genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.265.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  265  of  378  ( 45343 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79559025--79559272	40	6.2	40	83	4	252	26	22	25	25	2.00
79559027--79559272	120	2.1	119	83	3	305	26	22	26	24	2.00
79559025--79559272	80	3.1	80	82	3	286	26	22	25	25	2.00
79562537--79562755	40	5.4	40	88	0	285	26	22	26	23	2.00
79562696--79562776	40	2.0	40	80	0	90	29	23	25	20	1.99
79578017--79578187	93	1.8	93	86	2	245	29	28	20	22	1.98
79588051--79588089	15	2.4	16	87	8	53	35	0	0	64	0.94
79588457--79588497	18	2.3	18	88	12	59	34	0	7	58	1.26
79588457--79588495	16	2.2	17	86	13	53	35	0	7	56	1.28
79589218--79589269	5	10.2	5	82	12	52	34	15	26	23	1.94
79589218--79589269	26	2.0	26	81	7	61	34	15	26	23	1.94
79589502--79589545	16	2.5	17	82	14	54	47	0	15	36	1.46
79589854--79589913	30	2.0	30	86	3	84	40	0	40	20	1.52
79590127--79590163	9	4.1	9	85	0	56	29	8	13	48	1.71
79591318--79591623	47	6.6	46	71	13	162	29	20	27	22	1.98
79593196--79593422	39	5.8	40	87	6	304	24	29	23	23	1.99
79593170--79593419	77	3.2	77	85	7	292	24	28	22	24	1.99
79593203--79593421	116	1.9	117	86	4	318	24	28	23	23	1.99
79600553--79600612	30	2.0	30	100	0	120	30	26	10	33	1.89
79601278--79601468	40	4.8	40	90	2	269	23	29	24	23	1.99
79605112--79605211	40	2.5	40	81	3	112	26	29	23	22	1.99
79605156--79605261	40	2.7	40	79	8	117	25	28	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79612318--79612429	40	2.8	40	81	8	129	24	27	24	24	2.00
79614202--79614234	14	2.4	14	100	0	66	30	24	30	15	1.95
79622892--79622937	21	2.3	20	85	10	60	47	0	0	52	1.00
79623335--79623424	44	2.1	44	95	2	164	56	1	23	18	1.48
79639316--79639488	46	3.8	45	76	10	170	21	18	27	32	1.97
79639313--79639483	93	1.8	93	88	0	261	21	18	28	31	1.97
79646847--79647008	46	3.5	46	78	11	186	22	19	28	29	1.98
79652636--79652765	40	3.2	40	79	2	145	23	27	23	24	2.00
79656134--79656326	39	4.9	39	87	0	233	24	31	20	23	1.98
79656164--79656326	39	4.2	39	90	0	245	25	31	19	23	1.98
79666351--79666387	12	3.2	12	88	3	58	35	27	0	37	1.57
79666705--79666734	13	2.3	13	94	0	51	33	36	20	10	1.86
79667523--79667585	20	3.2	20	74	17	69	39	19	9	31	1.83
79667746--79667850	24	4.2	25	78	9	92	35	19	22	22	1.96
79675443--79675694	68	3.8	64	77	9	208	29	17	29	24	1.97
79679194--79679271	25	3.2	25	63	23	67	28	10	32	29	1.90
79679193--79679632	47	9.1	47	86	6	601	31	11	29	26	1.92
79679314--79679389	24	3.2	24	62	23	61	27	13	32	26	1.93
79679193--79679632	151	3.0	143	87	8	629	31	11	29	26	1.92
79679605--79679705	46	2.1	48	81	5	125	33	7	28	29	1.86
79679204--79679681	151	3.3	141	83	9	491	32	11	29	26	1.92
79679845--79680024	37	4.9	37	88	0	270	25	16	30	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79685694--79685810	31	3.8	31	87	1	164	24	26	16	32	1.96
79686029--79686123	25	3.8	25	87	0	127	27	21	22	29	1.99
79686254--79686301	25	1.9	25	86	0	69	29	16	22	31	1.96
79690422--79690487	20	3.5	20	68	19	68	24	15	25	34	1.94
79690411--79690485	37	2.0	37	97	0	141	26	17	25	30	1.97
79695536--79695707	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
79695528--79695703	46	3.8	46	82	12	234	28	28	21	21	1.98
79697621--79697689	34	2.0	34	94	0	120	39	14	15	30	1.88
79700013--79700045	15	2.3	15	89	5	50	36	0	9	54	1.32
79700235--79700270	18	2.0	18	88	0	54	30	8	22	38	1.83
79700904--79700977	17	4.4	17	75	0	67	28	8	17	45	1.77
79700906--79701013	51	2.1	51	85	0	144	28	9	17	44	1.80
79703112--79703181	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
79710904--79710973	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
79714034--79714086	26	2.0	26	82	13	65	26	11	22	39	1.88
79715556--79715663	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
