Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  66  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17149663--17149710
3
16.0
3
100
0
96
33
0
0
66
0.92
17150140--17150165
13
2.0
13
100
0
52
53
7
0
38
1.30
17150216--17150292
9
8.6
9
77
5
84
44
20
1
33
1.60
17150179--17150292
18
6.4
18
74
13
85
44
18
1
35
1.60
17150181--17150276
36
2.7
35
84
6
122
45
18
2
33
1.61
17155222--17155259
19
2.1
19
90
9
62
42
5
0
52
1.24
17155411--17155439
14
2.1
14
93
6
51
34
0
10
55
1.34
17155846--17155895
21
2.4
21
83
3
66
32
20
48
0
1.50
17156256--17156460
43
4.8
43
72
11
170
26
24
18
31
1.97
17158006--17158149
27
5.0
27
78
12
144
40
20
6
31
1.77
17158069--17158146
35
2.2
35
90
0
129
44
20
5
29
1.73
17158037--17158163
62
2.0
62
92
3
211
41
18
7
32
1.78
17158104--17158235
27
4.9
27
76
5
115
39
20
8
31
1.82
17158014--17158191
89
2.0
89
83
6
227
40
19
7
32
1.80
17158264--17158376
53
2.1
53
80
9
131
38
16
21
23
1.93
17158273--17158376
27
3.9
27
84
3
131
36
18
23
22
1.95
17158664--17158723
27
2.3
26
82
2
66
23
23
18
35
1.96
17158842--17158929
6
14.3
6
74
17
65
19
19
14
46
1.84
17158842--17158945
31
3.4
31
84
4
122
19
18
14
48
1.82
17175553--17175602
19
2.6
19
70
0
55
58
4
2
36
1.29
17178335--17178359
2
12.5
2
100
0
50
52
48
0
0
1.00
17181174--17181198
10
2.5
10
100
0
50
48
8
12
32
1.69
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17181194--17181301
26
4.2
26
95
0
198
30
7
26
35
1.84
17186015--17186063
25
2.0
25
91
0
80
22
18
14
44
1.85
17193224--17193273
24
2.1
24
88
7
75
34
4
40
22
1.72
17203909--17203977
25
2.7
26
84
8
79
30
14
26
28
1.95
17211082--17211189
26
4.2
26
92
0
180
32
7
24
36
1.83
17212770--17212930
54
3.0
54
90
2
245
18
24
21
34
1.96
17212772--17212930
27
5.9
27
81
8
175
18
24
22
34
1.96
17212772--17212930
81
2.0
80
82
8
198
18
24
22
34
1.96
17214484--17214508
13
1.9
13
100
0
50
20
0
0
80
0.72
17218632--17218807
46
3.8
46
80
7
212
29
28
21
21
1.98
17218640--17218810
93
1.8
93
93
0
297
28
28
21
21
1.98
17224049--17224219
93
1.8
93
94
0
306
27
29
21
21
1.98
17224041--17224216
46
3.8
46
81
10
214
28
29
21
21
1.98
17227450--17227619
91
1.9
91
96
0
313
27
30
22
20
1.98
17227442--17227615
46
3.8
46
83
4
244
28
29
21
20
1.98
17227493--17227634
46
3.1
45
75
11
137
29
28
21
20
1.98
17230344--17230388
23
2.0
23
90
0
72
33
4
0
62
1.15
17230404--17230489
40
2.2
40
84
0
109
23
2
9
65
1.34
17234608--17234760
41
3.7
41
89
1
227
24
28
16
29
1.97
17242254--17242371
41
2.9
41
87
2
157
27
28
15
27
1.96
17248170--17248218
19
2.6
18
84
12
62
61
4
8
26
1.42
17248780--17248879
39
2.6
38
85
4
130
49
9
4
38
1.53
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17253466--17253551
9
9.6
9
84
0
109
25
8
20
45
1.79
17255021--17255067
2
24.0
2
95
4
87
48
0
0
51
1.00
17257150--17257194
18
2.6
17
82
10
56
24
4
2
68
1.19
17264251--17264382
51
2.6
51
85
0
174
35
17
16
30
1.92
17264498--17264714
89
2.4
88
77
4
211
34
14
18
32
1.91
17266453--17266477
11
2.3
11
100
0
50
28
0
0
72
0.86
17266576--17266631
27
2.2
27
84
9
73
21
7
0
71
1.09
17267208--17267237
7
4.3
7
100
0
60
33
13
0
53
1.40
17267564--17267657
31
3.2
28
73
16
82
38
11
10
39
1.77
17267577--17267667
31
3.0
30
79
7
96
40
14
7
37
1.74
17272941--17272978
19
2.1
18
90
5
58
39
7
5
47
1.55
17289783--17289816
2
16.5
2
93
6
59
47
0
2
50
1.16
17294269--17294365
9
10.3
9
72
17
56
27
3
2
67
1.17
17294266--17294326
27
2.3
26
80
5
77
27
1
1
68
1.08
17294302--17294365
19
3.3
19
78
18
60
31
4
1
62
1.25
17294379--17294435
9
6.5
8
77
15
51
28
0
1
70
0.98
17299269--17299351
