Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  61  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15559108--15559161
20
2.5
22
80
20
69
35
1
12
50
1.52
15562116--15562163
21
2.3
21
89
7
71
12
8
33
45
1.72
15564339--15564911
186
3.1
184
89
1
840
45
17
10
27
1.80
15565518--15565572
26
2.1
26
86
0
74
29
34
5
30
1.80
15568735--15568901
40
4.2
39
79
5
133
25
27
22
25
2.00
15570097--15570207
57
2.0
54
81
11
127
28
16
17
37
1.91
15572550--15572595
19
2.4
19
82
10
58
43
0
21
34
1.53
15573069--15573428
47
7.7
45
72
10
235
28
21
27
22
1.99
15573072--15573430
94
3.8
93
77
10
347
28
20
28
22
1.99
15573069--15573428
141
2.6
141
75
9
342
28
21
27
22
1.99
15588758--15588800
16
2.7
15
79
10
50
16
6
0
76
0.99
15588772--15588839
5
12.8
5
74
20
50
17
4
1
76
1.03
15588747--15588808
22
2.8
22
82
7
63
16
4
1
77
1.02
15588752--15588833
35
2.3
36
83
10
107
18
6
1
74
1.09
15588752--15588819
6
11.5
6
79
6
68
16
5
1
76
1.05
15591733--15591765
13
2.6
13
90
4
50
39
0
12
48
1.40
15601298--15601332
17
2.0
18
94
5
63
77
0
11
11
1.00
15601298--15601331
8
4.1
8
85
7
50
76
0
11
11
1.02
15602610--15602793
42
4.3
42
80
6
142
32
27
18
22
1.97
15602661--15602744
43
2.0
43
92
0
141
28
27
20
23
1.99
15602888--15603028
47
3.0
47
92
0
228
49
24
7
19
1.72
15603231--15603270
21
1.9
21
89
0
62
15
27
20
37
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15606536--15606565
11
2.7
11
94
0
51
40
6
20
33
1.78
15607592--15607640
24
2.0
24
84
8
62
63
6
4
26
1.36
15607609--15608666
543
1.9
544
93
0
1834
41
15
15
27
1.86
15609287--15609311
12
2.1
12
100
0
50
60
8
16
16
1.58
15610742--15610773
15
2.1
15
94
0
55
28
6
0
65
1.16
15610799--15610846
14
3.4
14
77
8
53
43
33
6
16
1.73
15616794--15616901
26
4.2
26
95
0
198
35
25
7
32
1.84
15623848--15623954
26
4.2
26
91
1
180
36
25
6
31
1.81
15628714--15628812
18
5.6
17
74
10
67
34
15
15
35
1.88
15628710--15628812
36
2.9
35
80
7
118
34
15
14
34
1.88
15634429--15634472
18
2.4
18
88
7
63
72
4
9
13
1.24
15635792--15635838
4
11.8
4
100
0
94
76
0
0
23
0.78
15640873--15640911
19
2.0
20
95
5
71
41
0
10
48
1.37
15654642--15654882
107
2.3
107
82
0
284
27
18
22
31
1.97
15655868--15655916
21
2.4
21
80
19
59
18
20
42
18
1.89
15658599--15658741
41
3.5
42
81
8
170
19
19
23
37
1.94
15659308--15659400
37
2.5
37
87
5
116
21
8
21
48
1.76
15662509--15662563
2
27.5
2
100
0
110
49
0
0
50
1.00
15665468--15665507
3
13.3
3
100
0
80
65
0
0
35
0.93
15666670--15666827
27
5.9
27
80
11
173
34
21
24
19
1.96
15666688--15666827
54
2.6
54
90
2
219
35
22
23
18
1.96
15668460--15668557
26
3.8
26
93
0
169
35
24
6
33
1.80
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15668457--15668557
52
1.9
52
97
0
193
36
23
5
33
1.79
15672055--15672100
2
23.5
2
95
4
85
50
0
0
50
1.00
15672471--15672508
17
2.2
18
85
4
51
68
0
2
28
1.03
15673508--15673536
12
2.5
12
94
5
51
27
6
6
58
1.50
15673641--15673686
25
1.9
23
86
8
65
28
0
8
63
1.24
15676244--15676349
25
4.2
26
92
2
171
33
6
23
35
1.81
15676244--15676349
51
2.1
51
92
3
178
33
6
23
35
1.81
15684419--15684525
26
4.2
25
91
5
178
32
7
23
36
1.83
15687487--15687528
2
21.5
2
95
4
77
50
0
0
50
1.00
15687759--15687807
16
3.1
16
85
14
66
63
2
0
34
1.06
15687745--15687815
23
3.0
24
80
15
76
63
1
0
35
1.03
15687744--15687816
26
2.9
26
82
15
82
64
1
0
34
1.02
15687746--15687809
7
9.1
7
78
13
60
60
1
0
37
1.06
15692733--15692800
27
2.5
27
87
0
100
51
30
4
13
1.60
15693942--15693988
18
2.6
18
80
6
51
36
0
2
61
1.08
15694325--15694409
26
3.3
26
96
0
152
34
5
23
36
1.79
15695849--15695923
