genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.288.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86869073--86869336	140	1.9	141	82	8	342	25	27	17	29	1.97
86875052--86875094	22	1.9	23	90	4	70	23	53	2	20	1.57
86886426--86886482	30	1.9	30	85	7	80	43	12	8	35	1.73
86892803--86892937	43	3.2	42	78	9	123	27	16	25	30	1.97
86899218--86899248	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
86903006--86903121	29	4.1	30	81	8	136	27	29	13	29	1.94
86904585--86904617	16	2.1	16	94	0	57	18	3	27	51	1.60
86906912--86907079	43	4.0	42	78	4	167	25	17	25	32	1.97
86906922--86907079	84	1.9	84	82	2	201	25	17	25	31	1.97
86910588--86910849	43	6.1	43	85	3	341	29	30	16	22	1.96
86910588--86910849	85	3.1	86	85	4	325	29	30	16	22	1.96
86912160--86912317	68	2.3	70	78	7	162	19	27	17	35	1.94
86912635--86912672	18	2.1	18	100	0	76	34	21	5	39	1.76
86921003--86921087	43	2.0	43	95	2	154	29	32	15	22	1.94
86921006--86921116	42	2.6	43	84	4	118	34	27	14	24	1.94
86925352--86925386	7	4.9	7	86	6	52	40	45	0	14	1.45
86925352--86925386	15	2.4	15	85	4	54	40	45	0	14	1.45
86927159--86927334	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
86927155--86927326	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
86930243--86930311	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
86930234--86930321	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
86932702--86932874	46	3.8	45	80	13	210	21	20	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86938025--86938240	55	4.0	54	82	6	267	34	16	25	22	1.95
86938032--86938234	108	1.9	110	89	4	322	33	17	25	23	1.97
86938471--86938501	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
86945109--86945145	19	1.9	19	89	10	58	21	0	18	59	1.38
86953404--86953436	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
86960270--86960303	17	2.0	17	88	0	50	58	11	8	20	1.59
86960731--86960784	21	2.6	21	77	16	58	27	31	5	35	1.80
86964234--86964305	29	2.5	28	84	4	81	31	33	13	20	1.92
86972236--86972307	29	2.5	28	84	4	81	31	33	13	20	1.92
86979437--86979467	13	2.4	13	100	0	62	6	19	41	32	1.77
86980858--86980907	25	2.0	25	92	0	82	34	4	32	30	1.76
86980992--86981055	21	3.3	19	70	18	51	45	3	1	50	1.27
86997291--86997707	216	1.9	216	83	5	531	35	8	19	37	1.82
86999570--86999638	25	2.7	25	90	4	111	52	7	2	37	1.44
87000681--87000780	28	3.6	27	84	8	105	27	24	11	38	1.88
87003516--87003602	44	2.0	44	90	0	138	27	19	13	39	1.90
87009313--87009496	40	4.6	40	82	2	208	26	22	25	25	2.00
87012016--87012183	40	4.2	40	80	5	171	27	28	20	23	1.99
87012033--87012183	80	1.9	80	90	5	243	25	27	21	24	1.99
87023724--87023769	19	2.4	19	85	7	58	19	19	13	47	1.81
87031905--87032030	64	2.0	64	96	0	234	29	18	15	37	1.91
87032367--87033041	177	3.8	177	87	3	857	28	17	25	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87032400--87033043	352	1.8	352	87	3	963	27	17	25	29	1.97
87036573--87036618	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
87044560--87044780	40	5.6	40	84	4	279	26	28	21	23	1.99
87049059--87049096	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
87049694--87049736	18	2.4	18	76	0	50	27	6	9	55	1.57
87060299--87060514	29	7.7	29	88	7	277	25	31	14	27	1.95
87060303--87060514	58	3.8	58	87	8	312	25	32	14	27	1.95
87060303--87060516	80	2.6	82	89	5	306	26	31	14	27	1.95
87068351--87068500	47	3.0	47	82	10	138	23	32	15	28	1.95
87068399--87068530	29	4.6	29	100	0	264	27	31	14	26	1.95
87068291--87068500	105	2.0	104	81	5	244	23	33	15	26	1.95
87070817--87070992	46	3.8	46	74	18	175	22	21	27	28	1.99
87070813--87070984	93	1.8	93	88	2	265	22	21	27	27	1.99
87075025--87075154	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
87076516--87076549	16	2.1	16	100	0	68	5	20	11	61	1.50
87080749--87080878	40	3.2	40	82	4	165	24	29	23	22	1.99
