genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  179  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52213352--52213484	18	7.5	17	88	5	185	36	12	11	39	1.79
52213352--52213493	35	4.0	35	95	2	239	37	13	10	38	1.79
52222378--52222508	44	3.0	44	82	3	147	35	29	15	19	1.93
52225781--52225896	40	2.9	40	96	0	214	22	28	22	26	1.99
52230430--52230496	24	2.8	24	95	0	116	34	28	17	19	1.95
52230479--52230581	29	3.6	29	98	0	188	29	32	14	24	1.95
52238195--52238357	24	6.8	24	95	0	290	34	26	18	20	1.95
52238340--52238413	29	2.6	29	95	0	130	27	33	14	24	1.94
52245104--52245313	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
52253215--52253424	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
52255750--52255835	44	2.0	44	83	4	111	31	32	18	17	1.94
52257335--52257566	49	4.7	49	79	4	214	29	26	18	25	1.98
52257384--52257510	51	2.5	50	87	1	173	29	25	18	25	1.98
52261192--52261400	40	5.2	41	87	4	227	25	26	21	26	1.99
52261155--52261400	80	3.1	80	80	7	259	26	26	21	26	1.99
52267692--52267937	49	4.9	50	81	4	291	30	26	16	26	1.96
52267699--52267935	100	2.4	98	86	4	314	31	26	16	25	1.96
52272289--52272326	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
52282543--52282727	40	4.6	40	82	2	219	25	24	23	26	2.00
52282543--52282727	80	2.3	81	85	4	259	25	24	23	26	2.00
52290648--52290855	40	5.2	40	80	3	231	25	26	22	25	2.00
52293471--52293616	40	3.7	40	100	0	292	26	23	29	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52293588--52293645	29	2.0	29	100	0	116	27	24	27	20	1.99
52293508--52293709	109	1.9	109	86	2	289	25	24	28	22	1.99
52293548--52293685	69	2.0	69	85	2	188	26	24	27	21	1.99
52293621--52293709	40	2.2	40	77	0	97	24	26	26	21	1.99
52301635--52301884	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
52308145--52308243	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
52315825--52315923	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
52323045--52323090	21	2.1	22	84	11	60	21	15	0	63	1.31
52329755--52329821	30	2.2	30	86	5	91	32	11	1	53	1.47
52330519--52330550	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
52331531--52331649	61	1.9	62	83	8	154	33	8	6	51	1.58
52338208--52338319	43	2.6	42	80	5	118	33	24	14	27	1.94
52347014--52347131	43	2.8	44	80	7	118	33	26	14	25	1.94
52347047--52347135	43	2.1	43	89	0	133	32	28	15	23	1.95
52356630--52356678	25	2.0	25	83	0	62	36	6	14	42	1.70
52356901--52356997	40	2.4	40	94	0	167	22	20	26	29	1.99
52357427--52357781	171	2.1	171	94	0	629	19	29	23	27	1.98
52357621--52357929	148	2.1	148	93	0	537	17	29	22	30	1.97
52362621--52362656	17	2.1	17	94	0	63	27	19	11	41	1.85
52367172--52367268	42	2.3	42	83	5	124	32	21	15	29	1.94
52367172--52367272	43	2.4	44	83	9	129	33	21	14	29	1.94
52370448--52370492	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52371329--52371368	19	2.0	20	85	4	55	40	10	17	32	1.83
52375239--52375299	31	2.0	31	93	0	104	27	21	14	36	1.93
52379231--52379337	50	2.1	52	94	3	191	23	24	31	20	1.98
52389847--52389878	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
52394250--52394435	40	4.7	40	86	7	220	26	22	26	24	2.00
52399915--52400087	94	1.8	93	93	3	303	28	30	20	20	1.98
52399908--52400084	46	3.8	46	78	15	202	29	29	20	20	1.97
52405135--52405332	40	4.9	40	90	4	278	27	20	26	25	1.99
52405150--52405367	120	1.8	120	81	9	275	28	19	26	25	1.99
52411792--52411842	25	2.0	25	100	0	102	37	0	15	47	1.46
52414001--52414184	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
52414041--52414229	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
52420496--52420667	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
52420488--52420663	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
52424895--52425078	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
