genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  225  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66631381--66631569	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
66633107--66633192	30	2.9	30	87	6	113	15	30	30	24	1.95
66662569--66662607	20	1.9	21	89	5	62	20	7	0	71	1.10
66664549--66664745	80	2.5	80	84	3	261	26	20	26	26	1.99
66664545--66664748	40	5.1	40	81	2	214	25	21	27	25	1.99
66670370--66670573	40	5.1	40	80	2	205	26	22	26	24	2.00
66670373--66670573	80	2.5	80	80	3	233	26	21	26	24	1.99
66678255--66678288	18	1.9	18	88	5	52	29	8	20	41	1.82
66679326--66679436	29	3.9	29	75	6	95	26	31	13	28	1.94
66681099--66681161	27	2.4	27	94	2	110	46	14	22	17	1.84
66692350--66692383	13	2.5	14	90	4	52	26	0	5	67	1.13
66692532--66692808	50	5.5	50	78	5	272	27	16	23	32	1.96
66692531--66692716	101	1.8	101	82	0	237	26	17	24	31	1.97
66693019--66693050	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
66693575--66693610	17	2.1	18	89	5	56	44	19	19	16	1.87
66696161--66696186	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
66696317--66696355	15	2.6	15	92	8	62	15	17	15	51	1.77
66712021--66712135	27	4.3	26	84	11	124	33	22	24	19	1.97
66712045--66712134	28	3.3	27	86	7	112	33	23	24	18	1.97
66712021--66712135	54	2.1	53	85	6	151	33	22	24	19	1.97
66716655--66716827	46	3.7	46	77	13	210	21	20	27	30	1.98
66716652--66716822	93	1.8	93	96	0	315	21	20	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66720454--66720628	29	6.0	29	85	4	210	26	30	16	27	1.96
66727085--66727230	29	5.0	29	80	5	152	25	30	17	26	1.97
66730589--66730761	46	3.7	46	76	13	192	23	20	26	29	1.99
66730586--66730756	93	1.8	93	93	0	297	23	21	26	28	1.99
66733510--66733571	26	2.3	27	75	10	74	35	25	8	30	1.85
66733676--66733789	27	4.2	26	87	4	138	21	22	20	35	1.96
66735599--66735631	4	8.2	4	100	0	66	24	0	24	51	1.48
66736633--66736673	17	2.4	16	88	8	55	73	0	7	19	1.07
66738748--66738772	13	1.9	13	100	0	50	8	36	32	24	1.84
66743058--66743167	29	3.8	29	78	1	114	28	16	30	25	1.97
66746018--66746050	16	2.1	16	94	0	57	48	30	6	15	1.69
66747492--66747610	29	4.2	29	78	6	127	29	14	29	26	1.95
66747496--66747608	58	2.0	57	84	5	147	29	15	30	25	1.95
66750220--66750276	30	1.9	30	88	0	87	12	26	33	28	1.92
66754193--66754385	40	4.8	40	84	5	196	24	27	23	23	2.00
66757456--66757530	27	2.7	28	79	4	98	34	25	13	26	1.93
66757660--66757692	16	2.0	17	88	5	50	36	24	0	39	1.56
66758715--66758771	25	2.3	24	84	6	69	7	15	1	75	1.10
66764484--66764518	18	2.1	16	89	10	52	28	20	0	51	1.47
66771848--66771908	30	2.0	30	83	0	77	32	24	6	36	1.81
66773107--66773289	46	4.0	46	92	0	285	25	31	8	34	1.86
66773263--66773594	47	7.1	47	94	0	531	26	29	11	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66777289--66777347	30	2.0	30	82	0	73	40	5	27	27	1.77
66777568--66777614	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
66777964--66778146	51	3.6	51	79	4	226	25	19	24	31	1.98
66777962--66778246	50	5.7	50	77	4	250	25	18	25	30	1.98
66777962--66778196	101	2.3	101	92	0	389	25	18	24	31	1.97
66778453--66778484	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
66781816--66781876	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
66784456--66784613	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
66784456--66784643	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
66792529--66792686	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
66792529--66792716	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
66796709--66796888	77	2.3	80	85	5	242	25	21	28	25	1.99
66796709--66796891	40	4.6	39	83	6	219	24	21	28	25	1.99
66815609--66815825	3	72.0	3	67	19	98	31	4	1	62	1.22
66815699--66815820	44	2.8	44	80	7	124	33	4	0	60	1.24
66815766--66815817	20	2.5	22	82	14	58	30	5	1	61	1.30
