genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  231  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68377105--68377278	46	3.8	46	80	13	221	29	28	21	21	1.98
68391266--68391444	46	3.8	49	78	13	198	29	28	20	21	1.98
68391273--68391444	93	1.8	93	91	0	281	29	28	20	22	1.98
68394842--68395107	27	10.0	27	69	12	156	33	11	22	32	1.90
68394842--68395061	53	4.2	53	77	10	207	34	11	23	30	1.91
68394861--68395098	53	4.5	53	75	7	169	33	11	23	31	1.91
68394861--68395098	106	2.2	106	79	8	277	33	11	23	31	1.91
68401311--68401406	41	2.3	41	87	0	138	29	29	22	18	1.98
68404745--68404861	35	3.3	35	84	2	155	42	29	11	17	1.83
68405995--68406162	76	2.2	75	79	11	191	49	11	10	27	1.73
68408518--68408715	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
68408584--68408701	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
68408552--68408715	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
68416087--68416284	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
68416153--68416270	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
68416121--68416284	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
68422354--68422540	50	3.8	49	82	7	207	25	18	27	28	1.98
68426516--68426582	21	3.2	21	70	8	73	17	14	38	28	1.90
68427112--68427152	19	2.1	19	90	4	64	21	14	7	56	1.63
68427703--68427874	76	2.3	75	78	8	197	52	11	10	25	1.69
68432443--68432646	53	3.8	54	82	4	214	22	24	17	36	1.95
68432456--68432646	55	3.5	53	82	4	222	21	24	17	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68438199--68438377	67	2.7	68	80	12	171	31	18	30	20	1.96
68441871--68442074	53	3.8	54	80	5	198	24	24	16	35	1.95
68441882--68442049	53	3.1	54	82	3	205	23	24	16	35	1.95
68446138--68446177	20	2.0	20	85	9	55	62	5	7	25	1.42
68450972--68451139	40	4.2	40	77	6	151	23	25	23	27	2.00
68450988--68451139	80	1.9	80	85	5	209	22	26	24	26	2.00
68453678--68453809	29	4.5	29	95	1	237	24	25	14	36	1.93
68453678--68453809	59	2.3	59	95	1	239	24	25	14	36	1.93
68458505--68458584	27	3.0	26	79	13	90	36	17	16	30	1.92
68458567--68458958	54	7.3	53	78	9	312	38	21	10	29	1.87
68458596--68458899	160	1.9	160	85	4	416	39	21	10	28	1.86
68458567--68458939	27	13.9	27	79	6	251	38	20	10	29	1.87
68458575--68458920	81	4.3	81	79	7	355	38	21	10	29	1.87
68458575--68458959	81	4.8	81	79	6	354	38	21	10	29	1.87
68459199--68459323	41	3.0	41	77	4	135	24	22	26	26	2.00
68462951--68463123	46	3.7	46	77	13	201	23	20	26	29	1.99
68462948--68463119	93	1.8	93	93	0	299	23	20	27	28	1.99
68466522--68466563	13	3.2	13	77	12	50	50	11	9	28	1.70
68467536--68467613	39	2.0	40	84	2	104	48	2	1	47	1.23
68467582--68467628	17	2.9	16	78	9	51	51	6	4	38	1.47
68469235--68469268	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
68470042--68470076	18	1.9	18	88	0	52	25	14	8	51	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68470448--68470497	25	2.0	25	92	0	82	44	0	0	56	0.99
68470455--68470503	25	2.0	25	95	0	89	38	0	0	61	0.96
68472159--68472311	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
68472128--68472310	78	2.3	79	90	1	278	23	29	22	24	1.99
68480217--68480369	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
68480186--68480368	78	2.3	79	90	1	278	23	29	22	24	1.99
68483456--68483608	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
68483425--68483607	78	2.3	79	90	1	278	23	29	22	24	1.99
68491509--68491661	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
68491478--68491660	78	2.3	79	90	1	278	23	29	22	24	1.99
68494833--68494877	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
68501659--68501831	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
68501656--68501826	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
68502055--68502092	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
68509230--68509402	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
