genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.280.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  280  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84361780--84361816	12	3.0	13	84	7	51	45	0	32	21	1.52
84362189--84362230	20	2.2	18	87	8	57	76	2	14	7	1.10
84364672--84364698	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
84366942--84366991	17	2.9	17	79	5	57	52	2	0	46	1.12
84370228--84370252	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
84370600--84370650	21	2.5	21	81	12	61	27	7	0	64	1.21
84371482--84371536	28	2.0	28	100	0	110	43	18	1	36	1.61
84373792--84374007	40	5.4	40	91	2	321	24	22	28	24	2.00
84374480--84374520	3	13.7	3	94	0	73	34	29	0	36	1.58
84382500--84382531	16	1.9	17	93	6	57	43	0	0	56	0.99
84389564--84389812	42	5.8	41	73	12	178	30	26	17	26	1.97
84389521--84389701	85	2.1	85	84	4	231	30	24	16	28	1.96
84389551--84389763	85	2.5	85	78	8	220	31	26	16	25	1.96
84389719--84389885	48	3.5	47	83	4	176	25	26	20	27	1.99
84389719--84389897	96	1.9	96	87	4	263	25	26	20	27	1.99
84389760--84389903	48	3.0	49	84	4	202	25	27	19	28	1.99
84392890--84392915	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
84393288--84393424	49	2.8	49	76	8	136	27	13	25	33	1.94
84397756--84397813	25	2.3	26	85	8	75	37	12	10	39	1.77
84397755--84397816	26	2.4	25	84	7	81	37	12	11	38	1.80
84399736--84399767	11	2.9	11	95	0	55	31	25	0	43	1.55
84401743--84401915	27	6.4	27	88	2	249	29	25	6	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84401719--84401915	81	2.4	81	88	3	306	30	24	7	37	1.82
84401891--84402040	52	2.8	52	78	10	153	38	21	8	32	1.82
84401719--84402068	27	13.1	27	78	10	204	35	23	7	33	1.83
84402053--84402356	27	11.3	27	87	1	387	35	20	20	24	1.96
84402781--84402845	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
84403003--84403104	27	3.8	27	84	5	125	19	23	20	36	1.95
84403261--84403422	6	26.8	6	76	15	156	19	16	13	50	1.78
84403236--84403422	30	6.4	30	83	9	215	19	17	14	49	1.80
84403236--84403422	85	2.2	85	94	0	320	19	17	14	49	1.80
84404392--84404638	55	4.7	53	78	8	211	36	17	24	21	1.94
84404391--84404591	108	1.8	110	87	4	300	35	16	24	22	1.95
84404830--84404860	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
84411077--84411132	30	2.0	29	83	13	73	44	17	1	35	1.60
84415129--84415279	40	3.8	40	77	11	132	26	23	26	23	2.00
84415169--84415295	40	3.2	40	77	4	132	24	24	28	22	2.00
84427237--84427281	20	2.2	20	88	8	63	35	20	26	17	1.95
84430946--84431371	47	9.0	47	78	9	273	34	9	28	27	1.88
84430946--84431371	143	3.0	141	76	10	409	34	9	28	27	1.88
84431213--84431288	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
84431010--84431384	191	1.9	193	86	4	533	34	9	27	28	1.87
84431063--84431384	48	6.7	48	82	9	338	35	8	27	28	1.86
84431534--84431641	37	2.9	37	94	0	189	23	17	33	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84431536--84431658	37	3.3	37	87	4	176	22	17	32	27	1.96
84434278--84434411	40	3.4	39	89	1	178	23	21	5	48	1.72
84437890--84437922	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
84443273--84443360	5	16.8	5	72	23	58	18	4	1	76	1.02
84443272--84443334	26	2.3	28	86	8	94	15	3	1	79	0.94
84443269--84443340	6	11.8	6	75	8	65	16	4	1	77	0.99
84443269--84443360	43	2.1	42	82	11	107	18	4	1	76	1.02
84446240--84446272	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
84471240--84471408	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
84479276--84479444	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
84482532--84482651	25	4.8	25	81	5	136	24	20	20	35	1.96
84484852--84484968	43	2.7	42	81	5	153	35	28	14	22	1.93
84485331--84485370	21	2.0	21	95	5	73	20	30	35	15	1.93
84488044--84488172	40	3.3	39	77	5	143	24	28	23	24	1.99
84488060--84488210	40	3.8	40	77	6	137	21	27	23	27	1.99
