genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  254  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76044153--76044189	19	2.0	19	89	5	58	24	62	8	5	1.44
76046304--76046382	34	2.3	34	80	4	88	37	26	6	29	1.81
76046387--76046415	15	1.9	15	100	0	58	13	6	44	34	1.71
76047516--76047552	18	2.1	18	89	0	56	29	10	10	48	1.72
76048937--76048963	11	2.5	11	100	0	54	62	0	0	37	0.95
76049142--76049174	15	2.2	15	100	0	66	72	0	27	0	0.85
76050718--76050809	5	18.4	5	81	0	103	42	18	2	36	1.63
76053374--76053478	29	3.7	27	74	13	86	27	15	33	23	1.95
76056956--76056999	21	2.0	22	86	4	63	43	2	4	50	1.35
76056976--76057073	39	2.6	38	86	1	133	37	5	9	47	1.57
76063638--76063738	41	2.4	42	81	4	107	30	27	15	25	1.96
76076092--76076250	24	6.6	24	65	7	81	26	13	27	33	1.93
76076092--76076248	48	3.3	47	74	7	136	25	13	27	33	1.93
76076854--76076905	2	26.0	2	92	0	86	51	1	0	46	1.12
76081167--76081569	49	8.3	49	93	2	647	31	8	30	29	1.86
76085743--76085827	34	2.5	34	84	1	100	31	25	24	17	1.97
76087764--76087854	40	2.3	40	78	3	94	23	25	27	24	2.00
76094034--76094195	24	6.8	24	67	6	96	26	13	27	32	1.94
76094800--76094840	2	21.0	2	90	5	66	51	2	0	46	1.14
76105409--76105556	40	3.8	38	74	8	111	28	22	27	22	1.99
76122249--76122299	26	2.0	26	84	0	66	43	17	17	21	1.88
76123994--76124063	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76132051--76132150	40	2.4	41	78	8	103	30	18	27	25	1.98
76139571--76139690	46	2.6	47	86	2	161	25	22	15	36	1.93
76144871--76144898	12	2.3	12	100	0	56	7	25	42	25	1.80
76145989--76146135	41	3.6	41	80	7	165	34	26	13	25	1.93
76153544--76153691	41	3.6	41	76	7	122	33	26	15	24	1.95
76153585--76153691	40	2.7	39	82	4	99	31	28	16	23	1.96
76156987--76157113	27	4.7	27	74	5	123	26	12	18	41	1.87
76156989--76157118	53	2.5	53	78	5	147	26	12	20	41	1.87
76160868--76160935	27	2.6	27	88	2	93	16	16	25	42	1.87
76168743--76168958	40	5.4	40	84	7	273	24	22	26	26	2.00
76169190--76169231	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
76176992--76177211	40	5.6	41	84	10	289	24	22	26	26	2.00
76177438--76177479	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
76179944--76179975	17	1.9	17	93	6	57	53	12	15	18	1.73
76186420--76186494	26	2.9	26	87	0	96	18	18	22	40	1.92
76188045--76188375	48	6.9	48	78	5	294	25	28	17	29	1.97
76190180--76190271	44	2.1	44	93	0	157	42	17	7	32	1.77
76194211--76194249	20	1.9	21	89	5	62	38	28	17	15	1.91
76197316--76197381	33	2.0	33	96	0	123	28	15	19	36	1.92
76199867--76199899	17	1.9	17	100	0	66	36	24	15	24	1.93
76205362--76205547	40	4.7	40	88	5	236	25	26	22	25	2.00
76207467--76207606	27	5.2	27	78	6	124	41	21	6	30	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76207469--76207606	54	2.5	54	84	3	152	41	21	6	30	1.78
76207483--76207633	54	2.8	54	84	4	153	41	19	8	29	1.81
76207483--76207635	81	1.9	81	86	5	220	41	19	8	30	1.81
76207589--76207649	27	2.3	27	88	2	88	39	16	16	27	1.90
76207631--76207693	27	2.4	26	74	12	65	17	20	25	36	1.94
76208269--76208327	28	2.1	28	100	0	118	45	25	11	16	1.82
76216547--76216731	40	4.7	40	87	6	236	26	26	21	25	2.00
76216547--76216730	79	2.3	80	81	10	234	26	26	21	25	2.00
76221541--76221658	40	3.0	40	89	0	182	29	28	17	23	1.97
76224051--76224100	13	3.7	14	78	7	59	64	0	30	6	1.18
76224051--76224146	27	3.6	27	69	14	74	61	2	31	5	1.29
76225952--76226171	40	5.5	40	88	4	304	27	25	21	25	1.99
76225952--76226171	80	2.8	80	90	2	336	27	25	21	25	1.99
76225952--76226171	120	1.8	120	90	3	354	27	25	21	25	1.99
76235918--76236167	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
76244153--76244341	40	4.6	46	90	9	199	21	30	22	25	1.99
76244187--76244341	40	4.0	39	94	5	271	21	29	22	25	1.99
76244101--76244341	88	3.0	79	83	10	283	21	29	23	25	1.99
