genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.133.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 113035596 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113035596

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37792775--37792958	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
37794742--37794852	43	2.6	42	75	14	111	27	21	25	26	2.00
37796794--37796863	35	1.9	37	91	5	117	38	15	15	30	1.89
37799075--37799204	40	3.2	40	79	4	154	21	27	25	25	1.99
37806511--37806558	24	1.9	24	87	8	69	25	18	16	39	1.91
37806524--37806595	24	3.0	24	79	4	83	19	19	19	41	1.90
37806528--37806664	23	5.8	23	74	10	100	26	22	18	32	1.97
37806528--37806642	45	2.5	45	80	5	124	25	21	18	34	1.96
37808087--37808149	24	2.7	24	85	2	83	38	22	22	17	1.93
37808318--37808382	24	2.5	26	87	7	89	40	26	21	12	1.88
37810358--37810405	20	2.5	19	93	3	78	37	0	8	54	1.31
37810373--37810413	11	3.9	11	76	23	52	36	0	7	56	1.27
37813364--37813422	17	3.4	17	80	4	55	59	5	0	35	1.20
37813391--37813574	9	19.4	9	69	19	56	58	4	1	35	1.27
37813497--37813538	10	4.3	10	93	6	68	45	0	0	54	0.99
37813497--37813538	19	2.2	20	91	4	68	45	0	0	54	0.99
37813503--37813545	19	2.3	19	88	8	61	53	2	0	44	1.13
37813529--37813574	19	2.5	17	83	13	56	63	4	0	32	1.14
37814244--37814408	9	17.8	9	67	18	72	31	1	6	60	1.31
37814333--37814412	31	2.7	31	86	5	103	27	2	8	61	1.39
37818738--37818852	48	2.5	45	79	9	117	31	12	17	39	1.86
37825836--37825972	55	2.5	55	80	7	136	27	32	25	14	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37826019--37826043	13	1.9	13	100	0	50	16	28	40	16	1.89
37833741--37833923	27	6.8	27	88	3	244	27	20	9	42	1.83
37833741--37833923	54	3.4	54	90	0	269	27	20	9	42	1.83
37833741--37833923	81	2.3	80	89	0	276	27	20	9	42	1.83
37833922--37834105	27	6.8	27	82	1	190	40	20	9	29	1.84
37833955--37834103	81	1.8	81	89	0	235	41	20	8	30	1.81
37833955--37834219	54	4.8	55	84	4	236	41	18	8	32	1.80
37834083--37834223	27	5.1	27	77	13	137	41	14	8	35	1.77
37834083--37834219	56	2.5	56	95	1	249	42	15	8	34	1.76
37834275--37834341	27	2.5	27	81	11	77	35	16	22	25	1.94
37835151--37835220	25	2.8	25	91	0	113	25	24	22	27	2.00
37835358--37835449	42	2.2	42	96	0	175	31	13	20	34	1.91
37839486--37839820	96	3.5	95	82	2	375	25	30	18	25	1.98
37839442--37839820	48	7.9	48	80	4	336	25	29	18	26	1.98
37839536--37839804	144	1.9	144	85	6	375	24	29	19	26	1.98
37841119--37841206	44	2.0	44	100	0	176	27	22	15	34	1.95
37845645--37845820	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
37845642--37845813	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
37853225--37853400	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
37853222--37853393	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
37856102--37856167	6	10.8	6	73	15	55	46	15	16	21	1.83
37856119--37856190	31	2.3	32	95	2	128	51	13	15	19	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37856327--37856400	27	2.8	27	87	2	96	36	20	24	18	1.95
37856559--37856621	22	2.8	22	76	11	58	33	23	19	23	1.97
37857050--37857266	27	8.0	27	86	0	272	23	18	19	37	1.94
37857269--37857490	27	8.2	27	83	0	255	31	9	19	39	1.84
37857485--37857772	27	10.7	27	89	0	391	42	7	20	29	1.80
37857255--37857924	27	24.9	27	81	4	241	35	9	21	34	1.85
37858867--37858905	18	2.2	18	85	0	51	23	28	12	35	1.91
37860158--37860192	2	17.5	2	93	0	61	0	45	0	54	0.99
37863349--37863428	27	3.0	27	77	0	88	32	17	20	30	1.95
37863448--37863753	54	5.7	54	78	4	278	40	19	8	30	1.82
37863448--37863698	107	2.3	108	83	4	312	41	19	8	30	1.81
