genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.287.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  287  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86504496--86504635	27	5.2	28	90	5	184	35	22	24	17	1.96
86504736--86504812	26	2.9	26	86	3	91	31	12	22	33	1.92
86506253--86506336	26	3.2	26	94	0	141	35	23	4	35	1.76
86510311--86510418	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
86516211--86516235	13	1.9	13	100	0	50	32	16	8	44	1.76
86516336--86516361	13	2.0	13	100	0	52	38	23	0	38	1.55
86516572--86516660	45	2.0	45	86	0	124	19	19	12	49	1.79
86516904--86516945	14	3.2	14	77	16	54	76	9	0	14	1.02
86520551--86520764	45	4.8	43	83	5	239	33	16	21	28	1.95
86520551--86520779	44	5.2	44	83	4	262	33	17	20	27	1.95
86520551--86520768	89	2.4	89	86	1	303	33	16	21	28	1.95
86520873--86520965	44	2.1	44	82	4	107	36	16	18	29	1.92
86523516--86523564	25	2.0	25	95	0	89	38	6	16	38	1.73
86529679--86529779	40	2.6	38	74	4	103	36	32	11	18	1.88
86538330--86538415	45	1.9	45	90	4	138	37	22	13	26	1.92
86542279--86542477	102	2.0	102	90	2	319	37	17	10	35	1.83
86547097--86547124	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
86547551--86547589	19	2.1	19	100	0	78	23	15	5	56	1.59
86550209--86550243	18	1.9	18	88	0	52	20	2	2	74	1.08
86550311--86550362	3	17.7	3	94	4	88	32	0	1	65	1.04
86555428--86555718	47	6.1	49	90	5	461	33	7	30	28	1.86
86555512--86555654	49	3.2	42	77	20	112	33	8	30	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86558848--86558892	19	2.4	19	85	7	56	26	22	8	42	1.83
86567000--86567306	44	6.8	44	80	5	321	30	18	20	29	1.97
86567000--86567255	132	1.9	131	85	4	354	30	19	20	29	1.97
86568832--86568866	18	1.9	18	88	0	52	20	2	2	74	1.08
86568934--86568993	3	19.7	3	96	3	111	31	1	0	66	1.01
86570680--86570705	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
86573057--86573182	24	5.2	24	79	3	137	15	34	25	23	1.95
86573057--86573182	48	2.6	47	86	3	162	15	34	25	23	1.95
86573282--86573364	24	3.6	23	70	15	57	12	27	25	34	1.91
86573304--86573364	21	2.7	22	75	10	70	11	24	26	37	1.89
86580584--86580634	27	1.9	26	84	4	66	58	0	0	41	0.98
86584356--86584387	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
86587116--86587172	29	1.9	30	85	3	80	50	1	0	47	1.11
86587311--86587359	23	2.1	24	85	11	66	55	0	6	38	1.25
86591056--86591163	26	4.2	26	93	0	189	37	25	7	29	1.83
86610772--86610901	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
86618813--86618942	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
86621127--86621285	43	3.7	43	74	7	144	23	16	26	32	1.96
86621812--86621867	23	2.4	23	71	11	60	19	5	26	48	1.70
86624071--86624110	18	2.3	17	82	4	53	22	2	20	55	1.56
86624929--86624984	19	2.9	19	86	5	69	28	10	14	46	1.78
86632508--86632542	17	2.1	17	89	10	54	14	5	2	77	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86634102--86634162	30	2.2	27	78	18	72	54	18	6	21	1.66
86634201--86634243	22	2.0	22	85	0	59	55	6	16	20	1.64
86638178--86638295	42	2.8	43	77	2	123	31	22	16	29	1.96
86638608--86638672	32	2.0	32	100	0	130	46	12	16	24	1.82
86639903--86640280	48	7.8	48	79	4	402	26	28	17	28	1.98
86639903--86640273	96	3.8	96	91	1	582	26	28	18	27	1.98
86653750--86653975	40	5.7	41	87	4	270	25	25	21	27	1.99
86658488--86658645	68	2.3	69	78	11	171	21	28	15	34	1.94
86663408--86663574	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
86671393--86671560	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
86676310--86676400	27	3.4	27	78	4	94	28	19	16	35	1.94
86679089--86679152	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
86679344--86679462	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
86679344--86679462	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
86679512--86679550	20	2.0	20	94	0	69	28	23	12	35	1.91
86679594--86679641	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
