genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.298.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90197117--90197175	29	2.0	30	83	3	75	27	25	6	40	1.80
90204333--90204985	325	2.0	325	97	0	1234	37	19	8	34	1.83
90204997--90205056	30	2.0	30	86	0	84	28	25	6	40	1.80
90208491--90208641	45	3.4	45	66	15	123	34	17	24	23	1.96
90208450--90208683	90	2.6	90	85	4	303	32	14	26	25	1.95
90210255--90210296	14	3.1	14	76	13	52	33	0	4	61	1.17
90212367--90212469	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
90223348--90223401	16	3.9	14	80	11	58	35	0	1	62	1.06
90247244--90247636	27	14.7	27	86	4	483	28	21	8	41	1.83
90247589--90247647	27	2.2	26	84	3	73	35	23	3	37	1.72
90248957--90249033	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
90248966--90249037	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
90248955--90249037	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
90249091--90249209	24	5.0	24	93	5	197	29	21	21	27	1.98
90249402--90249465	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
90252289--90252676	186	2.1	186	89	3	586	28	22	9	40	1.84
90252289--90252676	27	14.6	27	88	3	529	28	22	9	40	1.84
90252271--90252720	81	5.6	81	82	4	297	29	22	9	39	1.85
90254001--90254077	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
90254010--90254081	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
90253999--90254081	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
90254136--90254278	24	6.0	24	93	4	236	29	21	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90254471--90254534	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
90256692--90256751	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
90260239--90260409	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
90260234--90260406	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
90260814--90260873	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
90267790--90267960	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
90267785--90267957	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
90268368--90268427	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
90271391--90271421	15	2.1	15	94	5	55	38	6	19	35	1.77
90273339--90273526	41	4.5	41	69	16	127	28	18	27	26	1.98
90273299--90273526	83	2.7	84	89	2	352	28	17	28	25	1.98
90273395--90273527	42	3.2	42	70	15	121	28	18	28	24	1.98
90276354--90276418	34	1.9	34	84	9	89	26	24	21	27	1.99
90281689--90281745	22	2.6	22	82	0	78	19	17	28	35	1.94
90281711--90281795	38	2.2	38	82	0	107	22	17	27	32	1.96
90281728--90281808	38	2.1	38	93	0	135	19	17	25	37	1.94
90289151--90289461	46	6.7	47	73	13	209	22	30	18	28	1.97
90289363--90289446	43	2.0	42	83	6	107	17	30	20	30	1.96
90300498--90300551	25	2.2	25	93	0	90	25	18	20	35	1.95
90302654--90302874	40	5.6	40	82	2	250	24	26	23	25	2.00
90304274--90304304	16	1.9	16	93	0	53	0	22	0	77	0.77
90304232--90304336	55	1.9	55	98	0	201	19	20	11	48	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90310352--90310749	55	7.5	53	75	12	354	22	24	17	34	1.96
90310352--90310757	54	7.6	54	77	10	381	22	24	17	34	1.95
90310364--90310810	209	2.1	209	95	0	795	23	24	16	34	1.95
90310736--90310857	47	2.6	47	93	0	208	26	23	13	36	1.91
90312976--90313163	27	7.0	27	80	7	213	38	19	15	26	1.91
90312976--90313163	54	3.5	53	82	6	236	38	19	15	26	1.91
90313156--90313243	27	3.3	27	88	0	122	21	18	19	40	1.91
90316803--90316973	45	3.7	45	76	14	170	21	21	28	29	1.98
90324322--90324491	45	3.8	45	80	7	202	22	21	27	29	1.99
90324319--90324486	91	1.8	91	93	2	293	22	21	27	28	1.99
90326769--90326925	43	3.7	43	76	13	162	28	26	19	25	1.99
90326802--90326932	44	3.0	43	79	10	135	31	26	17	24	1.97
90331550--90331671	45	2.8	44	79	9	135	28	27	18	25	1.98
90332232--90332262	15	2.1	15	93	0	53	51	25	0	22	1.48
90338568--90338639	34	2.1	34	92	2	119	30	23	18	27	1.97
