genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.106.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  106  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29315705--29315739	6	5.8	6	86	0	52	77	0	5	17	0.96
29320155--29320228	37	2.0	37	94	0	130	22	20	17	39	1.92
29322184--29322401	40	5.5	40	92	2	343	24	28	23	23	2.00
29330436--29330653	40	5.5	40	92	2	343	24	28	23	23	2.00
29333354--29333406	26	2.0	26	96	0	97	41	5	22	30	1.77
29334895--29334951	28	2.0	28	100	0	114	24	10	15	49	1.76
29334900--29334961	28	2.2	28	85	5	81	29	8	16	46	1.75
29335220--29335398	89	2.0	89	88	4	263	35	15	16	33	1.90
29343179--29343237	6	9.7	6	77	17	59	49	16	13	20	1.80
29343635--29343776	27	5.3	27	85	3	178	25	21	19	33	1.97
29343634--29343803	54	3.1	54	79	6	184	25	20	19	34	1.96
29343643--29343801	81	2.0	81	85	5	214	26	21	19	32	1.97
29343733--29343900	54	3.1	54	79	5	153	28	10	22	39	1.86
29343649--29343830	81	2.2	81	82	5	208	26	18	20	34	1.95
29343734--29343887	27	5.7	27	78	4	132	27	10	22	40	1.86
29343761--29344039	27	10.6	27	74	7	164	30	8	21	39	1.83
29345112--29345197	24	3.5	25	77	13	90	27	20	16	34	1.94
29345188--29345246	23	2.6	22	86	5	91	27	25	16	30	1.97
29345165--29345240	23	3.4	22	85	7	91	25	26	18	30	1.98
29349771--29350020	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
29357044--29357293	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
29361309--29361377	24	2.8	24	88	4	93	26	23	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29361296--29361377	24	3.4	23	82	12	85	25	23	21	29	1.99
29362187--29362251	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
29374250--29374274	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
29374729--29374767	17	2.3	17	90	0	60	25	2	2	69	1.14
29378252--29378334	41	2.0	41	86	4	114	49	13	2	34	1.55
29382647--29382684	18	2.1	18	85	9	51	18	13	0	68	1.21
29386458--29386496	15	2.6	15	84	11	53	23	2	2	71	1.10
29393462--29393665	40	5.1	40	89	2	286	25	28	23	22	1.99
29395399--29395468	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
29403772--29404029	40	6.5	40	89	2	351	26	28	22	22	1.99
29412096--29412213	43	2.8	41	82	7	146	30	22	16	30	1.96
29413550--29413605	24	2.3	24	81	0	67	48	3	32	16	1.63
29418177--29418254	27	2.9	27	84	3	95	25	28	14	32	1.94
29418298--29418382	27	3.1	27	81	9	93	25	27	12	34	1.93
29419872--29420038	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
29420862--29420907	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
29427853--29428019	40	4.2	40	84	2	194	25	26	21	26	1.99
29428841--29428886	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
29433511--29433636	43	3.0	41	76	13	121	33	24	17	24	1.96
29445876--29445980	42	2.5	43	78	12	117	30	23	18	27	1.97
29468361--29468537	80	2.2	79	85	9	229	23	24	27	24	2.00
29468361--29468537	40	4.5	40	84	8	204	23	24	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29476513--29476689	40	4.5	39	85	5	207	22	23	28	25	1.99
29478206--29478390	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
29478199--29478390	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
29481317--29481377	27	2.3	27	82	0	68	32	24	9	32	1.88
29502193--29502252	30	2.0	30	93	0	102	25	3	13	58	1.50
29502333--29502373	17	2.3	19	80	16	52	21	0	14	63	1.30
29507784--29507947	40	4.1	40	79	6	170	25	20	27	26	1.99
29511722--29511935	48	4.4	48	96	1	374	30	27	5	36	1.80
29523888--29523986	24	4.3	25	71	20	81	37	17	23	22	1.94
29524472--29524532	27	2.2	27	82	11	70	29	19	1	49	1.58
29528336--29528621	48	6.0	48	77	0	295	26	26	19	27	1.99
29528343--29528668	96	3.4	96	88	0	465	26	26	18	28	1.98
29528339--29528663	48	6.8	48	73	7	232	25	26	19	28	1.99
29531342--29531418	29	2.7	29	89	2	111	28	32	14	24	1.94
29531477--29531520	19	2.4	18	85	7	54	18	38	22	20	1.93
