genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12037321--12037370	16	3.1	17	80	8	59	42	0	0	58	0.98
12037495--12037559	32	2.1	32	83	11	82	43	1	6	49	1.37
12037507--12037559	15	3.4	15	73	16	54	39	1	3	54	1.29
12037636--12037694	30	2.0	30	90	9	95	40	0	10	49	1.37
12038137--12038187	21	2.4	21	96	0	93	37	0	21	41	1.54
12044461--12044635	26	6.8	26	90	0	255	29	22	22	26	1.99
12045439--12045525	27	3.2	27	85	3	104	19	24	20	35	1.96
12045579--12045905	27	12.1	27	75	7	182	31	9	18	40	1.83
12045667--12045900	81	2.9	80	85	2	317	29	8	20	41	1.82
12045640--12046034	27	14.7	27	80	4	253	32	8	20	38	1.83
12051021--12051528	36	14.0	37	73	11	302	37	15	21	25	1.92
12051007--12051306	109	2.7	109	80	10	319	37	15	23	24	1.93
12051007--12051526	73	7.2	72	75	6	403	37	15	21	25	1.92
12064995--12065091	35	2.8	35	77	0	104	22	15	42	19	1.89
12065206--12065294	27	3.3	27	65	20	76	22	10	3	64	1.39
12065205--12065298	28	3.4	28	67	19	88	22	10	3	63	1.40
12065185--12065295	55	2.0	54	98	1	213	21	12	5	60	1.52
12066241--12066417	31	5.7	31	93	0	293	29	26	14	28	1.95
12066441--12066572	42	3.1	42	92	0	210	35	20	12	31	1.90
12066722--12066791	25	2.8	25	89	4	97	24	22	27	25	2.00
12067604--12067665	27	2.3	27	80	5	72	22	24	17	35	1.95
12067719--12067958	27	8.9	27	75	11	116	31	9	17	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12067725--12067930	54	3.8	53	80	7	175	30	7	18	42	1.79
12067782--12067930	81	1.9	80	83	7	194	28	7	20	43	1.78
12067778--12067958	81	2.2	80	79	9	190	29	9	19	41	1.82
12067833--12067961	54	2.4	53	80	3	150	28	13	19	38	1.89
12067963--12068186	27	8.3	27	88	2	279	38	6	24	29	1.81
12069837--12069873	14	2.6	14	86	0	56	43	32	0	24	1.55
12070123--12070838	141	5.1	141	87	2	933	32	23	16	27	1.96
12073548--12073581	13	2.6	13	95	0	59	17	29	32	20	1.96
12079713--12079814	28	3.6	28	77	7	100	27	17	32	22	1.96
12079713--12079839	56	2.3	56	87	0	173	28	18	29	22	1.98
12079917--12080009	32	2.9	32	88	3	98	35	10	24	29	1.89
12081705--12081748	19	2.2	20	84	11	56	27	2	18	52	1.57
12081977--12082044	34	2.0	34	100	0	136	26	8	26	38	1.85
12085998--12086097	28	3.6	28	78	10	114	31	20	26	23	1.98
12086175--12086265	32	2.8	32	89	0	128	34	8	26	30	1.87
12090012--12090327	156	2.0	156	98	0	605	34	14	19	31	1.92
12096527--12096583	6	9.5	6	100	0	114	33	0	17	49	1.47
12102305--12102342	19	2.0	19	100	0	76	31	42	0	26	1.56
12104024--12104056	15	2.2	16	89	10	52	66	6	0	27	1.15
12104954--12104991	18	2.1	18	85	9	51	36	5	0	57	1.21
12105393--12105429	13	2.9	13	81	18	51	32	5	21	40	1.76
12106961--12106996	10	3.5	10	88	7	54	72	5	8	13	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12106960--12106997	11	3.5	11	82	7	51	73	5	7	13	1.22
12107366--12107414	10	4.5	11	82	14	57	32	0	2	65	1.04
12107368--12107401	5	6.6	5	93	6	59	35	0	2	61	1.11
12107689--12107751	15	4.3	15	73	9	51	68	1	9	20	1.26
12108065--12108120	23	2.5	23	80	8	62	58	3	3	33	1.32
12107790--12108279	135	3.7	134	90	4	751	56	5	8	29	1.52
12108043--12108512	232	2.0	233	93	3	804	57	5	8	28	1.51
12108177--12108376	97	2.1	97	95	0	355	57	4	9	29	1.49
12108274--12108646	135	2.8	136	93	4	655	57	5	8	27	1.52
12107909--12108844	367	2.6	366	94	1	1662	57	5	8	28	1.51
12108544--12108743	97	2.1	97	96	0	364	58	4	10	27	1.48
12108281--12108690	135	3.0	132	88	5	515	58	5	8	27	1.49
12108411--12108842	232	1.9	231	95	2	780	57	5	8	28	1.51
12111025--12111058	12	2.8	12	95	0	59	26	47	17	8	1.77
12114771--12115011	126	1.9	126	93	1	412	25	18	2	53	1.58
12115177--12115226	15	3.5	15	71	23	54	22	10	6	62	1.48
12115179--12115232	26	2.0	28	92	7	94	24	11	7	57	1.58
