Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   

This is table  239  of  378  ( 45343 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
70978879--70979034
43
3.7
43
81
6
183
25
19
24
30
1.98
70978874--70979034
85
1.9
85
84
5
218
24
19
24
31
1.98
70981392--70981559
40
4.2
40
85
5
207
26
29
22
22
1.99
70981392--70981559
80
2.1
80
87
4
241
26
29
22
22
1.99
70984903--70985014
46
2.4
47
89
4
174
20
25
16
36
1.94
70990297--70990331
2
17.5
2
100
0
70
51
0
0
48
1.00
70995046--70995076
2
15.5
2
100
0
62
51
0
0
48
1.00
70995554--70995683
29
4.5
29
97
1
244
38
14
23
23
1.92
70995554--70995683
57
2.3
58
97
1
244
38
14
23
23
1.92
70998979--70999012
17
2.0
17
94
0
59
29
8
20
41
1.82
71004848--71005260
46
9.0
47
92
2
565
22
24
15
37
1.93
71007405--71007456
11
4.7
11
76
9
52
63
3
0
32
1.12
71008763--71008808
3
15.3
3
100
0
92
65
0
0
34
0.93
71009217--71009258
19
2.2
19
100
0
84
30
0
21
47
1.51
71010335--71010369
17
2.1
17
88
0
52
22
8
5
62
1.45
71010734--71010778
5
8.6
5
97
2
72
17
0
0
82
0.68
71015170--71015201
6
5.7
6
92
7
50
15
0
0
84
0.63
71021594--71021621
13
2.2
13
100
0
56
21
14
0
64
1.29
71029241--71029280
19
2.1
19
100
0
80
20
15
0
65
1.28
71032785--71032881
29
3.3
29
74
8
90
57
2
6
34
1.35
71033111--71033143
17
1.9
17
100
0
66
36
6
0
57
1.23
71033229--71033382
84
1.8
84
85
2
220
29
7
20
42
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
71034724--71034773
21
2.5
19
81
9
55
50
4
4
42
1.40
71036223--71036263
9
4.4
9
81
6
55
68
0
0
31
0.90
71036213--71036263
10
5.3
10
80
4
52
68
1
0
29
1.00
71037118--71037254
57
2.4
57
86
6
197
29
23
15
31
1.95
71037149--71037267
57
2.1
57
82
3
141
33
23
13
29
1.93
71038978--71039148
24
7.1
24
95
0
288
36
25
17
21
1.95
71046905--71047075
24
7.1
24
95
0
288
36
25
17
21
1.95
71048683--71048720
2
18.5
2
89
5
58
47
0
2
50
1.15
71061394--71061673
96
2.9
95
83
6
314
27
19
27
25
1.99
71061398--71061680
48
5.9
48
74
7
225
27
19
27
24
1.99
71062435--71062495
30
2.0
30
100
0
122
27
19
19
32
1.96
71076401--71076569
41
4.1
41
78
8
148
25
29
21
23
1.99
71076423--71076570
41
3.6
41
80
7
176
26
28
22
22
1.99
71084859--71085026
40
4.1
41
78
9
157
25
29
22
23
1.99
71084880--71085047
41
4.2
40
76
15
175
26
27
22
22
1.99
71088649--71088846
71
2.8
69
91
3
274
33
16
28
21
1.95
71088715--71088832
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
71088683--71088846
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
71093152--71093184
15
2.2
15
94
0
57
60
18
9
12
1.57
71104915--71104966
27
2.0
26
84
3
68
17
26
21
34
1.95
71105011--71105070
27
2.3
26
85
2
75
21
23
20
35
1.96
71112415--71112441
2
13.5
2
100
0
54
48
0
0
51
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
71112438--71112497
27
2.3
26
85
2
75
21
23
20
35
1.96
71114071--71114105
15
2.3
15
95
0
61
57
0
0
42
0.99
71124973--71125086
43
2.7
42
84
10
126
23
14
28
32
1.95
71126124--71126188
19
3.4
19
72
16
71
35
23
0
41
1.55
71126110--71126189
38
2.1
38
100
0
160
33
26
0
40
1.56
71126516--71126571
21
2.7
21
82
0
76
16
28
33
21
1.95
71130881--71131168
48
6.0
48
79
2
308
27
19
27
26
1.99
71140286--71140358
38
1.9
38
91
0
119
23
5
27
43
1.75
71143633--71143802
92
1.8
93
92
3
290
27
27
22
22
1.99
71143628--71143799
46
3.7
46
75
16
185
28
26
22
22
1.99
71144219--71144277
30
2.0
29
86
3
82
30
25
6
37
1.82
71150282--71150407
46
2.7
46
92
0
180
30
26
20
21
1.98
71150828--71150887
30
2.0
30
90
0
93
28
25
10
36
1.88
71156723--71156755
15
2.2
15
94
0
57
63
15
6
15
1.49
71164982--71165515
268
2.0
268
95
0
951
32
15
22
29
1.94
71169255--71169676
209
2.0
209
95
0
756
