genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.174.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  174  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50545519--50545894	158	2.4	158	75	5	359	29	21	9	39	1.84
50545849--50545971	27	4.7	26	84	4	158	41	19	8	30	1.82
50546010--50546061	27	1.9	27	84	7	70	40	9	11	38	1.74
50546125--50546203	26	3.0	26	87	7	106	31	17	26	24	1.97
50547447--50547507	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
50547557--50547722	24	7.0	24	91	4	248	28	22	22	26	1.99
50547913--50548007	31	3.1	31	95	0	172	40	15	22	22	1.91
50550735--50550862	27	4.7	27	76	9	100	37	19	10	32	1.85
50550744--50550862	54	2.2	54	80	5	134	38	20	10	31	1.85
50550839--50551131	27	10.9	27	83	4	306	27	20	8	43	1.80
50551055--50551329	27	10.1	27	77	8	110	37	19	9	33	1.84
50550974--50551265	54	5.4	54	77	6	153	33	19	9	37	1.84
50550934--50551167	81	2.9	81	83	2	184	30	18	9	41	1.82
50551391--50551482	27	3.4	27	84	3	114	33	18	26	21	1.96
50552727--50552787	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
50552837--50553002	24	7.0	24	90	4	239	28	22	21	27	1.99
50553193--50553287	31	3.1	31	90	0	154	41	13	22	23	1.89
50555165--50555198	17	2.0	17	88	0	50	23	17	17	41	1.90
50563513--50563540	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
50565217--50565256	16	2.4	17	83	8	55	12	7	32	47	1.69
50568127--50568212	29	3.0	28	83	3	109	27	26	15	30	1.96
50568200--50568242	18	2.5	17	81	7	50	32	27	6	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50570663--50570697	18	1.9	18	100	0	70	37	17	11	34	1.85
50570664--50570704	18	2.3	18	91	0	64	39	17	14	29	1.89
50577255--50577319	28	2.3	28	75	0	67	36	9	24	29	1.86
50577428--50577479	26	2.0	26	96	0	95	17	15	28	38	1.90
50577392--50577518	65	2.0	65	88	0	191	18	17	29	35	1.93
50577457--50577669	39	5.5	39	90	1	320	18	22	29	30	1.97
50586118--50586281	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
50586118--50586315	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
50590832--50591036	80	2.6	80	88	6	283	33	10	17	39	1.84
50590838--50591190	27	13.1	28	80	10	283	33	10	17	38	1.85
50596509--50596668	43	3.7	42	74	8	126	30	23	20	25	1.98
50599655--50599737	40	2.1	40	84	4	105	26	20	22	30	1.98
50599929--50600039	52	2.1	52	96	1	204	41	6	20	31	1.77
50601536--50601635	42	2.4	42	81	1	137	29	19	21	31	1.97
50601497--50601653	43	3.7	42	73	13	133	26	18	23	31	1.97
50607700--50607965	47	5.5	49	90	4	373	29	31	8	30	1.87
50607700--50607964	97	2.8	94	89	4	379	29	31	8	30	1.87
50610433--50610717	47	6.1	47	92	0	401	33	10	30	25	1.89
50610553--50610627	22	3.3	22	64	29	57	30	13	30	25	1.94
50610691--50610873	46	4.0	46	93	0	285	34	8	32	24	1.86
50612358--50612732	40	9.4	40	94	1	635	25	20	26	26	1.99
50612762--50612915	57	2.7	57	87	2	204	21	18	29	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50612796--50612891	29	3.3	29	78	8	106	21	15	32	30	1.95
50612819--50612915	28	3.4	28	80	8	124	20	16	29	32	1.95
50623081--50623264	49	3.8	49	79	8	223	26	18	26	29	1.98
50625305--50625490	76	2.4	78	83	7	236	31	25	21	22	1.98
50625305--50625465	38	4.2	38	90	1	223	32	24	21	21	1.97
50633444--50633615	38	4.5	38	82	2	193	35	23	19	21	1.96
50633444--50633615	76	2.2	78	86	2	231	35	23	19	21	1.96
50635441--50635566	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
50635380--50635566	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
50641409--50641448	19	2.1	19	95	0	71	50	22	17	10	1.76
50652139--50652307	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
50654497--50654614	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
50654465--50654628	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
50656447--50656564	31	3.5	35	85	13	135	22	22	16	38	1.93
50656470--50656564	31	3.1	31	95	0	172	23	21	15	40	1.91
50656756--50656898	24	6.0	24	87	5	184	27	23	21	27	1.99