12117031--12118379	228	5.9	227	81	6	1092	30	22	23	23	1.99
12117707--12117738	16	2.0	16	100	0	64	25	6	37	31	1.81
12117487--12118194	244	3.0	242	81	9	828	28	21	24	25	1.99
12117723--12118379	227	2.9	228	83	6	787	30	20	24	24	1.98
12119426--12119468	19	2.4	18	84	7	52	0	25	2	72	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12122489--12122593	26	4.0	26	93	0	183	32	7	23	36	1.83
12124189--12124318	27	4.8	28	82	10	171	20	25	20	33	1.97
12124186--12124315	54	2.4	54	93	0	224	19	26	21	33	1.97
12124189--12124347	81	2.0	80	80	8	180	21	24	20	33	1.97
12130528--12130635	26	4.2	26	90	0	171	33	8	23	35	1.85
12132230--12132370	27	5.2	26	79	11	151	18	23	22	35	1.96
12132226--12132370	54	2.7	54	92	2	238	17	23	22	35	1.95
12137499--12137539	15	2.5	17	77	22	52	68	0	9	21	1.18
12137648--12138108	3	153.3	3	66	17	113	59	3	7	28	1.42
12137678--12137745	31	2.3	29	80	14	77	58	0	7	33	1.26
12137908--12137967	23	2.7	23	84	2	68	60	1	6	31	1.33
12138373--12138425	24	2.1	26	86	6	74	13	20	9	56	1.64
12138373--12138424	25	2.1	24	85	3	68	13	21	9	55	1.66
12138525--12138574	24	2.1	24	96	0	91	22	4	50	24	1.66
12138861--12139208	177	2.0	176	87	0	507	26	23	21	29	1.99
12139058--12139299	132	1.8	131	81	7	301	26	23	22	27	1.99
12139195--12139371	88	2.0	87	83	2	219	24	25	20	28	1.99
12139115--12139519	220	1.8	220	86	2	580	25	23	21	29	1.99
12139225--12139372	44	3.3	45	67	9	124	22	26	18	31	1.97
12139222--12139386	88	1.9	88	90	0	267	25	24	19	30	1.98
12139249--12139563	44	7.2	44	67	12	121	25	23	20	30	1.99
12139279--12139916	132	4.8	131	88	3	904	25	24	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12139640--12140133	220	2.2	220	87	3	602	26	25	19	28	1.98
12139490--12140268	352	2.2	352	87	2	1059	26	25	19	29	1.98
12139788--12140004	88	2.5	88	86	3	249	27	24	18	29	1.98
12139406--12140400	484	2.1	484	88	1	1458	25	24	19	29	1.98
12139888--12141589	132	12.9	131	88	3	2199	26	24	19	29	1.99
12139865--12141589	264	6.5	264	90	2	2450	26	24	19	29	1.99
12139890--12141589	396	4.3	395	90	1	2535	26	24	19	29	1.99
12139116--12140529	616	2.3	615	86	2	1962	25	24	19	29	1.98
12146064--12146110	19	2.5	20	86	6	62	48	12	17	21	1.79
12147987--12148314	3	109.7	3	66	16	87	61	2	7	27	1.36
12148074--12148136	25	2.5	24	80	12	74	63	6	4	25	1.38
12148139--12148219	30	2.7	30	81	11	96	64	2	7	25	1.33
12148178--12148256	36	2.2	35	84	6	97	65	3	2	27	1.22
12148363--12148418	21	2.6	22	77	8	62	64	0	8	26	1.23
12148393--12148427	18	1.9	18	88	0	52	74	0	2	22	0.95
12148710--12148762	25	2.1	25	82	10	63	13	18	9	58	1.61
12150360--12151942	228	6.9	228	80	4	1311	29	22	24	23	1.99
12150360--12151942	684	2.3	679	79	4	1583	29	22	24	23	1.99
12150359--12151946	456	3.5	453	81	3	1535	29	23	24	23	1.99
12152054--12152236	87	2.1	87	94	1	321	31	16	16	35	1.92
12153904--12153935	9	3.7	9	95	4	57	12	21	21	43	1.86
12155288--12155345	30	1.9	30	100	0	116	58	13	3	24	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12155379--12155421	22	2.0	22	90	0	68	60	11	9	18	1.57
12161503--12161539	19	1.9	19	89	10	58	27	37	2	32	1.71
12162874--12162898	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
12163679--12163724	17	2.6	17	79	3	56	67	4	4	23	1.27
12176747--12176848	51	2.0	51	90	3	161	28	7	24	39	1.83
12177775--12177813	10	3.8	10	89	3	51	35	0	0	64	0.94
12179914--12179963	26	1.9	26	100	0	100	42	12	6	40	1.67
12194274--12194371	40	2.5	40	84	0	133	35	22	11	30	1.89
12195569--12195607	10	3.8	10	93	3	60	10	23	0	66	1.22
12197539--12197581	22	1.9	22	85	4	59	23	4	4	67	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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