genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  240  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71315292--71315449	41	3.9	40	80	7	133	26	18	23	31	1.98
71319044--71319097	11	4.5	11	81	11	54	64	7	11	16	1.47
71319042--71319098	12	4.5	13	87	12	84	66	7	10	15	1.42
71319052--71319108	12	5.1	11	87	8	64	64	7	8	19	1.44
71337585--71337693	37	2.9	37	94	0	182	26	30	19	23	1.98
71337843--71337989	50	3.0	50	93	3	244	29	24	8	37	1.84
71337948--71338092	47	3.1	47	90	2	222	26	29	11	32	1.92
71343198--71343298	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
71350922--71351022	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
71358869--71358969	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
71365369--71365575	67	3.2	65	77	9	206	22	28	16	31	1.96
71367491--71367530	10	3.8	10	87	12	62	67	0	2	30	1.04
71367491--71367534	22	2.0	22	95	0	79	65	0	2	31	1.05
71377700--71377730	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
71377871--71377917	15	3.1	14	85	11	58	14	12	12	59	1.61
71386335--71386395	30	2.0	30	87	0	86	34	21	6	37	1.79
71389650--71389781	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
71399704--71399775	34	2.1	34	84	5	92	30	18	20	30	1.96
71410374--71410403	9	3.3	9	90	0	51	73	0	23	3	0.98
71418385--71418424	12	3.2	12	92	3	62	10	25	27	37	1.88
71422748--71422925	76	2.3	77	83	5	216	29	25	21	23	1.99
71422748--71422887	38	3.6	38	92	1	208	32	25	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71425521--71425745	48	5.0	48	79	11	201	31	25	17	25	1.97
71425609--71425726	42	2.9	40	82	5	130	32	27	16	24	1.96
71429289--71429322	17	1.9	18	88	5	52	29	5	2	61	1.34
71431481--71431514	11	2.9	12	82	8	52	82	5	11	0	0.83
71433795--71433832	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
71435453--71435518	21	3.2	21	65	4	62	24	22	21	31	1.98
71435432--71435559	42	3.1	42	86	2	195	27	21	18	32	1.97
71436058--71436151	44	2.2	44	84	5	129	26	20	21	31	1.98
71436076--71436168	43	2.1	44	84	2	116	24	23	21	30	1.99
71444424--71444488	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
71444669--71444721	27	2.0	27	85	3	72	22	22	16	37	1.94
71444880--71444976	6	15.8	6	72	16	74	19	19	14	46	1.84
71444870--71444967	31	3.2	31	92	0	151	19	20	13	46	1.83
71445766--71445828	27	2.2	29	80	11	76	52	3	0	44	1.17
71445801--71445843	11	3.9	11	78	0	50	37	0	0	62	0.95
71452013--71452158	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
71452045--71452196	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
71455122--71455231	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
71455122--71455271	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
71463160--71463256	40	2.5	39	81	3	113	26	24	25	22	2.00
71463197--71463308	40	2.8	39	84	8	129	25	23	27	23	2.00
71468646--71468738	42	2.2	43	82	5	118	29	19	22	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71469657--71469835	25	6.5	31	83	13	118	46	15	21	16	1.84
71469669--71469807	25	5.6	25	100	0	278	44	15	23	15	1.85
71470053--71470103	27	1.9	26	88	4	75	37	17	25	19	1.94
71470377--71470441	19	3.4	19	95	0	112	23	24	20	32	1.98
71470415--71470494	27	3.0	27	94	0	142	20	21	23	35	1.96
71470491--71470645	27	5.7	27	89	0	238	38	7	24	29	1.82
71470491--71470672	54	3.4	54	88	0	247	36	7	24	30	1.84
71470635--71470822	27	7.0	26	76	8	117	30	9	20	39	1.84
71470705--71470822	27	4.4	26	87	4	146	33	8	18	39	1.81
71470813--71470871	27	2.2	27	87	0	82	28	18	16	35	1.93
71470726--71470845	54	2.2	54	82	2	143	30	10	19	40	1.84
71473913--71473952	21	2.0	20	85	5	53	20	25	42	12	1.86
71475169--71475497	144	2.3	143	87	1	462	24	28	18	28	1.98
71475169--71475485	48	6.6	48	78	5	320	23	28	19	29	1.98
71476626--71476904	96	2.9	94	83	3	344	23	28	20	28	1.99
71476636--71476904	48	5.6	48	76	3	245	22	28	20	28	1.98
