genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.292.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  292  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88335649--88335831	67	2.8	64	78	8	201	30	16	30	22	1.96
88336906--88336930	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
88340078--88340260	67	2.8	64	78	8	201	30	16	30	22	1.96
88341339--88341369	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
88343297--88343490	55	3.6	54	82	4	221	22	24	17	36	1.95
88349236--88349439	107	1.9	106	81	4	234	40	18	7	33	1.78
88352596--88352655	15	4.1	14	72	10	57	5	15	3	76	1.08
88353782--88353831	26	1.9	26	95	0	91	52	4	10	34	1.54
88354025--88354062	19	2.0	19	90	10	60	18	5	15	60	1.53
88359479--88359521	11	4.1	10	80	11	50	16	2	27	53	1.55
88361174--88361335	39	4.2	39	91	0	261	22	19	33	24	1.97
88361174--88361366	39	4.9	39	87	0	251	22	21	32	23	1.98
88370235--88370392	40	4.0	39	81	6	174	25	22	25	27	2.00
88370242--88370390	79	1.9	81	87	2	221	26	21	24	27	1.99
88370236--88370409	79	2.2	80	81	5	217	24	23	25	26	2.00
88378242--88378420	40	4.4	40	82	3	198	25	22	26	25	2.00
88378242--88378420	80	2.2	81	86	3	245	25	22	26	25	2.00
88378276--88378450	80	2.2	79	81	3	197	27	22	24	25	2.00
88385523--88385602	15	5.4	15	79	7	83	10	18	13	57	1.64
88385514--88385601	30	3.0	29	79	11	88	10	18	15	55	1.68
88387522--88387692	46	3.7	45	77	17	172	23	18	27	30	1.97
88392166--88392382	40	5.5	40	90	2	314	23	22	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88392166--88392382	79	2.7	80	89	3	314	23	22	27	27	1.99
88393162--88393241	15	5.4	15	79	7	83	10	18	13	57	1.64
88393153--88393240	30	3.0	29	79	11	88	10	18	15	55	1.68
88395162--88395334	46	3.8	44	77	11	143	23	17	28	29	1.97
88395153--88395326	93	1.9	93	87	2	260	23	18	28	28	1.98
88401209--88401323	6	18.7	6	68	21	69	48	14	16	20	1.81
88401220--88401344	31	4.1	31	92	1	198	49	13	16	20	1.79
88401489--88401608	27	4.5	26	80	8	109	35	18	25	20	1.95
88401749--88401813	22	3.0	22	77	8	69	33	21	23	21	1.97
88402067--88402098	16	2.0	16	93	0	55	28	18	21	31	1.97
88402255--88402727	27	17.6	27	87	2	628	24	21	21	32	1.97
88402712--88403070	27	13.3	27	77	9	94	32	8	20	38	1.83
88402845--88403106	27	9.7	27	86	0	344	31	7	21	39	1.81
88402767--88403106	54	6.3	54	85	1	394	31	8	20	39	1.82
88403947--88404062	29	4.1	30	80	8	127	26	29	14	29	1.95
88403947--88404058	58	1.9	57	83	5	145	25	30	15	28	1.96
88404131--88404167	19	2.0	18	89	5	56	18	32	16	32	1.93
88409020--88409079	21	2.9	21	77	5	68	53	16	16	13	1.73
88409020--88409100	42	1.9	42	85	5	110	53	14	16	16	1.74
88412687--88412825	43	3.2	43	83	9	176	31	23	15	28	1.96
88415947--88416150	38	5.3	38	80	5	203	20	21	26	32	1.97
88415956--88416150	76	2.5	78	83	2	232	20	20	26	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88421307--88421406	27	3.5	28	84	5	121	34	28	13	25	1.93
88422248--88422272	7	3.6	7	100	0	50	60	28	0	12	1.32
88429169--88429268	27	3.5	28	84	5	121	34	28	13	25	1.93
88429803--88429839	2	18.0	2	94	5	65	48	0	2	48	1.15
88430119--88430143	7	3.6	7	100	0	50	60	28	0	12	1.32
88432402--88432531	43	3.0	43	76	8	131	25	16	26	31	1.97
88433272--88433297	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
88440598--88440759	43	3.8	43	80	3	191	32	24	14	28	1.95
88441735--88441776	21	2.0	21	100	0	84	47	19	4	28	1.69
88442942--88443059	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
88442910--88443073	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
88450043--88450160	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
88450011--88450174	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
88452748--88452848	27	3.8	27	84	1	132	34	19	22	22	1.96
88459915--88459954	12	3.3	12	89	0	62	12	7	0	80	0.91
