genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.258.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77439577--77439651	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
77439701--77440054	40	8.9	40	92	0	555	24	22	28	25	1.99
77443419--77443541	22	5.3	22	63	18	70	33	9	30	26	1.89
77443441--77443519	25	3.3	25	66	16	76	34	5	29	31	1.79
77443416--77443569	47	3.3	47	98	0	290	34	7	29	27	1.85
77447027--77447194	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
77453785--77453842	29	1.9	31	83	13	77	46	1	18	32	1.60
77455432--77455701	47	5.8	46	75	11	185	28	19	28	23	1.98
77457770--77457804	13	2.7	13	86	0	52	22	37	25	14	1.92
77460040--77460221	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
77460040--77460221	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
77469114--77469289	46	3.8	45	80	10	203	21	21	28	28	1.98
77469110--77469281	93	1.8	93	93	0	299	21	21	29	27	1.99
77471137--77471299	42	3.9	42	79	5	177	26	15	26	31	1.96
77473246--77473466	27	8.2	27	79	5	160	39	22	8	29	1.83
77473462--77473585	27	4.6	27	86	0	158	35	17	18	28	1.94
77473894--77473934	20	2.0	20	90	0	64	12	19	29	39	1.88
77474167--77474274	27	4.0	26	84	5	126	20	22	21	36	1.96
77474375--77474458	25	3.4	25	89	0	123	15	22	15	46	1.83
77477010--77477193	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
77477050--77477238	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
77485104--77485287	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77485144--77485332	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
77487772--77487992	27	8.2	27	78	6	180	39	22	8	29	1.84
77487988--77488068	27	3.0	27	88	0	126	37	14	19	28	1.92
77489677--77489860	67	2.8	64	76	8	185	29	16	29	23	1.96
77496459--77496524	27	2.5	27	87	7	91	36	21	19	22	1.95
77496871--77496929	22	2.7	22	84	5	75	22	27	20	30	1.98
77497087--77497194	27	4.0	26	86	5	144	18	22	22	37	1.95
77497312--77497415	6	16.8	6	71	16	61	19	19	12	49	1.79
77497312--77497401	25	3.6	25	89	0	135	20	20	13	46	1.83
77499389--77499549	27	6.0	26	81	4	142	39	21	9	29	1.86
77499486--77499573	27	3.3	27	82	3	79	40	20	6	31	1.79
77499577--77499683	27	4.0	27	86	2	135	38	18	16	26	1.92
77500314--77500380	27	2.5	26	85	4	89	23	20	16	38	1.92
77500498--77500601	6	16.8	6	69	16	61	20	20	12	47	1.82
77500498--77500589	25	3.7	25	89	0	139	20	20	13	45	1.84
77500532--77500578	13	3.7	13	72	16	53	17	25	14	42	1.87
77503892--77503993	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
77505631--77505851	27	8.2	27	78	4	160	42	20	7	29	1.80
77505847--77505970	27	4.6	27	87	0	158	35	17	19	27	1.94
77505847--77505989	54	2.6	53	81	2	160	34	17	20	27	1.95
77506278--77506318	20	2.0	20	95	0	73	12	14	31	41	1.83
77506335--77506393	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77506551--77506658	27	4.0	26	82	5	117	19	21	21	37	1.94
77506776--77506879	31	3.4	31	72	5	93	23	19	11	46	1.82
77506804--77506874	19	3.8	18	78	12	81	21	21	12	45	1.84
77506826--77506891	6	10.8	6	80	3	69	19	18	12	50	1.78
77506798--77506891	37	2.5	37	87	3	127	21	20	11	46	1.82
77506776--77506843	25	2.7	25	86	0	91	23	19	11	45	1.83
77514753--77514843	44	2.0	45	85	2	121	24	29	8	37	1.85
77521721--77521788	6	11.3	6	90	0	91	76	4	2	16	1.07
77522887--77522969	27	3.1	27	92	0	130	32	19	20	27	1.97
77522951--77523040	27	3.4	27	80	10	96	42	21	8	27	1.82
77522948--77523062	54	2.2	53	79	4	124	40	19	10	30	1.85
77523046--77523316	54	5.0	54	84	3	348	29	21	7	41	1.80
77523046--77523316	27	10.0	27	86	0	308	29	21	7	41	1.80
77523753--77523846	6	15.3	6	76	16	86	19	20	14	45	1.85
77523753--77523832	31	2.6	31	95	0	142	18	21	15	45	1.86