66816083--66816139	16	3.6	15	80	17	62	33	1	0	64	1.04
66816081--66816123	15	2.8	15	83	16	61	32	2	0	65	1.06
66816076--66816131	14	3.8	14	72	21	51	32	1	0	66	1.03
66816115--66816164	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
66818123--66818222	42	2.3	43	83	5	141	26	18	24	32	1.97
66818082--66818240	43	3.7	43	74	10	146	26	18	25	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66820398--66820435	19	2.0	20	89	5	60	71	0	7	21	1.11
66820850--66820915	24	2.8	24	88	0	96	22	18	33	25	1.97
66824478--66824539	31	2.0	31	87	0	88	29	19	16	35	1.93
66827775--66827834	24	2.5	22	80	17	66	33	16	28	21	1.95
66834171--66834195	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
66838670--66838854	40	4.7	40	80	9	184	25	21	26	26	2.00
66838725--66838877	79	1.9	79	79	12	172	27	20	26	26	1.99
66845227--66845409	79	2.3	80	81	9	207	25	21	27	25	2.00
66845227--66845409	40	4.7	40	83	7	207	25	21	27	25	2.00
66845278--66845432	79	2.0	79	82	10	192	27	21	26	24	2.00
66851270--66851294	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
66853845--66854030	55	3.5	53	83	5	230	20	25	18	34	1.96
66854017--66854138	47	2.6	47	94	0	208	25	22	14	36	1.93
66854187--66854272	45	1.9	45	90	0	136	17	25	22	34	1.95
66854276--66854359	44	1.9	44	82	4	107	26	23	14	35	1.93
66854484--66854573	45	2.0	45	97	0	171	37	25	0	36	1.56
66861704--66861862	43	3.7	42	76	10	153	30	27	18	22	1.98
66866986--66867157	48	3.6	48	82	3	186	27	15	29	27	1.96
66872342--66872557	40	5.5	40	90	4	316	24	23	27	25	2.00
66875604--66875673	35	2.0	35	97	0	131	15	8	12	62	1.52
66876178--66876644	236	2.0	237	96	0	855	40	10	24	24	1.87
66879047--66879190	37	3.9	36	71	18	116	26	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66879071--66879256	74	2.5	74	84	1	221	27	22	25	25	2.00
66878958--66879199	111	2.2	111	80	3	281	29	22	24	23	1.99
66881777--66881841	22	3.0	21	76	10	60	46	4	1	47	1.32
66881820--66881852	17	1.9	18	88	11	52	36	12	0	51	1.39
66886635--66886670	13	3.0	12	92	8	56	0	8	0	91	0.41
66887565--66888103	275	1.9	278	83	6	693	45	5	6	42	1.52
66893015--66893041	14	1.9	14	100	0	54	22	22	0	55	1.44
66893012--66893051	11	3.4	11	81	18	53	17	27	0	55	1.43
66896617--66896799	91	2.0	91	100	0	366	33	18	15	32	1.92
66896777--66896870	32	2.9	32	98	0	179	51	7	8	32	1.60
66898930--66898972	12	3.4	12	81	12	50	37	0	0	62	0.95
66902012--66902139	45	2.8	45	77	4	134	41	12	22	23	1.88
66904127--66904284	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
66904127--66904314	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
66907610--66907810	68	3.0	67	77	3	165	35	18	22	23	1.96
66908226--66908518	146	2.0	146	96	0	541	34	13	25	25	1.94
66917201--66917318	42	2.8	42	81	3	139	30	26	19	23	1.98
66917196--66917340	43	3.5	42	78	6	134	33	26	17	22	1.96
66920915--66921031	35	3.3	35	85	1	135	16	9	29	44	1.79
66920935--66921066	35	3.8	35	82	5	153	17	9	30	43	1.80
66922599--66922775	85	2.1	85	90	0	273	20	23	32	23	1.98
66930351--66930387	17	2.1	18	90	5	58	29	32	10	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66934375--66934449	21	3.6	21	75	10	64	28	28	18	25	1.98
66934481--66934520	21	1.9	21	90	10	64	20	12	40	27	1.88
66942268--66942336	26	2.7	26	88	0	102	23	24	28	23	1.99
66951530--66951632	29	3.6	29	92	2	154	26	15	32	26	1.96
66953259--66953441	40	4.6	40	81	9	162	24	26	22	26	2.00
66953257--66953441	80	2.3	82	80	12	215	24	25	22	26	2.00
66956769--66956825	29	2.0	29	89	0	87	29	36	14	19	1.91
66957047--66957118	23	3.1	23	79	0	90	43	19	18	19	1.89
66965722--66965869	51	3.0	49	75	12	165	29	27	16	26	1.97
66965716--66965850	50	2.7	50	81	1	162	28	27	18	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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