26
2.8
26
81
4
78
34
20
12
33
1.89
15696027--15696148
27
4.5
27
88
1
172
18
25
23
32
1.97
15696027--15696162
54
2.5
53
85
4
148
18
24
22
34
1.96
15699861--15699887
10
2.7
10
100
0
54
29
18
11
40
1.85
15700403--15700470
23
3.0
23
82
4
75
33
23
27
14
1.94
15704217--15704466
40
6.2
40
90
1
385
25
24
28
22
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15712391--15712640
40
6.2
40
90
1
385
25
24
28
22
1.99
15714170--15714218
20
2.5
20
86
6
64
57
6
0
36
1.24
15714170--15714229
21
2.8
21
80
10
68
56
8
0
35
1.29
15714747--15714838
3
30.3
3
73
10
71
59
3
1
35
1.21
15726462--15726493
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
15726992--15727138
41
3.6
40
86
0
204
31
26
17
25
1.97
15737662--15737714
26
2.0
26
82
7
63
24
15
20
39
1.91
15739200--15739307
26
4.2
26
91
0
180
35
25
7
32
1.84
15740312--15740442
47
2.8
47
88
0
190
35
29
15
20
1.93
15745668--15745733
17
3.9
17
75
0
60
28
21
22
27
1.99
15745702--15745792
35
2.6
36
75
13
100
21
20
23
34
1.97
15750598--15750656
23
2.5
22
76
13
55
50
0
1
47
1.11
15752371--15752407
2
18.5
2
100
0
74
48
0
0
51
1.00
15754739--15754770
15
2.2
15
94
5
57
68
0
0
31
0.90
15755143--15755189
18
2.6
18
86
3
58
48
0
0
51
1.00
15755790--15755893
26
4.0
26
93
0
181
32
7
24
35
1.84
15763114--15763298
79
2.3
82
83
7
229
24
24
27
23
2.00
15763115--15763306
40
4.8
40
79
7
151
24
24
28
22
2.00
15763114--15763331
79
2.7
79
79
6
183
24
23
27
24
2.00
15771136--15771320
79
2.3
82
83
7
229
24
24
27
23
2.00
15771137--15771328
40
4.8
40
79
7
151
24
24
28
22
2.00
15771136--15771353
79
2.7
79
79
6
183
24
23
27
24
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15774139--15774242
26
4.0
26
93
0
181
32
7
24
35
1.84
15780358--15780446
44
2.0
44
100
0
178
20
11
20
48
1.79
15782587--15782622
18
1.9
19
88
5
56
63
0
25
11
1.27
15783467--15783497
2
15.5
2
100
0
62
51
0
0
48
1.00
15783974--15784105
29
4.5
29
97
1
237
37
14
23
24
1.92
15783974--15784105
59
2.3
58
95
1
237
37
14
23
24
1.92
15783944--15784105
88
1.8
89
90
1
263
36
14
24
25
1.93
15786198--15786286
40
2.2
40
82
4
99
29
19
23
28
1.98
15793486--15793582
40
2.4
42
83
6
112
25
17
26
29
1.97
15797240--15797272
2
16.5
2
100
0
66
51
0
0
48
1.00
15799989--15800017
14
2.0
15
93
6
51
51
20
0
27
1.47
15810263--15810379
55
2.1
55
80
0
126
28
31
22
17
1.97
15816375--15816538
71
2.3
71
97
0
310
18
28
18
34
1.95
15816375--15816572
71
2.8
70
90
3
249
20
28
17
32
1.96
15830114--15830154
9
4.6
9
100
0
82
41
0
0
58
0.98
15830222--15830258
15
2.4
16
90
4
58
70
0
0
29
0.88
15845683--15845790
26
4.2
26
89
0
171
32
7
24
36
1.83
15848920--15848962
21
2.1
20
83
12
52
11
9
2
76
1.10
15848953--15848995
15
2.9
15
80
20
54
32
4
0
62
1.15
15851427--15851568
40
3.5
40
82
1
124
27
24
26
21
1.99
15851465--15851594
40
3.3
39
78
11
147
23
24
26
24
2.00
15859415--15859556
40
3.5
40
83
1
124
27
23
26
21
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15859453--15859582
40
3.2
40
83
2
172
23
23
28
25
1.99
15869574--15869726
40
3.8
40
79
6
148
26
24
26
22
2.00
15869574--15869726
81
1.9
81
83
5
202
26
24
26
22
2.00
15869612--15869742
40
3.2
40
77
14
144
23
24
26
25
2.00
15877560--15877709
40
3.8
40
76
9
130
26
24
26
22
2.00
15877599--15877725
40
3.2
39
77
10
132
24
25
26
23
2.00
15886015--15886242
112
2.0
112
98
0
438
38
14
9
37
1.79
15892663--15892723
30
2.0
30
83
0
77
31
22
8
37
1.84
15893952--15894069
51
2.3
51
82
7
130
18
22
21
38
1.94
15894215--15894249
18
1.9
18
88
0
52
45
14
17
22
1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378