genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.335.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  335  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101718762--101719040	54	5.2	54	86	0	353	40	8	20	30	1.82
101718790--101719039	81	3.1	80	88	2	358	42	8	20	29	1.82
101718763--101719093	27	12.3	27	81	3	265	39	9	19	32	1.83
101719032--101719120	27	3.3	26	85	4	115	32	10	16	40	1.82
101719032--101719135	27	3.9	27	82	8	90	34	9	16	39	1.81
101722731--101722794	27	2.4	28	78	7	78	37	25	18	18	1.94
101722775--101722836	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
101722910--101723201	27	10.8	27	84	1	325	41	9	19	29	1.83
101722883--101723215	27	12.3	27	82	3	258	39	9	19	31	1.82
101722791--101723242	27	16.7	27	81	4	146	36	9	19	34	1.84
101723151--101723257	27	4.0	27	79	9	94	34	10	16	38	1.83
101724598--101724635	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
101729172--101729447	47	5.7	47	74	13	163	35	18	23	22	1.96
101729356--101729564	53	3.9	53	84	4	240	35	17	24	22	1.95
101729356--101729552	54	3.7	53	84	4	243	36	17	24	21	1.95
101743883--101743922	20	2.0	20	100	0	80	10	25	25	40	1.86
101743884--101743930	20	2.3	20	92	0	76	10	25	23	40	1.87
101749575--101749653	41	1.9	41	100	0	158	29	15	6	49	1.69
101751826--101751876	25	2.1	24	82	10	59	21	5	19	52	1.66
101753125--101753304	27	6.7	27	88	1	238	41	20	7	31	1.79
101753125--101753357	81	2.9	80	83	3	279	40	21	8	30	1.82
101753287--101753361	27	2.8	27	87	4	107	38	24	10	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101753326--101753672	27	12.9	27	86	2	349	28	23	8	38	1.85
101753125--101753429	54	5.7	54	80	6	154	37	20	8	32	1.84
101753542--101753736	27	7.2	27	82	4	97	32	24	8	34	1.86
101753650--101753789	54	2.6	55	78	7	142	40	20	7	30	1.81
101753326--101753718	81	4.9	81	80	3	218	30	23	8	37	1.85
101753742--101753797	27	2.1	26	83	9	69	37	10	12	39	1.78
101753851--101753915	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
101755074--101755121	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
101755165--101755223	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
101755274--101755440	24	7.0	24	94	3	266	29	22	21	26	1.99
101755274--101755441	71	2.3	71	91	4	266	29	22	21	26	1.99
101755632--101755695	31	2.1	31	90	0	101	37	15	21	25	1.93
101766340--101766735	49	8.3	47	90	1	569	29	31	9	30	1.88
101771873--101771915	3	14.0	3	95	4	77	67	0	0	32	0.91
101773041--101773067	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
101785841--101785879	20	2.1	19	85	9	53	2	25	17	53	1.56
101790008--101790118	27	4.1	27	94	0	159	32	18	20	28	1.96
101790073--101790293	27	8.2	27	82	6	207	40	20	9	29	1.83
101790028--101790194	54	3.1	53	85	4	201	38	19	13	28	1.89
101790073--101790293	80	2.7	80	80	6	239	40	20	9	29	1.83
101790100--101790295	81	2.4	80	81	5	234	40	20	7	30	1.81
101790272--101790627	27	13.2	27	86	2	455	29	22	7	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101791135--101791265	6	21.3	6	70	16	81	19	19	12	48	1.80
101791135--101791244	31	3.4	31	78	14	121	19	20	12	48	1.81
101791134--101791256	37	3.5	37	76	13	132	18	20	12	48	1.79
101792564--101792699	24	5.6	24	74	7	96	26	30	16	27	1.97
101792564--101792699	49	2.8	47	81	8	132	26	30	16	27	1.97
101797052--101797077	9	2.9	9	100	0	52	57	0	0	42	0.98
101805326--101805493	80	2.1	80	83	5	207	25	22	26	25	2.00
101805326--101805493	40	4.2	40	77	6	171	25	22	26	25	2.00
101813416--101813583	80	2.1	80	83	5	207	25	22	26	25	2.00
101813416--101813583	40	4.2	40	77	6	171	25	22	26	25	2.00
101821509--101821676	80	2.1	80	83	5	207	25	22	26	25	2.00
101821509--101821676	40	4.2	40	77	6	171	25	22	26	25	2.00
101824286--101824808	49	10.8	49	92	2	851	30	30	8	30	1.87
101824522--101824597	22	3.3	22	64	10	62	28	31	10	28	1.90
101824286--101824808	96	5.4	96	94	2	838	30	30	8	30	1.87