76244187--76244341	75	2.0	78	93	6	271	21	29	22	25	1.99
76254539--76254571	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
76258001--76258032	15	2.0	17	88	11	50	31	3	18	46	1.65
76258145--76258455	47	6.7	45	72	12	218	27	20	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76265692--76265875	40	4.6	40	84	4	246	22	27	24	25	2.00
76272425--76272615	39	4.8	40	78	7	185	24	24	28	23	2.00
76272425--76272608	79	2.3	81	82	8	218	24	24	27	23	2.00
76278946--76279075	40	3.2	40	83	4	165	23	29	25	22	1.99
76282629--76282813	40	4.6	40	81	4	221	23	27	24	25	2.00
76286118--76286239	43	2.9	41	74	11	120	29	25	13	31	1.93
76286511--76286620	54	2.0	54	96	0	202	40	19	6	33	1.77
76288440--76288496	26	2.2	26	96	3	107	38	14	3	43	1.62
76290257--76290299	23	1.9	23	86	13	63	46	4	20	27	1.71
76293156--76293331	46	3.8	46	79	10	214	21	20	28	28	1.98
76293152--76293323	93	1.8	93	94	0	308	21	20	29	27	1.98
76299512--76299814	49	6.3	49	93	1	456	31	8	30	29	1.86
76302203--76302378	46	3.8	45	78	10	212	21	19	28	30	1.98
76302199--76302370	93	1.8	93	93	2	301	21	20	29	29	1.98
76305121--76305159	17	2.2	18	90	4	62	10	25	48	15	1.76
76305116--76305159	18	2.5	17	85	7	61	9	22	50	18	1.75
76307531--76307690	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
76311001--76311043	22	2.0	22	85	0	59	39	13	27	18	1.89
76314065--76314166	42	2.5	41	80	10	118	23	20	27	28	1.99
76316146--76316215	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
76316223--76316329	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
76325286--76325435	41	3.6	41	77	10	162	22	22	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76325266--76325435	41	4.2	40	74	18	161	22	22	27	27	1.99
76330236--76330265	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
76344716--76344788	29	2.5	29	90	0	92	24	31	16	27	1.96
76345959--76346014	24	2.3	24	84	9	69	7	16	1	75	1.11
76346301--76346328	14	2.0	14	100	0	56	28	21	28	21	1.99
76346883--76346915	17	1.9	17	93	0	57	39	12	0	48	1.40
76358283--76358400	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
76358251--76358414	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
76360111--76360260	41	3.6	41	77	10	162	22	22	28	27	1.99
76360091--76360260	41	4.2	40	74	18	161	22	22	27	27	1.99
76367003--76367160	68	2.3	68	78	11	169	21	28	15	34	1.94
76369388--76369418	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
76369385--76369424	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
76369669--76369864	55	3.6	53	77	9	182	21	26	17	34	1.96
76376204--76376345	40	3.6	40	89	2	207	23	28	23	24	2.00
76380743--76380859	55	2.1	55	79	1	128	25	19	29	25	1.99
76385931--76386138	40	5.2	39	84	1	227	25	26	22	25	2.00
76385931--76386137	80	2.6	80	84	2	254	25	26	22	25	2.00
76399406--76399430	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
76399408--76399514	45	2.4	45	84	3	144	22	18	17	41	1.91
76399498--76399532	18	1.9	18	88	0	52	22	25	11	40	1.88
76406677--76406701	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76406679--76406785	45	2.4	45	87	3	153	21	18	19	40	1.92
76406664--76406783	45	2.5	51	76	18	146	20	19	20	40	1.92
76406769--76406803	18	1.9	18	88	0	52	17	25	17	40	1.90
76418844--76419053	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
76426976--76427182	40	5.2	40	88	3	303	25	24	28	21	1.99
76429846--76430060	40	5.4	40	89	3	310	26	27	21	23	1.99
76438031--76438246	40	5.4	40	91	0	326	25	27	22	23	2.00
76443950--76444149	35	5.7	35	87	1	267	31	11	24	33	1.90
76443950--76444149	105	1.9	105	88	0	301	31	11	24	33	1.90
76451398--76451526	35	3.7	34	83	4	159	30	13	25	31	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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