Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  295  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
89153385--89153488
52
2.0
52
100
0
208
36
7
23
32
1.83
89156627--89156652
11
2.4
11
100
0
52
53
19
0
26
1.45
89157141--89157223
41
2.0
41
90
0
130
28
28
19
22
1.98
89157460--89157728
27
10.0
27
81
4
292
31
8
18
40
1.81
89167699--89167764
32
2.1
32
100
0
132
34
6
19
39
1.77
89178869--89178913
23
2.0
23
90
0
72
46
8
4
40
1.55
89180719--89180764
19
2.4
19
80
20
51
34
10
4
50
1.57
89186794--89186956
83
2.0
83
83
3
211
44
10
11
33
1.75
89187004--89187506
79
6.4
79
92
2
735
39
11
15
32
1.84
89186950--89187506
237
2.4
237
88
2
818
39
11
15
33
1.83
89190394--89190434
16
2.6
16
80
0
55
78
7
4
9
1.10
89190579--89190646
25
2.8
23
78
8
73
66
0
32
1
1.01
89195998--89196137
72
1.9
72
92
0
235
32
20
27
20
1.97
89198010--89199036
145
6.9
146
82
10
1125
29
7
6
55
1.54
89198562--89198618
15
3.9
15
73
11
55
28
3
0
68
1.06
89198589--89198624
12
2.8
13
87
4
56
22
2
0
75
0.94
89198889--89198924
12
2.8
13
87
4
56
22
2
0
75
0.94
89198010--89199036
300
3.5
296
87
7
1414
29
7
6
55
1.54
89199014--89199475
142
3.2
145
82
10
618
29
7
6
57
1.50
89199355--89199602
133
1.9
126
84
5
325
28
7
7
56
1.54
89199584--89199608
13
1.9
13
100
0
50
24
0
0
76
0.80
89199675--89199718
14
3.0
14
77
9
52
31
0
0
68
0.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
89199662--89199727
16
4.2
16
72
18
50
25
4
0
69
1.07
89200057--89200119
14
4.4
14
74
14
58
0
31
0
68
0.90
89200068--89200114
19
2.6
18
78
15
51
0
36
0
63
0.94
89200156--89200215
3
20.0
3
77
13
61
0
31
0
68
0.90
89200156--89200212
16
3.4
16
78
19
62
0
31
0
68
0.90
89200142--89200215
38
1.9
38
84
10
98
0
36
0
63
0.95
89200322--89200388
27
2.5
27
97
0
125
16
37
29
16
1.91
89200412--89200458
20
2.5
18
86
13
60
4
8
8
78
1.07
89200412--89200466
20
2.9
18
81
13
58
5
10
9
74
1.21
89203299--89203408
26
4.2
26
97
0
184
33
5
24
36
1.79
89204846--89204920
26
2.8
26
85
4
87
34
21
12
32
1.90
89205024--89205163
27
5.2
27
86
2
174
17
25
22
34
1.96
89205024--89205163
54
2.6
55
88
2
194
17
25
22
34
1.96
89208908--89208946
16
2.4
17
86
4
53
17
5
5
71
1.23
89209079--89209109
16
1.9
16
93
0
53
19
9
0
70
1.14
89213160--89213332
74
2.3
74
83
5
197
19
16
15
49
1.80
89223442--89223506
26
2.7
24
77
15
64
50
0
4
44
1.22
89223514--89223551
20
1.9
20
94
0
67
44
0
2
52
1.14
89223489--89223559
19
3.7
19
81
7
81
39
0
5
54
1.24
89223568--89223625
26
2.2
26
96
0
107
29
6
15
48
1.71
89230341--89230365
3
8.3
3
100
0
50
32
0
0
68
0.90
89235597--89235666
35
2.0
35
100
0
140
37
14
17
31
1.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
89236298--89236405
26
4.2
26
91
0
180
32
6
25
36
1.81
89239367--89239424
30
1.9
30
85
0
80
12
27
37
22
1.89
89242164--89242225
27
2.3
27
86
8
83
30
11
16
41
1.83
89249759--89249793
11
3.2
11
88
11
54
37
0
0
62
0.95
89249755--89249789
11
3.0
12
91
8
63
40
0
0
60
0.97
89249927--89249953
11
2.5
11
100
0
54
22
25
0
51
1.48
89252140--89252201
31
2.0
31
96
0
115
46
12
14
25
1.80
89256102--89256202
43
2.4
42
86
5
141
32
22
18
25
1.97
89256123--89256247
43
2.9
42
80
11
112
33
25
15
25
1.95
89261518--89261570
22
2.4
22
81
9
63
71
0
22
5
1.06
89270440--89270538
6
16.5
6
95
0
171
81
2
1
15
0.83
89277462--89277556
3
29.3
3
89
8
102
68
0
2
29
1.01
89277502--89277530
4
7.2
4
100
0
58
75
0
0
24
0.80
89277484--89277567
42
2.0
42
82
13
102
70
0
3
26
1.04
89277800--89277834
17
2.0
18
88
5
54
65
2
31
0
1.07
89280049--89280190
47
3.0
47
91
1
223
27
11
14
46
1.79
89280998--89281155