77525681--77525736	27	2.1	27	86	0	76	32	19	21	26	1.97
77525718--77525802	27	3.2	26	86	6	116	42	20	7	30	1.78
77525818--77526111	27	10.9	27	85	0	356	28	22	6	41	1.79
77526547--77526634	6	14.3	6	73	17	65	20	20	14	44	1.86
77526547--77526625	31	2.5	31	93	0	131	20	21	13	44	1.86
77529715--77529807	37	2.4	39	83	8	127	26	24	27	20	1.99
77529662--77529842	77	2.3	80	81	7	201	24	24	28	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77531699--77531781	27	3.1	27	85	0	112	33	15	21	28	1.94
77531763--77531853	27	3.4	26	83	6	110	42	20	7	28	1.80
77531763--77531875	54	2.1	54	83	3	138	40	19	8	30	1.82
77531859--77532156	27	11.0	27	84	4	341	30	20	6	42	1.76
77531859--77532156	54	5.5	54	86	1	391	30	20	6	42	1.76
77532423--77532482	27	2.3	26	82	2	66	23	23	18	35	1.96
77532622--77532678	18	3.2	17	78	9	51	21	15	15	47	1.82
77533798--77533918	60	2.0	60	95	0	215	37	23	19	19	1.95
77543723--77543877	42	3.6	44	77	10	167	30	26	16	26	1.96
77550727--77550760	16	2.3	15	90	10	52	35	8	8	47	1.66
77551039--77551128	28	3.2	28	91	0	144	28	25	10	35	1.88
77551039--77551145	28	3.8	28	88	0	142	28	27	10	34	1.89
77552696--77552729	18	1.9	18	88	5	52	29	11	20	38	1.88
77553775--77553886	29	3.9	29	78	1	118	24	30	16	28	1.97
77553782--77553894	58	2.0	57	85	1	154	23	29	15	30	1.96
77553966--77554013	19	2.6	19	83	3	53	18	31	16	33	1.94
77554107--77554152	24	2.0	23	82	4	56	17	17	15	50	1.79
77557538--77557607	33	2.1	33	91	0	113	44	8	22	24	1.81
77569286--77569492	53	3.8	53	76	3	198	19	23	17	39	1.92
77571219--77571273	18	3.2	17	76	19	60	3	34	0	61	1.13
77573806--77573988	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
77581226--77581408	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77583150--77583239	28	3.2	28	84	4	121	22	23	22	32	1.98
77583150--77583263	28	4.2	28	82	5	112	21	22	21	33	1.97
77591638--77591726	24	3.8	24	82	5	110	13	23	23	39	1.90
77597195--77597319	40	3.1	40	77	6	110	24	28	24	21	1.99
77599427--77599728	97	3.2	96	91	4	461	29	30	7	31	1.86
77599427--77599728	48	6.3	49	90	5	458	29	30	7	31	1.86
77599427--77599728	146	2.1	143	88	5	450	29	30	7	31	1.86
77603084--77603123	16	2.5	16	95	0	71	30	32	27	10	1.89
77603159--77603327	40	4.3	40	92	3	288	28	26	18	26	1.98
77606009--77606263	49	5.3	49	91	3	394	29	30	7	31	1.85
77609611--77609651	16	2.6	16	100	0	82	31	29	29	9	1.89
77609678--77609869	40	4.8	40	91	0	303	26	27	20	26	1.99
77610320--77611422	561	2.0	560	96	0	2055	30	21	15	31	1.94
77612551--77612901	49	7.3	49	92	3	563	29	31	7	31	1.86
77612551--77612901	146	2.4	144	92	3	566	29	31	7	31	1.86
77618743--77618797	18	3.0	18	81	10	67	58	3	0	38	1.16
77618894--77618937	18	2.6	17	79	10	54	22	4	2	70	1.17
77622306--77622331	12	2.2	12	100	0	52	26	11	7	53	1.63
77634679--77634885	40	5.2	40	84	2	247	25	20	27	27	1.99
77638496--77638681	40	4.7	40	86	5	227	25	26	22	25	2.00
77646512--77646698	40	4.7	40	83	9	204	25	27	22	25	2.00
77646512--77646698	81	2.3	82	80	11	217	25	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77648962--77649049	44	2.0	44	93	0	149	29	28	20	21	1.98
77652800--77652829	15	2.0	15	100	0	60	53	13	6	26	1.64
77662280--77662331	27	2.0	25	85	7	68	48	19	15	17	1.82
77686819--77686930	29	4.0	27	73	14	91	27	16	31	25	1.96
77692217--77692376	46	3.5	45	84	9	155	28	19	30	22	1.98
77692263--77692531	48	5.7	47	74	9	208	26	17	30	24	1.97
77693664--77693703	21	2.0	20	85	14	55	12	40	27	20	1.88
77701501--77701613	38	3.0	38	92	0	172	22	23	26	28	1.99
77701606--77701760	43	3.6	43	96	0	283	10	27	32	29	1.91
77702090--77702197	45	2.5	42	83	8	119	23	23	26	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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