Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  273  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
82030685--82030870
40
4.7
40
85
6
227
25
26
21
26
2.00
82038056--82038166
24
4.6
24
97
0
213
36
25
17
21
1.95
82045931--82046039
24
4.6
23
85
7
137
33
23
17
24
1.96
82045931--82046039
48
2.3
48
91
3
175
33
23
17
24
1.96
82049260--82049324
30
2.2
30
86
5
87
32
21
20
26
1.97
82049273--82049346
30
2.5
30
88
0
103
31
21
21
25
1.98
82055904--82055966
26
2.4
26
86
0
90
38
33
9
19
1.84
82063560--82063659
45
2.2
46
91
5
168
40
7
26
27
1.81
82064139--82064225
26
3.3
26
95
0
147
25
31
20
22
1.98
82074119--82074185
34
2.0
34
88
5
100
26
23
22
26
2.00
82077338--82077460
44
2.8
44
81
7
153
31
28
17
22
1.96
82077347--82077477
44
3.0
43
74
15
126
31
28
16
23
1.96
82078356--82078390
17
2.1
17
100
0
70
48
11
0
40
1.39
82084561--82084603
19
2.2
20
87
4
61
37
0
20
41
1.53
82085118--82085381
49
5.5
48
72
11
170
27
19
27
25
1.99
82087088--82087238
40
3.8
39
77
8
126
21
26
24
27
2.00
82088065--82088110
17
2.5
19
74
22
53
34
23
17
23
1.96
82091965--82092061
28
3.5
28
73
5
106
25
25
11
37
1.90
82091965--82092086
56
2.2
56
96
0
226
27
26
11
34
1.91
82091990--82092106
28
4.2
28
74
4
119
28
28
13
29
1.94
82096237--82096262
10
2.6
10
100
0
52
92
0
7
0
0.39
82118007--82118049
6
7.0
6
81
2
50
18
20
16
44
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
82123952--82123985
2
17.0
2
100
0
68
50
0
0
50
1.00
82126384--82126418
18
2.0
18
88
5
54
14
31
42
11
1.81
82127294--82127393
50
2.0
50
100
0
200
34
16
18
32
1.92
82128442--82128509
18
3.7
18
80
11
66
26
17
7
48
1.73
82131745--82131957
86
2.5
86
90
3
322
23
15
28
31
1.96
82131745--82131959
43
5.0
43
88
6
292
23
15
28
32
1.95
82133263--82133295
13
2.4
14
90
5
50
24
0
12
63
1.28
82138536--82138793
68
3.9
65
78
11
242
31
15
28
24
1.96
82153055--82153106
20
2.5
20
81
3
59
11
32
21
34
1.89
82165891--82166114
40
5.6
40
86
3
256
24
28
24
22
1.99
82165891--82166114
79
2.8
80
85
3
274
24
28
24
22
1.99
82165885--82166121
119
2.0
120
85
4
318
24
28
23
24
2.00
82168932--82168956
10
2.5
10
100
0
50
72
0
0
28
0.86
82189961--82190332
48
7.8
48
78
6
369
26
19
29
24
1.99
82189951--82190332
96
4.0
96
87
2
527
26
19
29
24
1.98
82189964--82190332
144
2.6
143
83
4
413
26
19
29
24
1.99
82193777--82193846
27
2.6
27
95
2
122
30
27
14
28
1.95
82196819--82196942
30
4.1
29
73
13
88
45
13
1
39
1.54
82198326--82198377
26
2.0
26
100
0
104
26
11
26
34
1.91
82204368--82204404
2
18.5
2
100
0
74
48
0
0
51
1.00
82206880--82206976
31
3.1
31
89
0
149
50
21
10
17
1.75
82207232--82207286
21
2.6
21
77
11
58
5
43
18
32
1.73
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
82207692--82207720
13
2.1
14
93
6
51
55
6
0
37
1.27
82212720--82213072
9
38.7
9
69
14
161
36
1
15
46
1.56
82212751--82212904
64
2.4
64
97
1
292
36
1
15
46
1.54
82212821--82212999
48
3.8
46
91
5
268
36
1
14
46
1.55
82212915--82213072
64
2.5
64
93
0
262
36
1
15
46
1.57
82212821--82213041
94
2.3
93
84
9
270
37
1
14
46
1.56
82212757--82213063
158
1.9
159
93
0
535
37
1
14
46
1.56
82213166--82213544
99
3.7
99
79
10
440
53
3
6
36
1.43
82213087--82213557
209
2.3
209
95
0
852
54
3
6
35
1.45
82214000--82214034
2
17.5
2
100
0
70
0
0
48
51
1.00
82215892--82215963
28
2.6
29
80
10
96
38
31
1
27
1.65
82215937--82215983
21
2.2
21
96
0
85
42
31
0
25
1.55
82215959--82216018
29
2.1
28
84
3
75
50
33
1
15
1.54
82216113--82216158
14
3.4
14
71
17
51
39
32
2
26
1.68
82216177--82216266
22
4.1
22
80
8
58
40
38
2
18
1.63
82216176--82216239
14
4.4
15
74
