Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  103  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28279903--28280011
43
2.5
43
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2
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19
20
14
45
1.85
28279878--28280012
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3.6
37
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19
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28286002--28286038
19
1.9
19
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0
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1.96
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2.1
33
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28293295--28293408
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25
28
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24
1.99
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2.0
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0
0
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0
0
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2.9
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29
2.9
29
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139
27
14
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2.1
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40
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0
0
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28330984--28331013
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2.2
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53
13
0
0
86
0.57
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4.2
40
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5
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26
27
22
23
1.99
28335677--28335844
80
2.1
80
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232
26
27
22
23
1.99
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40
4.2
40
85
5
198
26
27
22
23
1.99
28343688--28343855
80
2.1
80
86
4
232
26
27
22
23
1.99
28347411--28347526
43
2.8
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80
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128
25
28
18
26
1.98
28350287--28350352
28
2.3
30
76
15
75
24
7
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28350291--28350349
28
2.1
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77
23
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66
1.32
28350642--28350673
15
2.0
17
88
11
50
46
6
3
43
1.44
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28355101--28355213
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2.0
56
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1
219
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21
5
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1.76
28359707--28359833
50
2.6
49
87
3
175
29
29
16
23
1.96
28362015--28362079
15
4.4
15
74
16
64
61
13
13
10
1.57
28362015--28362083
30
2.3
31
78
14
83
59
17
13
10
1.60
28377741--28377924
40
4.6
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26
23
27
22
2.00
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2.4
81
77
4
186
23
24
29
22
1.99
28385858--28386041
40
4.6
39
75
6
138
26
23
27
22
2.00
28385898--28386086
80
2.4
81
77
4
186
23
24
29
22
1.99
28394175--28394211
14
2.7
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16
53
0
21
0
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6
36
1.52
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1.9
17
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3
0
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60
1.16
28398992--28399141
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18
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80
35
0
3
60
1.18
28399057--28399141
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19
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38
0
3
57
1.16
28399057--28399141
20
4.2
20
79
11
86
38
0
3
57
1.16
28403393--28403545
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3.1
50
80
5
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38
17
15
28
1.90
28403398--28403586
25
7.6
25
74
11
127
37
17
15
29
1.92
28404170--28404318
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37.5
4
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1
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49
24
0
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1.50
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22
1.9
22
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42
7
0
50
1.30
28408683--28408730
17
2.9
17
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2
4
25
1.18
28408657--28408729
25
2.8
25
84
12
94
67
4
2
26
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28408683--28408747
33
2.0
33
84
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87
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4
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24
1.24
28420228--28420322
32
3.2
32
60
22
78
33
13
15
36
1.87
28420222--28420339
58
2.0
58
100
0
236
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13
15
40
1.86
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23
2.3
23
83
0
72
42
24
14
18
1.88
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2
18.0
2
100
0
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0
0
50
1.00
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2.1
35
100
0
144
30
2
34
31
1.72
