genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.194.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57222904--57223455	47	11.7	47	86	5	681	33	11	28	27	1.91
57222905--57223495	284	2.1	283	88	4	861	33	10	28	27	1.90
57222918--57223455	237	2.3	235	90	4	918	32	11	28	27	1.91
57223167--57223552	95	4.1	93	84	8	329	32	10	28	27	1.90
57223658--57223807	37	4.1	37	91	0	228	22	18	30	28	1.97
57225071--57225302	40	5.8	40	92	0	365	28	22	25	24	2.00
57227952--57228211	49	5.3	49	92	0	407	29	30	7	31	1.85
57233570--57233771	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
57233569--57233720	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
57241646--57241847	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
57241645--57241796	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
57249716--57249865	38	3.8	38	78	9	131	24	23	27	24	2.00
57249716--57249896	40	4.6	39	78	9	154	23	24	27	24	2.00
57249769--57249896	38	3.3	39	83	5	143	24	25	26	23	2.00
57249835--57249917	40	2.1	39	84	2	103	19	26	30	24	1.98
57257805--57257914	38	2.8	38	79	8	107	27	22	27	22	1.99
57257771--57257914	39	3.7	38	75	9	130	26	22	27	24	2.00
57257857--57257978	39	3.2	38	75	14	99	24	23	27	23	2.00
57257771--57257942	77	2.2	78	79	8	181	25	24	27	23	2.00
57265310--57265458	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
57265351--57265458	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
57272679--57272709	13	2.4	13	94	0	53	19	29	32	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57274195--57274241	22	2.3	21	85	10	62	42	4	29	23	1.73
57274310--57274486	47	3.7	48	85	10	215	29	18	28	23	1.97
57284516--57284637	42	2.8	43	81	6	140	27	18	22	31	1.97
57287808--57287853	17	2.7	18	80	16	53	41	15	0	43	1.46
57289250--57289681	43	10.0	43	85	3	492	29	27	15	26	1.96
57291014--57291094	27	3.0	26	85	5	90	35	22	23	18	1.95
57291144--57291334	98	1.9	98	91	0	310	35	27	17	19	1.94
57291385--57291467	27	3.1	25	84	8	94	38	21	20	19	1.93
57291682--57291740	27	2.2	28	78	9	68	28	18	23	28	1.98
57291692--57292051	27	13.4	27	85	5	426	26	20	16	36	1.94
57291692--57292051	81	4.5	81	88	3	501	26	20	16	36	1.94
57292031--57292263	27	8.7	27	78	8	201	29	10	20	39	1.86
57292031--57292240	53	3.9	53	80	6	201	30	10	19	39	1.86
57292035--57292263	80	2.9	80	90	0	334	29	10	19	40	1.85
57294447--57294506	27	2.3	26	80	5	66	35	21	25	18	1.96
57294550--57294781	98	2.4	98	91	0	374	34	26	19	18	1.96
57294839--57294921	27	3.1	25	77	8	76	38	16	21	22	1.93
57295153--57295529	27	14.0	27	86	0	457	26	19	16	37	1.93
57295513--57295771	27	9.7	27	75	9	210	30	10	19	40	1.84
57295515--57295771	79	3.2	80	83	7	292	30	10	19	40	1.84
57295526--57295787	106	2.5	106	75	12	234	31	10	18	39	1.84
57298720--57298794	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57304720--57304872	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
57319570--57319720	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	2.00
57319607--57319736	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
57321466--57321525	30	2.0	30	90	0	93	58	16	1	23	1.47
57322905--57322937	13	2.4	14	90	5	50	39	0	3	57	1.14
57331306--57331347	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
57333551--57333605	25	2.2	25	87	12	78	21	0	5	72	1.04
57335544--57335584	5	8.6	5	89	5	59	17	0	0	82	0.66
57335544--57335579	18	2.1	17	94	5	63	16	0	0	83	0.65
57336862--57336922	32	1.9	32	100	0	122	31	4	24	39	1.77
57338713--57338879	40	4.2	40	79	3	167	24	26	22	25	2.00
57338729--57338837	39	2.7	39	81	12	116	23	29	23	22	1.99
57341626--57341678	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
57346154--57346187	5	6.6	5	93	6	59	17	0	0	82	0.67
57347569--57347618	9	5.6	9	87	0	73	46	20	8	26	1.78
57347704--57347741	18	2.1	18	95	0	67	7	2	47	42	1.46