71482277--71482682	49	8.4	49	93	1	667	32	8	29	29	1.87
71488495--71488927	48	9.0	48	78	5	367	24	27	18	29	1.98
71488495--71488923	144	3.0	142	82	6	422	24	27	18	29	1.98
71494730--71494952	79	2.8	79	83	8	272	26	22	26	24	2.00
71494730--71494954	40	5.7	40	86	7	273	25	22	27	24	2.00
71494731--71494961	119	1.9	120	82	9	285	26	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71494783--71494987	79	2.6	79	81	6	238	27	21	26	24	2.00
71500302--71500432	29	4.5	29	96	2	237	23	24	14	37	1.92
71500302--71500462	58	2.7	60	85	7	181	25	24	13	36	1.92
71501727--71501762	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
71503147--71503180	18	1.9	17	88	5	50	14	2	0	82	0.79
71503157--71503186	13	2.4	12	89	10	51	16	3	0	80	0.85
71503251--71503306	24	2.2	24	81	12	60	14	14	3	67	1.35
71504925--71504966	12	3.7	12	81	12	61	14	0	9	76	1.02
71510256--71510512	40	6.5	40	87	5	312	23	22	28	25	1.99
71514044--71514156	37	3.1	37	94	0	199	25	32	19	22	1.97
71514201--71514968	48	16.0	48	94	0	1311	30	27	6	34	1.83
71522652--71522883	40	5.8	40	89	2	306	21	22	28	27	1.99
71528570--71528746	46	3.9	44	76	11	158	23	19	27	29	1.98
71528567--71528738	93	1.8	93	87	0	254	23	20	27	28	1.99
71531625--71531704	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
71531617--71531703	30	3.0	30	80	12	92	10	18	14	56	1.66
71534078--71534251	46	3.8	46	79	8	201	21	20	29	28	1.98
71548369--71548540	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	21	1.99
71548362--71548537	46	3.8	46	80	10	214	28	29	21	21	1.98
71548370--71548556	46	4.0	46	72	19	147	27	29	20	21	1.98
71558890--71559068	40	4.4	40	83	3	207	25	24	26	24	2.00
71558890--71559068	80	2.2	81	86	3	245	25	24	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71558924--71559108	80	2.3	80	80	4	203	28	23	24	23	2.00
71559011--71559094	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
71561306--71561342	18	2.0	19	89	5	58	32	18	2	45	1.64
71564951--71565126	46	3.8	46	77	12	198	21	20	28	29	1.98
71564948--71565119	93	1.8	93	93	0	299	21	20	29	28	1.98
71572523--71572698	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
71572520--71572691	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
71591228--71591441	67	3.2	65	74	14	197	31	16	28	23	1.96
71593953--71594137	27	6.9	27	84	0	217	27	13	17	41	1.87
71593953--71594286	54	5.9	54	76	11	260	25	13	19	41	1.87
71594124--71594150	13	2.1	13	100	0	54	14	14	14	55	1.70
71594099--71594177	40	2.0	40	84	0	104	22	13	17	45	1.84
71594072--71594206	67	2.0	67	85	2	182	25	13	19	42	1.87
71594139--71594286	27	5.5	28	84	5	153	22	13	20	42	1.87
71594026--71594256	121	1.9	121	84	5	315	25	12	20	41	1.88
71593991--71594285	148	2.0	147	82	5	362	24	13	18	42	1.87
71594585--71594656	18	4.1	18	85	3	101	22	20	12	44	1.85
71594585--71594656	35	2.0	36	86	2	101	22	20	12	44	1.85
71597043--71597143	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
71597072--71597147	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
71600964--71601275	27	11.6	27	89	0	419	25	13	21	39	1.89
71601603--71601658	18	3.2	18	92	2	96	21	23	12	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71609404--71609487	42	2.0	42	86	4	116	27	29	17	25	1.98
71627250--71627280	15	2.1	15	93	0	53	54	16	12	16	1.71
71640062--71640201	39	3.6	39	94	0	226	25	20	29	24	1.99
71648036--71648391	27	13.2	27	87	0	442	28	22	8	40	1.82
71648036--71648391	81	4.4	81	86	1	489	28	22	8	40	1.82
71659432--71659604	27	6.6	27	82	7	178	31	16	15	36	1.90
71659432--71659604	54	3.3	54	76	9	196	31	16	15	36	1.90
71659477--71659519	21	2.0	21	95	0	77	27	25	13	32	1.94
71659452--71659589	48	2.7	51	77	7	147	30	17	15	36	1.91
71659999--71660048	18	2.7	19	78	9	59	22	22	18	38	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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