3
51
35
42
1
20
1.62
82216176--82216253
29
2.7
30
86
4
106
37
41
1
20
1.61
82216206--82216295
15
6.3
14
77
14
71
43
37
1
17
1.57
82216209--82216295
14
6.2
13
75
14
59
42
37
1
18
1.58
82216210--82216294
28
3.0
26
80
14
82
43
36
1
18
1.58
82216305--82216350
21
2.2
21
84
0
56
47
23
0
28
1.52
82216861--82216944
40
2.1
41
85
10
113
32
20
21
26
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
82223199--82223241
22
2.0
22
85
0
59
58
9
11
20
1.61
82225456--82225513
29
2.0
29
96
0
107
46
5
27
20
1.72
82227917--82227956
14
2.9
14
82
14
55
25
0
27
47
1.52
82227925--82228035
7
15.4
7
71
5
51
21
2
29
45
1.65
82228291--82228423
40
3.3
39
81
5
131
28
18
20
33
1.96
82228321--82228436
40
2.9
40
79
8
110
27
20
19
31
1.97
82232490--82232554
31
2.1
31
97
0
121
16
15
33
33
1.91
82233977--82234117
46
3.0
44
76
14
126
29
29
19
21
1.98
82237575--82237715
40
3.5
40
86
0
192
21
29
15
32
1.95
82250379--82250417
19
2.1
19
100
0
78
46
15
0
38
1.46
82251144--82251173
16
1.9
16
93
6
53
43
6
6
43
1.57
82253166--82253206
15
2.7
16
81
7
50
34
12
2
51
1.52
82256050--82256099
26
1.9
26
87
0
73
40
12
16
32
1.84
82258057--82258094
3
12.7
3
100
0
76
65
0
0
34
0.93
82266784--82266814
2
15.5
2
100
0
62
48
0
0
51
1.00
82267957--82267990
17
2.0
17
94
0
59
38
0
29
32
1.58
82284052--82284108
29
2.0
29
100
0
114
21
31
7
40
1.80
82284466--82284492
12
2.2
12
100
0
54
33
18
7
40
1.78
82287922--82287962
17
2.3
18
76
15
50
31
4
0
63
1.15
82288389--82288431
19
2.3
19
96
4
79
51
16
0
32
1.45
82288535--82288579
20
2.2
20
84
7
56
66
4
2
26
1.22
82288648--82288681
2
17.0
2
100
0
68
50
0
0
50
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
82289850--82289918
20
3.5
20
73
13
63
40
1
1
56
1.17
82289862--82289927
20
3.2
20
69
18
55
46
1
1
50
1.20
82290167--82290204
3
12.7
3
100
0
76
65
0
0
34
0.93
82290203--82290231
3
9.7
3
100
0
58
34
0
0
65
0.93
82290242--82290304
22
2.9
21
79
6
56
79
3
7
9
1.04
82290232--82290306
27
2.9
27
76
11
75
76
4
8
12
1.15
82292317--82292403
24
3.6
24
90
4
131
36
25
16
21
1.94
82292295--82292406
24
4.7
24
85
6
122
34
23
16
25
1.95
82300059--82300120
20
3.0
20
75
15
65
46
1
1
50
1.20
82300359--82300403
3
15.0
3
100
0
90
33
0
0
66
0.92
82301082--82301225
45
3.2
45
91
0
225
25
18
15
41
1.89
82305363--82305417
28
1.9
29
85
10
78
23
21
18
36
1.95
82310562--82310894
48
7.0
48
78
4
314
25
29
18
27
1.98
82310612--82310877
143
1.9
144
83
2
356
24
30
18
27
1.98
82310562--82310894
96
3.5
95
82
4
375
25
29
18
27
1.98
82319082--82319232
40
3.8
39
82
2
142
23
27
22
25
2.00
82319082--82319232
80
1.9
79
83
6
198
23
27
22
25
2.00
82327058--82327224
40
4.2
40
81
2
176
24
27
22
25
2.00
82327074--82327224
80
1.9
79
83
6
198
23
27
22
25
2.00
82329411--82329789
96
3.9
96
83
2
433
23
29
19
27
1.98
82329411--82329789
48
7.9
48
75
6
304
23
29
19
27
1.98
82331783--82331857
3
24.7
3
78
2
69
61
1
34
2
1.18
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
82334026--82334085
30
2.0
30
86
0
84
28
23
8
40
1.83
82339312--82339352
21
2.0
21
85
0
55
21
17
41
19
1.90
82349442--82349543
28
3.5
29
81
6
109
28
27
14
29
1.95
82364438--82364468
12
2.6
12
100
0
62
25
48
19
6
1.72
82374940--82375030
25
3.7
25
76
2
94
35
16
8
39
1.80
82375175--82375213
6
6.5
6
87
0
60
15
28
2
53
1.55
82375688--82375786
33
3.0
33
100
0
198
33
9
24
33
1.87
82382236--82382445
40
5.2
40
87
2
305
25
24
28
21
1.99
82390370--82390579
40
5.2
40
87
2
305
25
24
28
21
1.99
82397663--82397727
32
2.0
32
96
0
121
27
26
15
30
1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378