genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.108.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  108  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29924194--29924221	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
29925116--29925160	18	2.7	18	86	10	60	8	6	0	84	0.78
29927039--29927133	45	2.1	46	88	2	138	46	21	11	21	1.82
29939513--29939562	25	2.0	25	100	0	100	28	12	16	44	1.83
29944562--29944596	18	1.9	18	88	0	52	8	42	2	45	1.49
29949643--29950791	582	2.0	584	91	0	1881	31	19	13	35	1.90
29954552--29954576	13	1.9	13	100	0	50	4	56	0	40	1.18
29964018--29964267	33	7.7	33	76	7	140	32	21	10	35	1.88
29964024--29964266	98	2.5	98	77	8	253	32	20	11	35	1.88
29964135--29964249	32	3.6	32	85	5	144	34	20	8	36	1.83
29964024--29964259	65	3.6	64	73	14	180	32	21	10	35	1.88
29970605--29970631	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
29979294--29979476	39	4.6	39	86	0	231	23	30	21	24	1.99
29983311--29983471	33	4.9	33	84	1	182	32	19	10	37	1.86
29983244--29983489	98	2.5	100	75	9	229	32	20	10	36	1.87
29983244--29983489	33	7.5	33	80	5	178	32	20	10	36	1.87
29983689--29983773	37	2.3	37	91	2	134	41	18	7	32	1.78
29984207--29984254	21	2.2	22	78	14	55	37	14	0	47	1.44
29990321--29990513	25	8.0	24	84	7	214	28	22	20	29	1.98
29990571--29990627	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
29990559--29990629	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
29990564--29990618	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29990665--29990712	25	1.9	25	82	0	60	27	16	22	33	1.96
29991871--29991948	27	2.9	26	78	14	86	21	20	21	35	1.96
29992079--29992218	54	2.6	54	81	4	174	32	7	20	39	1.81
29991966--29992264	27	11.0	27	77	7	142	34	8	19	37	1.82
29992197--29992399	54	3.8	54	83	4	250	40	7	21	30	1.82
29992170--29992399	81	2.9	81	80	5	218	40	7	20	31	1.81
29992195--29992406	27	7.9	27	82	8	209	39	7	23	29	1.82
29992412--29992501	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
29992395--29992501	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
29992412--29992516	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
29995400--29995567	40	4.2	40	77	3	151	23	26	23	27	2.00
30002522--30002710	26	7.3	27	77	15	195	37	10	24	27	1.88
30002546--30002712	76	2.1	79	87	8	236	37	10	25	26	1.89
30002522--30002707	103	1.8	103	82	6	243	38	10	24	27	1.87
30005521--30005584	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
30005776--30005942	24	7.1	24	87	6	220	25	20	23	29	1.99
30005775--30005942	70	2.4	70	88	7	236	25	20	23	30	1.99
30005997--30006053	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
30005993--30006055	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
30006092--30006139	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
30007294--30007371	27	2.9	27	75	17	81	23	20	21	34	1.97
30007427--30007767	54	6.3	54	81	4	375	39	9	22	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30007429--30007765	81	4.2	82	85	4	418	39	8	22	28	1.84
30007427--30007764	27	12.6	27	81	9	268	39	9	22	28	1.85
30007439--30007767	134	2.4	134	86	2	374	40	9	23	27	1.85
30008952--30009027	26	2.8	27	88	4	100	31	11	21	35	1.89
30010472--30010553	26	3.2	26	100	0	164	35	26	7	30	1.84
30011519--30011552	14	2.4	14	90	0	50	44	11	29	14	1.81
30011909--30012115	53	3.8	53	75	4	182	37	17	24	19	1.94
30017015--30017048	14	2.4	14	90	0	59	41	5	32	20	1.76
30017507--30017611	53	2.0	53	82	0	129	38	17	25	19	1.93
30018308--30018699	198	2.0	198	95	0	703	39	9	16	34	1.81
30020418--30020463	21	2.2	21	88	0	65	69	10	10	8	1.37
30022112--30022218	54	2.0	54	86	0	151	27	12	6	54	1.62
30022231--30022284	26	2.0	26	82	3	63	24	14	16	44	1.85
30023683--30023749	22	3.2	21	67	26	52	34	22	8	34	1.85
30025146--30025285	48	2.9	48	89	2	192	26	30	18	24	1.98
