genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.136.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  136  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38678036--38678070	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
38680880--38680946	31	2.2	31	83	0	80	26	19	10	43	1.83
38683560--38683622	21	3.1	21	73	13	69	34	7	11	46	1.69
38683684--38683776	47	2.0	47	85	4	125	33	22	20	23	1.97
38683764--38683852	44	2.0	44	86	4	126	32	24	20	22	1.98
38684325--38684389	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
38687017--38687055	18	2.2	18	95	0	69	64	12	0	23	1.28
38688037--38688105	33	2.2	31	85	15	88	53	5	0	40	1.25
38688164--38688220	29	2.0	29	89	6	89	52	3	0	43	1.18
38688169--38688251	26	3.0	26	82	7	76	55	3	0	40	1.17
38692429--38692592	42	3.8	42	76	6	150	30	23	17	28	1.97
38695939--38696042	22	4.9	22	78	18	105	25	22	19	32	1.97
38695967--38696003	18	2.1	18	94	0	65	27	13	24	35	1.93
38696008--38696068	23	2.5	26	82	12	76	31	24	14	29	1.95
38696215--38696269	20	2.8	20	88	0	74	40	5	21	32	1.76
38696242--38696350	20	5.4	20	75	10	75	34	7	18	39	1.78
38696285--38696359	20	3.7	19	80	7	60	34	10	17	37	1.84
38697537--38697627	44	2.1	44	97	0	173	29	28	21	19	1.98
38698589--38698629	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
38702756--38702806	14	3.8	13	77	15	50	49	1	9	39	1.47
38704870--38704982	28	3.9	27	70	21	77	25	24	20	29	1.99
38704880--38705018	60	2.3	60	83	6	165	25	24	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38707458--38707501	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
38711378--38711565	49	3.8	49	83	2	250	28	26	18	26	1.98
38711383--38711570	100	1.9	100	96	0	349	28	26	19	25	1.99
38714032--38714085	15	3.7	15	75	20	51	61	18	12	7	1.54
38716590--38716771	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
38716590--38716771	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
38720333--38720478	49	2.9	49	79	4	159	26	25	20	27	1.99
38725363--38725423	32	1.9	32	86	6	88	27	4	16	50	1.65
38726376--38726494	46	2.6	46	93	0	193	24	9	22	43	1.82
38726736--38726760	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
38726895--38726940	19	2.3	20	96	3	85	47	17	10	23	1.79
38726924--38726954	14	2.2	14	94	0	53	38	19	9	32	1.84
38727646--38727676	5	6.0	5	96	3	53	22	0	0	77	0.77
38729036--38729078	21	2.0	21	100	0	86	23	25	0	51	1.49
38730554--38730606	29	2.0	28	82	14	67	30	7	7	54	1.56
38730889--38730960	24	3.0	24	78	11	69	29	1	2	66	1.14
38730889--38730938	22	2.1	23	85	10	66	26	0	4	70	1.05
38735958--38735983	5	5.2	5	100	0	52	38	0	23	38	1.55
38736115--38736224	52	2.2	48	82	8	121	50	1	7	40	1.41
38736150--38736224	23	3.0	23	75	12	78	54	1	4	40	1.27
38736453--38736502	20	2.5	20	83	3	64	50	10	12	28	1.71
38742413--38742504	42	2.2	42	84	7	116	27	18	31	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38756399--38756572	46	3.8	45	77	11	165	28	28	19	22	1.98
38758001--38758132	29	4.5	29	95	1	237	25	24	14	36	1.93
38758001--38758132	59	2.3	58	95	1	237	25	24	14	36	1.93
38764770--38764901	29	4.5	29	94	1	228	23	23	14	38	1.91
38764770--38764931	29	5.5	29	88	2	207	24	24	14	37	1.92
38764770--38764901	59	2.3	59	93	1	230	23	23	14	38	1.91
38767699--38767723	12	2.1	12	100	0	50	16	8	20	56	1.65
38768269--38768401	66	2.0	66	98	0	257	45	13	12	28	1.80
38770790--38770970	39	4.6	39	86	2	220	23	30	21	24	1.99
38770820--38770971	39	3.9	39	89	2	225	24	30	20	24	1.98
38770820--38770970	77	1.9	79	90	2	243	24	30	20	24	1.99
38781104--38781137	16	2.1	17	88	5	52	76	11	0	11	1.02
38782389--38782414	6	4.3	6	100	0	52	84	0	15	0	0.62
38787912--38788607	48	14.0	48	82	8	799	35	6	26	31	1.81
38788113--38788259	73	2.0	73	100	0	294	37	5	25	31	1.79
38788066--38788302	121	2.0	120	96	0	438	36	5	26	31	1.79
