genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.275.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  275  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82744461--82744508	15	3.2	15	77	11	53	54	37	2	6	1.38
82746679--82746750	24	3.1	24	69	15	62	26	23	18	31	1.97
82747496--82747545	23	2.3	23	83	10	61	22	6	26	46	1.74
82749723--82749792	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
82759387--82759526	42	3.3	43	79	7	151	27	15	25	32	1.96
82759372--82759513	44	3.3	43	80	5	153	24	14	25	35	1.93
82759385--82759541	86	1.8	85	86	4	226	25	15	26	32	1.96
82772381--82772538	68	2.3	67	80	10	153	25	28	15	31	1.95
82785445--82785485	22	1.9	22	90	5	66	19	29	41	9	1.83
82789118--82789164	20	2.3	20	92	0	76	21	34	31	12	1.91
82789488--82789644	43	3.6	44	73	12	137	24	17	25	31	1.97
82792419--82792625	53	3.8	53	76	3	189	21	23	16	38	1.93
82799919--82800107	54	3.5	53	75	2	171	20	24	17	37	1.94
82838012--82838130	62	2.0	59	86	5	166	50	4	4	41	1.41
82838107--82838177	17	4.4	17	68	22	62	54	2	1	40	1.23
82838107--82838194	11	7.9	11	70	25	53	54	3	1	40	1.24
82838119--82838194	37	2.1	36	83	11	93	53	3	1	40	1.27
82838600--82838629	9	3.3	9	90	0	51	40	0	3	56	1.16
82842163--82842200	10	3.5	11	86	13	53	31	2	0	65	1.06
82846125--82846276	76	2.0	76	98	0	295	33	18	13	34	1.90
82860448--82860535	30	3.0	30	93	1	142	14	22	38	23	1.92
82861964--82862024	32	1.9	32	96	0	113	47	27	13	11	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82866237--82866325	40	2.2	40	86	4	117	26	16	25	30	1.97
82871625--82871688	14	4.8	13	81	12	67	34	15	0	50	1.45
82871623--82871704	40	2.0	40	86	4	112	34	18	1	46	1.57
82878953--82879005	11	5.0	11	75	9	56	32	22	13	32	1.92
82878945--82879005	21	2.9	21	87	4	88	34	21	11	32	1.89
82888564--82888602	20	1.9	21	89	5	62	46	15	0	38	1.46
82890364--82890408	22	2.0	22	100	0	90	37	13	31	17	1.89
82897316--82897484	48	3.6	48	83	3	200	21	26	22	28	1.99
82897308--82897481	94	1.8	97	83	6	239	21	26	22	29	1.99
82897266--82897493	94	2.4	97	76	9	224	25	28	20	26	1.99
82902876--82902993	23	5.0	24	87	5	143	29	21	20	28	1.98
82903043--82903107	20	3.2	20	93	0	112	32	21	12	33	1.90
82903043--82903096	11	5.3	11	70	17	53	31	20	12	35	1.90
82905922--82906051	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
82913893--82914022	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
82916592--82916635	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
82920908--82921037	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
82928986--82929114	40	3.2	40	81	3	154	23	23	28	24	1.99
82931316--82931533	49	4.6	49	74	10	143	27	26	19	26	1.99
82931505--82931675	48	3.6	48	77	4	175	24	26	18	29	1.98
82931505--82931683	94	1.9	95	84	1	243	24	27	18	29	1.98
82935689--82936082	197	2.0	196	94	0	698	32	16	16	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82936558--82936591	18	1.9	18	88	5	52	32	14	14	38	1.87
82937668--82937781	29	4.0	29	79	11	103	29	26	14	28	1.95
82942210--82942313	29	3.6	29	83	6	122	26	26	17	28	1.97
82947912--82947946	18	1.9	18	100	0	70	40	22	0	37	1.55
82948925--82948975	23	2.2	23	82	0	66	29	23	29	17	1.97
82950421--82950642	64	3.4	65	73	9	200	23	29	15	30	1.96
82950544--82950670	68	1.9	68	81	6	159	23	28	15	32	1.95
82953829--82954098	133	2.0	133	82	2	328	29	19	24	27	1.98
82960490--82960699	97	2.2	97	85	2	287	30	24	23	21	1.99
82963264--82963319	29	1.9	29	88	0	85	16	30	28	25	1.96
82964123--82964330	80	2.6	80	81	1	238	34	17	25	22	1.95
82964123--82964327	40	5.1	40	75	2	169	35	17	24	22	1.95
82967328--82967416	31	2.8	31	86	1	106	26	23	4	44	1.72
82967344--82967451	32	3.4	32	85	1	128	27	22	4	45	1.72
82970987--82971063	34	2.3	34	76	10	95	27	24	19	28	1.99
82971265--82971302	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