30027744--30027893	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
30027768--30027951	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
30029032--30029058	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
30033403--30033463	20	3.4	20	66	29	64	11	39	31	18	1.86
30033404--30033476	33	2.2	33	97	0	137	10	41	27	20	1.86
30035199--30035484	96	2.9	96	79	6	308	27	28	18	25	1.98
30035206--30035473	144	1.8	146	89	3	425	26	29	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30035199--30035488	48	6.0	48	80	3	278	27	28	17	25	1.98
30038096--30038168	31	2.4	30	80	13	78	65	2	1	30	1.15
30038220--30038262	16	2.8	15	86	6	59	20	0	2	76	0.89
30038219--30038263	14	3.1	14	82	17	56	24	0	2	73	0.95
30039928--30039977	23	2.2	23	81	0	55	20	28	18	34	1.95
30040085--30040156	25	2.9	25	80	0	81	20	23	19	36	1.95
30042850--30042890	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
30042924--30043084	29	5.6	29	82	4	92	25	31	16	26	1.96
30042923--30043084	58	2.8	58	84	7	186	25	31	16	27	1.96
30056263--30056446	55	3.6	53	76	14	165	35	17	25	21	1.95
30056647--30056677	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
30056748--30056775	14	2.0	14	100	0	56	35	7	14	42	1.73
30060044--30060248	80	2.6	80	82	3	227	25	23	26	24	2.00
30060042--30060248	40	5.2	40	80	4	188	25	23	26	24	2.00
30068089--30068293	80	2.6	80	82	3	227	25	23	26	24	2.00
30068087--30068293	40	5.2	40	80	4	188	25	23	26	24	2.00
30071539--30071597	27	2.2	27	96	0	109	27	15	16	40	1.89
30081424--30081607	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
30081464--30081652	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
30089542--30089725	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
30089582--30089770	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
30095834--30095915	23	3.4	24	83	6	85	24	23	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30104381--30104607	49	4.5	49	86	6	303	26	30	14	28	1.95
30104381--30104607	101	2.3	100	86	5	307	26	30	14	28	1.95
30106303--30106560	29	8.9	29	79	4	216	22	25	14	37	1.92
30106303--30106503	87	2.3	87	82	3	253	20	25	15	37	1.92
30106303--30106532	87	2.6	86	78	8	241	22	25	14	37	1.92
30120178--30120298	46	2.6	46	82	2	143	29	18	28	23	1.98
30120318--30120489	49	3.5	48	79	5	168	27	20	27	23	1.99
30125965--30126029	32	2.0	32	84	0	85	41	9	4	44	1.57
30125798--30126204	145	2.8	145	92	1	669	38	10	11	40	1.75
30150253--30150287	15	2.2	16	90	5	54	48	0	0	51	1.00
30150743--30150781	20	2.0	20	84	0	51	46	2	0	51	1.14
30158808--30158868	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
30164622--30164666	15	2.8	17	83	10	67	28	0	22	48	1.50
30164653--30164892	96	2.4	96	81	9	263	40	1	18	39	1.59
30164947--30165485	126	4.3	125	91	1	828	33	17	22	27	1.96
30168738--30168787	20	2.4	22	83	10	68	38	0	32	30	1.58
30168738--30168795	11	5.5	10	80	15	64	39	0	29	31	1.57
30168738--30168801	31	2.1	31	88	5	94	40	0	28	31	1.57
30174919--30174963	22	2.2	21	84	11	58	35	20	15	28	1.93
30186651--30186876	112	2.0	112	98	0	434	36	21	14	27	1.92
30189458--30189488	16	1.9	16	93	0	53	29	16	12	41	1.85
30191405--30191445	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30194238--30194268	16	1.9	16	93	0	53	29	16	12	41	1.85
30198219--30198266	25	1.9	25	91	0	78	2	39	2	56	1.23
30200936--30200981	19	2.3	20	92	3	76	47	15	10	26	1.78
30200965--30201002	14	2.7	14	87	0	58	39	15	5	39	1.70
30211023--30211144	61	2.0	61	81	0	145	30	15	18	36	1.92
30213346--30213401	27	2.1	27	86	0	76	37	12	21	28	1.90
30226501--30226528	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
30232854--30232901	19	2.5	20	83	10	55	56	0	6	37	1.25
30234025--30234066	21	2.0	21	100	0	84	52	4	4	38	1.44
30234462--30234515	21	2.6	21	96	0	99	25	18	35	20	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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