84488060--84488208	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
84489893--84490015	46	2.7	45	83	7	142	24	29	18	27	1.98
84502313--84502370	25	2.3	25	84	0	80	22	17	24	36	1.95
84504268--84504295	14	2.0	14	100	0	56	21	42	7	28	1.79
84506430--84506604	46	3.8	46	80	10	221	29	27	21	22	1.99
84506435--84506605	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
84507025--84507084	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84519023--84519159	33	4.1	33	77	7	125	28	24	20	26	1.99
84519338--84519428	27	3.5	26	79	10	87	37	18	20	23	1.94
84519564--84519678	27	4.4	27	79	6	137	25	21	19	33	1.97
84519658--84519813	27	5.9	26	79	8	129	30	11	20	37	1.88
84519656--84519782	27	4.8	27	84	4	143	29	8	22	40	1.83
84522251--84522281	12	2.6	12	94	0	53	12	19	38	29	1.89
84535244--84535298	29	1.9	28	88	3	83	32	27	20	20	1.97
84542905--84543016	51	2.2	50	93	1	188	26	22	16	33	1.96
84547616--84547692	24	3.1	27	66	21	76	19	16	25	37	1.93
84547563--84547702	48	2.9	48	84	7	185	21	16	26	35	1.94
84550937--84551088	43	3.5	44	84	3	168	32	23	15	28	1.95
84554207--84554414	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
84554207--84554413	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
84562259--84562466	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
84562259--84562465	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
84565926--84565964	20	2.0	20	85	10	53	53	17	0	28	1.44
84571224--84571277	22	2.5	22	87	3	74	18	37	31	12	1.89
84574166--84574224	29	2.0	29	96	0	109	35	23	10	30	1.88
84586133--84586258	40	3.2	38	77	5	126	23	27	24	24	2.00
84586148--84586298	40	3.8	39	78	10	128	23	26	23	26	2.00
84586148--84586297	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	26	2.00
84594149--84594276	40	3.3	39	80	4	159	24	28	23	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84594165--84594313	40	3.8	40	79	6	162	22	27	23	26	1.99
84597988--84598060	32	2.2	32	83	11	87	23	26	24	26	2.00
84598012--84598112	40	2.9	32	85	12	114	20	29	25	23	1.99
84605968--84606093	40	3.2	39	75	9	121	23	27	24	24	2.00
84608049--84608217	46	3.7	46	76	16	177	22	19	27	30	1.98
84608042--84608212	93	1.8	93	91	0	279	22	20	28	29	1.98
84610597--84610673	25	3.1	25	75	0	82	28	23	20	27	1.99
84610572--84610673	50	2.0	50	86	3	143	27	22	22	27	1.99
84615455--84615630	46	3.8	46	78	10	196	21	21	28	28	1.98
84615451--84615622	93	1.8	93	91	0	281	20	21	29	27	1.98
84620235--84620334	28	3.6	28	82	2	121	28	34	15	23	1.94
84620394--84620427	18	1.9	18	88	5	52	14	41	23	20	1.89
84620824--84620863	21	1.9	21	84	0	53	35	25	10	30	1.88
84622141--84622552	203	2.0	203	91	0	662	28	31	12	27	1.93
84630736--84630895	46	3.5	46	78	14	184	22	20	29	28	1.98
84635405--84635466	27	2.3	27	85	0	79	27	14	17	40	1.89
84642645--84642727	34	2.4	34	81	2	94	31	21	24	22	1.98
84647117--84647159	22	1.9	23	86	13	63	20	4	23	51	1.66
84647227--84647286	29	2.1	29	84	9	79	46	1	23	28	1.62
84651518--84651560	20	2.2	20	83	8	52	32	4	25	37	1.77
84657508--84657847	47	7.2	47	87	2	504	31	10	30	27	1.90
84657695--84657770	22	3.2	24	62	23	61	30	10	32	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84659447--84659690	40	6.1	40	87	2	303	27	26	21	24	1.99
84659777--84659965	64	3.0	64	58	16	142	33	26	11	28	1.91
84659659--84659997	123	2.8	123	95	0	597	33	25	10	30	1.90
84666375--84666618	40	6.1	40	87	2	303	27	26	21	24	1.99
84666705--84666893	64	3.0	64	58	16	142	33	26	11	28	1.91
84666587--84666925	123	2.8	123	95	0	597	33	25	10	30	1.90
84677112--84677284	48	3.6	48	92	0	247	24	28	18	28	1.98
84681017--84681069	23	2.2	24	86	6	81	43	24	16	15	1.87
84682359--84682392	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
84689143--84689302	29	5.5	29	92	0	248	25	30	15	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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