Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  315  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
95824758--95824957
79
2.5
79
86
3
267
34
21
29
16
1.94
95826070--95826271
40
5.1
40
83
4
248
29
20
30
19
1.97
95826070--95826273
79
2.6
80
84
6
261
29
20
29
19
1.97
95838974--95839016
2
21.5
2
100
0
86
51
0
0
48
1.00
95841968--95842015
23
2.1
23
100
0
78
66
8
8
16
1.42
95844763--95844915
40
3.8
38
77
8
128
25
27
22
24
2.00
95844807--95844916
40
2.7
40
84
1
130
25
27
23
23
2.00
95847962--95848005
22
2.0
22
100
0
88
40
18
0
40
1.50
95848576--95848615
21
1.9
21
94
0
71
27
20
30
22
1.98
95849610--95849680
3
24.3
3
79
11
76
0
32
0
67
0.91
95855157--95855891
44
16.8
44
71
15
239
28
26
15
28
1.96
95855328--95855672
131
2.6
131
89
1
530
29
24
15
29
1.96
95855479--95856022
175
3.1
175
96
0
980
29
26
15
28
1.96
95855282--95855847
306
1.9
303
90
2
911
28
25
15
29
1.96
95855327--95856039
306
2.3
304
83
5
852
28
25
15
29
1.96
95860129--95860349
40
5.6
40
90
1
320
27
25
22
24
2.00
95868320--95868381
31
2.0
31
100
0
124
29
32
12
25
1.93
95873795--95873929
45
3.0
44
78
3
135
26
17
14
42
1.87
95873839--95873896
21
2.6
23
75
13
66
24
12
17
46
1.81
95875442--95875499
29
2.0
29
93
0
98
29
8
25
36
1.86
95878840--95878884
23
2.0
22
83
8
56
64
6
0
28
1.19
95880069--95880093
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
95885094--95885507
204
2.0
207
88
2
620
32
10
17
40
1.83
95885641--95885969
165
2.0
165
90
1
525
40
12
14
31
1.84
95887517--95887581
29
2.2
29
78
10
71
46
4
13
35
1.64
95890821--95890898
24
3.3
23
78
5
84
20
19
17
42
1.90
95891032--95891072
20
2.0
20
100
0
82
41
4
14
39
1.67
95897150--95897204
27
2.0
27
100
0
110
47
10
7
34
1.66
95899906--95900213
41
7.6
41
79
4
311
23
29
14
33
1.94
95899906--95900213
121
2.5
121
78
6
336
23
29
14
33
1.94
95903008--95903052
23
2.0
23
82
8
56
42
8
17
31
1.80
95904221--95904344
22
5.7
22
71
12
85
16
22
15
45
1.84
95904268--95904376
43
2.5
43
90
1
164
15
22
16
44
1.85
95904237--95904371
22
6.2
22
75
13
84
17
22
14
46
1.83
95904360--95904398
20
2.0
20
84
0
51
12
20
23
43
1.86
95906199--95906245
24
2.0
24
100
0
94
23
4
34
38
1.74
95910059--95910128
27
2.6
27
95
2
122
30
27
14
28
1.95
95917812--95917881
27
2.6
27
95
2
122
30
27
14
28
1.95
95923662--95923733
36
2.0
36
97
0
135
25
23
16
34
1.95
95940169--95940217
14
3.2
15
85
8
55
55
16
18
10
1.69
95940183--95940217
16
2.2
16
90
10
54
51
17
20
11
1.75
95944621--95944718
43
2.3
43
89
0
151
21
20
30
27
1.98
95949165--95949194
14
2.1
15
93
6
53
36
0
13
50
1.42
95950427--95950480
16
3.8
16
70
27
57
48
3
9
38
1.53
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
95950709--95950739
15
2.1
15
93
0
53
29
41
6
22
1.78
95950809--95950846
14
2.6
15
87
4
51
44
28
2
23
1.67
95950820--95950975
7
21.3
7
68
11
53
45
28
1
24
1.61
95950866--95950901
15
2.5
14
86
4
54
41
41
0
16
1.48
95950863--95950920
22
2.6
22
80
0
71
44
32
0
22
1.53
95950864--95950975
14
7.6
14
68
10
62
46
30
0
23
1.53
95950935--95950986
14
3.7
14
78
0
59
48
25
1
25
1.62
95951088--95951155
29
2.3
30
75
14
70
29
4
4
61
1.35
95951272--95951476
81
2.5
81
84
3
252
29
20
22
27
1.98
95951272--95951461
41
4.7
41
84
4
233
28
20
22
28
1.98
95951519--95951593
39
1.9
38
89
2
114
21
18
20
40
1.92
95951527--95951630
39
2.6
38
82
11
111
24
20
20
35
1.96
95953882--95953908
2
13.5
2
100
0
54
51
0
48
0
1.00
95956072--95956127
7
6.8
8
75
20
53
64
0
1
33
1.04
95956055--95956147
26
3.4
27
74
21
88
64
1
1
33
1.08
95956055--95956148
8
10.4
9
73
16
63
64
1
1
32
1.07