29531485--29531532	19	2.6	19	83	3	62	16	35	20	27	1.94
29536207--29536365	42	3.6	42	76	12	167	28	25	18	28	1.98
29536164--29536400	90	2.6	90	91	0	384	27	26	18	27	1.98
29536164--29536400	48	5.2	48	74	13	230	27	26	18	27	1.98
29539532--29539660	40	3.2	40	81	6	145	23	21	28	26	1.99
29542215--29542499	47	6.1	47	92	0	428	25	29	11	33	1.91
29555344--29555531	40	4.7	40	86	4	227	27	26	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29563550--29563718	40	4.2	40	81	5	189	26	26	21	26	1.99
29569139--29569165	13	2.1	13	100	0	54	22	37	0	40	1.54
29570777--29570818	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
29581658--29581696	2	19.5	2	89	0	60	48	0	2	48	1.15
29581951--29582084	39	3.4	39	85	3	135	26	27	20	26	1.99
29581985--29582105	40	3.1	39	90	1	170	27	25	20	26	1.99
29589916--29589997	40	2.0	40	97	0	155	25	23	21	29	1.99
29593896--29594089	27	7.2	27	86	0	244	28	24	7	39	1.82
29593896--29594093	81	2.4	81	89	0	297	29	23	7	39	1.81
29594092--29594247	54	2.9	53	84	3	195	40	19	10	29	1.85
29594029--29594249	27	8.2	27	78	7	146	38	22	8	31	1.83
29594125--29594277	27	5.7	27	79	9	143	39	21	8	30	1.83
29594125--29594332	54	3.8	54	77	11	167	40	19	8	31	1.81
29594125--29594274	81	1.9	81	84	8	207	40	21	8	29	1.83
29594287--29594338	27	1.9	27	84	7	70	40	11	11	36	1.78
29594392--29594456	27	2.4	27	79	5	69	35	16	24	23	1.95
29595163--29595229	20	3.3	20	89	4	100	40	10	17	31	1.84
29595279--29595401	26	4.8	26	91	1	178	26	24	22	26	2.00
29595547--29595638	42	2.2	42	92	0	148	30	13	20	35	1.91
29595662--29595742	31	2.6	31	92	3	128	32	18	24	24	1.97
29597334--29597403	21	3.2	21	62	18	52	21	11	25	41	1.86
29597329--29597416	45	2.0	45	95	0	158	23	12	26	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29599972--29600072	48	2.2	44	81	13	109	29	24	17	27	1.98
29599995--29600173	48	3.7	47	82	3	171	25	27	18	27	1.98
29604391--29604439	25	2.0	25	87	0	71	32	10	20	36	1.86
29609400--29609843	223	2.0	223	98	0	861	22	13	28	35	1.92
29612356--29612395	21	1.9	21	84	0	53	42	15	15	27	1.86
29614615--29614662	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
29614706--29614764	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
29614815--29614933	47	2.5	48	89	8	172	27	21	24	26	1.99
29614815--29614933	24	5.0	24	84	9	154	27	21	24	26	1.99
29615125--29615226	31	3.1	31	78	17	123	39	15	21	23	1.92
29615142--29615249	38	2.8	38	94	1	189	39	14	22	23	1.91
29622942--29622989	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
29623033--29623091	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
29623142--29623260	47	2.5	48	89	8	172	27	21	24	26	1.99
29623142--29623260	24	5.0	24	84	9	154	27	21	24	26	1.99
29623452--29623553	31	3.1	31	78	17	123	39	15	21	23	1.92
29623469--29623560	38	2.4	38	96	0	175	43	11	19	25	1.85
29624770--29624980	46	4.6	46	79	5	162	17	18	16	47	1.82
29624814--29625122	45	6.8	45	77	4	185	20	18	17	44	1.88
29624948--29625148	45	4.5	45	75	10	135	23	18	18	39	1.92
29630842--29631003	39	4.2	39	89	1	245	22	20	32	24	1.98
29630859--29631034	78	2.2	78	86	3	237	22	23	31	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29632999--29633160	79	2.1	79	100	0	324	40	21	11	25	1.87
29637780--29637937	46	3.5	46	83	0	156	18	21	13	46	1.83
29638037--29638113	24	3.3	23	68	12	59	23	16	15	44	1.86
29637766--29638124	45	7.9	45	75	7	210	20	19	16	43	1.88
29643490--29643664	46	3.8	45	80	10	210	28	28	21	22	1.99
29643498--29643668	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	22	1.99
29644091--29644150	30	2.0	30	86	0	84	31	25	6	36	1.82
29646058--29646084	8	3.4	8	100	0	54	22	37	14	25	1.93
29647152--29647373	49	4.5	49	85	2	273	26	18	27	27	1.98
29647145--29647373	99	2.3	99	83	5	284	25	18	27	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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