genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.291.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  291  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88021984--88022057	27	2.7	27	95	0	130	33	16	21	28	1.95
88022046--88022113	26	2.5	26	90	4	100	42	19	7	30	1.78
88022054--88022393	27	12.6	27	83	3	290	40	19	9	30	1.83
88022653--88022772	41	3.0	41	85	3	154	20	20	28	30	1.98
88022923--88023061	25	5.6	25	75	10	140	20	15	25	38	1.91
88022925--88023089	50	3.3	50	86	5	235	20	15	24	40	1.91
88028327--88028489	43	3.8	43	77	4	177	26	17	23	31	1.97
88030057--88030131	35	2.1	35	85	0	96	22	20	26	30	1.98
88031782--88031888	31	3.5	31	94	1	180	20	26	21	31	1.98
88032109--88032203	25	3.8	25	85	0	127	27	23	23	26	2.00
88032109--88032203	50	1.9	50	88	0	145	27	23	23	26	2.00
88032316--88032364	25	2.0	25	87	0	71	26	16	22	34	1.95
88034346--88034388	3	14.3	3	100	0	86	65	0	0	34	0.93
88034895--88034968	3	24.7	3	97	0	139	67	31	0	1	0.99
88037431--88037614	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
88037471--88037659	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
88042849--88042907	16	3.6	16	75	11	57	42	13	11	32	1.81
88043783--88043846	32	2.0	32	93	0	110	29	14	23	32	1.94
88048880--88049022	39	3.6	39	92	0	232	26	20	30	22	1.99
88054527--88054583	28	2.0	28	100	0	114	45	14	3	36	1.61
88069207--88069384	39	4.5	40	81	8	195	24	25	23	25	2.00
88077204--88077353	80	1.9	81	87	1	221	27	24	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88077194--88077360	40	4.2	40	80	5	176	26	25	21	26	2.00
88084877--88084911	16	2.1	18	89	10	56	42	0	11	45	1.40
88086201--88086381	45	3.9	47	82	3	215	25	18	32	24	1.97
88095440--88095562	45	2.7	45	92	2	185	26	18	28	26	1.98
88095530--88095660	48	2.8	48	83	2	158	26	21	29	22	1.99
88096888--88096917	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
88103442--88103645	46	4.5	45	81	11	188	23	30	20	25	1.98
88103485--88103701	92	2.4	91	82	4	249	22	31	19	26	1.98
88103485--88103693	46	4.6	44	79	11	181	22	31	19	27	1.97
88110531--88110574	19	2.2	20	84	8	54	72	9	13	4	1.24
88114258--88114744	243	2.0	243	99	0	965	42	9	18	30	1.81
88114945--88115071	23	5.4	23	77	9	114	24	22	19	33	1.97
88115027--88115078	26	2.0	25	85	3	68	28	25	19	26	1.98
88133182--88133273	23	3.8	23	77	13	87	22	21	19	35	1.96
88133207--88133316	23	4.8	23	75	11	91	25	20	19	34	1.96
88133266--88133323	23	2.6	22	78	5	62	27	18	17	36	1.94
88141590--88141633	6	7.3	6	97	0	79	15	2	0	81	0.78
88141600--88141640	18	2.3	18	86	0	55	19	4	0	75	0.98
88147255--88147279	12	2.1	12	100	0	50	32	16	44	8	1.76
88150112--88150171	25	2.4	25	84	15	72	20	11	30	38	1.88
88152963--88153064	42	2.5	42	90	3	163	21	17	25	35	1.95
88153032--88153091	25	2.4	25	83	10	70	21	13	26	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88154984--88155124	41	3.4	41	82	1	158	34	14	28	22	1.93
88161517--88161683	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
88168558--88168724	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
88179427--88179556	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
88184342--88184518	46	3.9	43	75	14	167	22	19	29	28	1.98
88184339--88184511	93	1.9	93	89	4	269	21	20	30	27	1.98
88186458--88186501	22	2.0	22	100	0	88	13	54	9	22	1.67
88193634--88193997	46	7.8	46	71	13	280	24	19	27	28	1.99
88193632--88193990	93	3.9	93	89	1	560	24	19	27	28	1.99
88199422--88199782	46	7.8	46	67	11	191	22	18	27	30	1.98
88199477--88199728	47	5.4	47	68	16	175	23	17	28	30	1.97
88199418--88199775	93	3.9	93	87	1	504	23	18	28	29	1.98
88201404--88201488	28	3.0	28	92	0	143	18	10	24	45	1.81
88202109--88202170	27	2.3	27	88	0	88	29	16	12	41	1.85
88202122--88202276	81	1.9	80	84	6	206	31	9	18	40	1.83
