Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  339  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
102692940--102692977
15
2.5
15
80
16
51
34
0
0
65
0.93
102693350--102693419
30
2.3
29
90
7
97
32
2
10
54
1.48
102693361--102693423
30
2.1
30
100
0
126
34
3
6
55
1.41
102694069--102694102
5
6.6
5
93
6
59
79
0
0
20
0.73
102694250--102694301
24
2.2
24
85
0
68
51
7
3
36
1.49
102698468--102698510
5
8.8
5
80
14
54
79
0
0
20
0.74
102698468--102698510
16
2.9
15
86
10
54
79
0
0
20
0.74
102698655--102698706
24
2.2
24
85
0
68
48
9
5
36
1.60
102699674--102699703
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
102700414--102700698
136
2.1
136
98
0
552
31
25
18
24
1.98
102700946--102700998
26
2.0
27
85
7
74
24
15
22
37
1.92
102702469--102702602
26
5.2
26
92
1
218
36
24
5
33
1.78
102702469--102702602
52
2.6
52
96
2
245
36
24
5
33
1.78
102706404--102706612
64
3.2
64
63
18
156
30
25
17
26
1.98
102706370--102706653
135
2.1
136
97
0
543
31
25
18
24
1.98
102708432--102708567
26
5.2
26
93
0
227
36
24
5
33
1.78
102708900--102708925
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
102710353--102710379
2
13.5
2
100
0
54
48
0
0
51
1.00
102711237--102711298
30
2.1
30
90
0
97
35
11
17
35
1.86
102711590--102711632
22
1.9
23
85
4
61
44
2
0
53
1.13
102713628--102713804
46
3.8
46
76
4
194
28
27
20
23
1.99
102713635--102713804
93
1.8
93
89
0
268
27
27
20
24
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
102717768--102718127
94
3.9
95
67
12
260
25
21
17
35
1.95
102717582--102718090
186
2.7
185
84
3
610
27
19
17
36
1.94
102736108--102736132
13
1.9
13
100
0
50
52
24
8
16
1.70
102738928--102739006
39
2.0
40
95
2
142
7
18
24
49
1.73
102739762--102739802
21
2.0
21
90
0
64
19
12
0
68
1.21
102747965--102748001
18
2.1
18
100
0
74
24
32
5
37
1.78
102751765--102752219
92
5.4
85
78
14
398
28
16
20
35
1.94
102751919--102752258
173
2.0
165
82
8
409
27
16
19
37
1.93
102752240--102752273
14
2.4
14
90
0
50
14
2
11
70
1.27
102752426--102752680
127
2.0
127
96
0
465
33
18
21
26
1.96
102753598--102753626
13
2.1
14
93
6
51
58
6
0
34
1.25
102753609--102753649
19
2.1
20
90
4
66
75
2
0
21
0.92
102753620--102753664
22
2.0
22
83
12
56
75
0
2
22
0.91
102754116--102754194
40
2.0
40
97
0
149
10
21
21
46
1.80
102754970--102755010
21
2.0
21
90
0
64
19
12
0
68
1.21
102755659--102755709
2
26.0
2
84
4
50
39
0
9
50
1.35
102758487--102758568
33
2.4
34
76
8
87
30
23
19
26
1.98
102760403--102760512
26
4.2
26
95
2
177
36
24
4
34
1.76
102761599--102761664
24
2.8
24
78
0
87
31
16
16
34
1.92
102762507--102762593
40
2.2
40
89
0
129
34
24
25
16
1.95
102762766--102762845
21
3.9
21
71
21
78
28
1
26
43
1.62
102762960--102762987
7
4.0
7
100
0
56
28
0
28
42
1.56
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
102767295--102767327
15
2.2
15
100
0
66
18
24
0
57
1.40
102767509--102767609
43
2.3
43
84
3
141
22
22
28
25
1.99
102768585--102768649
31
2.1
31
82
0
76
47
16
6
29
1.71
102769576--102769630
21
2.5
21
85
11
67
21
14
7
56
1.63
102773375--102773420
23
1.9
23
86
8
65
39
2
2
56
1.24
102773379--102773463
34
2.5
35
88
1
127
37
2
1
58
1.18
102773427--102773462
12
2.8
13
87
12
56
36
0
0
63
0.94
102773461--102773490
15
2.0
15
93
0
51
13
0
43
43
1.43
102782546--102782579
18
1.9
18
88
5
52
29
0
5
64
1.17
102783188--102783258
36
1.9
38
88
5
110
25
2
5
66
1.27
102784078--102784115
5
7.6
5
93
0
67
42
0
0
57
0.98
102786087--102786151
30
2.2
30
94
0
112
21
3
15
60
1.49
102786269--102786299
11
2.8
11
90
0
53
67
0
0
32
0.91
102786269--102786303
11
3.1
11
91
4
52
65
0
0
34
0.93
102786660--102786701
18
2.3
18
80
8
50
26
0
9
64
1.24
102786700--102786734
14
2.5
