genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  206  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60886199--60886398	48	4.2	48	95	0	355	32	6	29	32	1.83
60886438--60886528	37	2.4	37	94	1	155	21	18	32	26	1.97
60896754--60896826	32	2.3	32	80	0	83	32	21	16	28	1.95
60896923--60896990	22	3.1	22	78	6	75	33	20	22	23	1.97
60897355--60897486	54	2.4	54	89	2	203	30	9	21	39	1.84
60897356--60897485	27	4.8	26	86	9	163	30	9	21	39	1.85
60901574--60901648	37	2.0	37	100	0	150	41	18	8	32	1.80
60901885--60902033	40	3.7	40	85	8	214	26	27	22	24	2.00
60905186--60905395	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
60913320--60913529	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
60923889--60923924	15	2.4	15	90	0	54	13	19	11	55	1.68
60923896--60923963	15	4.6	15	75	8	59	10	17	16	55	1.67
60928041--60928072	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
60931962--60932069	26	4.2	26	88	4	164	32	7	23	37	1.82
60933503--60933578	26	2.8	26	86	4	89	34	18	13	34	1.89
60933682--60933822	27	5.2	26	83	10	176	17	23	23	35	1.95
60933682--60933822	54	2.6	53	90	2	219	17	23	23	35	1.95
60936446--60936509	29	2.2	29	94	0	110	21	14	32	31	1.93
60941137--60941307	92	1.8	93	83	6	231	23	18	27	30	1.98
60944241--60944320	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
60944232--60944319	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
60946684--60946853	44	3.7	45	79	13	179	22	20	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60948867--60948967	50	2.0	50	84	0	130	27	9	25	36	1.88
60956421--60956604	40	4.6	39	76	9	167	25	26	23	24	2.00
60963707--60963887	49	3.7	49	78	5	186	28	27	17	26	1.97
60963707--60963888	99	1.8	99	83	4	242	28	27	17	26	1.97
60965519--60965573	15	3.7	15	76	13	69	61	12	14	10	1.56
60968568--60968805	49	4.8	49	83	2	269	28	26	17	27	1.98
60977947--60978019	29	2.5	29	84	4	94	28	32	16	21	1.95
60980810--60981014	27	7.6	27	84	4	209	42	20	7	29	1.80
60980810--60981089	54	5.2	54	77	5	242	42	18	7	31	1.79
60980810--60980989	27	6.7	27	85	3	220	41	20	8	30	1.82
60980810--60981012	80	2.5	80	80	9	225	42	19	7	29	1.79
60981074--60981234	27	6.0	27	86	0	214	28	22	7	41	1.81
60981074--60981222	81	1.8	81	92	0	253	30	20	8	40	1.81
60981090--60981265	54	3.3	54	83	1	192	27	21	7	42	1.81
60981082--60981249	81	2.1	81	87	2	239	30	22	6	40	1.79
60981277--60981734	27	17.0	27	86	2	562	34	20	19	24	1.96
60982161--60982221	22	2.8	22	78	9	70	18	21	24	36	1.95
60982384--60982485	27	3.8	27	87	5	134	18	23	21	36	1.95
60982622--60982702	6	13.0	6	70	21	51	19	14	16	49	1.80
60982622--60982757	31	4.5	31	80	15	142	20	16	13	49	1.79
60982685--60982752	25	2.7	25	88	0	109	20	19	11	48	1.80
60984737--60984941	27	7.6	27	85	4	218	42	20	7	29	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60984737--60985016	54	5.2	54	77	6	244	42	19	7	30	1.79
60984737--60984916	27	6.7	27	86	3	229	41	20	7	30	1.80
60984737--60984939	80	2.5	80	81	9	234	43	19	7	29	1.78
60984995--60985192	27	7.3	27	86	2	254	30	22	7	39	1.81
60985197--60985688	27	18.3	27	84	1	533	35	20	18	25	1.95
60986115--60986175	22	2.8	22	78	9	70	18	21	24	36	1.95
60986338--60986436	27	3.7	27	86	5	119	19	23	21	36	1.95
60986583--60986675	31	3.0	31	83	0	114	18	15	13	52	1.74
60986639--60986705	25	2.7	25	92	0	116	20	20	10	47	1.79
60986589--60986712	31	4.2	31	74	12	89	19	17	13	49	1.80
60995258--60995517	45	5.8	45	91	0	394	24	15	25	34	1.95
60995273--60995559	45	6.5	43	86	3	182	25	16	25	33	1.95
60997890--60997988	28	3.5	28	91	0	153	23	14	36	26	1.93
61003048--61003255	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
61003050--61003255	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
61008741--61008806	28	2.4	28	89	0	96	22	16	36	24	1.94
61008794--61008819	13	2.0	13	100	0	52	23	7	38	30	1.83