87085062--87085285	40	5.6	40	89	2	317	24	28	23	24	2.00
87087818--87087927	40	2.7	41	88	5	163	25	28	20	25	1.99
87087821--87087953	40	3.3	40	82	9	130	27	26	21	25	1.99
87091194--87091287	28	3.3	27	73	8	80	22	18	31	27	1.97
87094750--87094825	22	3.3	22	67	16	64	30	10	31	27	1.90
87094728--87094900	47	3.7	47	93	0	283	32	6	31	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87094742--87094814	25	3.0	25	66	18	73	31	8	30	30	1.86
87102332--87102479	40	3.7	40	82	5	158	25	27	22	25	2.00
87102296--87102479	80	2.3	80	79	10	205	26	26	22	24	2.00
87107830--87107873	23	1.9	23	85	0	61	15	6	27	50	1.70
87114567--87114731	43	3.9	42	75	9	163	24	19	23	32	1.98
87115997--87116033	14	2.8	13	88	11	58	62	10	5	21	1.48
87118297--87118379	40	2.1	40	93	0	139	21	30	26	21	1.99
87120368--87120415	23	2.1	23	96	0	87	64	8	6	20	1.43
87125497--87125579	37	2.2	37	95	0	148	24	34	16	24	1.95
87125627--87125778	48	3.2	48	97	0	277	32	27	5	34	1.81
87125770--87126105	49	6.9	49	95	1	595	29	27	9	33	1.88
87125770--87126105	145	2.3	146	94	1	593	29	27	9	33	1.88
87129670--87129889	78	2.8	80	91	3	333	26	26	20	26	1.99
87129668--87129914	118	2.1	118	86	6	349	27	26	19	25	1.99
87129670--87129889	40	5.6	40	92	3	324	26	26	20	26	1.99
87129879--87130006	40	3.2	40	80	5	143	27	28	20	24	1.99
87129687--87130003	118	2.7	118	82	8	317	28	27	19	25	1.99
87131913--87132003	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
87132043--87132194	48	3.2	48	98	0	286	32	28	5	33	1.81
87132186--87132615	49	8.9	49	96	1	755	29	27	8	34	1.87
87132292--87132367	22	3.3	22	64	10	62	28	27	10	32	1.90
87139407--87139434	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87148168--87148258	46	2.0	46	93	0	155	29	21	20	27	1.98
87150662--87150692	15	2.1	15	100	0	62	35	12	38	12	1.82
87152776--87152804	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
87153671--87153724	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
87154078--87154103	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
87155122--87155175	23	2.3	23	84	9	65	50	1	7	40	1.41
87161754--87161812	29	2.0	29	86	0	82	22	37	22	18	1.94
87162376--87162408	15	2.2	16	89	10	52	72	0	3	24	0.98
87173370--87173431	25	2.4	25	84	10	72	53	3	6	37	1.43
87173378--87173431	25	2.1	27	86	6	76	53	3	5	37	1.42
87175083--87175709	86	7.3	86	91	2	890	19	22	21	36	1.95
87175124--87175702	42	13.5	41	69	13	267	19	22	21	36	1.95
87175081--87175710	258	2.4	258	91	1	980	19	22	21	36	1.95
87176266--87176375	26	4.2	26	92	0	175	33	5	23	37	1.78
87191601--87191770	91	1.8	94	89	3	274	22	21	28	28	1.99
87193815--87193888	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
87193756--87193888	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
87201675--87201748	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
87201616--87201748	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
87208110--87208266	43	3.7	43	76	7	149	23	16	27	32	1.96
87211223--87211398	46	3.8	46	79	12	207	20	20	29	29	1.98
87211220--87211390	93	1.8	93	93	0	297	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87218374--87218435	27	2.3	27	88	0	97	29	9	14	46	1.76
87218388--87218596	54	3.9	53	80	6	204	31	10	18	40	1.84
87218415--87218599	81	2.3	80	83	7	223	31	10	18	38	1.86
87218388--87218606	27	8.2	26	78	10	183	31	10	19	39	1.84
87219925--87219970	24	1.9	24	82	8	58	23	30	4	41	1.74
87221927--87222085	43	3.7	43	72	10	137	23	17	26	32	1.97
87224035--87224138	40	2.6	40	83	1	120	20	26	22	30	1.98
87227022--87227193	93	1.8	93	94	0	308	27	29	22	20	1.98
87227014--87227189	46	3.8	46	80	10	223	28	28	21	20	1.98
87227065--87227208	46	3.1	45	75	11	148	29	29	20	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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