genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  253  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75712897--75714052	578	2.0	578	97	0	2195	32	16	16	33	1.92
75719229--75719291	29	2.2	29	82	2	74	30	1	6	61	1.30
75719259--75719301	23	1.9	23	90	4	70	25	2	9	62	1.37
75722024--75722053	12	2.5	12	94	0	51	26	13	0	60	1.34
75727012--75727054	17	2.6	16	82	13	52	86	0	9	4	0.71
75727012--75727051	12	3.1	14	79	13	50	87	0	7	5	0.66
75728145--75728528	64	6.0	64	95	0	669	30	17	13	37	1.89
75728992--75729092	43	2.3	43	79	3	112	32	14	22	29	1.94
75728944--75729343	176	2.3	174	83	2	505	29	18	24	28	1.98
75732251--75732352	29	3.6	29	75	7	100	31	30	15	22	1.95
75732241--75732384	57	2.5	57	88	0	198	32	27	17	22	1.96
75732412--75732742	40	8.3	40	94	0	556	28	27	19	24	1.99
75734029--75734168	37	3.8	37	96	0	253	24	31	20	24	1.98
75734294--75734694	48	8.3	48	95	0	694	31	28	6	34	1.82
75738223--75738384	28	5.7	28	72	7	114	30	29	17	22	1.97
75738250--75738351	29	3.6	29	81	7	118	29	32	15	22	1.95
75738192--75738383	57	3.4	58	80	8	207	29	30	17	22	1.97
75738411--75738662	40	6.3	40	92	0	405	26	26	20	25	1.99
75739920--75740059	37	3.8	37	93	0	226	24	30	20	25	1.99
75740200--75740729	48	11.0	48	97	0	952	30	28	6	34	1.83
75745211--75745266	25	2.3	23	74	11	58	33	14	25	26	1.94
75745912--75746034	34	3.6	34	75	7	90	32	8	15	43	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75755380--75755531	40	3.8	40	83	5	164	23	28	22	26	1.99
75764958--75765124	40	4.2	40	79	3	158	24	29	21	24	1.99
75766921--75766952	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
75774371--75774439	34	2.0	34	94	0	120	34	1	26	37	1.65
75774405--75774582	47	3.7	47	90	1	257	32	7	32	28	1.84
75776396--75776605	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
75783332--75784425	49	22.4	49	94	0	1924	31	8	29	30	1.86
75783861--75783943	27	3.3	27	63	16	77	32	4	28	33	1.78
75786428--75786748	40	8.0	40	96	0	561	24	21	28	25	1.99
75790388--75791433	49	21.4	49	94	0	1817	31	8	29	30	1.86
75790867--75790949	27	3.3	27	63	16	77	32	4	28	33	1.78
75796402--75796611	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
75800039--75800308	40	6.8	40	91	1	418	26	20	27	25	1.99
75804401--75804653	49	5.3	48	92	2	370	31	8	31	28	1.87
75807703--75807938	50	4.7	50	77	3	231	28	22	18	30	1.98
75807764--75807945	101	1.8	101	85	0	256	29	21	18	30	1.97
75808295--75808341	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
75809453--75809498	23	2.0	23	95	0	83	34	19	8	36	1.83
75813732--75814122	47	8.4	47	90	1	590	31	8	30	28	1.87
75815432--75815589	40	4.0	40	94	0	271	29	29	18	22	1.97
75817061--75820526	540	6.4	539	85	3	4371	28	19	16	35	1.93
75823607--75823761	42	3.7	41	81	3	175	32	14	23	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75823607--75823763	85	1.9	84	86	4	226	32	14	24	28	1.95
75827445--75827511	33	2.0	33	83	11	84	35	25	10	28	1.89
75832827--75832898	36	2.0	36	97	0	135	15	27	18	38	1.90
75835755--75835788	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
75843226--75843250	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
75853245--75854467	539	2.3	537	88	1	1777	27	19	17	34	1.95
75857185--75857234	25	2.0	25	100	0	100	32	4	16	48	1.64
75861671--75861733	27	2.3	28	83	5	83	22	19	34	23	1.96
75862050--75862309	27	9.7	27	84	3	301	39	20	8	31	1.83
75862050--75862271	107	2.1	108	90	2	349	40	19	8	31	1.82
75862261--75862352	27	3.4	27	87	0	121	38	20	15	26	1.92
75862182--75862349	54	3.1	54	82	3	142	39	20	10	29	1.86
75868344--75868379	2	19.0	2	88	11	58	47	0	0	52	1.00
75869654--75870104	43	10.5	43	89	0	679	10	23	33	33	1.88
75869654--75870176	43	12.1	44	84	6	351	12	22	32	33	1.91
75872712--75872883	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
75872704--75872879	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