82974171--82974214	17	2.6	18	82	7	56	38	0	0	61	0.96
82977131--82977199	33	2.1	33	91	0	111	39	7	17	36	1.77
82977433--82977461	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
82979344--82979384	15	3.0	14	79	13	50	51	0	0	48	1.00
82985325--82985354	15	1.9	16	93	6	53	63	0	0	36	0.95
82986478--82986518	2	21.0	2	85	14	59	48	2	0	48	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82989423--82989463	18	2.3	18	88	12	59	19	39	26	14	1.90
82997648--82997836	49	3.8	49	83	4	236	24	18	27	29	1.98
82997650--82997836	100	1.9	100	96	0	347	25	18	26	29	1.98
83003895--83004063	38	4.4	38	85	3	205	20	20	26	32	1.97
83003903--83004063	76	2.1	78	87	2	227	19	21	26	32	1.97
83012012--83012071	27	2.2	26	80	8	66	40	21	10	28	1.85
83012050--83012141	27	3.4	27	87	0	130	28	21	7	42	1.80
83012133--83012275	27	5.3	27	72	10	105	37	21	11	29	1.89
83012140--83012274	54	2.5	54	79	7	141	38	20	11	28	1.88
83012173--83012310	27	5.1	27	79	7	138	41	21	7	28	1.81
83012106--83012297	81	2.4	80	78	9	210	38	22	9	29	1.86
83012173--83012353	54	3.3	54	82	5	186	41	20	8	29	1.81
83012252--83012359	27	3.9	27	77	13	103	41	18	8	31	1.80
83012400--83012477	27	2.9	26	75	11	77	37	23	19	20	1.95
83013274--83013337	25	2.6	25	82	0	74	31	23	20	25	1.98
83013563--83013645	31	2.7	31	90	3	134	30	14	26	28	1.95
83015181--83015280	38	2.6	38	83	9	132	22	20	24	34	1.97
83019860--83019889	15	2.0	15	100	0	60	46	13	6	33	1.69
83020264--83020345	26	3.2	26	92	0	146	29	6	26	37	1.80
83025962--83026010	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
83026833--83026999	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
83030509--83030566	26	2.2	26	96	0	107	32	5	25	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83034712--83034739	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
83036497--83036533	17	2.2	17	100	0	74	48	18	5	27	1.70
83050418--83050478	20	3.0	20	72	11	61	16	24	16	42	1.88
83052107--83052159	21	2.5	22	76	11	56	32	18	7	41	1.79
83055243--83055289	18	2.6	18	93	0	76	14	34	29	21	1.93
83055243--83055305	18	3.6	18	89	2	74	15	34	28	20	1.94
83055971--83055999	12	2.3	13	94	5	51	82	0	17	0	0.66
83068702--83068744	23	1.9	23	95	4	79	37	27	4	30	1.77
83068921--83068958	15	2.4	16	86	4	51	31	7	0	60	1.25
83071783--83071862	37	2.2	37	88	0	124	20	12	23	43	1.85
83074459--83074519	21	2.9	21	88	9	97	31	14	27	26	1.95
83078381--83078411	12	2.6	12	89	0	53	16	22	0	61	1.34
83080696--83080814	47	2.5	47	77	13	118	26	29	17	26	1.98
83080792--83080921	48	2.6	51	83	7	162	23	30	17	28	1.97
83080885--83081103	46	4.7	47	77	10	202	25	29	17	27	1.98
83080687--83081063	46	7.9	48	71	12	208	25	29	17	28	1.97
83080694--83081103	94	4.3	95	74	14	307	25	29	17	27	1.97
83082229--83082299	25	2.8	25	89	0	106	23	12	22	40	1.88
83083359--83083448	45	2.0	45	100	0	180	35	28	13	22	1.92
83083627--83083690	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
83083904--83084073	24	7.2	24	91	2	263	27	20	22	30	1.98
83083905--83084073	47	3.6	47	92	1	284	27	20	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83083904--83084074	71	2.4	72	90	1	274	26	20	22	30	1.98
83084128--83084190	20	3.2	20	97	0	117	31	19	12	36	1.89
83084132--83084188	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
83093026--83093075	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
83093046--83093104	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
83093150--83093182	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
83094406--83094442	19	1.9	19	100	0	74	27	21	13	37	1.91
83097215--83097408	102	1.9	102	95	0	352	25	20	17	36	1.94
83106606--83106667	27	2.3	26	78	8	70	37	0	11	51	1.38
83110368--83110421	18	2.8	19	77	11	65	22	1	0	75	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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