Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  270  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81115357--81115393
5
7.4
5
88
11
58
81
0
2
16
0.81
81116233--81116263
16
1.9
16
100
0
62
19
19
16
45
1.86
81117096--81117125
14
2.1
14
93
0
51
70
0
3
26
1.03
81117146--81117189
11
4.3
10
82
11
54
68
2
0
29
1.02
81117143--81117188
19
2.4
19
79
17
58
67
2
0
30
1.03
81117146--81117191
20
2.3
20
88
7
67
65
2
0
32
1.05
81117146--81117244
9
10.3
9
71
13
65
62
7
3
27
1.36
81118696--81118725
14
2.1
14
93
0
51
40
40
13
6
1.71
81133457--81133583
47
2.7
46
83
9
159
22
29
18
28
1.98
81133409--81133583
92
1.9
93
83
4
228
24
29
17
28
1.97
81138061--81138189
50
2.5
51
90
5
199
34
15
23
26
1.94
81138165--81138282
31
3.8
31
89
4
184
26
20
28
24
1.99
81138300--81138428
47
2.8
46
80
6
134
30
15
24
29
1.96
81140188--81140385
71
2.8
70
92
3
294
33
17
28
20
1.95
81140254--81140371
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
81140222--81140385
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
81143237--81143446
40
5.2
40
87
2
305
25
24
28
21
1.99
81151307--81151516
40
5.2
40
87
2
305
25
24
28
21
1.99
81159091--81159288
71
2.8
70
92
3
294
33
17
28
20
1.95
81159157--81159274
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
81159125--81159288
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
81166223--81166398
46
3.8
46
81
10
223
21
21
28
28
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81166220--81166390
93
1.8
93
94
0
306
21
21
28
28
1.99
81169106--81169269
46
3.6
45
83
9
174
24
31
17
26
1.97
81175778--81175810
2
16.5
2
100
0
66
48
0
0
51
1.00
81184148--81184320
93
1.9
93
87
0
256
29
30
19
21
1.97
81188402--81188464
30
2.1
30
90
0
99
33
1
12
52
1.49
81188945--81188990
20
2.3
21
77
11
51
52
2
2
43
1.25
81200211--81200322
56
2.0
55
92
1
188
27
11
21
39
1.88
81205638--81205733
47
2.0
47
97
0
183
38
12
11
37
1.79
81208555--81208593
3
13.3
3
84
15
55
33
0
0
66
0.92
81215378--81215560
40
4.6
40
91
2
287
22
21
27
27
1.99
81262169--81262408
85
2.8
86
94
1
419
30
31
25
12
1.92
81262169--81262410
128
1.9
129
92
0
414
30
31
25
12
1.93
81262169--81262408
43
5.6
43
93
1
401
30
31
25
12
1.92
81267806--81268042
43
5.6
43
91
2
374
31
32
24
11
1.91
81268040--81268158
38
3.1
38
88
2
157
27
26
22
23
2.00
81274440--81274572
54
2.5
54
81
0
149
22
29
22
25
1.99
81275462--81275653
40
4.8
40
84
1
249
33
17
29
20
1.95
81275486--81275550
20
3.2
20
68
8
60
32
18
27
21
1.97
81275462--81275653
81
2.4
80
86
0
267
33
17
29
20
1.95
81281385--81281439
21
2.6
21
82
0
74
27
7
34
30
1.84
81282628--81282710
31
2.6
31
84
3
103
60
20
4
14
1.52
81283384--81283412
14
2.1
14
93
6
51
58
6
0
34
1.25
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81288413--81288715
9
34.0
9
67
17
116
35
2
15
45
1.61
81288450--81288715
18
14.8
18
69
16
133
36
3
15
45
1.62
81288452--81288710
74
3.4
74
90
5
374
36
3
15
45
1.62
81289116--81289157
14
3.4
13
81
18
54
69
0
0
30
0.89
81288855--81289425
208
2.7
209
97
0
1090
56
3
4
35
1.39
81290242--81290275
16
2.1
16
94
0
59
50
23
0
26
1.50
81292765--81292856
44
2.1
44
89
0
139
39
2
38
20
1.65
81293695--81293726
15
2.1
15
94
0
55
28
6
0
65
1.16
81294408--81294451
21
2.0
21
82
8
52
56
18
0
25
1.41
81294519--81294912
154
2.5
153
83
4
488
25
25
18
31
1.97
81296393--81296426
14
2.4
14
90
0
50
58
8
5
26
1.51
81300209--81300237
12
2.4
12
100
0
58
0
24
41
34
1.55
81300446--81300470
13
1.9
13
100
0
50
32
24
36
8
1.84
81301661--81301768
54
2.0
54
100
0
216
44
5
5
44
1.50
81304139--81304184
10
4.5
10
81
13
58
23
2
0
73
0.94