75877060--75877231	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
75877053--75877228	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
75884615--75884786	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
75884608--75884783	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
75886117--75886189	9	8.6	9	70	25	52	27	0	16	56	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75886266--75886314	24	2.0	24	88	0	71	32	14	26	26	1.94
75889883--75889934	23	2.3	23	83	6	63	25	0	17	57	1.40
75890067--75890105	20	2.0	20	85	10	53	43	10	12	33	1.77
75894727--75894827	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
75894756--75894831	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
75902582--75902682	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
75902611--75902686	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
75905997--75906032	18	2.0	18	88	0	54	55	5	27	11	1.57
75906323--75906359	17	2.2	17	90	0	56	70	2	27	0	1.01
75906470--75906506	17	2.2	17	95	0	65	21	18	8	51	1.72
75911436--75911475	17	2.4	17	86	0	53	17	32	30	20	1.95
75919453--75919605	3	50.7	3	92	3	245	0	31	0	67	1.00
75923519--75923779	38	6.8	38	81	0	252	39	18	14	27	1.90
75923520--75923749	76	3.0	76	86	0	298	39	19	13	27	1.90
75923519--75923779	114	2.3	114	82	0	297	39	18	14	27	1.90
75934183--75934226	22	2.0	23	86	4	63	6	27	0	65	1.17
75937157--75937215	29	2.0	29	100	0	118	27	13	30	28	1.94
75938566--75938815	40	6.2	40	90	1	376	22	28	24	25	1.99
75946734--75946983	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
75956492--75956622	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
75956492--75956622	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
75967589--75967687	42	2.3	42	82	5	119	31	26	18	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75967622--75967734	44	2.7	41	81	11	129	31	29	17	21	1.96
75967566--75967734	43	4.0	42	75	11	137	32	28	16	22	1.96
75975299--75975412	43	2.7	43	80	5	140	27	19	28	25	1.99
75977651--75977913	46	5.6	45	76	10	154	23	30	18	27	1.97
75977647--75977822	99	1.8	99	85	8	256	23	30	18	27	1.97
75977792--75977917	46	2.7	46	86	4	164	22	30	19	27	1.97
75980092--75980129	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
75980106--75980130	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
75980214--75980281	9	7.6	9	77	12	59	30	11	17	39	1.86
75980213--75980265	18	2.9	18	78	10	72	32	11	18	37	1.87
75983115--75983196	41	2.0	41	92	0	137	34	25	12	28	1.92
75985565--75985655	37	2.4	37	94	1	155	25	31	18	24	1.97
75985695--75985894	48	4.2	48	95	0	355	32	29	6	32	1.83
75985886--75986123	47	5.0	47	94	3	395	28	28	8	33	1.87
75985886--75986121	96	2.5	97	92	4	397	28	28	8	33	1.87
75989723--75990102	200	1.9	200	85	2	530	32	18	12	35	1.89
75998716--75998832	50	2.3	50	82	2	137	22	27	20	29	1.98
75998717--75998811	25	3.8	25	81	5	111	20	27	21	31	1.97
75998723--75998854	25	5.3	24	73	13	72	24	25	21	29	1.99
75999006--75999071	30	2.0	34	83	13	86	37	10	18	33	1.85
76002248--76002316	31	2.2	31	84	5	86	39	15	14	30	1.88
76012622--76012949	164	2.0	164	100	0	656	41	10	14	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76013129--76013180	17	3.1	17	77	2	52	48	9	0	42	1.36
76016730--76016758	15	1.9	15	100	0	58	27	3	20	48	1.66
76018488--76018537	24	2.1	23	82	10	57	36	2	2	60	1.20
76018562--76018659	26	3.6	27	73	14	76	40	1	3	55	1.22
76018619--76018700	27	3.1	26	79	11	78	45	1	0	53	1.08
76018839--76018889	16	3.2	16	88	5	68	27	21	7	43	1.80
76022859--76023006	51	2.9	51	91	0	233	26	25	15	32	1.95
76023030--76023124	28	3.5	28	83	11	135	26	23	15	34	1.95
76025416--76025465	25	2.0	25	96	0	91	20	22	12	46	1.83
76027406--76027539	60	2.2	61	86	5	184	47	8	5	38	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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