90	7	202	25	23	22	28	1.99
60100852--60100993	47	3.0	48	89	7	200	26	23	22	28	1.99
60100851--60100999	71	2.1	72	87	7	216	26	22	21	29	1.99
60101045--60101104	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
60105629--60105719	31	3.1	31	90	7	145	23	20	16	39	1.92
60105911--60106029	24	5.0	24	90	5	170	26	22	22	28	1.99
60106079--60106138	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
60106181--60106228	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
60109483--60109591	37	2.9	37	88	0	164	27	29	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60109737--60110017	47	6.0	46	80	12	145	26	29	10	33	1.90
60109801--60110183	47	8.1	47	90	2	568	26	30	12	31	1.92
60109891--60109965	22	3.3	22	66	23	64	25	30	13	30	1.94
60109801--60110183	192	2.0	188	91	2	613	26	30	12	31	1.92
60109801--60110161	145	2.5	144	90	4	552	26	29	12	31	1.92
60124211--60124322	27	4.2	26	82	12	127	16	23	22	37	1.94
60124211--60124322	54	2.1	54	86	3	154	16	23	22	37	1.94
60140778--60140953	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
60140775--60140946	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
60148359--60148534	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
60148356--60148527	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
60157450--60157617	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
60157466--60157615	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
60165414--60165561	40	3.8	38	78	12	149	22	27	23	26	1.99
60168410--60168451	13	3.2	13	74	12	50	33	2	2	61	1.21
60169556--60169850	143	2.1	141	98	1	572	21	10	29	38	1.87
60170539--60170590	27	1.9	27	92	0	86	36	15	25	23	1.93
60170524--60170598	27	2.7	27	79	12	80	36	16	26	21	1.94
60177490--60177784	143	2.1	141	98	1	563	21	10	29	38	1.87
60178464--60178541	29	2.7	29	87	0	111	35	16	25	21	1.94
60180033--60180174	41	3.5	40	81	7	160	21	22	28	27	1.99
60180013--60180182	41	4.2	39	76	16	139	22	21	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60182859--60182972	35	3.3	34	80	9	131	42	20	9	27	1.83
60183063--60183091	15	1.9	15	100	0	58	51	20	13	13	1.75
60185810--60185838	8	3.6	8	100	0	58	27	0	34	37	1.57
60193842--60193934	24	3.9	24	72	8	82	21	23	19	35	1.96
60193915--60193970	25	2.2	25	84	6	69	23	23	25	28	1.99
60196616--60196846	48	4.9	48	75	11	224	26	24	21	27	1.99
60197267--60197291	13	1.9	13	100	0	50	24	20	0	56	1.43
60202031--60202115	40	2.2	40	84	2	109	28	31	22	17	1.97
60202186--60202294	47	2.3	46	87	7	150	27	29	10	33	1.89
60204646--60204670	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
60204858--60204898	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74
60206912--60207133	40	5.5	42	82	9	173	22	26	23	27	2.00
60206903--60207133	80	2.9	77	79	5	212	22	26	23	27	1.99
60208930--60209098	93	1.8	93	92	0	284	28	28	20	21	1.98
60208922--60209097	46	3.8	46	79	10	196	28	28	20	21	1.98
60218925--60219089	27	6.2	27	74	7	99	37	21	9	31	1.86
60218963--60219102	27	5.2	27	76	8	124	37	19	12	30	1.88
60219462--60219521	22	2.7	22	78	0	66	23	23	21	31	1.98
60219617--60219689	32	2.3	32	85	0	92	28	19	20	31	1.97
60219588--60219690	32	3.2	31	77	2	89	26	18	22	33	1.97
60222343--60222414	27	2.7	27	84	0	99	34	16	18	30	1.93
60222431--60222562	27	4.9	27	82	9	162	40	22	8	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60222431--60222600	54	3.2	52	79	8	171	40	22	9	27	1.85
