Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  11  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3225626--3225665
19
2.0
22
85
14
59
32
47
2
17
1.61
3225727--3225866
27
5.2
27
87
5
153
35
21
24
19
1.96
3225727--3225866
54
2.6
54
87
2
174
35
21
24
19
1.96
3227485--3227645
26
6.2
26
96
1
270
36
24
5
33
1.79
3232390--3232793
73
5.5
72
83
9
496
30
15
21
32
1.94
3232391--3232793
75
5.4
72
82
7
486
30
15
21
32
1.94
3232391--3232793
223
1.8
221
95
1
727
30
15
21
32
1.94
3233348--3233391
22
2.0
22
86
0
61
40
34
0
25
1.56
3234745--3234775
2
15.5
2
100
0
62
48
0
0
51
1.00
3234805--3234846
22
2.0
22
85
4
59
38
7
9
45
1.64
3235817--3235861
17
2.4
18
82
17
56
31
6
6
55
1.52
3236327--3236377
24
2.0
26
85
7
70
37
0
3
58
1.16
3236618--3236644
9
3.0
9
100
0
54
33
11
0
55
1.35
3236704--3236747
23
2.0
22
86
13
63
36
4
9
50
1.55
3242777--3242912
26
5.2
26
94
0
236
36
25
5
33
1.78
3244325--3244368
23
2.0
22
86
4
61
65
0
0
34
0.93
3244380--3244437
15
3.9
14
73
10
53
72
6
5
15
1.24
3244912--3244957
24
1.9
24
95
0
83
26
2
45
26
1.65
3251291--3251341
25
2.0
25
100
0
102
52
19
11
15
1.73
3263481--3263590
26
4.2
26
95
0
175
36
23
5
34
1.78
3264448--3264498
25
2.0
27
84
7
70
37
1
1
58
1.20
3264536--3264589
21
2.5
21
87
3
81
33
5
0
61
1.19
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3264536--3264632
21
4.3
21
71
22
63
31
8
0
59
1.27
3264576--3264634
24
2.3
26
85
11
86
33
8
0
57
1.29
3264664--3264710
23
2.0
23
87
0
67
38
8
0
53
1.32
3264944--3264995
28
2.0
27
85
11
72
26
11
3
57
1.51
3264943--3265006
28
2.3
27
75
21
62
26
12
4
56
1.56
3266585--3266609
12
2.1
12
100
0
50
12
24
0
64
1.27
3271644--3271722
37
2.1
37
97
0
149
35
2
29
32
1.71
3271645--3271704
18
3.3
18
68
13
59
40
1
26
31
1.66
3272933--3273018
43
2.0
43
97
0
163
40
6
22
30
1.80
3276349--3276484
26
5.2
26
94
0
236
36
25
5
33
1.78
3277239--3277272
17
2.0
17
100
0
68
47
11
0
41
1.40
3279408--3279433
7
3.7
7
100
0
52
42
0
0
57
0.98
3280518--3280559
11
3.9
11
84
3
50
30
2
47
19
1.62
3283109--3283218
26
4.2
26
95
0
175
34
5
23
36
1.78
3287710--3287745
18
2.0
18
88
0
54
30
16
22
30
1.96
3288282--3288335
11
5.0
11
77
4
56
31
5
42
20
1.75
3288537--3288564
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
3290824--3290894
22
3.3
22
88
7
85
46
8
0
45
1.33
3290838--3290886
10
4.5
11
80
14
57
44
6
0
48
1.27
3294870--3294918
3
16.0
3
95
4
89
32
2
0
65
1.04
3295117--3295148
13
2.5
13
95
5
57
31
9
0
59
1.29
3295314--3295352
21
1.9
21
89
5
62
30
2
12
53
1.52
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3295640--3295695
23
2.6
22
81
15
64
33
3
8
53
1.49
3296011--3296042
9
3.6
9
95
0
55
31
9
0
59
1.29
3296095--3296128
2
17.0
2
100
0
68
50
0
0
50
1.00
3299049--3299105
30
1.9
30
89
7
89
31
3
7
57
1.42
3299781--3299832
12
4.1
12
77
20
52
73
3
0
23
1.00
3300670--3300704
16
2.3
15
90
5
52
31
2
2
62
1.24
3302173--3302227
25
2.2
24
81
12
67
38
1
1
58
1.20
3312858--3312900
22
2.0
22
95
0
77
65
0
30
4
1.13
3322864--3323009
43
3.4
43
86
0
211
26
18
23
30
1.98
3322831--3323026
86
2.3
86
85
4
261
29
18
26
26
1.98
3323929--3323972
22
2.0
22
90
0
70
34
25
6
34
1.82
3329018--3329130
9
12.2
9
79
5
118
30
0
21
46
1.57
3329003--3329130
57
2.2
57
84
0
166
31
1
21
46
1.61
3329245--3329853
205
3.0
205
97
0
1155
33
14
18
33
1.92
3329986--3330035
23
2.2
23
100
0
100
34
16
16
34
1.90
3330442--3330490
23
2.0
25
84
7
66
24
12
14
48
