genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  222  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65686695--65686816	37	3.5	37	80	13	157	18	19	13	48	1.81
65708045--65708268	40	5.6	40	84	3	270	25	22	25	26	2.00
65708052--65708268	83	2.7	79	85	7	258	24	22	26	26	2.00
65720563--65720747	40	4.6	40	81	2	219	26	22	25	25	2.00
65720563--65720747	80	2.3	81	85	4	250	26	22	25	25	2.00
65724411--65724470	27	2.3	26	85	2	75	35	21	21	21	1.96
65725093--65725146	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
65725164--65725317	80	1.9	80	87	0	227	25	20	18	35	1.95
65725147--65725318	27	6.4	27	86	1	220	26	21	18	34	1.96
65731552--65731683	50	2.6	51	83	6	169	37	12	14	35	1.83
65734301--65734449	39	3.9	38	87	3	192	37	9	8	44	1.66
65734301--65734466	39	4.3	39	84	6	187	36	9	9	45	1.69
65734301--65734466	78	2.1	77	84	3	208	36	9	9	45	1.69
65734301--65734487	78	2.4	77	82	4	198	36	10	8	45	1.67
65741403--65741625	39	5.7	39	86	8	292	23	21	28	26	1.99
65749496--65749719	79	2.8	80	85	6	296	24	22	27	25	2.00
65749496--65749719	40	5.7	40	86	6	296	24	22	27	25	2.00
65752555--65752669	29	4.0	29	80	8	112	26	27	15	29	1.96
65758258--65758314	27	2.2	25	84	6	69	17	17	21	43	1.88
65762194--65762219	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
65762908--65763071	40	4.1	40	80	3	177	25	20	28	26	1.99
65762908--65763071	80	2.0	80	84	0	211	25	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65766338--65766423	28	3.0	28	79	3	91	26	30	13	29	1.95
65770848--65770962	29	4.0	29	84	6	137	27	30	15	26	1.96
65770839--65770949	58	1.9	58	87	1	161	27	31	16	25	1.96
65771177--65771216	16	2.5	16	83	0	53	7	20	25	47	1.75
65773165--65773265	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
65780897--65780997	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
65785686--65785895	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
65788571--65788775	39	5.2	40	83	6	260	25	22	28	22	1.99
65793262--65793471	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
65801393--65801602	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
65809528--65809737	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
65822532--65822791	49	5.4	48	94	2	400	30	9	31	29	1.88
65822892--65823013	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
65832838--65832973	47	2.8	48	87	3	193	31	16	22	29	1.96
65832941--65833013	38	1.9	38	94	0	128	27	13	28	30	1.94
65834365--65834562	99	2.0	99	98	0	387	30	17	17	34	1.93
65836504--65836681	40	4.5	40	85	4	236	25	27	23	23	2.00
65836504--65836681	80	2.2	80	90	1	277	25	27	23	23	2.00
65840848--65840986	40	3.5	40	84	4	122	25	28	23	23	2.00
65840889--65841039	40	3.8	40	90	4	209	23	28	23	23	2.00
65848866--65849011	40	3.6	41	79	7	147	26	28	23	21	1.99
65849249--65849312	28	2.3	28	80	0	74	37	7	21	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65854320--65854363	15	3.0	14	77	9	52	2	18	2	77	0.98
65856320--65856445	46	2.7	46	83	2	144	27	7	14	50	1.70
65856320--65856474	47	3.3	46	80	3	150	29	8	14	47	1.74
65860173--65860334	43	3.8	43	76	11	127	25	18	24	32	1.97
65867741--65867899	43	3.7	43	75	11	146	25	16	23	33	1.96
65878425--65878494	25	2.8	25	97	0	131	25	21	25	27	1.99
65878540--65878578	10	3.8	10	86	6	60	30	15	17	35	1.91
65878540--65878579	21	1.9	21	94	0	71	30	15	17	37	1.90
65878618--65878665	25	1.9	25	91	0	78	25	10	25	39	1.87
65883954--65884120	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
65883954--65884120	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
65884939--65884984	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
65889261--65889390	40	3.3	40	78	4	147	23	27	23	25	2.00
65889261--65889426	40	4.2	40	74	9	135	22	25	23	27	2.00
65891751--65891784	16	2.1	16	100	0	68	29	23	14	32	1.94
65897780--65897955	46	3.8	46	78	12	207	20	20	29	29	1.98