90338662--90338704	22	1.9	23	90	4	70	23	53	2	20	1.57
90341922--90342011	27	3.3	27	81	3	101	31	14	17	36	1.90
90345056--90345083	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
90345957--90346124	40	4.2	40	79	3	187	25	21	27	26	1.99
90351865--90351920	29	1.9	29	100	0	112	30	16	17	35	1.92
90354702--90355098	49	8.3	48	93	2	613	31	8	30	29	1.87
90354702--90355098	96	4.1	96	92	3	638	31	8	30	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90365213--90365453	39	6.2	39	93	0	401	23	20	31	23	1.98
90373219--90373373	39	4.0	39	93	2	269	24	20	32	22	1.98
90376209--90376277	27	2.7	26	84	10	97	44	17	20	17	1.86
90377718--90377798	24	3.4	24	93	3	137	25	39	1	33	1.64
90383976--90384084	27	4.1	27	83	5	132	37	22	23	16	1.93
90383976--90384084	54	2.0	53	85	1	146	37	22	23	16	1.93
90384500--90384532	16	2.1	15	94	5	57	3	18	27	51	1.60
90385494--90385593	24	4.2	24	90	2	157	26	40	1	33	1.63
90385502--90385594	47	2.0	47	93	0	159	26	38	1	33	1.64
90387212--90387281	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
90395119--90395188	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
90396792--90396856	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
90403969--90403997	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
90405648--90405688	21	2.0	21	90	0	64	43	24	7	24	1.79
90406085--90406141	21	2.6	21	78	13	62	57	24	0	17	1.39
90406093--90406141	7	6.9	7	88	4	53	59	24	0	16	1.37
90406244--90406288	14	3.2	14	80	0	54	48	31	0	20	1.49
90406741--90406827	38	2.2	38	81	4	93	20	16	22	40	1.91
90407608--90407821	39	5.4	39	85	3	284	43	20	4	31	1.72
90407615--90407819	81	2.6	78	92	2	320	43	19	4	32	1.72
90427550--90427587	16	2.3	16	90	4	58	50	0	0	50	1.00
90432010--90432048	11	3.2	12	82	10	53	53	12	10	23	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90438464--90438492	13	2.1	14	93	6	51	41	20	6	31	1.79
90440310--90440393	43	2.0	43	83	6	109	30	23	20	25	1.98
90444337--90444444	54	2.0	54	100	0	216	20	31	20	27	1.97
90448268--90448323	29	2.0	28	89	3	85	30	23	26	19	1.98
90456705--90456774	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
90477277--90477363	45	1.9	45	90	0	138	36	25	10	27	1.88
90479300--90479402	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
90488056--90488247	80	2.4	80	83	5	235	27	22	25	24	2.00
90488055--90488262	40	5.2	39	82	4	209	27	21	25	25	1.99
90489683--90489714	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
90491074--90491098	12	2.1	12	100	0	50	12	8	8	72	1.29
90497833--90497938	48	2.2	48	93	0	176	33	5	27	33	1.80
90498072--90498143	37	1.9	37	94	0	126	22	20	34	22	1.97
90499833--90499966	43	3.2	43	92	3	218	12	23	32	31	1.92
90500146--90500228	28	2.9	28	71	7	87	24	19	30	26	1.98
90503615--90503719	47	2.2	48	91	1	167	34	4	27	33	1.78
90503646--90503746	47	2.2	46	82	7	114	35	5	26	31	1.81
90503853--90503924	37	1.9	37	94	0	126	22	20	34	22	1.97
90509196--90509227	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
90523396--90523470	35	2.1	35	100	0	150	26	20	22	30	1.98
90527994--90528074	28	2.9	28	90	0	117	25	30	17	25	1.97
90531023--90531230	40	5.2	40	83	2	211	25	23	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90531024--90531230	80	2.6	80	82	6	240	25	23	26	25	2.00
90533944--90534051	26	4.2	26	97	0	207	36	26	6	30	1.82
90534542--90534575	16	2.1	16	100	0	68	5	17	29	47	1.71
90538857--90538959	28	3.7	28	84	0	134	28	34	14	22	1.93
90545769--90545844	26	2.9	25	90	3	107	44	6	13	35	1.69
90546037--90546081	20	2.3	20	84	3	56	15	6	15	62	1.52
90548710--90548743	15	2.3	15	89	0	50	47	14	5	32	1.69
90552658--90552803	40	3.7	40	80	9	138	24	21	27	26	2.00
90552658--90552826	80	2.1	80	79	9	177	26	21	26	26	1.99
90554275--90554320	19	2.3	20	92	3	76	21	10	19	47	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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