81304141--81304184
19
2.4
18
88
3
61
22
2
0
75
0.92
81308861--81308904
19
2.4
19
85
7
56
50
0
9
40
1.34
81310699--81310767
28
2.5
28
95
2
122
43
27
10
18
1.82
81314896--81314941
17
2.5
19
82
10
60
47
8
13
30
1.72
81315847--81315888
22
2.0
22
86
13
61
54
19
0
26
1.44
81315941--81315995
23
2.3
24
76
11
60
32
1
1
63
1.15
81316250--81316281
16
2.0
16
93
0
55
28
0
15
56
1.40
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81318313--81318357
13
3.5
13
82
14
58
64
0
0
35
0.94
81318304--81318358
24
2.4
22
82
14
67
63
0
0
36
0.95
81318305--81318357
12
4.5
12
82
13
58
66
0
0
33
0.92
81319258--81319303
24
1.9
24
86
0
65
41
8
26
23
1.83
81323100--81323166
31
2.1
32
97
2
127
16
8
0
74
1.05
81324264--81324309
23
2.0
23
84
12
60
45
10
6
36
1.65
81324271--81324315
23
2.0
23
82
8
56
40
13
8
37
1.76
81324711--81324747
5
7.2
5
96
3
65
0
56
43
0
0.99
81324770--81324802
17
2.1
16
88
11
50
30
0
0
69
0.88
81324849--81324907
21
2.8
22
80
7
61
22
0
8
69
1.15
81324878--81324927
26
2.0
24
88
7
73
30
0
6
64
1.18
81327677--81327710
17
1.9
18
94
5
61
20
2
5
70
1.21
81329574--81329691
50
2.3
51
82
7
134
38
15
15
31
1.88
81329661--81329720
31
1.9
31
89
0
93
41
16
15
26
1.88
81329929--81329990
20
3.1
21
79
9
67
19
1
35
43
1.61
81340080--81340108
15
1.9
15
100
0
58
55
10
13
20
1.68
81342617--81342678
21
3.0
20
84
9
72
41
19
25
12
1.87
81347562--81347602
21
2.0
21
90
0
64
26
17
26
29
1.97
81350163--81350188
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
81350878--81351089
39
5.4
39
94
1
336
20
20
27
31
1.98
81351234--81351269
18
2.0
18
100
0
72
27
5
16
50
1.68
81353161--81353190
15
2.0
15
93
0
51
23
6
30
40
1.80
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81353725--81353776
21
2.4
22
78
18
63
42
19
11
26
1.85
81354178--81354241
32
2.0
32
96
0
119
31
15
17
35
1.91
81356052--81356091
21
2.0
20
85
5
53
12
15
0
72
1.12
81358086--81358136
20
2.5
20
78
12
59
29
11
13
45
1.79
81367727--81367784
21
2.8
21
97
0
107
29
6
5
58
1.46
81367868--81367926
31
1.9
31
89
0
91
35
13
11
38
1.82
81370034--81370196
46
3.5
47
81
7
176
26
30
15
26
1.96
81377569--81377884
48
6.7
47
76
14
224
25
30
18
26
1.98
81377569--81377883
140
2.2
146
84
8
400
24
30
18
26
1.98
81377615--81377887
94
2.9
94
81
10
328
24
31
17
26
1.97
81392328--81392369
20
2.1
20
86
0
57
16
4
2
76
1.07
81401118--81401196
35
2.3
35
91
2
133
29
0
25
45
1.54
81401266--81401659
126
3.1
126
90
1
585
36
15
16
31
1.90
81405163--81405205
18
2.4
18
88
0
59
44
9
25
20
1.81
81405258--81405318
30
2.0
30
87
0
86
14
14
37
32
1.87
81405818--81405856
7
5.6
7
100
0
78
58
12
0
28
1.34
81406588--81406637
21
2.4
21
82
0
55
38
2
26
34
1.68
81410708--81410748
22
2.0
20
90
9
64
73
12
9
4
1.24
81426615--81426653
19
2.1
18
90
4
60
66
0
15
17
1.25
81426904--81426941
2
19.0
2
100
0
76
50
0
0
50
1.00
81427330--81427380
14
3.5
14
72
17
50
41
0
5
52
1.25
81427945--81428043
52
2.0
52
86
6
141
45
4
18
32
1.68
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81429143--81429182
20
2.0
21
90
5
64
50
0
2
47
1.14
81430514--81430561
25
2.0
24
87
4
69
56
0
0
43
0.99
81431050--81431101
19
2.7
20
82
5
63
30
0
0
69
0.89
81431049--81431121
29
2.5
29
82
10
87
27
4
0
68
1.07
81434346--81434474
43
3.0
43
86
2
152
25
15
31
27
1.96
81434370--81434507
43
3.2
43
86
0
177
21
15
34
29
1.94
81434587--81434648
32
2.0
31
83
3
79
56
17
9
16
1.66
81435346--81435374
13
2.1
14
93
6
51
55
10
0
34
1.34
81439629--81439683
26
2.1
26
93
0
92
29
16
25
29
1.97
81439578--81439728
77
2.0
77
93
0
257
28
20
22
28
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378