genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.107.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  107  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29650945--29650969	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
29651976--29652008	17	1.9	17	88	11	50	42	12	3	42	1.57
29653590--29653620	12	2.6	12	94	0	53	6	19	45	29	1.75
29660510--29660659	41	3.7	41	86	1	221	20	22	28	29	1.98
29667647--29667715	28	2.5	28	92	2	113	20	10	24	44	1.82
29669508--29669551	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
29669772--29669803	16	2.0	16	100	0	64	50	18	12	18	1.78
29670116--29670177	6	10.3	6	89	0	70	74	6	3	16	1.16
29670116--29670177	18	3.4	18	93	0	97	74	6	3	16	1.16
29671884--29671910	14	1.9	14	100	0	54	74	0	3	22	0.98
29680539--29680592	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
29681648--29681690	17	2.6	16	89	10	68	60	6	20	11	1.54
29682006--29682267	40	6.6	40	91	1	411	26	26	23	23	2.00
29684153--29684210	29	1.9	31	89	6	93	3	15	1	79	0.95
29684153--29684208	15	3.9	14	80	13	60	3	14	1	80	0.93
29684153--29684210	13	4.0	14	75	14	55	3	15	1	79	0.95
29685622--29685669	20	2.5	20	78	18	57	29	18	25	27	1.98
29688504--29688534	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
29688501--29688540	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
29688726--29688980	55	4.8	53	76	10	204	21	26	16	34	1.95
29692262--29692301	14	3.1	13	82	10	55	60	10	12	17	1.59
29693434--29693483	26	1.9	26	92	8	84	32	18	10	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29695741--29695765	13	1.9	13	100	0	50	48	0	12	40	1.40
29697592--29697625	18	1.9	18	88	5	52	58	0	29	11	1.33
29699618--29699919	103	3.0	101	89	1	451	30	14	26	28	1.95
29701028--29701121	41	2.3	41	88	1	143	23	26	31	18	1.97
29701917--29701954	13	2.8	14	88	4	60	52	2	0	44	1.14
29701915--29701953	18	2.2	18	85	0	51	53	2	0	43	1.14
29711461--29711512	26	2.0	26	96	0	95	42	9	3	44	1.55
29713198--29713225	13	2.2	13	100	0	56	39	14	17	28	1.89
29714671--29714729	20	2.8	22	80	10	52	47	6	0	45	1.29
29714693--29714735	20	2.2	20	86	0	59	46	4	0	48	1.22
29717567--29717613	23	2.0	23	95	0	85	34	12	14	38	1.85
29719617--29719641	12	2.1	12	100	0	50	52	8	8	32	1.60
29722099--29722127	8	3.6	8	100	0	58	0	10	0	89	0.48
29738654--29738715	3	20.7	3	100	0	124	67	0	0	32	0.91
29741645--29741696	25	2.1	25	100	0	104	30	32	11	25	1.91
29742927--29742984	14	3.9	14	81	4	62	58	1	0	39	1.08
29742927--29742977	16	3.4	15	81	5	59	56	1	0	41	1.10
29742956--29742992	19	2.0	18	94	5	65	67	0	0	32	0.91
29743383--29743446	29	2.2	29	88	5	94	17	1	50	31	1.55
29743659--29744261	133	4.5	133	91	2	931	26	23	20	29	1.99
29743659--29744261	267	2.3	265	90	2	931	26	23	20	29	1.99
29744533--29744616	26	3.2	26	96	0	150	34	5	23	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29748531--29748616	5	17.0	5	74	18	63	0	20	2	76	0.89
29748526--29748596	24	3.0	24	73	17	69	0	23	2	73	0.97
29748537--29748615	17	4.2	18	75	16	72	0	20	1	78	0.82
29748537--29748615	26	3.2	24	85	10	97	0	20	1	78	0.82
29748542--29748615	13	5.7	12	73	16	58	0	20	1	78	0.83
29748536--29748617	14	5.7	15	71	15	57	0	20	1	78	0.83
29748547--29748617	27	2.7	25	78	20	81	0	19	1	78	0.82
29751189--29751233	21	2.1	21	88	8	65	15	20	26	37	1.92
29753017--29753067	13	3.9	14	77	12	54	64	0	3	31	1.11
29753383--29753413	14	2.2	14	94	0	53	67	0	0	32	0.91
29753385--29753421	19	2.0	18	94	5	65	67	0	0	32	0.91
29753396--29753529	60	2.2	63	82	9	161	63	5	4	26	1.37
29753394--29753535	62	2.2	64	80	10	168	64	5	4	26	1.34
29753637--29753677	22	1.9	21	85	14	57	63	7	12	17	1.50
29753809--29753879	37	1.9	37	100	0	142	16	0	53	29	1.44