65897777--65897948	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
65902766--65902836	28	2.5	28	82	8	83	32	28	12	26	1.93
65902835--65902862	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
65907637--65907819	40	4.6	40	81	7	210	23	27	24	24	2.00
65907630--65907819	80	2.4	81	83	8	237	24	27	24	23	2.00
65910406--65910567	43	3.8	43	78	8	159	33	22	17	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65916015--65916193	27	6.6	27	83	3	209	42	21	7	28	1.80
65916015--65916193	81	2.2	81	88	4	254	42	21	7	28	1.80
65916015--65916221	54	3.8	52	79	6	177	42	21	8	28	1.81
65916261--65916670	27	15.2	27	82	3	459	34	18	20	25	1.96
65916261--65916670	81	5.1	80	85	3	509	34	18	20	25	1.96
65917097--65917161	22	3.0	22	80	8	78	20	20	23	36	1.95
65917319--65917427	27	4.0	27	88	5	141	19	21	22	37	1.94
65917542--65917661	6	19.3	6	67	21	61	20	15	14	50	1.78
65917542--65917652	31	3.5	31	87	3	143	19	16	13	50	1.78
65919393--65919551	43	3.7	42	70	13	101	26	16	24	32	1.97
65924641--65924697	25	2.3	25	79	8	64	31	3	1	63	1.22
65932390--65932650	39	6.7	40	89	7	335	26	26	21	26	1.99
65932418--65932636	77	2.8	77	89	6	318	26	26	19	27	1.99
65932390--65932649	116	2.2	118	84	10	354	25	26	21	26	1.99
65940506--65940769	40	6.7	40	91	4	378	26	26	20	26	1.99
65940506--65940769	79	3.3	80	90	5	396	26	26	20	26	1.99
65949128--65949216	44	2.0	44	95	0	160	20	16	30	32	1.95
65950279--65950311	15	2.3	15	89	5	50	75	0	18	6	1.00
65950274--65950319	21	2.1	21	84	4	56	71	2	21	4	1.14
65950302--65950365	27	2.4	27	89	7	96	76	1	15	6	1.06
65950314--65950368	27	2.0	27	100	0	110	74	3	14	7	1.17
65953300--65953350	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65953388--65953423	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
65953420--65953479	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
65959644--65959683	15	2.7	15	84	0	53	15	17	17	50	1.79
65962083--65962141	28	2.1	29	93	3	102	40	11	23	23	1.88
65964852--65964905	26	2.1	26	100	0	108	27	14	16	40	1.88
65965876--65966083	40	5.2	40	83	2	222	25	26	22	25	2.00
65973043--65973107	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
65975573--65975743	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
65983576--65983676	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
65983576--65983752	40	4.5	40	82	4	180	28	22	25	23	1.99
65993362--65993410	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
65994233--65994399	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
65996021--65996210	51	3.9	48	77	9	186	27	27	19	25	1.99
65996030--65996204	50	3.5	51	83	3	178	28	27	18	25	1.98
65996030--65996215	101	1.9	98	85	5	257	27	28	18	25	1.98
65997522--65997586	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
65997522--65997590	30	2.3	31	83	14	92	60	17	13	8	1.56
66004583--66004827	40	6.1	40	90	2	343	22	22	27	27	1.99
66011090--66011171	34	2.4	34	87	4	112	24	24	24	26	2.00
66017592--66017813	46	4.7	46	76	8	180	27	19	29	23	1.98
66025145--66025318	46	3.7	46	75	13	160	27	18	29	24	1.98
66028789--66028955	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66036797--66036938	40	3.5	40	82	3	117	28	22	26	23	1.99
66036836--66036964	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
66070021--66070085	31	2.1	31	94	0	112	58	4	12	24	1.53
66070554--66070580	9	3.0	9	100	0	54	33	22	11	33	1.89
66077434--66077676	43	5.7	43	72	7	183	25	15	25	33	1.95
66077431--66077674	84	2.9	85	82	4	273	26	15	24	33	1.95
66082027--66082065	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
66082026--66082065	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
66082112--66082181	25	2.8	25	91	0	104	28	25	20	25	1.99
66082112--66082194	25	3.4	25	82	11	75	31	22	20	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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