genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25175183--25175379	39	5.1	39	79	7	202	17	19	30	32	1.95
25176505--25176558	27	2.0	27	85	7	74	48	5	1	44	1.37
25188071--25188200	40	3.2	40	81	2	163	24	28	23	23	2.00
25188087--25188236	80	1.9	80	83	2	194	22	28	24	25	1.99
25198932--25199010	39	2.0	40	95	2	142	35	18	18	26	1.95
25202879--25202904	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
25212795--25212858	31	2.1	31	90	0	101	23	21	15	39	1.92
25212882--25212965	42	2.0	42	86	4	116	41	20	11	26	1.86
25213115--25213257	23	6.1	23	85	3	196	27	21	21	28	1.99
25213113--25213259	47	3.1	47	91	0	231	27	21	21	29	1.99
25213304--25213374	20	3.5	20	92	0	115	33	21	9	35	1.86
25213304--25213374	9	7.0	11	71	18	64	33	21	9	35	1.86
25213411--25213458	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
25215565--25215604	20	1.9	22	85	10	57	42	10	0	47	1.37
25224090--25224116	14	1.9	14	100	0	54	55	29	0	14	1.40
25224403--25224617	70	3.1	70	98	0	421	43	21	4	31	1.71
25225596--25225632	18	2.1	18	90	10	58	67	16	0	16	1.23
25232405--25232464	26	2.4	24	83	8	75	68	3	0	28	1.05
25232435--25232493	21	2.8	22	85	7	70	69	6	0	23	1.12
25232540--25232572	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
25247185--25247285	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
25255127--25255197	27	2.6	27	88	8	99	29	26	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25258428--25258529	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
25266318--25266419	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
25275532--25275632	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
25278151--25278317	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
25278167--25278317	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
25279503--25279615	58	2.0	56	84	10	149	27	15	17	38	1.91
25290678--25290829	41	3.7	41	84	6	175	27	15	25	31	1.96
25301666--25301814	41	3.6	41	87	2	192	26	16	24	32	1.96
25302040--25302152	56	2.0	56	100	0	226	31	10	14	43	1.79
25304036--25304083	25	1.9	25	86	0	69	33	20	14	31	1.93
25304216--25304293	26	3.1	25	87	5	104	30	23	20	25	1.98
25304510--25304589	31	2.6	31	92	2	126	33	18	22	25	1.97
25306328--25306439	48	2.3	48	84	0	134	34	27	12	25	1.92
25306348--25306439	24	3.8	24	83	0	112	36	27	10	25	1.89
25307612--25307645	17	2.0	17	94	0	59	38	5	0	55	1.24
25314372--25314405	17	2.0	17	94	0	59	38	5	0	55	1.24
25320271--25320369	7	13.9	7	74	4	72	47	33	0	19	1.50
25320327--25320368	22	2.0	21	90	4	66	50	30	0	19	1.48
25320631--25320851	40	5.6	40	77	4	171	28	19	19	32	1.96
25320703--25321033	183	1.8	182	81	7	420	26	19	21	32	1.97
25320891--25321153	40	6.6	38	77	7	215	26	20	22	31	1.98
25320530--25321113	262	2.2	261	79	5	639	27	19	20	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25320886--25321150	80	3.3	80	80	2	268	26	20	22	30	1.98
25321221--25321268	22	2.1	23	84	3	62	20	31	22	25	1.98
25327912--25327986	31	2.5	31	80	6	91	42	10	10	36	1.74
25328505--25328545	21	2.0	21	90	0	64	34	4	14	46	1.66
25329056--25329102	21	2.2	22	81	11	62	44	17	2	36	1.60
25329191--25329248	27	2.1	27	87	0	80	31	32	17	18	1.94
25334270--25334420	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
25334307--25334436	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
25334269--25334436	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
25339365--25339433	28	2.5	28	90	2	113	43	26	10	20	1.83
25343113--25343181	27	2.6	27	93	4	113	44	26	10	18	1.81
25346859--25346927	27	2.6	27	93	4	113	44	26	10	18	1.81
25351997--25352023	7	3.9	7	100	0	54	29	29	0	40	1.57
25352904--25352941	19	2.0	20	89	5	60	34	10	5	50	1.59
25359572--25359621	20	2.5	20	93	0	82	34	14	34	18	1.90
25360056--25360113	26	2.2	25	85	11	73	34	25	8	31	1.86