88202153--88202276	27	4.6	27	85	2	169	30	7	20	41	1.79
88202260--88202330	27	2.6	27	75	4	72	29	7	26	36	1.83
88202153--88202276	54	2.3	54	92	0	203	30	7	20	41	1.79
88207934--88207977	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
88208874--88208941	10	6.5	10	78	10	57	2	27	0	69	1.03
88208874--88208914	5	8.2	5	84	10	57	0	24	0	75	0.80
88212753--88212781	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88215090--88215185	34	2.9	34	80	10	108	23	21	26	28	1.99
88218924--88218990	31	2.2	31	83	0	80	56	17	7	17	1.63
88224759--88225042	9	30.7	9	66	20	72	35	3	15	46	1.63
88224796--88225039	18	13.0	18	65	13	100	35	4	14	45	1.64
88224806--88224926	27	4.6	26	69	20	83	36	4	14	43	1.68
88224776--88225039	74	3.5	74	85	5	359	35	3	14	45	1.63
88225129--88225663	106	5.1	106	89	3	777	53	4	7	34	1.49
88225990--88226115	60	2.1	60	98	0	243	45	13	7	34	1.71
88227592--88227670	39	2.0	39	95	0	140	49	15	11	24	1.77
88229619--88229682	19	3.4	19	75	12	78	37	4	0	57	1.19
88229621--88229689	15	4.1	15	72	22	57	34	5	0	59	1.21
88229603--88229683	37	2.2	37	95	0	144	39	3	0	56	1.17
88229714--88229748	14	2.5	14	90	0	52	37	45	5	11	1.64
88233779--88234076	40	7.5	40	88	3	408	26	26	22	24	2.00
88238801--88238830	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
88239539--88239717	40	4.4	40	82	3	198	25	23	26	24	2.00
88239539--88239717	80	2.2	81	85	3	236	25	23	26	24	2.00
88239660--88239743	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
88239573--88239743	80	2.1	80	81	2	191	27	23	25	23	2.00
88245157--88245454	40	7.5	40	88	3	408	26	26	22	23	2.00
88253288--88253341	24	2.4	22	84	12	65	72	1	1	24	1.05
88257913--88257973	24	2.5	24	86	5	79	19	16	29	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88265178--88265239	24	2.6	23	85	7	79	22	16	27	33	1.95
88272822--88272994	49	3.5	49	79	6	206	30	26	16	27	1.97
88275679--88275733	15	3.7	15	76	13	69	61	12	14	10	1.56
88278737--88278924	49	3.8	49	80	8	236	29	27	16	27	1.97
88278742--88278925	100	1.8	100	94	0	323	29	27	16	26	1.97
88284630--88284696	32	2.1	32	94	0	116	31	4	28	35	1.77
88286368--88286414	24	2.0	24	95	0	85	36	0	38	25	1.56
88287821--88287930	27	4.2	26	83	12	134	15	23	23	37	1.93
88287821--88287930	53	2.1	53	86	6	152	15	23	23	37	1.93
88288984--88289017	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
88290280--88290304	6	4.2	6	100	0	50	48	0	36	16	1.46
88294162--88294231	24	3.0	24	93	2	115	35	1	38	24	1.64
88295639--88295744	27	3.9	26	84	7	131	16	23	22	36	1.94
88295639--88295746	54	2.0	54	87	3	155	16	23	22	37	1.93
88299801--88299975	86	2.0	86	98	0	341	32	8	23	36	1.84
88308592--88308740	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
88308633--88308740	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
88314804--88314913	27	4.1	27	84	11	145	33	20	25	20	1.97
88314812--88314920	54	2.0	53	91	1	173	33	20	27	19	1.96
88316540--88316595	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
88322389--88322489	29	3.5	28	80	8	96	21	15	32	29	1.95
88326044--88326147	27	3.9	27	85	9	124	36	22	22	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88326252--88326327	26	2.8	27	88	4	100	31	13	21	34	1.91
88327281--88327426	42	3.5	42	86	3	217	32	20	23	23	1.98
88327273--88327424	83	1.8	82	90	4	243	30	21	24	24	1.99
88328658--88328707	7	7.0	7	90	4	64	76	2	0	22	0.89
88328658--88328706	14	3.4	14	88	2	71	77	2	0	20	0.87
88328657--88328696	20	2.0	20	90	5	62	82	0	0	17	0.67
88328705--88328729	7	3.6	7	100	0	50	40	0	0	60	0.97
88331631--88331661	15	2.0	16	93	6	55	51	3	6	38	1.44
88333035--88333129	43	2.2	43	92	0	154	24	16	30	28	1.97
88333911--88334018	26	4.2	26	91	0	180	38	26	5	28	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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