genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  204  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60355543--60355647	29	3.7	29	81	1	122	28	14	27	29	1.95
60356731--60356765	18	2.0	18	88	5	54	34	20	14	31	1.92
60363325--60363400	38	2.0	38	97	0	143	39	17	21	22	1.92
60367565--60367673	56	1.9	56	83	3	139	27	14	26	31	1.95
60368194--60368238	18	2.5	18	92	0	72	35	0	20	44	1.51
60370166--60370283	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
60370134--60370297	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
60377709--60377826	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
60377677--60377840	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
60384465--60384600	56	2.4	56	90	1	211	26	12	25	36	1.91
60398672--60398873	49	4.1	49	96	0	359	33	8	27	30	1.87
60398942--60399028	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
60404567--60404725	39	4.1	39	91	0	239	25	28	23	22	1.99
60408508--60408571	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
60408763--60408905	24	6.0	24	90	4	200	26	21	22	29	1.99
60408763--60408904	47	3.0	48	89	5	198	26	21	22	28	1.99
60408762--60408905	71	2.0	72	87	4	211	26	21	22	29	1.99
60408955--60409015	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
60409058--60409105	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
60410263--60410340	27	2.9	26	83	11	95	23	20	21	34	1.97
60410358--60410657	27	11.0	27	78	6	167	34	8	18	39	1.80
60410463--60410718	81	3.2	81	77	4	194	36	7	19	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60410589--60410864	27	9.8	27	79	8	237	40	8	22	28	1.83
60410678--60410759	38	2.2	38	84	0	101	39	7	30	23	1.82
60410633--60410816	92	2.0	92	86	0	260	41	8	23	26	1.82
60410589--60410864	146	1.9	146	86	0	399	40	8	22	28	1.83
60410597--60410843	119	2.1	119	84	0	314	41	8	22	26	1.83
60410725--60410891	54	3.1	54	78	0	190	37	8	25	29	1.85
60412232--60412335	49	2.1	49	90	0	163	29	24	26	19	1.98
60412928--60412991	25	2.6	25	82	0	65	26	0	17	56	1.41
60422619--60422674	27	2.0	28	86	3	78	39	17	8	33	1.81
60422669--60422851	27	6.8	27	80	7	178	28	20	8	42	1.82
60422669--60422851	54	3.4	53	84	2	224	28	20	8	42	1.82
60422669--60422851	81	2.3	80	88	3	269	28	20	8	42	1.82
60422830--60422915	27	3.2	27	86	6	86	41	24	5	27	1.78
60422669--60422878	81	2.6	81	84	3	219	30	20	8	40	1.82
60422844--60422969	54	2.4	52	78	12	130	43	19	9	27	1.81
60422844--60422942	27	3.7	27	87	5	121	45	20	7	27	1.76
60422925--60422985	26	2.3	27	91	2	97	40	14	16	27	1.88
60423598--60423666	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
60426850--60426902	27	2.0	27	84	0	70	41	18	7	32	1.79
60426891--60427101	27	7.8	27	79	4	176	32	19	7	40	1.79
60426864--60426989	54	2.3	54	86	0	162	33	20	7	38	1.82
60426891--60427103	81	2.6	81	85	2	293	32	20	7	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60426891--60427074	54	3.4	54	86	0	233	30	20	7	42	1.78
60426891--60427101	54	3.9	55	79	4	196	32	19	7	40	1.79
60427053--60427138	27	3.2	27	85	6	95	40	24	6	27	1.81
60427067--60427193	54	2.4	53	78	11	132	42	19	10	27	1.84
60427067--60427165	27	3.7	27	85	5	112	44	20	8	27	1.79
60427148--60427209	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
60427825--60427920	27	3.5	28	94	4	169	43	27	10	18	1.82
60430508--60430636	46	2.8	45	85	4	170	22	20	25	31	1.98
60432381--60432438	18	3.2	18	76	9	64	43	15	17	24	1.87
60434124--60434293	44	3.8	45	78	14	188	21	19	28	30	1.98
60434121--60434291	45	3.8	46	77	15	160	21	19	29	29	1.98
60434507--60434544	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
60441661--60441833	45	3.8	46	79	13	187	21	21	28	28	1.98
60441665--60441835	46	3.7	45	79	12	204	21	21	28	29	1.98
60442058--60442095	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