79717500--79717709	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
79725637--79725846	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
79734108--79734263	26	6.0	26	88	0	240	35	22	7	34	1.81
79734108--79734263	52	3.0	52	96	0	276	35	22	7	34	1.81
79737311--79737433	46	2.6	46	84	2	138	26	17	31	24	1.97
79738285--79738539	127	2.0	127	96	0	465	23	11	16	47	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79743187--79743262	36	2.1	36	97	0	143	23	13	34	28	1.92
79747458--79747495	18	2.1	18	85	9	51	2	10	5	81	0.94
79748398--79748432	17	2.1	16	89	5	52	25	5	22	45	1.74
79749818--79749850	16	2.1	16	88	5	50	33	0	0	66	0.92
79751563--79751635	20	3.5	20	70	12	58	31	5	1	61	1.27
79751938--79752009	25	2.8	25	76	17	74	26	4	1	68	1.16
79754710--79754852	63	2.3	63	87	0	196	28	18	24	27	1.98
79758475--79758503	7	4.1	7	100	0	58	41	31	0	27	1.56
79759208--79759321	55	2.1	55	81	3	131	41	15	14	28	1.87
79761525--79761569	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
79762973--79763053	41	2.0	41	95	0	144	25	11	23	39	1.88
79770637--79770665	12	2.3	13	94	5	51	75	17	0	6	1.01
79772378--79772428	22	2.3	22	86	6	68	29	0	1	68	1.00
79772378--79772419	11	3.9	11	90	6	68	30	0	0	69	0.89
79773794--79774083	140	2.1	140	92	0	472	25	20	27	26	1.99
79774977--79775054	39	2.0	38	87	2	111	33	6	7	52	1.55
79779290--79779336	24	2.0	24	100	0	94	42	14	4	38	1.66
79779512--79779549	19	2.0	19	90	10	60	28	5	0	65	1.14
79783691--79783758	30	2.3	30	82	10	77	64	10	13	11	1.49
79783689--79783758	31	2.2	32	80	14	83	64	10	12	12	1.50
79784127--79784180	28	2.0	26	85	7	72	59	0	3	37	1.15
79784547--79784600	28	1.9	28	88	7	83	35	0	1	62	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79784562--79784619	21	2.9	21	82	7	75	31	0	0	68	0.89
79784563--79784607	19	2.4	19	81	7	56	31	0	0	68	0.89
79791196--79791236	15	2.4	19	69	30	54	48	9	12	29	1.72
79791203--79791246	15	2.9	15	96	0	79	47	15	11	25	1.79
79797336--79797378	24	1.9	23	86	13	63	41	0	6	51	1.29
79798769--79798793	11	2.3	11	100	0	50	32	8	16	44	1.76
79802806--79802846	14	2.8	15	85	7	66	73	2	0	24	0.96
79818652--79818682	14	2.3	14	94	5	55	41	9	9	38	1.71
79820609--79820767	27	5.9	27	83	11	193	34	22	24	18	1.96
79820627--79820767	54	2.6	54	94	2	248	34	24	24	17	1.95
79823944--79824111	39	4.2	39	83	10	203	23	19	32	25	1.97
79825676--79825747	26	2.8	26	97	0	135	36	23	8	31	1.85
79825712--79825782	35	2.0	35	100	0	142	35	22	5	36	1.78
79825686--79825844	61	2.8	59	87	10	224	35	25	5	33	1.80
79825747--79825844	26	3.8	26	95	0	178	35	26	5	32	1.78
79825676--79825834	87	1.8	87	97	0	300	35	24	6	32	1.82
79827927--79828144	40	5.5	40	91	2	334	24	27	23	23	2.00
79835862--79835930	28	2.5	28	90	2	104	44	26	8	20	1.80
79842200--79842237	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
79843865--79843933	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
79845848--79846063	40	5.4	40	87	2	294	25	27	22	24	2.00
79848527--79848736	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79856657--79856866	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
79860540--79860636	6	15.8	6	71	16	74	49	13	18	18	1.79
79860552--79860636	25	3.4	25	79	10	95	48	14	18	18	1.81
79860753--79860834	27	3.1	27	85	1	103	39	20	23	17	1.92
79860993--79861054	22	2.8	22	78	11	65	32	20	24	22	1.98
79861402--79861465	27	2.4	28	76	7	69	37	26	18	17	1.93
79861446--79862056	27	22.6	27	83	1	661	25	19	18	36	1.94
79863904--79864010	6	17.3	6	66	19	51	47	13	19	19	1.82
79863925--79864010	25	3.4	25	81	0	109	46	12	20	19	1.83
79864128--79864208	27	3.0	27	85	1	101	40	22	20	16	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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