genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77102064--77102393	178	1.9	178	85	2	457	28	25	17	28	1.98
77110782--77110825	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
77110945--77110981	2	18.5	2	94	0	65	48	0	0	51	1.00
77112638--77112681	20	2.2	20	84	11	56	29	15	27	27	1.96
77115262--77115425	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
77115262--77115459	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
77122357--77122520	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
77122357--77122554	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
77125325--77125361	2	18.5	2	94	0	65	48	0	0	51	1.00
77125398--77125471	29	2.6	29	89	4	105	25	31	16	27	1.96
77131416--77131457	20	2.0	21	86	4	59	33	0	19	47	1.49
77135750--77135925	45	4.0	45	92	1	257	23	22	28	25	1.99
77138802--77138916	24	4.8	24	97	0	212	20	17	26	35	1.94
77138802--77138938	72	1.9	72	87	3	204	22	17	25	34	1.96
77146685--77146798	24	4.8	24	95	2	203	20	17	27	35	1.95
77146685--77146798	47	2.4	48	95	1	203	20	17	27	35	1.95
77146685--77146820	71	1.9	71	87	3	202	22	17	25	33	1.96
77149283--77149342	30	2.0	30	90	9	97	61	3	6	28	1.37
77149535--77149605	19	3.7	18	74	22	56	73	8	1	16	1.15
77163582--77163701	43	2.8	42	83	3	143	29	15	24	30	1.96
77175101--77175185	21	3.9	22	73	7	75	40	23	20	16	1.91
77178780--77178806	9	3.0	9	100	0	54	11	77	0	11	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77184504--77184613	40	2.8	40	87	5	159	29	21	28	20	1.98
77184456--77184643	40	4.8	38	76	9	146	29	21	26	22	1.99
77193918--77193984	27	2.5	28	85	7	93	25	13	20	40	1.89
77197972--77198101	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
77197988--77198138	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
77197972--77198138	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
77202200--77202277	35	2.4	34	85	12	101	34	5	11	48	1.61
77202264--77202292	13	2.2	13	100	0	58	41	10	0	48	1.37
77203441--77203484	18	2.4	19	81	7	56	54	2	0	43	1.12
77206822--77206905	34	2.4	37	82	15	122	45	15	7	32	1.73
77207227--77207340	42	2.7	42	86	4	158	28	28	14	28	1.95
77207297--77207401	53	2.0	54	88	5	160	33	29	9	27	1.88
77209951--77210052	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
77217751--77217823	29	2.5	29	79	0	83	21	36	20	20	1.95
77217809--77217881	29	2.6	29	93	2	130	26	31	15	27	1.95
77225608--77225682	29	2.7	29	84	10	86	24	32	17	26	1.97
77228215--77228254	21	1.9	21	89	0	62	35	17	5	42	1.71
77231018--77231142	46	2.7	46	85	6	153	28	20	27	23	1.99
77231071--77231244	49	3.6	49	74	3	136	28	19	27	24	1.98
77233323--77233445	29	4.2	29	93	0	201	31	15	27	25	1.96
77233323--77233513	87	2.2	86	80	5	197	27	15	31	25	1.96
77242879--77243006	49	2.6	49	81	4	134	28	19	27	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77256719--77256799	42	1.9	42	92	0	135	25	32	20	20	1.98
77268264--77268352	42	2.1	42	93	0	151	23	15	17	42	1.88
77273953--77274001	2	24.0	2	89	4	71	51	2	2	44	1.24
77273964--77274004	21	2.0	21	95	0	73	51	4	2	41	1.36
77279458--77279580	55	2.2	55	85	2	158	17	26	26	30	1.97
77285232--77285405	46	3.7	46	80	6	154	28	20	29	22	1.98
77285232--77285455	47	4.8	48	78	9	178	28	20	29	22	1.98
77285190--77285452	140	1.9	141	80	5	318	28	19	28	23	1.98
77289634--77289854	47	4.7	48	71	11	156	27	19	28	25	1.98
77289984--77290150	84	2.0	85	98	1	327	28	11	21	38	1.88
77292114--77292337	40	5.7	40	87	6	228	27	26	20	25	1.99
77300238--77300460	39	5.7	40	88	6	255	26	26	21	25	1.99
77300238--77300408	79	2.2	80	85	8	226	26	26	20	25	1.99
77300238--77300460	79	2.8	78	80	10	222	26	26	21	25	1.99
77306677--77306889	96	2.3	93	81	4	243	28	31	15	23	1.96
77306734--77306943	48	4.4	48	89	4	280	27	32	17	22	1.96