5
15.8
5
73
14
69
37
19
2
40
1.65
17299273--17299336
22
2.9
22
72
9
67
34
20
3
42
1.68
17299608--17299635
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
17302589--17302632
21
2.1
21
83
8
54
43
0
6
50
1.29
17302871--17302960
26
3.5
26
72
19
73
28
1
2
67
1.09
17302913--17302960
11
4.3
11
84
5
60
31
2
0
66
1.03
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17304894--17304961
20
3.5
20
69
15
61
35
14
14
35
1.87
17304889--17304968
38
2.1
38
97
0
151
36
13
12
37
1.83
17307758--17307799
18
2.4
17
88
4
57
76
0
7
16
1.00
17324220--17324268
25
1.9
26
91
4
82
30
28
8
32
1.86
17327524--17327580
18
3.3
19
81
18
63
21
5
0
73
1.02
17329181--17329230
10
5.0
10
86
13
68
20
8
2
70
1.23
17332787--17332820
14
2.4
14
85
0
50
44
2
11
41
1.56
17333015--17333072
21
2.8
21
80
15
66
51
5
5
37
1.46
17333043--17333148
7
15.3
7
69
23
57
57
1
3
36
1.28
17333003--17333147
58
2.4
59
81
12
145
57
3
4
35
1.35
17333094--17333147
21
2.6
21
85
14
76
64
1
0
33
1.04
17333094--17333144
10
4.9
10
78
11
50
64
1
0
33
1.05
17333347--17333377
13
2.3
14
94
5
55
51
6
0
41
1.27
17335381--17335630
71
3.5
71
81
8
254
29
22
16
31
1.96
17335381--17335644
74
3.6
71
80
8
237
29
22
17
30
1.96
17335656--17336022
71
4.9
71
70
15
288
30
22
16
30
1.96
17335498--17335951
159
2.8
160
92
2
707
30
22
17
29
1.96
17335657--17336112
233
2.0
233
96
0
840
30
21
17
29
1.96
17335816--17336022
73
2.9
71
85
5
283
28
23
16
30
1.97
17345258--17345343
3
27.3
3
76
13
52
34
3
2
59
1.27
17356621--17357713
546
2.0
547
96
1
2010
35
15
18
29
1.92
17357999--17358164
72
2.3
71
88
4
244
22
15
21
41
1.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17358097--17358584
140
3.5
140
96
1
888
25
17
20
37
1.93
17358422--17358455
13
2.5
13
90
4
50
23
11
5
58
1.55
17358590--17358731
72
2.0
73
95
1
259
33
16
16
33
1.92
17358809--17359192
74
5.0
75
84
6
470
29
17
21
30
1.96
17358808--17359155
151
2.3
152
88
5
506
30
17
22
29
1.96
17359114--17359280
91
1.8
91
84
5
230
27
20
18
33
1.96
17359937--17360018
36
2.5
32
83
14
112
76
12
7
3
1.11
17360576--17360608
2
16.5
2
93
0
57
48
3
0
48
1.17
17364187--17364223
2
18.5
2
100
0
74
51
0
0
48
1.00
17378028--17378111
43
1.9
45
83
9
111
26
27
11
34
1.91
17378027--17378122
43
2.2
44
80
12
108
28
25
15
31
1.96
17377880--17378736
176
4.9
176
86
6
1102
27
24
17
30
1.97
17378169--17378443
87
3.1
87
65
18
217
26
26
16
30
1.97
17378195--17378466
43
6.2
43
68
20
145
27
25
16
29
1.97
17385856--17385968
27
4.1
27
77
5
111
36
21
23
19
1.95
17385856--17385968
56
2.1
53
85
5
145
36
21
23
19
1.95
17387401--17387476
23
3.3
23
87
3
107
21
38
3
36
1.72
17393761--17393871
27
4.1
27
86
5
145
35
22
24
18
1.96
17393761--17393871
54
2.1
53
91
1
177
35
22
24
18
1.96
17395320--17395420
24
4.2
24
92
0
157
20
40
3
34
1.71
17402124--17402166
2
21.5
2
95
0
77
51
2
0
46
1.13
17402294--17402358
25
2.7
26
83
9
75
69
1
4
24
1.16
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17413741--17413778
9
4.2
9
83
9
51
63
2
0
34
1.09
17420467--17420513
22
2.1
22
84
0
58
51
6
10
31
1.62
17420631--17420677
21
2.2
21
85
7
60
61
0
6
31
1.21
17420789--17420856
24
2.7
26
71
13
70
50
2
13
33
1.56
17420874--17420918
2
23.0
2
90
4
74
48
0
0
51
1.00
17421079--17421137
28
2.2
27
82
11
68
49
5
10
35
1.59
17421930--17421967
2
19.0
2
100
0
76
50
0
0
50
1.00
17423269--17423383
27
4.3
26
84
5
131
37
24
21
16
1.93
17423269--17423383
54
2.1
54
85
3
151
37
24
21
16
1.93
17423797--17423826
16
1.9
15
93
6
51
3
20
23
53
1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378