52424935--52425123	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
52434930--52435066	54	2.5	53	78	4	157	40	19	15	24	1.90
52434968--52435068	27	3.7	27	83	0	121	38	19	13	27	1.90
52434930--52435068	27	5.1	27	77	0	98	40	20	15	24	1.90
52437798--52437919	46	2.7	46	82	10	151	29	18	27	23	1.98
52437796--52438151	49	7.5	49	72	11	176	27	19	28	24	1.98
52437846--52438151	142	2.2	145	83	9	382	27	19	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52439507--52439634	42	3.0	42	77	1	139	27	16	25	31	1.96
52448744--52448795	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
52456055--52456134	42	1.9	42	81	0	97	30	17	20	32	1.95
52469992--52470019	5	5.6	5	100	0	56	78	0	0	21	0.75
52473313--52473362	25	2.0	25	100	0	100	20	12	4	64	1.43
52476602--52476634	16	2.0	17	88	5	50	45	0	3	51	1.16
52476922--52476979	25	2.4	25	82	8	66	31	1	6	60	1.33
52479884--52479937	23	2.3	23	78	15	58	35	5	5	53	1.48
52480195--52480234	21	1.9	21	85	10	55	32	5	5	57	1.42
52480195--52480241	21	2.5	18	78	18	51	34	6	4	55	1.45
52483377--52483544	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
52483393--52483542	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
52495632--52495774	43	3.5	43	70	16	151	39	25	17	18	1.92
52495673--52495808	34	3.7	34	72	16	119	36	24	21	17	1.94
52495632--52495851	77	2.8	77	91	2	334	37	23	19	20	1.94
52514938--52515121	40	4.6	40	83	8	230	24	23	27	25	2.00
52514942--52515121	83	2.2	80	89	3	263	23	23	27	24	2.00
52517549--52517782	48	4.9	48	89	2	328	26	17	29	26	1.98
52524577--52524605	15	1.9	15	100	0	58	17	27	34	20	1.95
52524958--52525003	22	2.2	22	84	7	60	19	41	19	19	1.91
52532653--52533037	49	7.9	49	95	1	675	34	9	27	29	1.88
52533029--52533132	48	2.2	48	98	0	199	33	5	27	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52535479--52535649	40	4.3	40	82	2	195	26	26	21	25	1.99
52543585--52543755	40	4.3	40	82	2	195	26	26	21	25	1.99
52550325--52550438	43	2.7	43	82	5	133	34	25	13	27	1.93
52553511--52553694	96	1.9	96	89	0	287	27	32	17	23	1.97
52553512--52553694	48	3.8	47	86	2	258	27	31	17	23	1.97
52555210--52555286	28	2.8	26	82	3	64	28	24	10	36	1.88
52555224--52555295	28	2.6	28	86	0	90	30	26	12	30	1.93
52556587--52556642	21	2.7	21	97	0	103	33	28	8	28	1.87
52558191--52558498	141	2.2	141	89	1	465	36	17	11	35	1.86
52558243--52558530	141	2.0	141	84	2	373	35	17	11	35	1.86
52569448--52569485	20	1.9	20	89	10	60	65	7	2	23	1.32
52574617--52574642	8	3.2	8	100	0	52	23	0	0	76	0.78
52582218--52582242	12	2.1	12	100	0	50	48	12	24	16	1.79
52582530--52582710	40	4.6	40	90	2	276	24	23	25	26	2.00
52587835--52588014	40	4.6	40	88	4	260	23	23	26	26	2.00
52596027--52596246	40	5.6	40	85	5	286	24	23	26	25	2.00
52596027--52596246	79	2.8	80	87	6	297	24	23	26	25	2.00
52596027--52596246	119	1.8	119	90	1	352	24	23	26	25	2.00
52601856--52602022	58	2.9	58	80	10	184	42	1	2	53	1.24
52602157--52602221	24	2.8	23	80	13	71	46	0	1	52	1.10
52602154--52602219	12	5.7	12	75	16	52	46	0	1	51	1.10
52602405--52602494	44	2.0	46	84	4	121	34	25	6	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52613221--52613287	30	2.3	29	89	5	107	29	29	1	38	1.66
52615325--52615368	21	2.1	21	91	0	70	31	38	20	9	1.84
52621771--52621800	10	2.8	11	90	10	53	36	0	26	36	1.57
52625454--52625529	37	2.1	37	83	14	95	25	7	22	44	1.79
52628028--52628053	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
52631674--52631749	37	2.1	37	83	14	95	25	7	23	43	1.80
52643634--52643795	58	2.8	59	85	3	195	26	16	32	25	1.96
52643634--52643735	29	3.5	29	94	0	186	29	14	29	26	1.95
52651463--52651624	58	2.8	59	85	3	195	26	16	32	25	1.96
52651463--52651564	29	3.5	29	94	0	186	29	14	29	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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