68509227--68509397	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
68509627--68509664	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
68510846--68510926	27	3.0	27	82	8	85	35	19	23	20	1.96
68511159--68511241	27	3.1	26	81	5	94	37	19	21	21	1.94
68511466--68511823	27	13.2	28	83	6	138	26	19	16	36	1.93
68511474--68511822	54	6.5	54	82	3	371	26	19	16	36	1.94
68511466--68511822	81	4.4	81	83	2	423	26	19	16	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68511779--68512038	27	9.7	27	76	10	205	29	10	20	39	1.87
68511479--68511963	81	6.0	80	80	7	302	27	17	18	37	1.93
68511779--68512038	80	3.3	79	86	7	321	29	10	20	39	1.87
68511779--68512038	53	4.9	53	78	11	214	29	10	20	39	1.87
68514231--68514311	27	3.0	27	78	8	76	35	18	23	22	1.95
68514333--68514538	98	2.1	98	92	0	349	34	29	18	17	1.94
68514544--68514626	27	3.1	26	77	5	85	36	19	22	21	1.95
68514852--68515227	27	14.2	26	78	9	309	26	19	17	36	1.94
68514851--68515227	54	7.1	54	80	7	396	26	19	17	36	1.94
68515212--68515412	27	7.5	27	76	8	187	30	9	20	38	1.85
68514879--68515255	81	4.7	80	80	7	376	26	18	17	37	1.93
68514867--68515412	81	6.8	79	78	8	244	27	15	18	37	1.92
68515210--68515412	80	2.5	80	84	2	255	31	10	20	38	1.86
68515607--68515740	46	2.9	46	73	12	148	30	29	16	23	1.96
68519417--68519603	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
68519440--68519603	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
68519440--68519637	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
68526987--68527173	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
68527010--68527173	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
68527010--68527207	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
68528471--68528511	15	2.7	15	88	0	64	58	9	19	12	1.61
68531436--68531611	46	3.8	46	75	11	171	29	29	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68531487--68531630	46	3.1	45	73	21	120	29	29	19	22	1.98
68534611--68534776	48	3.5	48	90	3	239	29	19	27	23	1.98
68538206--68538584	39	9.7	39	94	0	616	19	20	29	30	1.97
68539098--68539146	24	2.0	24	100	0	98	42	16	12	28	1.84
68558579--68558686	31	3.6	30	82	8	130	25	23	22	28	1.99
68558710--68558801	42	2.2	42	100	0	184	33	20	14	31	1.92
68558949--68559018	25	2.8	25	91	4	106	24	24	27	24	2.00
68559923--68560163	27	8.8	27	79	6	126	30	9	19	41	1.82
68559926--68560160	55	4.3	55	76	5	199	29	8	20	41	1.81
68560033--68560193	54	3.0	54	85	2	198	29	9	20	40	1.85
68560034--68560160	27	4.7	27	87	1	191	29	7	22	41	1.80
68560034--68560193	81	2.0	82	81	3	189	29	9	20	40	1.84
68560030--68560200	27	6.3	26	78	8	146	29	9	21	39	1.86
68560192--68560384	27	7.1	27	84	2	235	38	8	22	29	1.84
68560192--68560384	81	2.4	82	87	3	266	38	8	22	29	1.84
68560235--68560409	81	2.2	81	83	2	208	38	9	22	30	1.85
68564246--68564430	40	4.7	40	84	7	227	23	22	28	25	1.99
68564246--68564428	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
68564247--68564463	79	2.7	78	79	12	237	25	21	27	25	1.99
68572440--68572642	39	5.1	40	82	9	238	24	21	28	25	1.99
68572441--68572656	79	2.7	79	81	10	246	25	21	27	25	1.99
68574828--68575000	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68574825--68574995	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
68577134--68577274	31	4.5	31	96	0	255	27	24	18	29	1.98
68578279--68578370	27	3.4	27	86	0	121	30	22	6	40	1.79
68578254--68578380	54	2.4	53	79	9	139	32	22	8	36	1.85
68578402--68578525	27	4.6	27	84	0	167	41	20	7	30	1.80
68578369--68578524	54	2.9	53	81	3	150	39	18	10	31	1.84
68578402--68578628	54	4.2	54	74	8	151	40	17	8	32	1.80
68578518--68578613	27	3.6	27	78	12	99	40	15	9	34	1.80
68578658--68578709	27	1.9	27	84	7	70	38	23	21	17	1.93
68579541--68579610	25	2.8	26	91	4	108	27	27	21	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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