genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  232  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68579541--68579623	25	3.4	24	83	9	96	30	24	21	24	1.99
68579830--68579912	31	2.7	31	85	3	116	28	15	25	30	1.96
68592868--68593229	47	7.7	48	71	11	169	28	19	28	24	1.98
68592868--68593177	94	3.3	94	76	8	292	27	18	29	24	1.98
68593973--68594078	55	1.9	55	92	0	176	18	22	33	25	1.97
68601124--68601234	55	2.0	55	94	0	195	31	7	20	40	1.80
68604402--68604545	39	3.7	39	90	0	234	26	21	29	22	1.99
68604403--68604585	78	2.3	79	89	1	269	24	22	29	22	1.99
68611301--68611348	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
68611392--68611450	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
68611501--68611595	24	4.0	24	82	10	115	28	20	24	27	1.99
68611502--68611595	47	2.0	49	83	12	124	27	20	24	27	1.99
68611787--68611949	38	4.4	38	86	11	241	38	17	22	21	1.94
68611811--68611926	31	3.5	31	82	15	151	41	15	20	22	1.90
68611787--68611926	69	2.0	69	97	0	262	39	16	21	22	1.92
68629518--68629565	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
68629609--68629667	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
68629718--68629812	24	4.0	24	82	10	115	28	20	24	27	1.99
68629719--68629812	47	2.0	49	83	12	124	27	20	24	27	1.99
68630004--68630166	38	4.4	38	84	11	232	38	17	22	22	1.93
68630028--68630143	31	3.5	31	80	15	142	41	14	20	23	1.89
68630004--68630143	69	2.0	69	98	0	271	39	15	21	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68639038--68639145	56	1.9	57	86	5	157	25	31	14	28	1.95
68639032--68639143	28	4.0	28	85	2	136	25	30	15	28	1.96
68639359--68639402	16	2.8	16	82	0	61	11	27	11	50	1.72
68640639--68640670	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
68648334--68648416	28	2.9	28	80	7	96	27	31	13	27	1.94
68649883--68649914	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
68659056--68659239	40	4.6	40	84	2	226	25	25	23	25	2.00
68659021--68659239	79	2.8	81	81	6	245	26	25	22	26	2.00
68659952--68659979	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
68662379--68662415	18	2.1	18	94	0	65	24	21	21	32	1.98
68662512--68662545	16	2.2	16	94	5	61	52	14	5	26	1.64
68664293--68664484	40	4.8	40	84	3	262	28	26	21	24	1.99
68675384--68675555	46	3.7	46	79	13	208	27	28	22	21	1.99
68675389--68675559	93	1.8	93	94	0	306	27	29	22	21	1.99
68675978--68676037	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
68677389--68678034	27	24.2	27	82	6	717	41	10	21	27	1.85
68677381--68678034	107	6.1	108	85	7	804	40	10	20	27	1.85
68677389--68678034	80	8.1	81	83	6	717	41	10	21	27	1.85
68679600--68679760	6	26.8	6	77	14	163	49	13	16	19	1.79
68679915--68679980	27	2.5	26	80	7	78	37	22	21	18	1.94
68679915--68679988	27	2.8	27	74	13	73	36	21	22	18	1.95
68680153--68680211	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68680299--68680381	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
68680580--68680712	26	5.0	27	84	3	153	23	20	19	36	1.95
68680580--68680719	53	2.6	53	84	2	165	25	19	18	37	1.94
68680724--68681205	27	17.9	27	84	3	596	39	10	23	26	1.87
68681218--68681391	27	6.5	27	82	7	203	29	11	20	39	1.87
68681218--68681391	53	3.3	53	84	5	217	29	11	20	39	1.87
68686421--68686450	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
68686483--68686534	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
68688440--68688475	19	1.9	18	88	5	54	13	19	33	33	1.91
68689210--68689253	23	2.0	22	86	4	61	22	4	50	22	1.67
68694579--68694642	33	2.0	33	81	9	78	28	28	20	23	1.99
68694960--68695014	26	2.1	26	82	3	65	27	16	20	36	1.93
68704185--68704242	30	2.0	29	86	3	80	36	8	13	41	1.76
68709694--68709840	29	5.1	29	84	4	131	29	14	29	26	1.95
68709718--68709840	58	2.1	57	85	7	160	28	14	30	26	1.95
68713732--68713904	46	3.7	46	75	13	174	23	20	27	28	1.99
