genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.341.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  341  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103042481--103042754	46	6.0	46	87	1	363	22	23	13	40	1.89
103042486--103042758	92	3.0	92	92	2	433	21	23	13	41	1.89
103044893--103044957	11	6.1	11	73	10	55	67	1	0	30	1.00
103046189--103046231	21	2.0	21	81	0	50	32	13	20	32	1.92
103053660--103053714	28	2.0	28	88	0	83	10	14	7	67	1.41
103065009--103065059	22	2.3	22	83	12	61	37	3	11	47	1.59
103069058--103069142	44	1.9	45	85	2	118	25	18	23	31	1.97
103069068--103069226	43	3.7	43	74	9	146	25	18	25	30	1.98
103080074--103080230	43	3.7	43	75	10	160	24	17	26	31	1.97
103083543--103083693	42	3.6	42	93	0	239	32	13	16	37	1.88
103086520--103086563	22	2.0	23	95	4	81	40	13	2	43	1.57
103098557--103098606	25	2.0	25	100	0	100	24	28	8	40	1.83
103099115--103099208	42	2.2	43	92	1	154	20	23	11	44	1.84
103102018--103102755	246	2.9	248	85	3	933	21	18	20	38	1.93
103102267--103102754	261	1.9	261	90	0	780	22	18	20	38	1.93
103117563--103117597	18	1.9	18	88	0	52	31	8	25	34	1.86
103118209--103118338	26	5.1	26	87	1	185	26	21	22	29	1.99
103118209--103118338	52	2.6	51	93	3	219	26	21	22	29	1.99
103118388--103118462	20	3.8	20	87	6	102	33	18	10	37	1.86
103118490--103118537	25	1.9	25	91	0	78	29	14	20	35	1.93
103124715--103124740	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
103144858--103144934	20	3.7	20	73	18	59	25	9	0	64	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103144847--103144985	14	9.9	13	67	20	52	27	7	0	64	1.26
103144864--103144937	29	2.6	28	78	16	80	27	8	0	64	1.21
103144849--103144943	15	6.7	15	69	24	64	26	7	1	65	1.26
103144916--103144982	21	3.0	23	72	21	63	29	7	0	62	1.22
103145026--103145062	15	2.4	16	82	13	51	24	0	0	75	0.80
103145027--103145069	18	2.3	19	84	4	52	23	0	2	74	0.93
103145051--103145149	24	4.2	23	67	23	62	30	10	3	56	1.47
103147772--103147802	14	2.1	15	94	5	55	51	6	6	35	1.53
103149798--103149827	15	2.0	15	93	0	51	26	3	26	43	1.70
103149973--103150003	9	3.6	9	95	4	55	67	0	0	32	0.91
103151064--103151089	13	2.0	13	100	0	52	15	23	15	46	1.83
103156162--103156228	31	2.1	32	84	13	86	49	11	4	34	1.60
103158812--103158858	24	2.0	24	83	8	60	57	25	6	10	1.56
103162170--103162350	38	4.7	37	83	10	184	22	20	25	31	1.98
103164343--103164632	3	95.7	3	67	13	76	27	8	2	61	1.39
103164344--103164403	31	1.9	32	86	3	86	26	5	1	66	1.21
103164666--103164698	16	1.9	18	88	11	52	24	12	0	63	1.28
103164700--103164738	17	2.3	17	90	0	60	25	7	0	66	1.18
103166793--103166874	26	3.2	26	96	0	155	30	6	26	36	1.81
103171794--103171845	19	2.7	20	85	5	63	26	19	7	46	1.77
103179808--103180036	44	5.3	42	70	9	138	31	20	23	24	1.98
103179781--103180043	130	2.0	132	86	2	370	31	20	22	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103180048--103180577	88	6.0	88	89	0	765	27	23	20	27	1.99
103180631--103180803	96	1.8	95	83	3	231	28	19	22	28	1.98
103180566--103180817	140	1.8	140	88	0	387	31	20	21	26	1.98
103180531--103180851	140	2.3	140	81	1	383	30	20	22	26	1.98
103180823--103181108	137	2.1	134	90	4	452	33	17	19	30	1.95
103182653--103182712	31	1.9	32	86	3	86	26	5	1	66	1.21
103182769--103182817	19	2.6	18	87	9	71	44	4	0	51	1.20
103182769--103182819	22	2.3	22	82	0	66	45	3	0	50	1.20
103182787--103182817	16	1.9	16	93	0	53	45	0	0	54	0.99
103182870--103182987	3	40.3	3	66	11	57	30	8	1	59	1.37
103183011--103183049	17	2.3	17	90	0	60	25	7	0	66	1.18
103183042--103183076	17	2.1	17	88	0	52	25	0	8	65	1.21
103183055--103183112	26	2.3	26	77	19	68	31	5	5	58	1.42
103184415--103184460	18	2.5	20	82	13	62	34	4	6	54	1.46
103184873--103185070	43	4.6	41	81	9	209	27	31	17	23	1.96
103184872--103185070	86	2.3	86	83	5	244	28	31	17	23	1.96