45
3.5
44
88
5
212
22
20
29
27
1.98
89284816--89284863
23
2.1
23
96
0
87
54
4
10
31
1.53
89287452--89287507
3
18.7
3
80
14
62
67
1
3
26
1.16
89287752--89287785
8
4.1
8
85
7
50
82
0
2
14
0.79
89287754--89287819
17
3.8
16
78
13
60
77
0
4
18
0.94
89287756--89287812
16
3.6
15
77
17
53
75
0
5
19
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
89288062--89288092
14
2.2
14
100
0
62
38
0
61
0
0.96
89289645--89289771
49
2.7
48
75
6
136
28
25
17
28
1.97
89289788--89289917
46
2.9
43
83
6
143
24
25
18
31
1.97
89289895--89290957
530
2.0
530
95
0
1903
29
21
13
36
1.91
89295905--89295932
13
2.2
13
100
0
56
21
28
39
10
1.87
89297301--89297369
21
3.4
21
71
15
72
36
1
7
55
1.37
89297356--89297386
15
2.1
14
94
5
53
35
3
6
54
1.42
89297763--89297793
12
2.6
12
94
0
53
74
0
25
0
0.82
89306790--89306821
14
2.3
14
100
0
64
65
21
0
12
1.25
89311234--89311261
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
89311781--89311830
23
2.2
23
86
10
68
52
4
4
40
1.39
89321121--89321177
29
2.0
29
82
0
69
29
22
7
40
1.80
89326209--89326263
22
2.3
22
78
12
56
56
0
7
36
1.27
89326437--89326491
23
2.4
24
82
14
71
54
0
5
40
1.23
89326552--89326595
12
3.6
12
84
3
52
61
0
6
31
1.22
89326578--89326613
18
2.1
18
94
5
65
58
0
2
38
1.13
89327760--89327798
16
2.3
17
86
8
53
7
10
33
48
1.66
89329891--89330050
26
6.2
26
91
0
257
33
6
23
35
1.82
89331668--89331808
54
2.6
53
94
2
237
17
24
24
34
1.95
89331668--89331826
27
5.9
27
83
11
193
18
24
22
34
1.96
89337030--89337184
26
6.0
26
90
2
242
34
7
23
35
1.82
89337030--89337184
52
3.0
52
95
1
269
34
7
23
35
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
89338804--89338962
27
5.9
27
82
10
175
19
23
22
35
1.96
89338804--89338961
54
2.9
53
89
2
219
19
23
21
35
1.96
89344831--89344915
40
2.1
40
86
4
118
32
23
21
22
1.98
89344901--89344936
18
2.0
18
94
0
63
36
11
30
22
1.89
89345425--89345455
6
5.0
6
92
7
53
0
0
64
35
0.94
89346258--89346343
8
10.9
8
78
16
65
63
4
0
31
1.14
89350945--89350974
15
1.9
16
93
6
53
53
3
6
36
1.44
89356287--89356351
32
2.0
32
96
0
121
33
33
6
26
1.81
89356638--89356733
49
1.9
50
89
6
151
41
19
12
26
1.87
89356638--89356766
50
2.6
50
85
6
156
39
20
11
27
1.88
89356728--89356788
25
2.4
25
83
5
70
39
21
11
27
1.88
89357161--89358158
498
2.0
498
99
0
1978
35
21
11
31
1.89
89361035--89361126
33
2.8
33
81
6
114
31
19
20
28
1.97
89367533--89367579
23
2.0
23
100
0
94
34
27
8
29
1.87
89369252--89369284
3
11.0
3
100
0
66
66
0
33
0
0.92
89372314--89372351
20
1.9
20
88
0
58
34
7
7
50
1.61
89378163--89378195
15
2.2
15
89
10
50
33
0
0
66
0.92
89378184--89378228
21
2.3
21
85
11
60
33
2
2
62
1.20
89378308--89378364
21
2.7
22
75
8
64
33
0
5
61
1.18
89380645--89380726
39
2.1
39
88
0
119
18
12
37
31
1.87
89382839--89383049
46
4.5
46
76
8
149
24
27
20
27
1.99
89382882--89383049
46
3.6
45
80
9
169
23
27
20
28
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
89382882--89383058
94
1.9
93
82
6
223
24
28
19
28
1.98
89386610--89386712
52
2.0
52
98
0
197
37
14
16
31
1.89
89390180--89390404
40
5.7
39
86
7
285
23
20
28
27
1.99
89390180--89390437
40
6.5
40
84
7
271
24
20
27
27
1.99
89390180--89390411
119
1.9
119
82
7
292
23
20
28
27
1.99
89398258--89398482
40
5.7
39
88
7
303
23
21
28
26
1.99
89410957--89411049
48
1.9
48
93
0
159
23
25
22
27
2.00
89414323--89414451
46
2.8
46
92
0
204
28
28
22
20
1.98
89418055--89418120
33
2.0
33
96
0
123
31
18
16
33
1.93
89419693--89419860
40
4.2
40
82
1
185
24
26
22
26
2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378