57349591--57349631	16	2.5	17	88	11	68	63	9	12	14	1.52
57352148--57352270	44	2.8	44	91	2	187	22	21	30	25	1.98
57353479--57353530	23	2.3	24	83	9	65	38	17	15	28	1.90
57357472--57357653	78	2.3	81	86	6	257	25	27	22	24	2.00
57357470--57357653	40	4.7	40	86	8	252	25	27	22	24	2.00
57365500--57365681	78	2.3	81	86	6	257	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57365498--57365681	40	4.7	40	86	8	252	25	27	22	24	2.00
57369443--57369512	28	2.5	28	88	4	97	27	11	27	34	1.91
57373854--57374023	42	4.1	42	81	12	183	34	25	18	20	1.96
57373874--57374035	42	3.9	42	84	7	206	34	26	19	19	1.96
57373854--57374036	83	2.2	84	81	8	214	34	25	19	20	1.96
57374745--57374801	28	2.0	28	93	6	98	50	14	10	24	1.73
57381448--57381577	41	3.1	42	77	7	149	37	24	16	20	1.93
57384179--57384363	79	2.3	81	85	7	245	24	22	27	26	2.00
57384180--57384363	40	4.6	39	84	9	221	24	22	27	26	2.00
57384180--57384396	79	2.7	78	80	12	237	25	21	26	25	2.00
57392282--57392466	79	2.3	80	81	9	209	24	22	27	25	2.00
57392282--57392466	40	4.7	40	82	9	218	24	22	27	25	2.00
57392335--57392499	79	2.1	79	81	8	185	26	20	27	26	1.99
57394495--57394543	25	2.0	25	91	0	80	36	16	10	36	1.82
57405506--57405631	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
57405445--57405631	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
57413578--57413703	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
57413517--57413703	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
57418316--57418356	2	20.5	2	94	0	73	48	2	0	48	1.14
57420567--57420757	40	4.8	40	88	0	247	25	23	27	23	2.00
57420567--57420799	80	2.9	80	83	1	261	27	24	26	22	2.00
57420567--57420799	40	5.8	39	83	8	211	27	24	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57420567--57420785	120	1.8	121	84	4	300	26	24	26	22	2.00
57432526--57432550	5	5.0	5	100	0	50	40	20	40	0	1.52
57435004--57435201	40	4.9	40	90	4	269	28	20	25	25	1.99
57435004--57435229	40	5.7	40	87	6	207	27	19	26	25	1.99
57435137--57435248	40	2.8	40	83	5	102	25	19	28	25	1.99
57442266--57442423	40	4.0	40	86	6	198	28	20	25	24	1.99
57445882--57445954	29	2.5	29	90	0	92	24	31	16	27	1.96
57447124--57447185	28	2.1	30	82	11	76	6	16	1	75	1.08
57464357--57464618	92	2.8	94	89	3	372	32	12	29	25	1.92
57464336--57464618	47	6.1	47	86	4	380	32	11	29	26	1.91
57464823--57464963	36	3.9	37	90	2	214	24	17	33	24	1.96
57465280--57465384	52	2.0	52	96	3	194	40	11	28	19	1.86
57467933--57468069	50	2.7	50	88	4	188	41	18	7	32	1.78
57467950--57468146	26	7.7	26	79	6	163	40	19	8	30	1.82
57467944--57468091	50	2.9	51	85	6	187	41	18	8	32	1.80
57468077--57468135	27	2.2	26	87	3	91	38	20	10	30	1.86
57468117--57468313	53	3.7	52	85	7	213	29	22	8	39	1.84
57468141--57468335	27	7.4	27	84	6	215	28	22	7	41	1.81
57468141--57468335	80	2.5	81	84	8	242	28	22	7	41	1.81
57468141--57468313	53	3.2	53	86	5	226	28	22	8	41	1.82
57468311--57468357	22	2.1	23	84	4	60	31	21	4	42	1.72
57468323--57468404	39	2.0	41	88	9	123	28	21	10	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57469620--57469667	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
57469711--57469769	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
57469819--57469984	24	7.0	24	91	4	248	28	22	22	26	1.99
57469819--57469984	47	3.5	47	91	4	246	28	22	22	26	1.99
57469819--57469985	71	2.3	70	89	5	246	29	22	22	26	1.99
57470176--57470239	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
57473042--57473262	80	2.7	79	78	7	212	39	19	8	31	1.82
57473042--57473234	107	1.8	107	81	2	244	40	19	8	31	1.81
57473042--57473286	27	9.3	27	80	7	202	38	20	8	32	1.83
57473042--57473262	107	2.1	107	79	5	232	39	19	8	31	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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