86684105--86684168	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
86684360--86684478	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
86684360--86684478	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
86684528--86684588	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
86684631--86684678	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
86687376--86687495	37	3.2	37	81	4	134	25	22	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86691498--86691648	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
86691535--86691664	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
86694198--86694249	26	2.0	25	85	14	70	30	26	3	38	1.74
86700926--86701184	42	6.2	42	79	4	247	40	16	18	24	1.91
86700942--86701180	126	1.9	126	85	6	333	41	16	17	24	1.90
86702787--86702854	27	2.5	27	95	0	118	32	17	11	38	1.86
86702806--86703280	27	17.7	27	86	2	526	30	11	20	37	1.88
86702806--86703280	161	2.9	161	92	1	747	30	11	20	37	1.88
86705790--86706012	40	5.6	40	91	2	335	23	24	28	23	1.99
86713896--86714124	40	5.8	40	90	4	331	23	24	28	23	1.99
86713896--86714124	119	1.9	118	86	4	327	23	24	28	23	1.99
86713896--86714124	79	2.9	80	88	4	324	23	24	28	23	1.99
86717907--86717969	27	2.3	27	83	0	72	28	17	15	38	1.91
86717948--86718230	27	10.7	27	81	5	319	30	10	21	37	1.87
86720952--86720976	11	2.3	11	100	0	50	44	20	8	28	1.79
86721438--86721495	27	2.1	27	80	0	62	25	15	18	39	1.91
86721478--86721790	27	11.7	27	78	8	309	31	9	21	38	1.85
86737183--86737276	49	1.9	49	91	4	154	42	3	25	28	1.70
86743702--86743763	29	2.1	29	85	5	81	46	0	8	45	1.32
86746807--86746926	46	2.6	46	89	4	179	35	27	18	19	1.95
86748521--86748635	43	2.7	42	82	6	151	33	25	12	29	1.92
86751816--86751856	20	2.0	20	100	0	82	43	26	9	19	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86756169--86756285	29	4.1	29	89	1	173	26	15	29	29	1.96
86764750--86764901	40	3.8	40	92	2	236	23	28	24	23	1.99
86768079--86768268	40	4.8	40	93	1	310	26	28	21	23	1.99
86779890--86780009	42	2.9	41	81	5	141	33	26	9	30	1.88
86787583--86787625	16	2.7	16	88	0	59	53	20	18	6	1.67
86787836--86787952	29	4.1	29	88	1	173	23	13	31	30	1.93
86789843--86789974	29	4.5	29	97	1	246	24	24	14	37	1.92
86789843--86789974	59	2.3	59	97	1	248	24	24	14	37	1.92
86789843--86790003	59	2.7	59	90	3	200	25	24	14	36	1.93
86789843--86790003	88	1.8	88	89	2	252	25	24	14	36	1.93
86794048--86794219	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
86794042--86794215	46	3.8	46	80	10	210	28	28	21	21	1.98
86797972--86798111	42	3.3	43	77	12	135	27	26	20	26	1.99
86803676--86803710	17	2.1	16	89	5	52	20	20	22	37	1.95
86805479--86805593	39	2.9	39	89	1	167	40	30	16	12	1.85
86814490--86814610	39	3.0	40	84	6	156	26	19	27	27	1.99
86814496--86814622	40	3.2	39	83	5	150	24	21	28	25	1.99
86816970--86817119	43	3.5	42	81	8	142	34	25	16	24	1.95
86823495--86823635	40	3.5	40	83	1	140	26	23	26	22	2.00
86831386--86831547	40	4.1	40	80	3	173	24	22	27	25	2.00
86831386--86831547	80	2.0	80	83	2	200	24	22	27	25	2.00
86846567--86846776	40	5.2	40	89	3	282	27	26	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86846527--86846776	80	3.2	80	86	3	319	26	27	22	23	2.00
86852070--86852245	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
86852066--86852237	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
86856639--86856892	40	6.4	40	86	1	284	27	27	22	22	1.99
86856639--86856892	79	3.2	79	86	4	309	27	27	22	22	1.99
86856664--86856892	119	1.9	118	84	4	300	27	27	22	22	1.99
86863448--86863586	24	5.8	24	98	0	260	35	26	17	20	1.94
86863569--86863642	29	2.6	29	97	0	139	28	32	14	24	1.95
86869073--86869336	47	5.6	46	77	11	202	25	27	17	29	1.97
86869073--86869287	46	4.6	46	77	10	188	26	28	16	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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