genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  237  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70169793--70169855	28	2.2	28	94	2	108	28	17	28	25	1.97
70175314--70175480	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
70183321--70183486	40	4.2	40	80	4	165	25	22	27	24	2.00
70196120--70196251	29	4.6	29	94	1	212	25	31	15	26	1.96
70201846--70201878	16	1.9	18	88	11	52	18	15	18	48	1.81
70202612--70202651	21	1.9	21	89	0	62	30	22	22	25	1.99
70205482--70205592	57	1.9	57	96	0	204	25	17	23	34	1.96
70206142--70206209	20	3.3	20	69	15	66	26	0	25	48	1.51
70206131--70206217	42	2.1	42	100	0	174	25	0	24	50	1.49
70206876--70207048	46	3.7	46	79	4	195	23	20	27	28	1.99
70206869--70207040	93	1.8	93	89	0	272	22	20	27	28	1.99
70210170--70210226	30	1.9	30	85	0	78	26	24	5	43	1.75
70212706--70213294	101	5.9	100	86	4	641	26	19	24	29	1.98
70212811--70213294	151	3.2	150	89	2	666	26	19	24	29	1.98
70212706--70213313	252	2.4	252	97	0	1137	26	19	24	29	1.98
70212706--70213294	151	3.9	151	85	5	656	26	19	24	29	1.98
70216453--70216512	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
70218363--70218515	41	3.7	41	76	5	148	35	15	28	21	1.93
70218364--70218515	82	1.9	82	81	2	189	34	15	28	21	1.94
70227024--70227187	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
70227024--70227221	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
70234411--70234573	70	2.3	71	97	1	310	19	28	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70234411--70234607	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	32	1.96
70241700--70241848	43	3.5	42	78	14	144	26	19	25	28	1.99
70241698--70241848	42	3.5	43	76	14	150	26	19	25	28	1.99
70250094--70250276	41	4.5	41	86	4	237	19	20	23	36	1.95
70250659--70250693	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
70251046--70251083	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
70253204--70253353	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
70253228--70253411	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
70256389--70256424	18	2.0	18	100	0	72	38	16	33	11	1.84
70259367--70259401	15	2.3	15	100	0	70	37	25	0	37	1.57
70280772--70280827	25	2.3	25	96	3	105	42	7	25	25	1.80
70288078--70288135	30	1.9	30	92	0	98	31	22	8	37	1.84
70305535--70305706	27	6.4	27	88	0	229	36	18	19	26	1.94
70306385--70306434	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
70310476--70310637	29	5.6	29	80	5	150	24	16	33	25	1.95
70318509--70318670	29	5.6	29	80	5	150	24	16	33	25	1.95
70326519--70326619	29	3.6	28	86	5	132	26	15	33	23	1.95
70326519--70326599	27	2.9	27	92	3	126	28	14	32	24	1.95
70334540--70334642	29	3.6	29	87	0	143	26	15	33	25	1.95
70342576--70342737	29	5.6	29	80	5	150	24	16	33	25	1.95
70355663--70355769	53	2.0	53	83	3	135	21	24	17	36	1.95
70363114--70363218	53	2.0	53	83	3	131	19	25	15	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70364950--70365036	7	13.5	6	87	12	88	1	17	3	78	0.96
70364948--70365036	32	2.7	32	81	16	94	1	16	4	77	0.99
70367509--70367665	43	3.7	42	78	7	147	30	26	18	24	1.98
70373986--70374051	33	2.0	33	96	0	123	37	9	19	33	1.84
70375974--70376149	46	3.8	46	78	15	191	21	19	29	28	1.98
70375970--70376142	93	1.9	93	91	0	283	21	20	30	27	1.98
70378902--70378970	15	4.6	15	79	0	75	11	17	11	59	1.61
70378893--70378980	30	3.0	30	81	8	99	10	17	14	57	1.64
70378902--70378981	15	5.4	14	77	4	61	10	17	12	60	1.59
70384131--70384210	15	5.4	15	79	7	83	11	17	12	58	1.62
70384122--70384209	30	3.0	30	80	8	90	11	17	14	56	1.66
70386504--70386725	46	4.8	46	86	3	302	21	21	29	27	1.98
70386500--70386725	93	2.4	93	88	7	320	21	21	29	27	1.98
70397043--70397265	40	5.6	40	78	8	215	27	26	20	25	1.99
70403848--70404036	29	6.5	29	85	3	238	25	30	16	26	1.97