25360220--25360271	27	1.9	27	100	0	104	23	23	19	34	1.96
25365601--25365731	29	4.5	29	93	0	208	24	32	15	27	1.95
25365572--25365723	58	2.6	58	84	2	162	25	35	15	24	1.94
25365544--25365731	87	2.2	85	80	6	200	25	34	15	25	1.95
25373447--25373636	29	6.6	29	86	2	213	24	33	15	26	1.95
25376314--25376396	31	2.6	31	80	3	85	59	19	6	15	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25382242--25382366	9	13.6	9	80	5	142	30	0	22	46	1.58
25385092--25385168	41	1.9	41	86	2	111	41	11	20	25	1.86
25386304--25386372	28	2.5	28	92	2	113	20	10	26	43	1.83
25389407--25389807	41	9.9	40	74	8	186	24	18	19	36	1.94
25389428--25389686	82	3.2	80	77	10	231	23	18	20	37	1.94
25389551--25389725	81	2.2	80	80	9	196	22	18	23	35	1.96
25394004--25394073	24	2.9	24	79	14	72	32	15	27	24	1.95
25395666--25395703	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
25395932--25396145	46	4.6	46	81	11	242	28	27	20	23	1.99
25395979--25396149	93	1.8	93	91	2	281	29	26	20	23	1.99
25396569--25396628	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
25400871--25401006	26	5.2	26	97	0	236	33	5	24	36	1.78
25402791--25403077	137	2.1	137	96	0	520	24	18	24	32	1.97
25409443--25410176	45	16.2	46	67	16	198	28	20	18	32	1.97
25409406--25410176	137	5.7	137	87	2	1004	28	20	18	32	1.96
25409697--25410176	86	5.4	85	69	14	270	26	21	19	32	1.97
25422321--25422351	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
25422535--25422600	32	2.0	33	88	2	98	65	3	13	18	1.39
25428884--25428962	31	2.5	31	97	0	149	25	26	18	29	1.98
25428986--25429077	42	2.2	42	88	0	130	34	19	14	31	1.91
25429210--25429345	26	5.3	26	89	5	192	27	22	22	27	1.99
25429210--25429345	52	2.7	51	93	5	224	27	22	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25430148--25430224	27	2.9	27	90	3	111	19	27	22	31	1.98
25430179--25430231	27	2.0	27	88	0	79	18	30	22	28	1.98
25430290--25430563	27	10.1	27	74	9	182	32	10	17	39	1.84
25430381--25430563	81	2.3	81	84	3	226	31	9	19	39	1.84
25430290--25430578	81	3.5	80	72	13	205	33	10	17	39	1.83
25432786--25432864	31	2.5	31	95	0	140	26	26	17	29	1.98
25432888--25432979	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
25433112--25433273	26	6.3	26	91	2	251	28	23	20	27	1.99
25434062--25434141	27	3.0	27	90	3	117	20	27	21	31	1.98
25434204--25434477	27	10.1	27	78	7	196	32	9	18	39	1.83
25434295--25434477	81	2.3	81	84	1	224	31	8	19	40	1.82
25436338--25436439	24	4.2	25	74	13	63	29	20	23	26	1.99
25436372--25436440	24	2.8	25	79	14	72	36	17	23	23	1.95
25450599--25450631	16	2.0	17	88	5	50	45	12	9	33	1.73
25452729--25452758	14	2.1	14	100	0	60	50	0	0	50	1.00
25473758--25473791	5	6.8	5	96	0	50	5	0	11	82	0.83
25476171--25476391	107	2.0	109	96	2	410	33	10	12	42	1.78
25476770--25476796	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
25478972--25478998	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
25492722--25492757	6	6.0	6	100	0	72	0	50	0	50	1.00
25495361--25495397	18	2.1	18	100	0	74	45	21	10	21	1.82
25496970--25497044	38	2.0	38	100	0	150	40	4	32	24	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25503013--25503183	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
25503008--25503180	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
25507700--25507785	18	4.8	18	77	5	84	33	13	12	39	1.83
25508994--25509039	15	3.1	15	81	15	51	56	2	0	41	1.11
25516468--25516710	47	5.1	47	89	5	317	28	31	8	30	1.87
25516469--25516710	96	2.5	96	91	2	382	28	31	8	30	1.87
25516466--25516710	49	5.1	49	87	5	342	28	31	8	31	1.87
25516691--25516727	17	2.2	17	100	0	74	18	29	21	29	1.97
25516642--25516776	66	2.0	66	98	0	261	28	29	11	30	1.92
25519710--25519748	13	2.8	13	84	7	51	43	0	0	56	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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