50656756--50656893	47	2.9	47	87	6	181	28	23	22	26	1.99
50656947--50657007	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
50657050--50657097	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
50661649--50661687	18	2.3	16	82	8	51	53	0	5	41	1.23
50662200--50662353	43	3.6	42	78	8	139	25	15	26	31	1.96
50671795--50671896	31	3.1	31	75	17	105	29	23	12	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50671772--50671881	38	2.9	38	93	1	175	29	24	11	34	1.91
50672089--50672374	24	12.0	24	92	4	431	27	21	21	29	1.99
50672110--50672375	71	3.7	72	91	4	432	27	20	21	30	1.98
50672433--50672489	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
50672429--50672491	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
50673739--50673822	27	3.1	27	91	3	125	20	25	22	32	1.98
50673883--50674113	27	8.5	27	77	6	144	30	9	20	38	1.85
50673869--50674077	54	3.8	54	76	9	163	31	10	18	39	1.85
50673972--50674124	81	1.9	81	84	2	209	30	7	22	39	1.81
50674092--50674356	27	9.8	27	85	1	334	40	8	22	29	1.83
50674362--50674450	27	3.3	26	85	6	108	32	10	16	40	1.82
50674362--50674465	27	3.9	27	75	12	90	34	9	16	39	1.81
50676995--50677160	40	4.2	39	79	9	169	26	22	27	23	2.00
50685000--50685150	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
50685037--50685166	40	3.2	40	82	2	163	23	23	27	25	2.00
50688325--50688434	38	2.9	38	93	4	177	28	24	12	34	1.92
50688348--50688449	38	3.1	31	76	17	105	28	23	13	34	1.93
50688646--50688753	27	3.9	27	75	13	94	31	9	18	40	1.82
50688736--50688874	27	5.2	27	81	10	151	28	7	23	41	1.80
50688737--50688838	53	1.9	53	88	4	152	29	7	20	42	1.80
50688853--50689117	27	9.8	26	83	5	289	40	8	22	28	1.83
50688853--50689117	54	4.9	54	87	2	354	40	8	22	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50688854--50689117	81	3.3	81	88	4	361	40	8	21	28	1.83
50689123--50689212	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
50689106--50689212	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
50689123--50689227	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
50702552--50702669	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
50702520--50702683	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
50716577--50716607	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
50716660--50716689	15	1.9	16	93	6	53	36	13	0	50	1.42
50723215--50723389	46	3.8	46	76	10	185	30	29	19	21	1.97
50723223--50723394	93	1.8	93	91	0	281	29	29	19	20	1.97
50737502--50737589	40	2.2	40	85	4	115	25	28	23	22	1.99
50747422--50747509	40	2.2	40	81	4	106	25	27	25	22	2.00
50751761--50751941	40	4.5	39	84	2	191	25	22	27	24	2.00
50751761--50751968	80	2.6	80	80	2	213	25	21	27	26	1.99
50751795--50751968	40	4.4	40	83	2	208	25	20	27	26	1.99
50759711--50759912	40	5.1	39	82	7	226	25	22	26	26	2.00
50759711--50759918	80	2.6	80	81	3	249	25	22	25	25	2.00
50767478--50767696	24	9.1	24	97	0	375	36	25	18	20	1.95
50775513--50775657	39	3.7	40	85	5	179	22	22	31	23	1.98
50783520--50783661	39	3.6	40	81	2	164	24	20	30	24	1.99
50792054--50792111	30	1.9	30	82	0	71	22	27	27	22	1.99
50797153--50797360	40	5.2	40	81	2	193	25	23	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50797195--50797360	80	2.1	80	85	4	219	24	24	27	23	2.00
50809198--50809486	147	2.0	147	89	1	445	39	18	12	28	1.88
50813248--50813290	22	1.9	23	90	4	70	20	53	4	20	1.63
50822149--50822376	46	5.0	46	98	0	429	33	7	27	31	1.84
50822380--50822490	47	2.4	47	89	0	168	36	9	27	27	1.87
50825051--50825314	40	6.6	40	95	0	429	25	21	28	25	1.99
50825978--50826113	40	3.4	40	75	8	116	26	23	26	23	2.00
50828780--50828961	46	4.0	46	97	0	337	34	7	27	31	1.84
50828965--50829075	47	2.4	47	89	0	168	36	9	27	27	1.87
50832137--50832214	39	2.0	39	97	0	147	46	19	5	29	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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