genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.205.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  205  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60577104--60577350	54	4.5	54	77	5	174	31	9	19	39	1.83
60577175--60577408	27	8.7	27	77	5	206	29	8	20	41	1.82
60577173--60577411	81	3.0	80	81	7	254	30	8	20	40	1.83
60577199--60577432	27	8.8	25	75	10	173	29	9	21	39	1.85
60577172--60577442	54	5.1	54	78	4	246	30	8	21	39	1.83
60595860--60596044	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
60595853--60596044	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
60603893--60604031	39	3.5	39	85	4	147	22	28	24	25	2.00
60603894--60604084	40	4.8	40	80	6	194	23	28	23	24	2.00
60607216--60607250	17	2.1	17	100	0	70	45	25	11	17	1.81
60613479--60613612	27	5.0	27	93	0	214	25	15	18	40	1.90
60616491--60616549	22	2.7	22	89	2	66	30	5	18	45	1.71
60616505--60616549	22	2.0	22	100	0	90	31	4	17	46	1.68
60616511--60616561	22	2.4	22	87	6	70	35	5	19	39	1.76
60617130--60617298	43	3.9	43	78	10	175	26	15	24	33	1.96
60623693--60623721	13	2.2	13	100	0	58	58	0	13	27	1.36
60626845--60626917	35	2.1	35	94	0	128	36	4	17	41	1.69
60627681--60627801	43	2.8	42	79	12	131	28	15	22	33	1.95
60629410--60629507	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
60633904--60634015	23	5.0	23	73	17	83	25	20	19	34	1.96
60633862--60634021	45	3.6	45	77	1	160	25	19	18	36	1.94
60639097--60639129	14	2.4	14	90	10	50	24	0	12	63	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60639435--60639464	9	3.3	9	95	0	51	56	0	0	43	0.99
60641469--60641689	40	5.6	40	78	8	229	23	27	23	25	2.00
60642402--60642433	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
60645594--60645683	29	3.1	29	83	1	101	30	25	12	32	1.92
60645888--60645930	8	5.4	8	85	0	50	4	16	23	55	1.59
60645888--60645930	16	2.7	16	92	0	68	4	16	23	55	1.59
60654485--60654656	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
60654509--60654692	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
60658889--60659060	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
60658913--60659096	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
60667775--60667805	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
60676482--60676604	46	2.7	46	96	0	219	21	20	27	30	1.98
60681955--60682122	46	3.7	46	69	20	156	22	21	27	29	1.99
60685681--60685728	6	8.0	6	79	9	53	79	2	0	18	0.84
60706359--60706457	28	3.5	29	94	5	168	32	27	12	28	1.92
60712980--60713073	34	2.8	34	83	1	109	28	24	23	23	1.99
60715533--60715580	21	2.4	20	86	6	62	22	25	31	20	1.98
60729552--60729599	25	1.9	25	95	0	87	35	10	10	43	1.73
60733037--60733119	12	7.3	12	76	15	79	54	15	13	16	1.72
60733046--60733179	6	21.8	6	72	13	103	50	13	17	18	1.77
60733046--60733156	43	2.4	46	85	8	138	50	13	17	18	1.78
60733082--60733179	31	3.2	31	82	4	128	48	14	17	19	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60733059--60733179	37	3.1	36	69	23	75	49	14	17	19	1.79
60733298--60733357	27	2.3	26	82	2	66	35	21	21	21	1.96
60733626--60733981	27	13.2	27	84	1	426	42	7	20	28	1.80
60733971--60734154	27	6.8	26	82	7	172	30	9	21	38	1.85
60733970--60734154	81	2.3	82	80	9	202	31	9	21	38	1.84
60734062--60734181	54	2.2	54	80	5	136	30	11	19	39	1.87
60734136--60734217	27	3.1	27	85	1	112	28	20	18	32	1.96
60736581--60736715	67	2.0	67	95	0	243	34	13	5	46	1.67
60742171--60742431	43	6.1	43	80	5	276	29	26	15	28	1.96
60742171--60742431	86	3.0	86	81	6	314	29	26	15	28	1.96
60742537--60742582	2	23.0	2	86	0	65	43	6	0	50	1.28
60742537--60742583	12	3.9	12	88	0	76	42	8	0	48	1.33
60747703--60747956	40	6.3	40	89	3	343	24	22	25	27	2.00
60747776--60747979	40	5.1	40	87	4	155	23	23	26	26	2.00
60755597--60755748	40	3.8	40	83	5	164	23	28	22	26	1.99
60757728--60757877	54	2.8	54	89	2	230	24	26	16	32	1.96