60444463--60444523	24	2.5	24	100	0	122	19	18	36	26	1.94
60452020--60452045	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
60454320--60454369	23	2.2	23	86	13	68	42	18	14	26	1.87
60454436--60454508	27	2.8	26	89	8	112	20	20	19	39	1.92
60454420--60454517	27	3.7	27	78	11	103	21	17	19	41	1.90
60468430--60468515	27	3.2	27	78	15	106	32	9	17	40	1.81
60468438--60468516	26	3.0	25	76	16	88	31	11	18	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60468832--60468895	28	2.3	28	83	0	74	26	34	15	23	1.95
60470067--60470091	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
60475739--60475861	27	4.6	26	87	4	174	46	21	16	16	1.84
60475738--60475863	53	2.3	54	87	5	184	46	20	15	16	1.83
60475738--60475882	27	5.5	26	83	5	148	46	20	15	17	1.84
60475752--60475906	80	1.9	80	81	5	188	43	22	14	19	1.87
60476923--60477048	27	4.7	26	85	3	162	43	21	17	17	1.88
60476923--60477095	27	6.4	27	80	5	138	41	21	17	20	1.91
60480871--60480990	27	4.5	26	81	6	132	43	17	16	22	1.88
60480871--60481017	54	2.7	54	82	4	154	42	17	17	23	1.89
60481455--60481536	34	2.4	34	83	4	112	26	20	24	28	1.99
60494384--60494508	51	2.5	51	81	2	126	26	14	30	28	1.95
60496383--60496550	40	4.2	40	76	3	142	23	26	22	27	1.99
60500059--60500158	49	2.0	49	84	1	128	37	17	17	29	1.92
60500451--60501336	296	3.0	294	90	1	1378	29	15	17	37	1.90
60501979--60502069	48	1.9	48	86	2	130	20	16	24	38	1.93
60503137--60503231	47	2.0	47	89	0	145	34	17	13	33	1.90
60509512--60509561	22	2.3	22	82	6	57	16	2	48	34	1.57
60509523--60509573	22	2.3	22	86	6	68	13	0	49	37	1.43
60516349--60516398	24	2.1	24	92	0	82	48	12	20	20	1.80
60517312--60517413	27	3.8	27	93	0	177	23	18	25	32	1.97
60520098--60520247	43	3.5	43	78	4	162	35	22	14	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60523096--60523319	48	4.7	48	87	1	324	26	16	31	25	1.96
60534095--60534263	48	3.5	48	79	7	169	26	16	30	27	1.97
60534182--60534294	48	2.4	48	84	3	138	28	17	26	27	1.98
60542540--60542637	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
60550208--60550305	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
60553938--60554098	29	5.6	29	87	1	207	26	32	16	25	1.96
60561244--60561411	40	4.2	40	83	5	189	26	28	21	23	1.99
60561244--60561411	80	2.1	80	85	4	223	26	28	21	23	1.99
60564886--60565309	48	8.8	48	88	0	569	27	16	30	25	1.97
60568085--60568150	33	2.0	33	100	0	132	36	9	24	30	1.86
60571316--60571374	19	2.7	23	75	25	72	49	11	15	23	1.77
60571322--60571368	19	2.5	19	100	0	94	48	10	14	25	1.76
60571360--60571437	6	12.5	6	72	17	61	50	15	15	19	1.79
60571358--60571437	31	2.5	31	93	2	106	51	15	15	18	1.77
60571369--60571426	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
60571574--60571675	27	3.8	26	84	5	114	35	20	23	20	1.96
60571834--60571898	22	3.0	22	77	8	69	33	21	23	21	1.97
60572343--60572941	27	22.3	27	89	1	846	24	19	21	34	1.96
60572954--60573151	27	7.3	27	80	7	154	39	7	23	28	1.82
60572985--60573151	81	2.1	81	90	0	262	38	7	25	28	1.82
60572954--60573151	54	3.7	54	86	2	247	39	7	23	28	1.82
60573131--60573462	27	12.3	27	78	7	221	30	9	20	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60573204--60573462	54	4.8	54	81	4	247	30	9	20	40	1.84
60575417--60575513	6	15.8	6	74	16	83	46	15	18	19	1.84
60575426--60575536	31	3.5	31	91	1	141	50	13	17	18	1.78
60575673--60575774	27	3.8	26	84	5	123	38	21	21	18	1.94
60575673--60575774	54	1.9	53	85	2	141	38	21	21	18	1.94
60575915--60575979	22	3.0	21	73	13	60	35	21	21	21	1.96
60576404--60576966	27	21.0	27	85	4	710	25	20	20	33	1.97
60576876--60576980	54	1.9	54	86	0	147	30	13	20	36	1.91
60576983--60577100	27	4.4	26	86	4	110	42	6	22	27	1.79
60577011--60577121	27	4.1	27	89	1	161	41	7	24	27	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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