14
86
13
54
74
0
0
25
0.82
102793877--102793918
2
20.5
2
90
4
66
45
2
2
50
1.27
102795367--102795423
16
3.7
15
80
15
62
19
21
0
59
1.38
102796843--102796872
10
2.9
10
95
5
51
30
26
13
30
1.94
102798322--102798356
17
2.1
17
88
0
52
37
20
17
25
1.94
102802362--102802400
16
2.4
16
100
0
78
35
7
28
28
1.85
102802382--102802475
44
2.1
46
88
7
140
30
6
27
35
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
102802586--102802716
59
2.2
58
89
6
174
51
3
0
44
1.22
102802845--102802875
15
2.1
15
100
0
62
38
12
0
48
1.42
102803461--102803512
25
2.1
25
89
7
79
28
25
11
34
1.91
102808313--102808346
11
3.1
11
95
0
59
38
8
2
50
1.49
102809693--102809739
23
2.0
23
100
0
94
29
8
4
57
1.48
102809698--102809752
23
2.5
22
85
8
67
29
10
1
58
1.43
102810915--102810944
15
1.9
16
93
6
53
60
10
16
13
1.59
102821057--102821084
5
5.6
5
100
0
56
82
0
0
17
0.68
102831353--102831404
25
2.0
27
85
11
72
28
19
1
50
1.58
102839469--102839494
11
2.4
11
100
0
52
11
7
0
80
0.89
102839522--102839571
20
2.5
19
84
9
64
18
2
8
72
1.19
102839683--102839733
20
2.5
20
90
0
75
41
0
1
56
1.10
102844235--102844397
42
3.9
42
86
3
238
28
24
22
25
1.99
102845311--102845369
17
3.6
16
77
11
50
55
1
1
40
1.20
102846958--102846988
16
1.9
16
93
0
53
70
9
9
9
1.33
102851630--102851697
34
2.0
34
97
0
127
29
19
20
30
1.97
102863170--102863208
5
8.0
5
97
2
71
41
0
0
58
0.98
102864498--102864537
5
8.0
5
89
10
64
57
0
2
40
1.12
102864500--102864551
10
5.6
9
80
13
52
53
0
1
44
1.11
102866957--102867070
43
2.7
43
86
5
142
26
17
24
31
1.97
102869569--102869745
50
3.5
50
92
2
284
36
16
21
25
1.94
102869721--102869900
31
5.8
31
91
0
297
27
18
27
26
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
102878104--102878271
43
3.9
43
79
6
162
27
14
25
32
1.95
102881673--102881710
19
2.0
20
85
15
53
39
23
0
36
1.55
102881938--102882108
93
1.8
93
91
2
281
28
29
21
21
1.98
102881935--102882105
46
3.7
45
77
16
179
28
28
21
21
1.98
102882528--102882587
30
2.0
30
90
0
93
31
25
6
36
1.82
102882636--102882719
42
2.0
42
100
0
168
23
28
7
40
1.81
102882651--102882720
24
3.2
24
61
23
62
27
27
7
38
1.82
102885018--102885066
23
2.1
23
100
0
98
28
4
14
53
1.59
102885585--102885647
27
2.4
27
84
7
76
20
20
22
36
1.95
102885704--102885749
23
2.0
23
86
0
65
15
17
23
43
1.87
102885582--102885863
25
11.5
24
67
17
98
18
19
21
40
1.92
102885811--102885863
24
2.3
23
86
3
70
16
22
24
35
1.95
102887383--102887527
50
2.9
50
87
1
202
28
28
16
25
1.97
102892628--102892723
28
3.4
28
94
0
165
31
30
9
29
1.88
102892758--102892842
40
2.1
40
82
4
100
35
28
14
22
1.93
102894625--102894672
22
2.1
23
88
3
71
47
0
2
50
1.12
102894636--102894686
15
3.2
15
75
21
50
50
0
0
49
1.00
102895102--102895142
20
2.2
19
86
8
57
53
0
2
43
1.13
102896749--102896804
27
2.1
27
93
0
94
30
17
16
35
1.92
102897097--102897131
16
2.2
16
100
0
70
60
0
11
28
1.32
102899008--102899043
18
2.0
18
100
0
72
44
27
5
22
1.75
102899095--102899139
23
2.0
23
95
0
81
26
24
2
46
1.64
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
102903290--102903356
18
3.8
18
76
11
84
31
5
0
62
1.19
102903289--102903412
29
4.5
28
69
21
84
34
4
0
60
1.18
102903290--102903365
17
4.4
17
80
11
84
31
6
0
61
1.21
102903291--102903412
9
13.3
9
68
16
63
34
4
0
61
1.15
102903594--102903774
87
2.1
88
79
7
190
32
8
14
44
1.75
102903948--102904172
84
2.7
86
78
10
239
35
14
10
40
1.80
102904003--102904197
88
2.3
86
79
9
202
37
17
10
34
1.84
102904339--102904459
9
12.7
9
70
18
52
31
3
2
62
1.24
102904408--102904449
20
2.2
18
87
8
57
30
7
0
61
1.22
102904350--102904468
58
2.1
57
79
7
125
33
3
1
61
1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378