60222431--60222600	81	2.1	80	81	9	202	40	22	9	27	1.85
60222396--60222662	27	9.9	27	77	8	148	38	19	10	31	1.85
60222922--60223044	41	3.0	41	90	0	183	20	21	31	26	1.98
60223203--60223250	22	2.2	22	85	7	62	22	29	20	27	1.99
60226352--60226575	48	4.7	48	79	8	213	22	29	19	29	1.98
60233055--60233269	45	4.9	45	85	5	262	24	19	27	27	1.99
60238726--60238765	21	2.1	19	86	13	55	30	0	20	50	1.49
60238734--60238787	23	2.5	22	87	6	74	25	0	18	55	1.43
60238719--60238787	9	8.0	9	69	26	51	24	0	20	55	1.44
60243208--60243335	40	3.2	40	77	4	116	28	22	25	23	1.99
60248745--60248839	29	3.4	28	77	11	86	23	31	15	29	1.95
60248766--60248817	27	1.9	27	92	0	86	23	25	15	36	1.93
60248821--60248858	19	2.0	19	100	0	76	31	31	10	26	1.90
60249510--60249804	143	2.1	141	98	1	563	38	29	10	21	1.87
60256659--60256818	58	2.8	58	79	0	167	23	33	16	27	1.95
60256688--60256819	29	4.6	29	89	0	156	23	31	15	29	1.96
60257463--60257757	143	2.1	141	98	1	563	38	29	10	21	1.87
60262561--60262687	68	1.9	68	83	6	168	24	28	15	31	1.96
60263153--60263211	29	2.0	29	83	0	73	32	23	5	38	1.77
60268987--60269061	36	2.1	36	92	0	123	44	10	12	33	1.76
60269337--60269384	20	2.5	19	80	6	60	43	6	0	50	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60270712--60270782	35	2.0	35	100	0	142	30	22	7	39	1.81
60270712--60270795	35	2.4	35	92	4	125	30	22	7	39	1.81
60282251--60282395	42	3.5	41	78	9	143	31	24	15	28	1.96
60285023--60285189	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
60285023--60285189	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
60286015--60286060	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
60293023--60293189	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
60293023--60293189	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
60294010--60294055	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
60296791--60296947	43	3.6	42	76	8	154	29	14	23	32	1.94
60310574--60310629	28	2.0	28	100	0	112	32	10	14	42	1.80
60310904--60310941	19	2.0	19	100	0	76	26	10	31	31	1.90
60313328--60313518	39	4.8	40	87	0	208	24	32	21	21	1.98
60313364--60313526	39	4.2	39	90	0	254	23	33	20	22	1.97
60316735--60316812	29	2.7	29	85	0	102	26	16	33	23	1.96
60324417--60324472	28	2.0	28	96	0	103	32	12	14	41	1.83
60328673--60328849	40	4.4	40	85	4	234	25	27	22	23	2.00
60343188--60343246	28	2.1	28	100	0	118	16	11	25	45	1.82
60343863--60343924	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
60343880--60344030	54	2.8	54	86	2	160	29	9	19	41	1.83
60343878--60344030	81	1.9	81	86	5	220	30	9	19	40	1.83
60343907--60344030	27	4.6	27	85	2	169	30	7	20	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60344014--60344084	27	2.6	27	75	4	72	29	7	26	36	1.83
60343907--60344030	54	2.3	54	92	0	203	30	7	20	41	1.79
60343904--60344057	81	1.9	81	79	2	175	31	7	21	38	1.82
60347312--60347370	28	2.1	28	100	0	118	16	11	25	45	1.82
60349246--60349376	40	3.3	40	78	2	147	25	23	27	23	2.00
60351213--60351274	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
60351257--60351380	27	4.6	27	85	2	169	30	7	20	41	1.79
60351230--60351380	54	2.8	54	86	2	160	29	9	19	41	1.83
60351228--60351380	81	1.9	81	86	5	220	30	9	19	40	1.83
60352447--60352528	43	1.9	43	82	9	105	29	20	23	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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