genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  97  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26508261--26508336	6	12.5	6	91	2	125	80	0	1	18	0.79
26508257--26508352	12	7.4	14	85	11	84	78	1	1	19	0.88
26508257--26508343	15	5.5	17	70	21	73	79	0	1	19	0.80
26509847--26509874	8	3.5	8	100	0	56	89	0	0	10	0.49
26523111--26523143	6	5.7	6	85	7	50	0	18	0	81	0.68
26523111--26523143	11	2.8	12	90	4	50	0	18	0	81	0.68
26527045--26527102	29	2.0	29	86	0	80	29	29	13	27	1.94
26530066--26530104	20	2.0	20	85	10	53	28	30	30	10	1.90
26531886--26532058	93	1.9	93	91	0	283	27	28	21	21	1.99
26531879--26532054	46	3.8	46	78	10	187	28	28	21	21	1.98
26531930--26532073	46	3.1	47	74	18	140	29	27	20	22	1.98
26537841--26537882	18	2.3	18	91	4	66	40	14	11	33	1.82
26543124--26543382	47	5.5	47	90	0	383	33	11	28	26	1.91
26543198--26543273	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
26543382--26543597	48	4.5	48	92	4	362	36	6	26	30	1.83
26543743--26543886	37	3.9	37	95	0	254	22	18	31	26	1.97
26545154--26545544	40	9.8	40	90	1	579	26	21	25	25	1.99
26545154--26545544	80	4.9	80	92	0	640	26	21	25	25	1.99
26549435--26549722	47	6.1	47	87	2	391	33	11	29	25	1.91
26549464--26549535	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
26549464--26549722	94	2.8	94	95	0	464	32	12	29	24	1.92
26549456--26549721	141	1.9	141	92	0	442	33	12	29	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26549456--26549874	141	3.0	137	83	7	430	34	10	27	27	1.89
26549692--26549874	46	3.8	48	89	7	291	36	7	26	30	1.83
26550019--26550163	37	3.9	37	97	0	263	23	19	31	25	1.98
26568457--26568518	21	3.0	21	88	4	92	66	4	1	27	1.21
26570085--26570142	28	2.2	25	81	9	62	53	12	27	6	1.63
26572595--26572711	44	2.7	44	78	5	123	29	25	18	25	1.98
26572553--26572711	43	3.7	43	76	5	126	29	23	18	28	1.98
26577672--26577921	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
26585779--26586028	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
26595897--26596014	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
26595867--26596028	71	2.3	71	100	0	324	35	16	28	19	1.93
26604925--26605001	39	2.0	39	100	0	154	25	15	12	45	1.82
26610520--26610544	12	2.1	12	100	0	50	48	28	8	16	1.74
26615621--26615798	46	3.8	46	69	7	135	30	25	20	22	1.98
26618336--26618423	45	2.0	43	89	8	133	35	26	13	25	1.93
26622385--26622507	50	2.5	50	84	0	147	27	19	25	27	1.99
26623038--26623372	178	1.9	180	87	1	503	39	8	20	31	1.83
26629227--26629334	29	3.8	29	79	6	112	28	27	16	26	1.97
26629224--26629334	58	1.9	57	83	1	141	28	28	16	26	1.97
26629558--26629609	16	3.3	16	81	2	61	15	17	13	53	1.72
26641496--26641625	40	3.4	39	86	7	169	20	20	28	31	1.97
26642011--26642395	50	7.7	50	75	3	265	26	16	25	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26642051--26642367	151	2.1	151	84	1	402	27	17	25	29	1.97
26642950--26643304	180	2.0	179	89	2	543	37	7	21	33	1.81
26645620--26645789	43	4.0	42	82	4	207	30	28	15	25	1.96
26645620--26645774	84	1.8	84	87	2	231	29	29	15	25	1.96
26646364--26646393	15	2.0	15	93	0	51	56	16	0	26	1.40
26648054--26648205	43	3.5	42	77	12	132	30	24	20	24	1.98
26653930--26654136	49	4.2	49	83	2	243	28	27	18	25	1.98
26666502--26666590	37	2.4	38	71	5	92	24	19	10	46	1.80
26681329--26681359	16	1.9	16	100	0	62	32	25	3	38	1.72
26685747--26685785	3	13.0	3	94	0	69	66	2	0	30	1.05
26690830--26690992	39	4.2	39	92	0	254	22	20	32	24	1.98
26698790--26698952	39	4.2	39	92	0	254	22	20	32	24	1.98
26705087--26705168	41	2.0	40	86	6	112	29	30	13	26	1.94
26705087--26705168	40	2.0	41	86	6	114	29	30	13	26	1.94
26709565--26709654	30	2.9	29	75	15	83	72	1	5	21	1.12
26714752--26714837	42	2.0	42	100	0	172	29	11	20	38	1.88
26730324--26730609	40	7.5	40	81	11	323	25	28	22	23	1.99