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2.3
42
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3
120
28
17
23
30
1.97
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37
1.9
37
97
0
133
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2
22
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1.69
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3.7
45
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10
182
27
19
30
22
1.98
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2.0
86
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0
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1.83
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5.0
11
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20
13
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1.91
28471947--28472004
21
2.8
21
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20
12
36
1.89
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2.0
104
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0
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114
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14
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1.96
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1.9
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13
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1.82
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27
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24
2.00
28503699--28503890
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29
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22
1.99
28505906--28506085
80
2.2
80
82
5
213
22
28
25
23
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28514041--28514188
40
3.7
40
90
5
212
21
29
26
22
1.99
28514009--28514188
80
2.2
80
82
5
213
22
28
25
23
1.99
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47
5.6
47
81
8
224
26
17
31
25
1.97
28527591--28527719
47
2.7
47
95
0
231
24
18
31
25
1.97
28530937--28530995
31
1.9
31
86
6
84
32
16
22
28
1.96
28533811--28533853
15
2.8
16
89
6
63
55
0
0
44
0.99
28533811--28533858
15
3.1
16
82
8
55
56
0
0
43
0.99
28535169--28535227
21
2.8
22
85
7
70
23
0
6
69
1.12
28535198--28535257
26
2.4
24
83
8
75
28
0
3
68
1.05
28541947--28541986
3
13.3
3
100
0
80
32
32
0
35
1.58
28543820--28543859
20
2.0
20
100
0
80
25
20
20
35
1.96
28544947--28545003
26
2.2
26
84
6
71
28
14
12
45
1.80
28548039--28548098
29
2.1
29
100
0
120
16
16
35
31
1.92
28561634--28561724
46
2.0
46
91
0
146
27
30
7
34
1.85
28561743--28561864
22
5.3
22
65
30
67
24
27
13
35
1.92
28561698--28561940
47
5.1
48
89
4
323
25
27
11
34
1.91
28561740--28561940
47
4.2
47
93
2
330
24
27
12
35
1.92
28561698--28561940
96
2.5
96
86
4
305
25
27
11
34
1.91
28564783--28564840
28
2.1
28
86
0
80
13
0
32
53
1.40
28564999--28565050
21
2.5
21
84
6
61
21
0
26
51
1.47
28565280--28565355
35
2.2
34
95
4
134
39
3
2
53
1.33
28565406--28565466
31
2.0
31
81
12
72
45
14
4
34
1.67
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28565621--28565677
8
7.6
7
88
7
69
68
3
1
26
1.15
28565595--28565683
8
10.9
8
77
11
65
62
4
2
30
1.27
28565621--28565683
15
4.1
15
87
2
81
65
3
1
30
1.18
28565620--28565680
23
2.7
23
87
5
88
65
3
1
29
1.18
28565718--28565763
23
2.0
24
82
4
58
63
8
2
26
1.35
28568902--28568996
30
3.1
30
83
8
136
31
4
10
53
1.54
28568896--28568999
33
3.2
32
86
6
140
30
4
9
54
1.53
28574244--28574287
22
2.0
22
95
0
79
22
0
38
38
1.55
28581138--28581198
17
3.6
17
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0
86
19
14
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29
1.92
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34
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0
107
22
15
32
28
1.95
28595161--28595236
35
2.2
35
87
0
116
19
27
27
25
1.99
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40
4.2
40
82
2
185
24
26
22
26
2.00
28616811--28616937
40
3.2
38
78
5
119
25
26
22
25
2.00
28619362--28619524
46
3.5
47
81
8
165
30
18
28
22
1.97
28619403--28619770
46
7.7
49
75
14
260
26
19
29
24
1.98
28619501--28619770
48
5.7
48
75
13
202
25
18
30
25
1.98
28623639--28623719
40
2.0
40
97
0
153
29
11
7
51
1.64
28624035--28624063
15
1.9
15
100
0
58
34
3
6
55
1.44
28639110--28639174
32
2.0
32
100
0
130
23
15
21
40
1.91
28651743--28651874
3
44.0
3
93
0
228
1
31
0
67
1.00
28661747--28661772
13
2.0
13
100
0
52
38
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7
7
1.61
28662757--28662858
45
2.3
45
82
0
123
23
21
17
37
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28663472--28663534
25
2.5
25
86
0
90
25
23
23
26
2.00
28668145--28668316
93
1.8
93
92
0
290
27
28
20
22
1.99
28668138--28668313
46
3.8
46
76
12
189
28
28
20
22
1.98
28668146--28668332
46
4.0
46
68
21
122
28
28
20
22
1.99
28670889--28671030
71
2.0
71
98
0
275
40
16
14
28
1.88
28671965--28672054
45
2.0
45
100
0
180
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13
20
35
1.91
28683898--28683945
22
2.4
18
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26
51
70
0
6
22
1.09
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0
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1.70
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22
2.1
21
84
4
56
26
0
4
69
1.07
28685589--28685677
37
2.3
38
81
11
101
51
3
4
40
1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
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          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378