103188312--103188347	16	2.2	16	100	0	72	33	22	5	38	1.77
103188634--103188703	3	23.7	3	74	8	54	0	44	1	54	1.09
103189140--103189174	7	5.0	7	89	0	52	42	0	2	54	1.15
103190948--103191222	27	10.2	27	84	4	358	27	22	9	40	1.85
103191227--103191422	27	7.3	27	85	0	248	35	19	19	25	1.95
103191621--103191703	27	3.1	26	84	8	105	20	22	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103191791--103191849	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
103192014--103192087	27	2.8	25	84	10	85	17	24	21	36	1.95
103192205--103192475	6	44.8	6	74	16	222	20	18	13	47	1.81
103192205--103192475	30	9.4	30	81	12	316	20	18	13	47	1.81
103192205--103192475	85	3.2	85	96	0	499	20	18	13	47	1.81
103193710--103193753	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
103196839--103196870	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
103198167--103198653	241	2.0	241	96	0	893	33	17	14	34	1.91
103198832--103198998	9	17.6	9	75	10	127	46	22	0	30	1.56
103198849--103198965	39	3.0	39	96	0	207	46	22	0	31	1.52
103198888--103198996	57	1.9	57	88	0	164	45	24	0	28	1.59
103198832--103198994	39	4.3	37	86	6	186	47	22	0	30	1.56
103205333--103205391	21	2.8	21	75	12	57	38	38	0	22	1.54
103205837--103205870	16	2.1	17	88	5	52	14	0	32	52	1.42
103205941--103206071	41	3.2	40	80	8	147	26	20	18	34	1.96
103207897--103207962	29	2.4	27	77	22	66	46	4	0	48	1.22
103207946--103208017	20	3.4	20	70	20	56	52	1	4	41	1.29
103215100--103215132	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
103228272--103228321	26	1.9	27	84	8	68	26	14	20	40	1.90
103229808--103229916	26	4.2	26	96	1	193	36	25	4	33	1.77
103234070--103234119	26	1.9	27	84	8	68	24	16	22	38	1.93
103235599--103235707	26	4.2	26	96	1	184	36	24	4	33	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103238744--103238827	26	3.2	26	94	0	141	34	4	23	36	1.76
103245662--103245890	46	5.0	46	86	3	237	41	14	23	20	1.89
103245667--103245895	93	2.5	92	82	3	255	41	14	23	21	1.89
103247167--103247196	15	1.9	16	93	6	53	56	0	0	43	0.99
103247157--103247199	22	2.0	21	86	13	61	53	2	0	44	1.13
103262883--103262914	16	2.0	16	93	0	55	40	40	6	12	1.68
103264362--103264402	14	2.9	15	78	14	59	34	0	9	56	1.32
103264612--103264643	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
103264738--103264831	35	2.8	31	78	15	89	34	7	4	54	1.48
103267367--103267402	9	4.1	9	92	7	65	19	0	0	80	0.71
103272909--103272979	36	2.0	36	85	0	97	38	14	22	25	1.92
103275430--103275524	49	1.9	49	89	0	145	31	23	14	30	1.94
103278962--103279019	28	2.1	28	93	0	98	29	31	15	24	1.95
103279457--103279486	14	2.1	14	93	0	51	33	30	16	20	1.94
103280530--103280571	21	2.0	21	86	4	59	61	0	0	38	0.96
103281101--103281468	182	2.0	183	96	0	684	31	15	16	37	1.89
103281834--103281888	22	2.5	22	96	0	101	18	43	9	29	1.80
103289873--103289904	3	10.7	3	100	0	64	0	65	0	34	0.93
103292166--103292228	23	2.8	23	82	2	74	22	31	14	31	1.93
103294828--103294906	27	2.9	27	83	3	70	31	15	25	27	1.95
103297834--103298044	64	3.2	64	62	25	146	30	26	17	26	1.97
103297800--103298086	137	2.1	137	98	0	547	31	25	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103299872--103299981	26	4.2	26	92	0	175	37	22	4	35	1.75
103308187--103308270	43	1.9	45	87	4	127	52	0	0	47	1.00
103308223--103308265	16	2.7	16	85	7	52	46	0	0	53	1.00
103308192--103308289	43	2.2	42	80	10	108	54	0	0	45	1.00
103309216--103309309	38	2.5	38	94	0	170	38	10	24	26	1.88
103311430--103311473	22	2.0	22	90	0	70	40	0	4	54	1.21
103313254--103313298	20	2.2	20	88	0	63	33	17	31	17	1.94
103316705--103316812	27	4.0	27	81	8	103	19	24	20	36	1.95
103316705--103316812	54	2.0	54	83	3	137	19	24	20	36	1.95
103322158--103322834	70	9.7	69	74	6	344	31	21	19	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378