genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24316956--24317001	23	2.0	23	100	0	92	21	8	13	56	1.63
24318415--24318453	21	1.9	21	89	5	62	61	7	30	0	1.24
24323396--24323461	27	2.4	27	85	5	80	18	16	27	37	1.92
24334713--24334743	16	1.9	16	93	0	53	12	9	0	77	0.99
24339023--24339060	18	2.1	18	100	0	76	52	5	10	31	1.58
24348523--24348562	18	2.2	19	86	4	55	35	0	0	65	0.93
24349460--24349581	57	2.1	58	89	4	185	25	18	5	50	1.69
24354152--24354192	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
24366534--24366589	26	2.2	26	84	12	71	19	5	5	69	1.28
24370353--24370382	13	2.3	13	94	0	51	50	0	0	50	1.00
24373883--24373987	27	3.9	27	85	9	133	18	24	21	35	1.96
24373883--24373994	54	2.1	54	86	3	154	16	24	22	36	1.94
24376043--24376202	26	6.2	26	90	0	257	33	7	23	35	1.83
24376043--24376202	52	3.1	52	95	0	284	33	7	23	35	1.83
24376281--24376364	42	2.0	42	97	0	159	32	19	13	35	1.90
24377716--24377768	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
24379430--24379460	12	2.6	12	94	0	53	9	22	51	16	1.73
24382152--24382182	15	2.1	15	100	0	62	38	6	41	12	1.69
24384344--24384450	26	4.2	26	91	2	180	32	6	24	36	1.81
24384344--24384450	51	2.1	52	94	1	189	32	6	24	36	1.81
24389449--24389530	3	26.7	3	74	18	62	25	7	3	63	1.37
24389467--24389552	39	2.2	39	80	12	97	24	8	3	63	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24394255--24394575	48	6.7	48	78	1	311	24	28	19	27	1.99
24394254--24394587	96	3.5	96	84	1	409	23	28	19	27	1.99
24394254--24394575	144	2.2	143	81	3	369	24	28	19	27	1.99
24395569--24395625	28	2.0	28	96	0	105	35	21	8	35	1.84
24398568--24398668	29	3.5	29	90	0	148	27	15	32	23	1.95
24406420--24406515	27	3.5	27	91	5	165	28	13	31	27	1.94
24406420--24406546	29	4.5	29	87	5	172	28	14	32	24	1.95
24409241--24409405	71	2.3	72	98	1	323	18	27	18	35	1.94
24409241--24409439	71	2.8	70	90	4	251	20	28	17	33	1.95
24416305--24416468	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
24416305--24416502	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
24417845--24417943	28	3.5	28	83	4	119	29	26	15	29	1.96
24419395--24419543	43	3.5	42	83	4	165	32	25	18	24	1.97
24419395--24419543	44	3.5	42	80	8	158	32	25	18	24	1.97
24425203--24425245	18	2.4	18	92	0	68	44	18	18	18	1.87
24425536--24425670	27	5.0	27	78	4	130	38	20	14	27	1.90
24425560--24425667	54	2.0	54	85	0	144	37	18	12	30	1.89
24425676--24425854	27	6.6	27	82	0	232	18	17	23	40	1.91
24427573--24427683	40	2.8	40	88	0	168	22	26	26	25	2.00
24431691--24431862	43	4.0	43	78	3	166	23	18	25	33	1.96
24437011--24437236	40	5.7	40	87	4	253	25	20	26	26	1.99
24443271--24443455	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24443272--24443463	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
24443271--24443488	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
24451289--24451479	40	4.8	39	77	7	163	24	23	28	24	2.00
24451288--24451472	79	2.3	82	82	9	222	23	23	27	24	2.00
24451340--24451505	79	2.1	79	79	4	183	25	23	27	24	2.00
24457826--24458105	48	5.9	48	81	2	269	21	29	21	27	1.98
24457828--24458105	96	2.9	96	84	1	335	21	29	21	27	1.99
24457826--24458107	144	2.0	143	85	3	379	21	29	20	27	1.98
24459907--24459947	21	2.0	21	90	0	64	12	24	43	19	1.85
24462235--24462516	50	5.6	50	80	3	282	26	15	25	32	1.95
24462286--24462467	101	1.8	101	90	0	292	25	17	26	30	1.97
24464377--24464428	20	2.6	20	96	0	95	19	26	36	17	1.94
24464377--24464438	20	3.2	20	90	4	83	22	29	33	14	1.94
24475932--24476050	39	3.1	39	91	0	202	15	23	28	32	1.95
24482073--24482222	67	2.2	67	79	8	162	33	17	28	21	1.96
24482097--24482278	67	2.8	64	76	8	181	30	17	29	23	1.96