29753846--29753908	29	2.2	29	88	5	92	15	1	50	31	1.54
29754035--29754071	18	2.1	18	89	0	56	21	43	0	35	1.53
29761781--29761897	43	2.7	43	77	2	110	29	26	18	24	1.98
29763037--29763070	13	2.6	13	90	0	59	32	23	5	38	1.79
29763593--29763637	18	2.5	18	92	0	72	17	28	17	35	1.93
29778428--29778466	18	2.2	18	95	0	69	23	0	12	64	1.28
29786029--29786053	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29793940--29793965	11	2.4	11	100	0	52	53	7	0	38	1.30
29796735--29796839	26	4.0	26	88	0	165	33	6	22	37	1.81
29796737--29796842	52	2.0	52	94	0	185	34	6	21	36	1.80
29798413--29798497	27	3.1	27	81	9	102	18	24	22	34	1.96
29799778--29799854	40	1.9	39	84	7	102	66	3	0	29	1.10
29803591--29803688	48	2.0	48	98	0	187	59	6	5	29	1.43
29803762--29803796	14	2.5	14	90	0	52	62	11	5	20	1.48
29803808--29803859	24	2.2	24	85	0	68	75	3	13	7	1.17
29804549--29804590	22	1.9	22	85	9	59	38	0	7	54	1.28
29808567--29808619	27	2.0	27	84	0	70	28	15	20	35	1.93
29810934--29810995	24	2.6	24	84	5	81	20	19	33	25	1.96
29813749--29813782	16	2.2	16	94	5	61	29	0	5	64	1.17
29813744--29813802	17	3.4	17	79	13	59	25	1	5	67	1.20
29817619--29817655	18	2.1	18	100	0	74	24	16	32	27	1.96
29822766--29822819	27	2.0	27	100	0	108	33	14	29	22	1.94
29829773--29829889	62	1.9	61	83	11	152	48	3	5	42	1.42
29829859--29829916	31	1.9	29	86	13	82	51	3	3	41	1.35
29829869--29829976	11	9.3	11	68	23	53	50	3	1	43	1.30
29829869--29829959	17	5.3	18	69	23	56	50	4	1	43	1.29
29834914--29834950	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
29840542--29840579	20	1.9	19	89	5	58	42	5	0	52	1.24
29840666--29840699	12	2.8	12	95	0	59	50	0	2	47	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29840611--29840727	62	1.9	59	83	8	146	43	3	3	49	1.36
29840671--29840730	16	3.7	16	69	10	50	45	0	1	53	1.10
29847788--29847814	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
29847930--29847964	2	17.5	2	93	0	61	51	0	0	48	1.00
29857189--29857264	31	2.5	31	79	12	93	38	13	15	32	1.86
29858281--29858372	48	1.9	48	100	0	184	55	2	13	29	1.49
29860582--29860629	21	2.3	21	100	0	96	37	18	0	43	1.51
29861071--29861130	30	2.0	31	83	9	79	43	8	3	45	1.50
29861309--29861349	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
29863551--29863631	3	29.3	3	70	16	50	29	4	2	62	1.29
29888719--29888886	87	1.9	88	81	6	207	33	19	16	30	1.94
29889098--29889322	54	4.1	54	95	0	405	38	18	14	28	1.90
29889281--29889595	173	1.8	172	86	6	465	36	19	17	26	1.94
29889490--29889523	13	2.5	14	85	9	52	61	5	14	17	1.52
29889281--29889596	87	3.7	85	82	12	385	36	19	17	26	1.94
29895742--29895915	46	3.8	46	79	10	219	30	26	20	22	1.98
29895747--29895918	93	1.8	93	96	0	317	29	27	20	23	1.99
29904880--29904940	22	2.7	24	75	17	67	60	3	8	27	1.41
29905289--29905389	26	3.9	26	78	10	82	53	2	6	36	1.43
29905404--29905471	18	4.1	17	75	17	72	60	1	2	35	1.21
29905377--29905459	32	2.6	32	83	11	107	60	3	2	33	1.27
29906131--29906170	10	3.9	10	87	6	53	22	0	5	72	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29907649--29907694	11	3.9	12	75	13	51	36	4	2	56	1.31
29907631--29907735	17	5.9	17	75	18	81	36	5	1	56	1.34
29907747--29907779	13	2.4	14	90	5	50	42	3	0	54	1.15
29907816--29907848	12	2.6	13	90	4	50	27	3	6	63	1.32
29916456--29916493	19	2.0	19	94	0	67	34	10	23	31	1.89
29917984--29918560	44	13.4	44	90	4	899	22	31	17	29	1.96
29917984--29918560	87	6.7	88	90	4	910	22	31	17	29	1.96
29917984--29918560	130	4.5	132	90	5	910	22	31	17	29	1.96
29918750--29918868	61	1.9	65	89	6	192	39	10	15	33	1.83
29923888--29923925	19	2.0	19	94	0	67	34	10	23	31	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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