70411841--70412000	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
70415784--70415832	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
70416650--70416814	39	4.2	38	77	11	154	26	21	27	24	2.00
70416650--70416798	78	1.9	78	84	5	203	26	22	27	24	2.00
70423769--70423817	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
70424639--70424805	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
70429233--70429262	15	1.9	16	93	6	53	36	20	0	43	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70431161--70431221	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
70432813--70432898	31	2.8	31	89	1	129	26	25	16	31	1.96
70433116--70433207	25	3.6	25	91	2	148	26	23	27	22	2.00
70433254--70433290	20	1.9	19	89	10	58	37	18	10	32	1.86
70433342--70433389	25	1.9	25	86	0	69	29	16	22	31	1.96
70435505--70435538	3	11.3	3	100	0	68	64	0	0	35	0.94
70437590--70437675	31	2.8	31	89	1	129	26	25	16	31	1.96
70437893--70437984	25	3.6	25	91	2	148	26	23	27	22	2.00
70438031--70438067	20	1.9	19	89	10	58	37	18	10	32	1.86
70438119--70438166	25	1.9	25	86	0	69	29	16	22	31	1.96
70440307--70440355	3	16.3	3	100	0	98	65	0	0	34	0.93
70442848--70443011	71	2.3	71	96	0	301	18	28	18	34	1.95
70442848--70443045	71	2.8	70	89	3	240	20	28	17	33	1.96
70445083--70445155	23	3.1	22	84	13	76	36	1	1	60	1.14
70446594--70446638	23	2.0	23	90	0	72	35	4	15	44	1.67
70458938--70458983	18	2.5	18	86	10	58	26	4	2	67	1.21
70464495--70464588	46	2.1	45	88	4	136	30	29	19	20	1.97
70472306--70472360	19	2.9	19	79	17	53	36	1	7	54	1.39
70472726--70472761	18	1.9	18	88	5	54	36	0	0	63	0.94
70474818--70475005	42	4.5	42	79	2	171	33	24	12	29	1.92
70474818--70474975	84	1.9	84	82	2	201	32	24	12	30	1.92
70474902--70475005	43	2.5	42	82	1	118	35	25	12	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70478742--70478811	35	2.0	35	94	0	122	18	31	25	24	1.98
70478754--70478810	19	3.2	19	65	23	50	19	31	24	24	1.98
70480554--70480593	21	1.9	21	85	10	55	27	0	10	62	1.27
70485663--70485870	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
70485665--70485870	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
70488346--70488613	46	5.6	46	77	13	188	24	30	17	27	1.97
70503415--70503473	20	2.9	19	78	9	64	66	1	11	20	1.33
70503415--70503473	10	5.9	10	76	7	57	66	1	11	20	1.33
70503817--70504056	101	2.4	101	89	0	345	28	23	15	32	1.95
70506007--70506042	19	1.9	19	88	5	56	55	5	0	38	1.23
70505989--70506047	30	2.0	30	83	6	75	59	5	0	35	1.20
70510797--70510839	2	21.0	2	95	4	77	48	0	2	48	1.14
70510797--70510844	8	5.8	9	95	2	59	45	0	4	50	1.21
70514220--70514308	26	3.1	29	81	13	112	49	0	3	47	1.18
70523602--70523668	27	2.5	27	92	0	116	37	20	19	22	1.95
70526656--70526879	122	1.9	120	90	3	360	40	11	19	29	1.86
70527244--70527268	13	1.9	13	100	0	50	8	40	36	16	1.77
70538064--70538088	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
70542845--70542914	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
70550787--70550856	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
70565221--70565354	41	3.4	39	92	6	207	23	21	28	26	1.99
70574342--70574508	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70574342--70574508	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
70575333--70575378	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
70579368--70579513	43	3.4	41	79	9	150	32	23	17	26	1.97
70587306--70587490	40	4.7	40	82	7	218	23	21	28	26	1.99
70587306--70587488	79	2.3	81	84	7	232	24	21	27	26	1.99
70587307--70587513	79	2.6	79	78	12	228	25	21	27	26	1.99
70589389--70589432	10	4.1	10	78	16	52	56	27	2	13	1.49
70589390--70589432	23	1.9	22	90	4	68	55	27	2	13	1.51
70590151--70590307	43	3.7	44	81	10	184	28	29	18	22	1.97
70590159--70590314	85	1.8	85	85	8	219	30	28	17	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378