24488277--24488422	40	3.7	40	79	9	138	22	23	27	26	2.00
24492581--24492786	105	2.0	105	95	1	369	35	26	20	16	1.94
24492834--24492868	18	1.9	18	88	11	54	17	31	34	17	1.93
24500926--24501011	43	2.0	43	100	0	172	32	4	25	37	1.77
24501901--24501935	16	2.2	16	90	10	54	54	17	20	8	1.68
24502299--24502360	25	2.4	25	83	8	79	40	17	6	35	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24502496--24502598	23	4.3	23	92	2	161	28	21	21	29	1.98
24502810--24502869	31	1.9	31	96	0	111	36	16	21	25	1.94
24525160--24525231	26	2.7	26	79	8	74	66	8	5	19	1.38
24526789--24526836	18	2.6	19	86	3	62	75	6	4	14	1.16
24532598--24532685	42	2.1	42	97	0	167	35	14	7	42	1.75
24534967--24535281	46	6.7	47	75	9	209	26	19	30	24	1.98
24539707--24539756	2	25.0	2	95	0	91	2	50	0	48	1.12
24540039--24540081	20	2.2	20	91	0	68	55	6	20	16	1.64
24541804--24541892	30	3.0	30	70	16	78	60	3	3	32	1.29
24542287--24542368	31	2.7	31	78	14	82	52	3	0	43	1.18
24542655--24542695	21	2.0	21	90	0	64	41	7	0	51	1.30
24543101--24543325	91	2.5	90	80	2	236	38	19	6	36	1.77
24543359--24543396	20	1.9	20	84	10	51	34	18	15	31	1.92
24543464--24543528	9	6.8	10	76	15	57	66	0	1	32	1.01
24543468--24543527	18	3.2	18	85	4	75	68	0	1	30	0.99
24543784--24543882	10	11.1	8	77	15	56	29	3	2	65	1.18
24543771--24543856	9	9.3	9	71	17	61	36	2	1	60	1.17
24543771--24543859	18	4.8	19	74	16	80	35	2	1	60	1.16
24543806--24543869	18	3.4	19	73	6	58	34	0	3	62	1.11
24544888--24545059	31	5.6	30	73	13	145	51	5	1	41	1.35
24544885--24545080	61	3.2	61	87	4	288	49	6	1	42	1.37
24553188--24553226	3	13.0	3	100	0	78	33	33	0	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24556808--24556852	24	1.9	23	86	4	63	53	0	6	40	1.27
24568908--24569114	40	5.2	40	84	4	249	25	21	27	26	1.99
24568908--24569114	79	2.6	79	82	6	240	25	21	27	26	1.99
24577053--24577220	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
24581438--24581522	29	2.9	29	91	0	134	30	35	17	16	1.92
24587019--24587137	23	5.2	23	76	7	109	23	22	20	33	1.97
24587019--24587202	46	3.9	45	77	11	151	24	22	21	32	1.98
24587117--24587179	24	2.8	22	83	9	90	25	19	19	36	1.94
24587120--24587201	24	3.4	24	83	9	89	23	21	23	31	1.98
24594004--24594048	21	2.2	20	84	11	56	33	0	22	44	1.53
24595846--24596094	40	6.2	40	89	2	376	25	24	28	22	1.99
24595846--24596094	119	2.1	120	89	2	376	25	24	28	22	1.99
24604018--24604267	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
24606168--24606291	46	2.7	45	84	8	144	28	22	16	33	1.95
24606168--24606318	23	6.4	24	75	13	111	27	22	18	31	1.97
24611237--24611306	21	3.3	21	86	4	97	18	24	38	18	1.93
24612146--24612178	16	2.1	16	94	0	57	33	12	3	51	1.54
24614960--24615003	2	22.0	2	100	0	88	50	0	50	0	1.00
24618770--24618955	40	4.7	40	88	5	252	26	26	21	24	1.99
24618737--24618955	80	2.7	78	82	10	266	26	26	21	26	1.99
24626617--24626641	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
24627861--24628051	91	2.1	91	85	2	251	33	21	15	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24633212--24633341	40	3.3	39	74	8	127	24	27	23	24	2.00
24633228--24633379	40	3.8	40	76	6	139	23	26	23	27	2.00
24641320--24641367	21	2.4	19	83	13	53	70	0	4	25	1.04
24657226--24657277	9	5.3	9	74	17	50	34	7	19	38	1.80
24657231--24657271	11	3.9	11	78	12	50	36	9	19	34	1.85
24657220--24657286	20	3.3	20	83	8	91	34	10	19	35	1.86
24657335--24657458	24	5.2	24	85	5	173	31	19	18	30	1.96
24657335--24657458	23	5.3	23	84	4	167	31	19	18	30	1.96
24657343--24657456	47	2.4	47	88	5	160	29	21	16	32	1.95
24657671--24657734	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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