genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  185  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54188694--54188805	28	4.0	28	82	9	120	25	15	31	27	1.95
54196510--54196567	29	2.0	29	93	0	98	39	6	20	32	1.79
54197092--54197147	22	2.5	22	83	13	71	60	0	3	35	1.14
54200219--54200252	17	2.0	17	88	0	50	55	5	8	29	1.54
54218166--54218365	53	3.8	52	83	6	219	35	18	26	20	1.95
54218555--54218585	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
54225649--54225903	55	4.8	53	79	9	238	35	17	25	21	1.95
54225659--54225856	108	1.8	110	87	4	303	34	17	25	22	1.96
54226093--54226123	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
54229439--54229654	40	5.4	40	90	4	280	24	22	26	26	2.00
54237473--54237685	39	5.4	40	89	6	253	24	22	26	26	2.00
54237473--54237685	78	2.7	79	87	6	283	24	22	26	26	2.00
54240484--54240708	40	5.6	40	79	2	236	23	24	24	26	2.00
54240448--54240708	80	3.3	80	80	5	269	24	24	24	26	2.00
54240448--54240708	120	2.2	119	79	8	289	24	24	24	26	2.00
54248082--54248220	60	2.3	60	82	6	165	27	25	20	26	1.99
54248213--54248268	20	2.8	20	83	2	69	33	23	16	26	1.95
54250385--54250430	19	2.5	19	86	6	60	43	8	0	47	1.34
54252655--54252754	51	2.0	51	90	4	157	31	29	18	22	1.97
54258010--54258128	45	2.7	43	76	8	123	28	16	27	26	1.97
54258434--54258633	38	5.3	38	91	0	292	21	21	26	32	1.98
54258626--54258750	45	2.8	44	86	3	162	21	24	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54262974--54263152	100	1.8	96	86	4	259	27	18	28	25	1.98
54262977--54263190	50	4.4	50	81	6	226	27	18	28	26	1.98
54273111--54273137	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
54276188--54276281	38	2.4	38	92	1	152	21	23	18	37	1.94
54276473--54276567	24	4.0	24	82	10	115	27	23	21	28	1.99
54276618--54276677	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
54276720--54276767	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
54288444--54288545	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
54296303--54296404	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
54297975--54298055	38	2.1	38	95	0	144	22	22	14	40	1.90
54298247--54298341	24	4.0	24	85	10	124	26	24	21	28	1.99
54298247--54298340	47	2.0	49	85	12	133	26	24	21	27	1.99
54298392--54298451	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
54298494--54298541	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
54302805--54302949	47	3.1	47	91	0	218	32	11	30	25	1.91
54302923--54303059	46	3.0	46	85	0	184	34	8	30	26	1.87
54311708--54311780	37	2.0	37	100	0	146	27	19	15	38	1.91
54312442--54312479	19	2.0	19	85	10	51	13	21	44	21	1.85
54312710--54312869	27	5.9	27	71	8	137	25	15	16	42	1.87
54312720--54312867	54	2.7	54	87	2	208	23	16	15	44	1.85
54313701--54313766	27	2.4	27	82	0	87	31	16	19	31	1.94
54315388--54315503	43	2.7	42	85	7	137	24	18	25	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54315431--54315531	43	2.3	43	83	3	123	26	18	23	30	1.98
54319833--54319859	11	2.5	11	100	0	54	18	7	11	62	1.50
54320198--54320241	20	2.2	20	87	0	61	45	11	13	29	1.79
54321483--54321548	29	2.3	29	89	0	96	15	6	33	45	1.70
54322002--54322034	17	1.9	17	88	11	50	33	3	21	42	1.68
54322688--54322936	75	3.3	75	89	3	374	30	15	17	36	1.90
54322658--54322936	75	3.7	75	87	2	371	30	15	18	35	1.92
54331094--54331133	21	2.0	20	90	5	62	35	0	22	42	1.54
54331099--54331141	21	2.1	21	83	12	54	32	0	20	46	1.51
54339270--54339418	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
54339311--54339418	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
54339789--54339827	19	2.1	19	100	0	78	23	25	15	35	1.94
54343468--54343524	30	1.9	30	85	0	78	36	8	19	35	1.83
54344361--54344445	25	3.2	25	64	23	66	36	15	24	23	1.93
54344337--54344598	54	4.9	54	84	5	323	36	16	23	23	1.94