60761365--60761567	48	4.4	47	69	15	127	27	25	19	27	1.99
60761514--60761719	49	4.2	49	83	3	229	25	32	18	23	1.97
60765993--60766100	38	2.8	38	94	1	189	23	22	14	39	1.91
60766016--60766117	31	3.1	31	88	9	132	23	21	15	39	1.92
60766308--60766425	24	4.9	24	86	9	152	26	23	22	27	1.99
60766308--60766426	47	2.5	48	89	8	172	26	23	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60766477--60766536	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
60766578--60766625	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
60770496--60770603	38	2.8	38	94	1	189	23	22	14	39	1.91
60770519--60770620	31	3.1	31	88	9	132	23	21	15	39	1.92
60770812--60770930	24	5.0	24	85	9	154	26	24	21	27	1.99
60770812--60770930	47	2.5	48	89	8	172	26	24	21	27	1.99
60770979--60771038	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
60771081--60771128	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
60773032--60773264	39	6.0	39	89	0	358	24	24	28	22	1.99
60773032--60773264	117	2.0	117	93	0	394	24	24	28	22	1.99
60775106--60775244	49	2.8	49	91	0	215	22	29	20	27	1.99
60779850--60779949	37	2.7	37	92	0	164	25	29	21	25	1.99
60780089--60780228	48	2.9	48	96	0	262	30	29	6	34	1.82
60781893--60782073	40	4.6	39	84	7	190	25	21	27	25	1.99
60783455--60783563	48	2.3	48	96	0	200	33	27	5	33	1.80
60786616--60787152	268	2.0	269	97	0	1004	28	23	12	36	1.90
60792747--60792850	42	2.4	43	79	1	111	33	25	16	25	1.96
60795335--60795494	78	2.1	78	82	4	189	26	28	21	23	1.99
60795383--60795494	39	2.9	39	90	5	181	27	28	21	22	1.99
60808742--60808861	48	2.5	48	80	7	138	28	21	14	35	1.92
60815458--60815521	19	3.5	19	75	12	62	32	6	17	43	1.74
60816950--60817124	47	3.8	46	84	8	171	25	19	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60817001--60817119	47	2.5	47	98	0	229	26	20	26	27	1.99
60819395--60819602	40	5.2	40	83	0	218	26	23	27	22	1.99
60820752--60820800	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
60821618--60821784	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
60829581--60829746	40	4.2	40	78	8	162	25	22	27	24	2.00
60829581--60829730	79	1.9	79	84	5	205	26	22	27	24	2.00
60835261--60835430	46	3.7	46	71	13	159	23	19	27	30	1.98
60835255--60835425	93	1.8	93	91	0	279	22	20	27	29	1.99
60844121--60844203	38	2.2	38	93	4	141	12	18	26	43	1.84
60847365--60847400	11	3.3	11	96	0	63	36	2	19	41	1.66
60848495--60848629	27	5.0	27	82	8	143	35	17	21	25	1.95
60848486--60848615	54	2.4	54	87	2	172	36	16	20	27	1.93
60849142--60849204	22	2.9	22	77	13	67	17	23	22	36	1.95
60849446--60849561	6	18.8	6	68	15	67	20	18	12	49	1.79
60849449--60849506	25	2.3	25	87	0	80	22	18	12	46	1.82
60849468--60849561	37	2.5	37	84	0	107	21	18	11	48	1.79
60856123--60856225	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
60859079--60859454	186	2.0	186	99	0	743	36	18	13	31	1.89
60863126--60863369	49	4.9	48	77	8	238	29	27	18	25	1.98
60863138--60863369	100	2.3	98	82	3	268	29	28	17	25	1.98
60869333--60869366	9	3.8	9	88	0	50	38	8	11	41	1.73
60874089--60874182	27	3.5	27	78	5	102	31	27	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60874326--60874444	32	3.7	32	75	9	98	41	21	5	31	1.77
60874432--60874461	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
60879146--60879355	54	3.9	53	81	5	181	29	10	20	40	1.84
60879115--60879299	81	2.3	81	89	0	291	28	10	20	41	1.85
60879117--60879313	27	7.3	27	76	7	161	27	10	21	41	1.85
60879225--60879360	27	5.1	26	76	12	105	27	8	24	38	1.85
60882270--60882308	13	3.1	13	88	3	62	15	33	33	17	1.92
60885826--60886207	47	8.0	47	90	4	593	33	8	28	29	1.87
60885827--60886207	96	3.9	96	91	3	613	33	8	28	29	1.87
60885827--60886207	145	2.6	144	95	2	683	33	8	28	29	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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