88459915--88459959	6	7.5	6	82	0	54	13	8	0	77	0.98
88459915--88459979	24	2.7	24	80	7	69	16	7	0	75	1.03
88460291--88460324	15	2.3	15	100	0	68	11	14	5	67	1.39
88463101--88463263	70	2.3	71	98	1	319	34	17	28	19	1.94
88470654--88470816	70	2.3	71	98	1	319	34	17	28	19	1.94
88473524--88473566	18	2.4	18	84	3	52	13	30	39	16	1.87
88479229--88479396	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88483380--88483508	46	2.8	46	90	2	197	20	20	27	31	1.98
88487852--88488030	40	4.4	40	84	0	205	25	22	26	25	2.00
88487852--88488030	80	2.2	81	86	1	252	25	22	26	25	2.00
88487886--88488070	80	2.3	80	82	2	203	27	22	24	24	2.00
88493477--88493606	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
88493477--88493640	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
88500798--88500927	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
88500798--88500960	40	4.1	40	78	5	145	22	28	24	25	1.99
88506245--88506518	80	3.4	80	83	6	356	28	23	8	39	1.84
88506245--88506518	27	10.2	27	85	3	331	28	23	8	39	1.84
88506443--88506720	27	10.2	27	76	9	100	37	20	8	34	1.82
88506318--88506546	54	4.3	54	80	1	147	30	22	7	39	1.82
88506497--88506636	54	2.6	54	82	4	183	38	22	7	31	1.82
88506497--88506749	81	3.1	80	73	8	217	38	20	9	32	1.84
88506497--88506749	54	4.7	53	74	10	181	38	20	9	32	1.84
88506506--88506726	27	8.1	27	77	6	140	39	19	8	33	1.82
88507556--88507591	8	4.5	8	92	0	63	44	22	22	11	1.84
88508100--88508178	9	7.9	11	73	18	75	35	8	20	35	1.84
88508098--88508180	20	4.2	20	93	0	148	36	10	19	33	1.86
88508235--88508362	25	5.2	25	83	12	140	30	18	22	28	1.98
88508235--88508332	25	4.1	23	88	8	144	29	19	21	29	1.97
88508235--88508332	48	2.1	47	92	1	160	29	19	21	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88508547--88508610	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
88517158--88517197	14	2.6	15	84	15	55	25	20	42	12	1.86
88517169--88517196	14	2.0	14	100	0	56	21	21	42	14	1.88
88522998--88523126	40	3.2	40	83	6	154	24	22	27	25	2.00
88527889--88528163	47	5.9	44	74	12	133	28	17	28	25	1.98
88527956--88528163	47	4.4	47	80	10	214	27	18	29	24	1.98
88527942--88528163	93	2.4	94	79	8	238	28	18	28	23	1.98
88529056--88529175	28	4.3	28	93	1	206	13	20	48	17	1.81
88531868--88532006	42	3.2	42	78	12	140	35	24	14	25	1.93
88531837--88532006	43	4.0	42	77	11	148	34	23	15	25	1.95
88532582--88532648	32	2.1	32	100	0	134	31	25	0	43	1.55
88536006--88536104	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
88536088--88536189	41	2.5	41	100	0	204	29	25	14	30	1.95
88540108--88540970	48	18.0	48	93	0	1377	34	6	27	31	1.82
88541015--88541159	37	3.9	37	95	0	254	24	20	32	23	1.98
88546204--88546326	43	2.9	43	82	11	155	33	26	16	24	1.96
88546204--88546343	43	3.3	43	81	16	148	33	26	15	24	1.95
88549815--88549884	27	2.5	28	90	2	106	25	14	30	30	1.95
88554224--88554265	21	2.0	21	100	0	84	23	14	0	61	1.32
88556352--88556402	24	2.1	24	100	0	102	29	11	23	35	1.90
88556416--88556458	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
88557791--88557828	20	2.0	20	89	5	60	36	2	5	55	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88559570--88559650	41	2.0	41	97	0	153	32	28	7	32	1.85
88560502--88560620	46	2.6	45	82	4	148	27	16	21	33	1.95
88562081--88562118	2	19.5	2	89	5	60	50	0	0	50	1.00
88562162--88562189	7	4.0	7	100	0	56	57	0	14	28	1.38
88562907--88562954	22	2.2	22	88	0	69	33	16	6	43	1.73
88562915--88562965	22	2.3	22	100	0	102	27	19	7	45	1.78
88563350--88563457	26	4.2	26	89	0	171	32	8	22	37	1.84
88569343--88569554	40	5.3	40	92	3	315	23	21	27	27	1.99
88569343--88569554	79	2.7	79	89	3	311	23	21	27	27	1.99
88573538--88573659	37	3.3	37	97	0	226	21	33	19	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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