1.77
3335918--3335961
16
2.6
17
78
7
54
47
2
6
43
1.42
3336174--3336269
44
2.2
45
83
5
124
31
40
0
28
1.57
3336213--3336282
22
3.2
22
80
8
97
32
32
0
34
1.58
3336199--3336282
44
1.9
44
100
0
168
33
33
0
33
1.58
3336497--3336533
16
2.4
16
86
8
51
48
29
0
21
1.50
3337329--3337429
41
2.4
42
82
8
134
28
21
15
33
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3338484--3338531
7
6.7
7
76
4
51
43
2
0
54
1.12
3338485--3338523
15
2.6
14
88
8
51
43
0
0
56
0.99
3338484--3338528
22
2.0
22
86
0
63
46
2
0
51
1.13
3346435--3346476
20
2.1
20
82
8
50
40
0
4
54
1.21
3357070--3357136
21
3.2
20
80
18
73
14
2
0
82
0.79
3357073--3357137
16
4.0
15
79
18
69
16
3
0
80
0.85
3357234--3357324
42
2.1
42
84
6
112
34
35
10
19
1.87
3357990--3358220
118
2.0
118
92
0
390
22
17
31
28
1.97
3358325--3358386
7
8.4
7
82
10
52
85
0
1
12
0.67
3358346--3358387
1
42.0
1
90
0
66
95
0
2
2
0.32
3363958--3364092
26
5.2
26
95
0
218
34
5
23
36
1.77
3368200--3368283
43
2.0
43
87
0
123
51
0
7
41
1.29
3377224--3377253
14
2.1
15
93
6
53
23
6
13
56
1.60
3379771--3379809
10
3.8
10
93
6
69
33
17
17
30
1.94
3379770--3379809
21
1.9
21
100
0
80
35
17
17
30
1.93
3383865--3383963
10
10.6
9
70
19
60
32
1
2
64
1.11
3383864--3383937
30
2.5
30
80
12
89
35
1
1
62
1.12
3385589--3385754
3
54.3
3
67
12
70
58
1
9
30
1.38
3385594--3385752
16
9.6
15
69
16
59
59
1
10
29
1.38
3385722--3385768
24
2.0
24
82
0
58
65
2
6
25
1.27
3385817--3385864
3
15.7
3
83
12
53
64
0
4
31
1.12
3385911--3385953
3
14.3
3
100
0
86
65
0
0
34
0.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3394075--3394137
30
2.1
30
90
0
99
58
12
3
25
1.49
3394682--3394728
19
2.6
19
81
15
55
65
2
0
31
1.04
3403253--3403331
27
2.9
27
79
5
79
21
31
12
34
1.91
3403969--3404004
18
2.1
18
89
5
56
63
0
2
33
1.08
3404057--3404111
23
2.4
23
75
6
58
63
1
1
32
1.15
3404290--3404323
18
1.9
18
94
5
61
20
2
5
70
1.21
3404302--3404401
28
3.6
27
75
15
98
31
3
1
65
1.15
3404507--3404673
88
1.9
87
84
8
223
31
10
19
38
1.85
3407162--3407187
13
2.0
13
100
0
52
38
46
0
15
1.46
3407190--3407221
15
2.1
15
100
0
64
18
43
6
31
1.75
3407733--3407771
19
2.0
21
90
10
64
35
0
0
64
0.94
3414184--3414309
64
2.0
64
91
0
207
28
19
15
35
1.93
3414421--3414669
133
1.9
133
84
5
315
28
20
21
29
1.98
3414512--3415174
178
3.7
177
90
2
1003
29
19
22
28
1.98
3415044--3415308
133
2.0
134
87
2
390
29
17
21
30
1.96
3414512--3415212
355
2.0
355
88
1
1041
29
19
22
28
1.98
3415046--3415341
133
2.2
133
84
3
353
30
18
21
29
1.97
3414866--3415510
310
2.1
310
88
3
958
29
19
22
29
1.98
3415179--3415552
177
2.1
178
81
3
423
30
18
21
29
1.97
3415757--3415791
17
2.1
17
100
0
70
28
54
0
17
1.43
3416364--3416406
22
2.0
22
86
9
61
34
0
0
65
0.93
3423313--3423362
23
2.2
22
82
10
57
40
14
8
38
1.75
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3426584--3426653
18
3.9
18
83
7
97
32
14
18
34
1.91
3428179--3428265
24
3.6
24
95
0
156
34
28
17
19
1.94
3429986--3430021
6
6.0
6
86
0
54
47
16
22
13
1.82
3431196--3431238
14
3.0
14
80
16
52
51
2
0
46
1.13
3432012--3432147
26
5.2
26
96
0
236
33
5
25
36
1.80
3433926--3434212
137
2.1
137
98
0
547
24
19
25
31
1.98
3437939--3438072
26
5.2
26
94
3
218
33
5
24
36
1.78
3442604--3442738
26
5.2
26
96
1
227
33
5
24
36
1.80
3444220--3444272
26
2.0
26
85
7
72
37
22
15
24
1.92
3444520--3444803
134
2.1
136
96
2
527
24
19
25
31
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378