77309641--77309674	18	1.9	17	88	5	50	35	0	0	64	0.94
77312264--77312305	15	2.7	16	85	14	61	71	0	28	0	0.86
77312266--77312307	21	2.0	21	86	13	61	73	0	26	0	0.83
77322354--77322378	12	2.1	12	100	0	50	20	32	16	32	1.94
77325104--77325202	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
77332793--77332891	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77337085--77337146	31	2.1	30	82	17	76	29	17	8	45	1.77
77337314--77337404	25	3.6	25	79	5	76	35	20	18	25	1.96
77337364--77337426	25	2.5	25	94	0	108	30	23	23	22	1.99
77343715--77343843	47	2.8	45	85	3	159	22	17	27	32	1.97
77348957--77349051	44	2.2	42	81	5	111	35	26	12	25	1.92
77354304--77354346	16	2.7	16	100	0	86	32	25	25	16	1.96
77359138--77359225	6	14.3	6	68	17	56	48	13	17	20	1.80
77359153--77359225	31	2.4	31	88	0	101	49	13	17	19	1.80
77359636--77359701	27	2.4	27	70	9	62	36	22	18	22	1.95
77359680--77359930	27	9.3	27	84	3	256	25	19	17	37	1.94
77359680--77359920	54	4.5	54	84	2	286	26	20	17	36	1.94
77359683--77359920	81	3.0	81	87	0	325	26	21	16	36	1.94
77359978--77360042	27	2.4	27	81	0	85	32	12	18	36	1.88
77359960--77360307	81	4.3	79	80	4	336	31	8	20	39	1.82
77360021--77360307	27	10.6	27	85	0	349	31	7	20	41	1.80
77360048--77360307	54	4.8	54	90	1	387	30	6	20	41	1.79
77364898--77364998	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
77367971--77368127	40	3.9	40	89	0	233	27	21	25	25	1.99
77367987--77368150	40	4.1	40	85	3	181	28	21	26	23	1.99
77367997--77368164	80	2.1	80	84	4	223	27	23	26	22	1.99
77367997--77368190	80	2.4	80	82	5	216	28	22	25	23	1.99
77375069--77375224	40	3.9	40	93	1	269	26	22	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77375077--77375224	79	1.9	79	94	1	251	27	22	23	27	1.99
77375077--77375261	80	2.3	79	87	4	221	27	22	24	25	2.00
77393440--77393619	40	4.5	40	84	6	204	25	22	26	26	2.00
77393441--77393619	80	2.2	81	85	1	252	25	22	26	25	2.00
77393475--77393649	80	2.2	80	82	1	199	28	22	24	25	1.99
77397991--77398110	40	3.0	40	87	6	154	26	21	25	26	2.00
77402420--77402598	40	4.4	40	84	0	214	25	22	26	25	2.00
77402420--77402598	80	2.2	81	87	1	261	25	22	26	25	2.00
77402454--77402638	80	2.3	80	83	2	212	28	22	24	24	2.00
77410489--77410667	40	4.4	39	82	3	187	26	22	26	25	2.00
77410489--77410667	80	2.2	81	85	1	243	26	22	26	25	2.00
77410523--77410707	80	2.3	80	82	2	203	28	22	24	24	1.99
77414348--77414660	27	11.6	27	83	1	378	40	20	7	31	1.81
77414338--77414660	54	6.0	54	88	1	425	39	20	8	32	1.81
77414700--77415751	27	39.3	27	86	2	1323	34	19	20	25	1.96
77415199--77415240	22	1.9	22	95	0	75	26	19	26	28	1.98
77416297--77416361	27	2.4	27	82	5	78	16	21	24	36	1.94
77416504--77416601	25	3.7	25	77	17	99	17	20	14	47	1.82
77416504--77416610	6	17.3	6	72	16	85	17	19	14	47	1.82
77416527--77416608	31	2.6	31	94	0	146	17	20	15	46	1.84
77417773--77417879	43	2.5	42	77	5	108	23	16	24	35	1.95
77419538--77419607	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77422665--77422731	31	2.3	27	81	18	98	20	26	7	44	1.78
77425023--77425081	29	2.0	29	83	12	75	44	1	18	35	1.60
77428593--77428793	47	4.3	47	96	1	368	34	7	29	27	1.85
77430601--77430771	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
77430593--77430773	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
77433146--77433234	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
77433146--77433225	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
77433157--77433234	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
77436188--77436358	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
77436180--77436360	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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