101824286--101824808	145	3.6	145	93	2	856	30	30	8	30	1.87
101828568--101828919	40	8.8	40	97	0	623	25	27	21	25	1.99
101830914--101831471	49	11.4	49	95	0	990	31	30	8	30	1.86
101837236--101837334	38	2.6	38	88	0	135	24	24	24	27	2.00
101837263--101837352	38	2.4	38	90	0	135	23	18	25	32	1.97
101837350--101837546	43	4.6	43	91	0	315	10	23	33	32	1.89
101842030--101842084	24	2.3	23	79	17	58	43	10	16	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101843681--101843740	3	20.0	3	96	0	111	31	0	1	66	1.01
101844182--101844220	20	2.0	20	85	5	53	30	12	0	56	1.37
101844534--101844569	2	18.0	2	94	0	63	47	0	0	52	1.00
101848454--101848480	10	2.7	10	100	0	54	85	7	0	7	0.75
101849311--101849896	44	13.3	43	77	8	468	29	19	18	32	1.96
101849317--101849671	130	2.7	130	80	9	391	28	18	19	32	1.96
101849311--101849896	88	6.7	87	78	6	518	29	19	18	32	1.96
101849313--101849898	133	4.4	132	77	8	516	29	19	18	32	1.96
101849134--101849898	88	8.6	87	74	10	514	28	19	18	33	1.96
101858520--101858552	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
101862868--101862945	40	2.0	40	100	0	156	41	8	32	17	1.81
101872178--101872222	21	2.1	21	84	8	56	68	2	6	22	1.24
101884637--101884677	15	2.6	15	84	7	55	78	0	7	14	0.96
101899372--101899500	50	2.5	51	88	2	197	35	15	23	25	1.94
101899476--101899686	31	6.8	31	89	1	298	28	17	26	27	1.98
101899708--101899877	47	3.6	48	84	6	186	28	14	27	30	1.95
101903767--101903810	21	2.1	21	95	0	79	36	18	6	38	1.77
101907050--101907139	44	2.0	44	100	0	180	41	32	17	8	1.81
101909244--101909281	19	2.1	19	90	9	62	60	0	2	36	1.11
101911712--101911751	14	2.8	14	80	3	53	42	0	0	57	0.98
101914607--101914873	90	3.0	90	84	0	329	32	14	24	28	1.95
101915432--101915463	11	2.9	11	95	0	55	9	18	50	21	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101916885--101916923	13	3.0	13	84	0	51	41	5	7	46	1.55
101918544--101918573	11	2.7	11	94	0	51	43	23	33	0	1.54
101919819--101919870	6	8.0	6	80	16	59	23	0	0	76	0.78
101919819--101919870	13	4.0	12	82	12	59	23	0	0	76	0.78
101919810--101919870	22	2.6	22	80	17	70	24	0	0	75	0.80
101919815--101919857	19	2.2	20	91	4	70	23	0	0	76	0.78
101926680--101926851	46	3.7	46	78	11	199	22	20	27	29	1.98
101926677--101926846	92	1.8	93	92	1	288	21	20	28	28	1.98
101927076--101927113	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
101933424--101933458	18	2.0	18	88	5	54	20	11	11	57	1.64
101934963--101935102	38	3.7	38	92	2	210	22	30	20	26	1.99
101942914--101943095	39	4.6	39	87	2	240	23	30	22	24	1.99
101945718--101945885	80	2.1	80	83	5	207	25	22	26	25	2.00
101945718--101945885	40	4.2	40	77	6	171	25	22	26	25	2.00
101951449--101951508	27	2.3	26	82	2	66	35	21	20	23	1.96
101951503--101951530	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
101951551--101951602	27	2.0	27	84	3	70	34	21	26	17	1.95
101952200--101952253	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
101952254--101952398	27	5.4	27	88	1	202	24	21	19	34	1.96
101952254--101952398	53	2.7	54	86	2	202	24	21	19	34	1.96
101955818--101955875	22	2.6	22	94	0	98	29	55	3	12	1.53
101970213--101970364	72	2.1	73	84	8	195	23	15	22	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101971199--101971256	22	2.6	22	94	0	98	29	55	3	12	1.53
101972710--101972746	2	18.5	2	89	10	58	45	0	2	51	1.15
101979941--101980126	67	2.8	66	79	8	198	31	16	29	22	1.96
101984267--101984293	14	1.9	14	100	0	54	59	18	7	14	1.58
101985075--101985119	23	2.0	23	100	0	90	22	17	17	42	1.89
101988195--101988223	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
101992034--101992079	15	3.1	15	80	0	56	76	2	2	19	1.00
101994687--101994728	2	21.0	2	95	0	75	52	0	47	0	1.00
101995083--101995147	34	1.9	34	87	0	94	67	10	3	18	1.33
102001950--102001987	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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