54354817--54354876	28	2.1	28	87	6	86	20	15	36	28	1.92
54355197--54355404	27	7.7	27	76	8	156	37	21	11	29	1.88
54355197--54355374	54	3.3	54	87	3	234	38	22	10	28	1.87
54355205--54355374	80	2.1	80	79	8	193	38	23	11	27	1.89
54355205--54355402	54	3.7	52	81	5	182	37	22	11	28	1.89
54361409--54361522	27	4.2	27	81	7	115	34	21	21	22	1.97
54368480--54368554	36	2.1	36	97	0	141	32	0	20	48	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54368597--54368661	31	2.1	31	100	0	130	41	7	24	26	1.82
54378778--54378919	40	3.6	40	91	2	216	24	28	22	24	2.00
54379022--54379264	40	6.1	40	84	0	274	32	18	27	21	1.96
54379047--54379106	20	3.0	20	65	11	52	26	18	33	21	1.96
54379033--54379264	120	1.9	118	86	3	322	33	18	27	20	1.96
54395689--54395864	46	3.8	46	81	4	219	21	21	29	27	1.98
54395685--54395856	93	1.8	93	93	0	299	20	22	30	26	1.98
54399982--54400022	15	2.7	15	96	3	73	21	7	14	56	1.63
54401141--54401308	25	7.0	24	88	4	216	27	22	20	28	1.99
54401162--54401307	23	6.1	23	91	4	211	28	21	20	28	1.98
54401354--54401464	20	5.6	20	94	0	195	32	20	11	35	1.89
54401501--54401548	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
54402707--54402784	27	2.9	26	78	14	86	21	20	21	35	1.96
54402913--54403107	81	2.4	81	88	2	277	30	9	21	38	1.85
54402802--54403094	27	10.8	27	77	7	184	30	10	19	39	1.85
54403085--54403218	27	5.0	27	85	2	164	41	10	20	27	1.84
54403085--54403220	54	2.5	54	86	3	186	41	10	21	27	1.85
54403212--54403279	27	2.5	27	95	0	118	35	5	32	26	1.81
54403276--54403351	27	2.8	27	84	4	91	31	11	18	38	1.87
54403285--54403383	27	3.6	27	77	9	85	34	12	16	37	1.85
54405094--54405204	56	2.0	56	89	3	170	27	13	24	34	1.93
54409146--54409550	49	8.3	49	93	2	658	29	29	7	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54412381--54412503	39	3.1	39	83	4	158	33	16	26	23	1.96
54414918--54414978	10	5.9	10	86	7	86	34	18	18	29	1.94
54414917--54414978	21	3.0	21	95	0	106	35	17	17	29	1.93
54417597--54417928	94	3.5	94	89	1	461	34	10	28	26	1.89
54417714--54417789	24	3.2	24	63	29	63	30	13	31	25	1.93
54417717--54417838	22	5.3	22	63	27	65	31	13	29	25	1.93
54417597--54417928	141	2.4	141	87	2	461	34	10	28	26	1.89
54417810--54417885	22	3.3	22	66	28	59	34	11	28	25	1.91
54417597--54417888	47	6.2	47	94	0	458	34	10	28	26	1.90
54417902--54418083	46	4.0	46	90	0	267	34	10	31	23	1.89
54419564--54419978	40	10.4	40	94	0	704	25	20	26	26	1.99
54420006--54420116	57	1.9	57	85	0	150	23	19	28	27	1.98
54421653--54421730	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
54429495--54429572	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
54434869--54434946	25	3.2	25	64	29	69	30	10	29	29	1.90
54434894--54435015	22	5.3	22	64	24	72	31	13	29	25	1.93
54434941--54435062	22	5.3	22	65	24	63	33	12	28	25	1.92
54434821--54435065	47	5.2	47	93	0	391	34	10	28	26	1.90
54439361--54439422	27	2.3	27	85	0	88	30	22	12	33	1.92
54439371--54439428	27	2.1	27	87	0	80	34	15	15	34	1.89
54440033--54440070	18	2.1	19	85	5	51	21	2	18	57	1.52
54448753--54448885	45	3.0	45	86	0	176	33	26	15	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54456420--54456496	27	2.9	27	90	0	118	32	18	15	33	1.92
54459122--54459312	39	4.8	40	87	0	208	24	31	21	22	1.98
54459158--54459320	39	4.2	39	90	0	254	23	32	20	23	1.98
54462468--54462691	40	5.6	39	80	11	208	22	24	28	24	2.00
54462508--54462691	79	2.3	80	89	0	271	22	25	27	24	2.00
54462468--54462691	119	1.9	120	85	2	317	22	24	28	24	2.00
54467051--54467095	19	2.3	20	84	3	56	60	0	37	2	1.09
54476438--54476645	53	3.9	53	75	3	191	20	24	18	37	1.94
54477090--54477147	28	2.1	28	96	0	107	44	20	5	29	1.73
54479061--54479219	38	3.9	38	76	14	147	31	25	13	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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