32
22
15
29
1.95
71175333--71175511
47
3.8
48
76
11
181
23
31
16
28
1.96
71177001--71177111
30
3.9
29
89
5
111
27
23
14
35
1.93
71177013--71177111
30
3.4
29
95
4
182
25
25
14
35
1.93
71177094--71177128
17
2.1
17
100
0
70
22
34
17
25
1.96
71177066--71177156
45
2.0
45
91
4
148
27
28
14
29
1.95
71177115--71177188
28
2.6
29
86
4
96
29
28
13
28
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
71177036--71177186
75
2.0
73
84
7
196
27
27
13
31
1.94
71184823--71184974
28
5.5
28
87
11
201
26
25
13
33
1.94
71184823--71184974
50
2.8
52
85
12
175
26
25
13
33
1.94
71184846--71184995
80
1.9
78
83
8
194
28
26
13
31
1.94
71184932--71185003
28
2.5
28
86
4
90
30
27
13
27
1.94
71190782--71190923
40
3.5
40
82
1
124
27
24
26
21
1.99
71190820--71190949
40
3.3
39
78
11
147
23
24
26
24
2.00
71198797--71198947
40
3.8
40
80
6
155
26
23
27
22
2.00
71198834--71198963
40
3.3
39
78
11
147
23
24
26
24
2.00
71201149--71201246
39
2.4
39
85
8
126
34
14
24
26
1.94
71207006--71207049
21
2.1
21
100
0
88
18
4
43
34
1.70
71208778--71208868
43
2.1
43
100
0
182
35
16
10
37
1.84
71210863--71210888
13
2.0
13
100
0
52
7
38
15
38
1.76
71211977--71212140
46
3.6
44
83
10
152
20
28
23
27
1.99
71214555--71214656
28
3.5
29
81
6
109
28
27
14
29
1.95
71222416--71222517
28
3.5
29
81
6
109
28
27
14
29
1.95
71228891--71228938
23
2.0
25
84
8
64
41
10
0
47
1.37
71230910--71231012
29
3.6
27
76
10
82
27
32
16
24
1.96
71232320--71232360
23
1.9
22
85
14
59
7
14
0
78
0.96
71232944--71233113
47
3.6
47
72
13
179
30
29
18
21
1.97
71232937--71233163
93
2.4
93
90
1
348
30
29
18
20
1.97
71232992--71233156
46
3.6
46
72
14
149
30
29
18
20
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
71237606--71237694
43
2.1
43
100
0
178
55
11
13
20
1.68
71241690--71241815
48
2.6
48
89
0
189
36
7
25
30
1.84
71241701--71241844
48
3.0
47
83
6
173
34
8
26
30
1.86
71241974--71242053
37
2.2
37
90
2
126
21
21
32
25
1.98
71244051--71244226
46
3.8
45
78
12
187
22
20
28
28
1.98
71244047--71244218
93
1.8
93
92
0
290
22
20
29
27
1.99
71244332--71244375
21
2.1
21
100
0
88
40
9
36
13
1.76
71248563--71248652
31
2.9
30
76
11
92
47
0
7
44
1.32
71248573--71248632
32
1.9
31
86
3
84
48
0
3
48
1.18
71253591--71253665
20
3.8
20
67
19
57
52
0
0
48
1.00
71253589--71253641
22
2.4
22
79
17
65
58
0
0
41
0.98
71254524--71254570
24
1.9
25
82
4
60
38
4
4
53
1.40
71254811--71254885
36
2.1
36
97
0
141
29
10
16
44
1.81
71255106--71255355
125
2.0
125
93
0
428
30
11
25
32
1.91
71267415--71267453
21
1.9
20
84
5
51
33
0
17
48
1.48
71267497--71267546
25
2.0
25
100
0
100
40
4
20
36
1.71
71270190--71270380
40
4.8
40
86
1
204
24
26
22
26
2.00
71280414--71280526
39
2.8
39
77
7
111
27
22
27
23
1.99
71280428--71280566
40
3.5
38
78
4
134
25
23
27
23
2.00
71280378--71280559
79
2.3
81
82
7
212
25
23
27
24
2.00
71280427--71280592
79
2.1
79
79
4
183
25
22
26
24
2.00
71288397--71288581
40
4.6
40
90
1
282
23
22
28
24
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
71291001--71291169
47
3.6
46
81
7
180
23
30
19
26
1.98
71294166--71294240
10
7.1
11
74
7
66
36
14
14
34
1.87
71294166--71294226
21
2.9
21
82
0
77
36
13
16
34
1.87
71294271--71294342
25
2.9
25
87
0
108
27
23
22
26
1.99
71295923--71296020
43
2.3
43
85
0
124
32
22
15
29
1.95
71301541--71301773
55
4.4
53
80
8
253
36
16
25
21
1.94
71301548--71301748
108
1.8
110
87
4
300
34
16
26
22
1.95
71307428--71307680
54
4.8
53
81
6
257
37
16
24
21
1.93
71307435--71307633
107
1.9
108
88
5
305
35
17
25
22
1.95
71307849--71307879
16
1.9
16
93
0
53
41
0
22
35
1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378