38788652--38788737	37	2.3	37	97	0	163	23	19	33	23	1.97
38790891--38791012	22	5.3	22	65	24	63	33	11	28	26	1.91
38790677--38791015	47	7.2	47	95	0	570	33	11	28	25	1.91
38791035--38791211	46	3.8	46	92	0	273	33	9	32	24	1.87
38814273--38814297	12	2.1	12	100	0	50	16	8	20	56	1.65
38822340--38822364	12	2.1	12	100	0	50	16	8	20	56	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38833310--38833624	46	6.7	46	76	11	246	23	30	19	26	1.98
38833454--38833627	94	1.9	92	90	7	280	21	31	20	26	1.98
38833310--38833624	140	2.2	143	82	7	365	23	30	19	26	1.98
38835721--38835794	28	2.8	26	72	11	69	36	5	1	56	1.31
38837508--38837584	26	3.0	26	92	0	118	40	12	15	31	1.85
38837581--38837689	53	2.1	53	100	0	218	44	19	12	23	1.85
38842596--38842638	21	2.1	21	86	4	61	27	0	20	51	1.48
38843531--38843873	27	12.8	26	74	8	224	38	19	10	30	1.86
38843510--38843876	53	6.9	52	76	9	269	38	20	10	29	1.87
38843912--38844322	27	15.2	27	85	2	520	35	16	22	25	1.95
38843919--38844304	81	4.8	81	91	1	585	35	17	22	24	1.95
38844751--38844815	22	3.0	22	80	8	78	20	26	23	30	1.98
38844975--38845052	26	3.0	26	84	3	102	17	23	19	39	1.92
38844978--38845053	27	2.9	26	84	3	98	18	23	18	39	1.92
38845171--38845249	6	12.8	6	72	15	54	20	21	11	46	1.81
38845174--38845237	25	2.6	25	92	0	101	20	23	12	43	1.85
38846981--38847266	27	10.7	27	80	4	285	38	20	9	31	1.86
38846981--38847200	80	2.7	80	88	6	302	39	20	10	30	1.86
38847257--38847763	27	18.9	27	82	2	547	37	18	19	24	1.94
38848194--38848259	22	3.0	22	78	12	82	19	19	22	37	1.94
38848615--38848714	6	16.3	6	73	15	80	20	18	14	48	1.82
38848615--38848682	25	2.7	25	88	0	100	19	19	16	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38852790--38852915	63	2.0	63	98	0	243	17	15	26	40	1.89
38866913--38867082	92	1.8	93	94	1	306	28	28	21	21	1.99
38866908--38867079	46	3.7	46	77	14	201	29	27	21	22	1.99
38874482--38874610	46	2.8	46	80	11	158	30	27	20	21	1.98
38876990--38877049	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
38889592--38889647	13	4.2	13	75	8	51	42	1	23	32	1.64
38893687--38893796	37	3.0	35	83	10	132	22	17	26	33	1.96
38893755--38893855	50	2.0	50	96	0	184	25	14	26	32	1.95
38902522--38902575	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
38902822--38902941	47	2.6	47	83	10	147	25	28	17	28	1.98
38909693--38909955	46	5.6	47	79	10	229	20	31	19	29	1.97
38909825--38909955	47	2.8	46	82	12	160	20	32	19	28	1.97
38909693--38909954	140	1.9	140	82	7	336	20	30	19	29	1.97
38913623--38913797	40	4.3	40	78	3	163	26	22	25	24	2.00
38913623--38913837	80	2.7	80	76	5	193	27	23	25	23	2.00
38916689--38916839	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
38916726--38916855	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
38919883--38920133	49	5.1	49	98	0	466	33	9	26	30	1.87
38920215--38920329	37	3.1	37	97	0	221	24	20	32	23	1.98
38926004--38926218	48	4.6	48	83	3	253	24	19	28	27	1.98
38928678--38928791	54	2.1	55	79	10	130	29	5	11	53	1.58
38930128--38930154	14	1.9	14	100	0	54	37	22	7	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38940249--38940301	25	2.1	25	82	0	61	35	16	22	24	1.95
38945784--38945835	23	2.3	23	87	9	72	40	5	0	53	1.25
38948519--38948575	28	2.0	28	93	0	96	31	14	28	26	1.94
38948519--38948562	14	3.2	13	75	12	52	34	13	27	25	1.93
38951968--38952003	18	1.9	18	88	5	54	38	0	19	41	1.52
38952663--38952747	43	2.0	42	93	2	143	51	2	23	22	1.59
38954638--38954992	29	12.2	29	75	6	218	38	12	24	23	1.90
38954740--38954949	115	1.8	116	93	1	368	36	12	26	23	1.91
38954740--38954991	115	2.2	116	87	2	355	36	12	26	24	1.91
38962175--38962225	22	2.3	23	86	3	68	43	13	1	41	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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