26730391--26730607	68	3.0	68	79	16	256	24	30	22	22	1.99
26730363--26730567	108	1.9	108	94	0	365	25	29	21	23	1.99
26730324--26730607	148	1.9	147	87	3	410	25	28	21	23	1.99
26732685--26732732	25	1.9	25	91	0	78	35	25	10	29	1.89
26732775--26732813	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26739314--26739546	49	4.7	50	85	2	317	24	18	27	29	1.98
26739317--26739546	100	2.3	98	88	2	325	24	18	27	29	1.98
26749920--26750142	40	5.6	40	90	1	342	22	19	30	27	1.98
26751667--26751705	16	2.4	17	87	12	55	48	33	5	12	1.63
26753156--26753283	29	4.4	29	86	2	161	30	12	28	28	1.93
26753155--26753283	58	2.2	58	87	4	181	30	12	28	28	1.93
26757592--26757738	29	5.1	29	69	8	86	31	13	27	27	1.94
26757570--26757686	58	2.0	58	98	0	225	33	10	29	27	1.89
26759237--26759286	25	2.0	25	100	0	100	36	20	0	44	1.52
26761315--26761455	73	1.9	74	89	1	221	44	17	4	34	1.68
26761444--26761473	13	2.3	13	94	0	51	46	10	0	43	1.37
26761820--26762131	45	6.9	44	83	5	315	22	17	13	46	1.83
26761816--26762131	90	3.5	90	82	5	365	22	18	13	46	1.83
26761810--26762131	135	2.4	135	80	8	368	22	18	13	45	1.83
26763616--26763717	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
26771486--26771587	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
26774623--26774793	46	3.6	46	86	8	245	26	18	26	29	1.98
26774620--26774801	94	1.9	94	94	3	319	25	19	25	29	1.98
26777792--26777856	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
26777788--26777856	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
26779516--26779701	49	3.8	49	76	11	207	27	17	24	30	1.97
26779511--26779693	100	1.8	100	93	0	321	27	18	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26782091--26782276	49	3.8	49	76	8	205	28	18	23	29	1.98
26782086--26782273	100	1.9	100	92	0	313	27	19	23	29	1.98
26784665--26784939	49	5.5	49	83	3	352	26	19	25	28	1.99
26784660--26784947	100	2.9	100	96	0	522	26	20	25	27	1.99
26786569--26786682	39	2.9	39	93	0	192	25	28	21	23	1.99
26786521--26786683	78	2.1	77	82	7	197	26	28	22	23	1.99
26792464--26792611	79	1.9	80	88	4	228	27	21	26	25	1.99
26792464--26792643	40	4.6	40	82	6	208	27	22	26	23	1.99
26792464--26792643	79	2.3	79	84	6	224	27	22	26	23	1.99
26800345--26800564	40	5.6	40	88	3	286	27	22	27	22	1.99
26801913--26802094	49	3.7	49	81	5	222	27	18	24	30	1.98
26808166--26808297	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
26810004--26810152	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
26810045--26810152	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
26818614--26818745	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
26829467--26829520	27	2.0	26	85	3	72	38	20	18	22	1.93
26829485--26829541	27	2.1	27	83	6	71	36	19	21	22	1.95
26829674--26829715	22	1.9	22	90	0	66	19	14	23	42	1.87
26829586--26829798	103	2.1	104	89	1	322	25	19	18	36	1.95
26829521--26829796	27	10.4	27	80	5	294	25	20	18	36	1.95
26833606--26833639	17	1.9	17	88	5	50	17	26	8	47	1.77
26846139--26846172	3	11.0	3	93	6	59	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26849923--26850017	40	2.4	40	96	0	172	28	30	21	20	1.98
26855519--26855651	24	5.5	24	90	1	196	24	18	23	33	1.96
26863322--26863454	24	5.5	24	90	1	196	24	18	23	33	1.96
26867819--26867913	40	2.4	40	94	0	163	28	30	22	18	1.97
26872488--26872590	29	3.6	29	87	0	143	23	10	27	38	1.88
26875442--26875468	13	2.1	13	100	0	54	22	40	0	37	1.54
26875671--26875828	40	4.0	40	88	0	235	27	30	18	22	1.98
26875671--26875830	80	2.0	80	92	0	266	27	30	19	22	1.98
26876180--26876217	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
26877846--26877912	28	2.4	28	90	2	100	47	23	5	22	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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