61016447--61016561	24	4.8	24	97	0	212	35	26	17	20	1.94
61018258--61018356	28	3.5	28	84	4	119	31	27	14	27	1.95
61026076--61026242	40	4.2	40	80	3	178	26	26	21	25	1.99
61035512--61035540	14	2.0	15	93	6	51	24	0	20	55	1.44
61046005--61046063	27	2.2	27	84	6	75	20	23	23	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61046017--61046069	27	1.9	28	88	3	81	18	24	26	30	1.98
61047847--61047949	42	2.4	43	83	6	120	33	24	18	23	1.96
61047828--61047986	43	3.7	43	79	9	164	30	25	19	24	1.98
61053027--61053290	27	9.9	27	77	6	180	38	23	7	29	1.83
61053045--61053146	53	1.9	54	82	6	127	33	25	8	32	1.87
61053027--61053237	80	2.6	81	76	5	180	38	25	6	29	1.81
61053860--61053967	27	4.0	27	83	5	130	17	22	21	38	1.93
61054108--61054216	6	17.8	6	73	14	80	20	19	11	48	1.80
61054114--61054207	43	2.2	43	88	0	143	19	20	11	48	1.79
61054229--61054293	34	2.0	32	85	14	89	21	20	27	30	1.98
61056797--61057112	95	3.3	96	95	3	570	34	6	28	30	1.83
61056797--61057112	48	6.7	48	95	3	561	34	6	28	30	1.83
61057282--61057384	37	2.8	37	96	0	188	23	20	32	24	1.98
61058661--61058815	40	3.9	40	88	2	215	23	23	27	25	2.00
61058858--61058922	29	2.2	29	83	5	78	23	13	29	33	1.93
61058876--61058955	29	2.8	29	90	1	126	23	15	26	35	1.94
61062486--61063009	48	10.7	48	91	5	852	33	7	29	30	1.84
61062763--61063009	95	2.6	96	96	1	460	31	6	29	31	1.84
61062511--61063038	251	2.1	252	96	0	977	32	7	29	30	1.84
61063179--61063281	37	2.8	37	93	0	170	22	18	33	26	1.97
61070685--61070744	30	2.0	30	90	0	93	20	30	28	21	1.98
61070715--61070858	40	3.7	40	82	7	181	27	25	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61070715--61070858	76	1.9	79	84	7	197	27	25	20	25	1.99
61070827--61071288	123	3.8	123	97	0	843	33	25	10	29	1.90
61078145--61078348	40	5.1	39	83	4	221	27	26	21	24	1.99
61078341--61078532	95	2.0	95	92	0	321	36	25	8	29	1.86
61078517--61078713	64	3.2	64	60	15	149	35	27	10	26	1.90
61078436--61078750	123	2.6	123	98	0	612	34	25	9	30	1.87
61083803--61083848	21	2.2	21	92	0	74	50	0	15	34	1.44
61085580--61085605	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
61089301--61089504	40	5.1	40	84	2	230	24	21	27	26	1.99
61097577--61097743	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
61097577--61097743	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
61098565--61098610	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
61105672--61105838	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
61105672--61105838	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
61106659--61106704	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
61113623--61113789	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
61113623--61113789	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
61114611--61114656	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
61115798--61116001	40	5.1	40	85	0	219	24	21	26	27	1.99
61122780--61122827	25	1.9	25	86	0	69	27	20	14	37	1.92
61128885--61128973	6	14.3	6	69	19	58	48	13	17	20	1.81
61128894--61128973	31	2.5	31	85	2	106	48	12	18	20	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61129110--61129211	27	3.8	26	85	5	123	36	20	23	19	1.95
61129110--61129212	54	1.9	53	86	2	143	35	20	23	20	1.96
61129110--61129229	54	2.3	53	81	7	118	35	20	23	20	1.96
61129343--61129404	22	2.8	23	80	7	74	33	19	22	24	1.97
61129832--61130245	81	5.1	81	86	3	505	26	19	19	35	1.95
61129832--61130180	27	13.0	27	88	1	486	25	21	19	34	1.96
61130119--61130674	27	20.6	27	79	5	346	30	10	20	38	1.86
61129832--61130242	54	7.6	54	86	3	454	26	19	19	35	1.95
61133800--61133862	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
61140877--61140936	24	2.5	24	100	0	120	40	26	13	20	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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