68713729--68713899	93	1.8	93	91	0	279	22	21	28	28	1.99
68716923--68717032	40	2.8	39	82	10	134	23	24	29	22	1.99
68716923--68717032	39	2.8	37	82	11	130	23	24	29	22	1.99
68724878--68725028	40	3.8	40	75	15	134	27	23	26	23	2.00
68724914--68725044	40	3.3	40	79	6	158	25	22	27	24	2.00
68729948--68729979	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68731384--68731517	29	4.7	29	87	3	139	27	14	31	26	1.95
68731396--68731530	58	2.4	57	85	6	166	25	16	31	25	1.96
68737107--68737270	43	3.8	43	82	8	183	26	14	25	32	1.95
68738620--68738650	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
68738729--68738773	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
68738845--68739096	55	4.8	53	77	6	172	21	26	16	35	1.94
68740981--68741152	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
68740973--68741148	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
68743530--68743617	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
68743530--68743608	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
68743541--68743617	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
68746552--68746723	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
68746544--68746719	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
68747370--68748605	640	1.9	639	85	5	1692	36	19	11	32	1.87
68751423--68751452	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
68753116--68753265	43	3.5	43	78	10	146	24	20	28	26	1.99
68753213--68753360	40	3.6	40	72	10	122	27	19	28	24	1.99
68757542--68757746	51	4.0	51	91	1	295	29	23	14	31	1.95
68757765--68757915	28	5.7	27	80	13	179	26	24	13	35	1.92
68757780--68757906	24	4.9	26	79	13	145	25	22	13	37	1.91
68757780--68757915	52	2.6	52	91	2	220	25	23	13	36	1.92
68757891--68758049	49	3.0	54	81	14	133	26	23	12	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68757959--68758057	49	2.0	49	98	0	189	27	25	11	36	1.90
68763032--68763060	12	2.4	12	100	0	58	58	6	6	27	1.50
68764869--68765051	79	2.3	80	81	8	212	23	28	23	24	2.00
68764869--68765053	40	4.7	40	78	6	180	23	28	23	24	2.00
68767700--68767903	51	4.0	51	85	1	259	29	25	13	31	1.93
68767937--68768113	24	6.9	24	75	12	147	22	22	15	40	1.91
68767934--68768122	52	3.6	52	90	0	270	23	22	15	38	1.92
68768075--68768265	82	2.4	82	94	3	336	25	23	13	37	1.91
68768252--68768347	49	2.0	49	100	0	192	26	23	12	37	1.91
68773989--68774180	27	7.1	27	87	0	267	35	16	20	27	1.94
68773998--68774208	81	2.6	80	79	8	246	34	16	20	27	1.95
68774810--68774874	25	2.6	25	82	2	85	23	18	10	47	1.79
68774831--68774921	6	14.8	6	69	17	62	18	18	14	48	1.81
68774831--68774900	31	2.3	31	92	0	113	18	20	14	47	1.83
68777281--68777443	43	3.8	44	79	7	165	30	25	16	27	1.97
68780551--68780580	11	2.7	11	89	0	51	56	26	6	10	1.57
68781197--68781242	25	1.9	24	86	8	67	41	15	4	39	1.67
68789179--68789276	40	2.5	40	78	11	94	41	18	6	33	1.75
68789180--68789287	20	5.4	20	70	8	85	43	19	4	32	1.71
68789503--68789579	22	3.4	22	87	5	100	27	19	27	25	1.99
68796416--68796612	40	4.9	40	89	6	278	28	20	25	25	1.99
68796416--68796640	40	5.7	40	87	5	264	27	20	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68804617--68804811	79	2.5	78	90	7	306	28	21	25	25	1.99
68804617--68804811	40	4.9	40	91	6	294	28	21	25	25	1.99
68804617--68804846	79	2.9	80	85	9	262	27	21	25	25	1.99
68804630--68804872	79	3.1	78	83	9	248	28	20	25	25	1.99
68809616--68809654	18	2.2	18	100	0	78	30	17	5	46	1.70
68819159--68819319	29	5.6	29	87	0	214	26	15	32	25	1.95
68827193--68827353	29	5.6	29	87	0	214	26	15	32	25	1.95
68840481--68840580	43	2.3	43	84	3	130	36	23	14	27	1.93
68843468--68843500	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78
68849718--68849793	38	2.0	38	80	14	86	59	3	5	31	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378