95956377--95956401
13
1.9
13
100
0
50
44
0
0
56
0.99
95956505--95956569
31
2.1
31
88
0
94
38
9
21
30
1.85
95956818--95956850
2
16.5
2
100
0
66
51
0
0
48
1.00
95958410--95958475
29
2.4
27
80
7
69
43
0
7
48
1.31
95969718--95969905
96
2.0
96
92
2
315
11
34
17
37
1.85
95974144--95974207
4
16.0
4
80
0
74
28
4
0
67
1.11
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
95974151--95974200
20
2.5
20
100
0
100
30
4
0
66
1.10
95974260--95974323
3
21.3
3
96
0
119
32
1
0
65
1.02
95975407--95975479
2
36.5
2
100
0
146
50
0
49
0
1.00
95975953--95975979
14
1.9
14
100
0
54
25
7
7
59
1.51
95982024--95982068
2
23.0
2
86
4
65
51
0
2
46
1.13
95983910--95983937
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
95984311--95984340
13
2.2
14
94
5
53
20
0
0
80
0.72
95986899--95987046
70
2.1
69
83
6
183
52
17
8
20
1.71
95986723--95987198
213
2.2
212
85
4
663
50
14
10
24
1.74
95987154--95987230
39
2.0
39
84
0
100
54
7
11
25
1.63
95991664--95991761
33
3.0
33
86
1
135
20
10
37
31
1.86
95998438--95998477
20
2.0
21
85
5
55
40
32
0
27
1.57
96013757--96013809
28
1.9
28
84
3
72
43
7
1
47
1.42
96025857--96025920
15
4.3
15
80
7
76
57
17
12
12
1.64
96029921--96030009
45
2.0
45
84
0
115
32
25
14
26
1.95
96035309--96035464
78
2.0
78
98
0
303
41
12
20
26
1.87
96043515--96043539
5
5.0
5
100
0
50
80
0
0
20
0.72
96054456--96054609
43
3.6
42
84
2
191
29
24
15
31
1.96
96061017--96061051
13
2.7
13
100
0
70
42
17
25
14
1.86
96068764--96068841
21
3.5
21
66
17
59
34
21
7
35
1.82
96068743--96068836
47
2.0
47
100
0
188
36
21
8
34
1.84
96068743--96068815
21
3.0
26
61
19
66
36
21
9
31
1.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
96072867--96073096
48
4.9
48
72
12
142
26
26
19
26
1.99
96073216--96073377
6
27.0
6
100
0
324
50
16
0
33
1.46
96077244--96077291
22
2.1
23
84
3
62
37
25
2
35
1.68
96078919--96079153
48
5.0
48
74
12
211
26
27
19
26
1.99
96079268--96079363
6
16.0
6
97
0
183
50
15
0
34
1.45
96081601--96081649
23
2.1
23
84
0
62
61
12
4
22
1.48
96095991--96096158
40
4.2
40
81
6
198
23
20
29
27
1.99
96095991--96096158
80
2.1
80
86
7
236
23
20
29
27
1.99
96098422--96098473
27
1.9
27
84
0
68
21
26
19
32
1.97
96104671--96104760
44
2.0
44
93
0
153
14
13
47
24
1.80
96104674--96104751
23
3.5
23
72
19
74
11
11
52
24
1.70
96106598--96106664
28
2.4
27
90
4
107
17
23
25
32
1.97
96106598--96106712
27
4.3
26
81
9
124
20
24
20
33
1.97
96116259--96116301
21
2.0
21
100
0
86
65
4
13
16
1.43
96116319--96116370
26
2.0
25
82
14
61
30
9
1
57
1.42
96117052--96117107
21
2.7
21
80
0
67
35
16
30
17
1.92
96117014--96117168
42
3.7
41
75
5
114
41
14
25
18
1.88
96120104--96120140
20
1.9
19
89
10
58
45
2
0
51
1.15
96127886--96127939
3
17.7
3
88
11
83
35
0
0
64
0.94
96132291--96132330
17
2.3
18
87
12
57
37
10
0
52
1.35
96134456--96134487
3
10.3
3
93
6
55
65
0
0
34
0.93
96136822--96136877
29
1.9
29
100
0
112
58
1
17
21
1.47
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
96140044--96140211
43
4.0
41
76
11
135
35
26
13
24
1.92
96142483--96142526
24
1.9
24
86
9
65
45
18
4
31
1.69
96145201--96145984
390
2.0
390
96
0
1460
29
25
16
27
1.97
96148607--96148652
23
2.0
23
100
0
92
26
13
21
39
1.90
96152441--96152550
51
2.1
53
84
5
143
34
12
16
36
1.87
96160795--96160835
4
10.5
4
80
15
50
78
0
21
0
0.76
96160795--96160835
8
4.7
9
85
14
59
78
0
21
0
0.76
96160795--96160835
18
2.3
18
91
4
66
78
0
21
0
0.76
96161272--96161307
18
1.9
18
88
5
54
38
0
25
36
1.56
96176239--96176267
13
2.2
13
100
0
58
55
13
0
31
1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378