37863501--37863772	80	3.4	80	79	6	217	39	18	9	31	1.84
37863420--37863761	27	12.7	27	78	6	228	39	19	9	31	1.84
37864019--37864099	40	2.0	41	90	2	128	24	20	27	27	1.99
37864240--37864304	22	3.0	22	75	8	60	21	24	21	32	1.98
37864503--37864549	22	2.1	22	88	0	67	10	12	27	48	1.74
37864510--37864556	22	2.1	22	88	0	67	10	14	29	44	1.79
37866453--37866510	19	3.0	19	77	7	55	44	3	8	43	1.51
37868862--37868911	21	2.4	21	75	0	55	44	20	22	14	1.86
37869871--37869895	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
37876139--37876178	16	2.7	15	84	7	55	45	2	0	52	1.14
37906769--37906851	27	3.0	27	89	1	121	40	19	21	18	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37912256--37912361	27	3.9	28	90	2	155	33	19	25	20	1.97
37912256--37912362	55	2.0	54	88	5	162	34	19	25	20	1.96
37927400--37927489	28	3.2	28	76	3	108	28	33	10	27	1.89
37927379--37927477	28	3.5	29	73	2	85	28	29	12	30	1.93
37927379--37927501	57	2.2	57	89	1	185	30	30	10	29	1.90
37927411--37927501	28	3.2	28	72	9	94	30	29	9	29	1.89
37927698--37927751	16	3.4	16	94	0	90	7	22	22	48	1.75
37927698--37927751	8	6.8	8	79	8	65	7	22	22	48	1.75
37931820--37931992	46	3.7	46	75	10	181	23	20	26	30	1.98
37931817--37931987	93	1.8	93	91	0	279	22	20	27	29	1.99
37939308--37939421	38	2.7	44	88	11	168	21	20	28	30	1.98
37939309--37939371	20	3.2	20	67	24	62	19	20	28	31	1.97
37943205--37943271	18	3.6	17	82	13	62	38	4	1	55	1.29
37951850--37952049	27	7.4	27	87	1	258	35	18	20	27	1.95
37952791--37952850	27	2.3	26	85	8	77	23	20	18	38	1.93
37957699--37957867	43	4.0	43	78	15	147	31	27	18	21	1.97
37957722--37957867	42	3.4	42	79	14	140	32	26	17	22	1.96
37966277--37966315	14	2.8	13	81	11	51	15	15	2	66	1.36
37969800--37969867	34	2.1	31	81	13	75	17	10	4	67	1.36
37971531--37971571	8	5.2	8	82	5	57	12	2	0	85	0.70
37971530--37971570	15	2.6	16	84	3	57	14	2	0	82	0.76
37974370--37974514	37	3.9	37	95	0	254	24	33	19	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37974559--37974836	48	5.8	48	92	0	457	30	25	7	35	1.83
37980440--37980593	76	2.0	76	93	0	263	37	25	9	27	1.87
37980731--37980951	98	2.3	95	84	7	270	25	28	18	27	1.98
37980731--37980951	49	4.6	47	78	10	216	25	28	18	27	1.98
37987822--37987894	36	2.1	34	84	5	92	53	8	17	20	1.69
37988644--37988694	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
37995431--37995530	27	3.5	28	89	5	130	32	28	13	27	1.93
37998768--37998818	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
38005554--38005653	27	3.5	28	89	5	130	32	28	13	27	1.93
38007046--38007293	120	2.1	120	84	4	331	25	26	22	25	2.00
38007046--38007293	40	6.2	40	83	1	282	25	26	22	25	2.00
38010493--38010678	49	3.8	48	78	9	189	23	26	22	27	1.99
38010498--38010676	98	1.8	97	89	3	279	22	27	21	27	1.99
38011367--38011417	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
38012393--38012555	43	3.8	42	78	9	150	31	26	18	22	1.97
38012393--38012555	86	1.9	85	82	6	204	31	26	18	22	1.97
38015492--38015530	15	2.4	17	87	12	55	7	12	2	76	1.09
38017065--38017105	18	2.3	19	80	16	52	65	12	0	21	1.25
38017186--38017248	30	2.1	30	96	0	117	57	12	3	26	1.51
38017814--38017887	24	3.1	24	88	0	112	32	25	14	27	1.95
38019697--38019745	24	2.0	24	84	11	64	55	4	0	40	1.19
38019727--38019758	13	2.3	15	89	10	50	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38020226--38020262	13	2.5	15	87	12	51	43	0	5	51	1.24
38027102--38027287	40	4.7	40	87	5	243	27	27	21	23	1.99
38040048--38040214	40	4.2	40	83	3	196	24	28	22	25	1.99
38048034--38048180	40	3.7	40	85	2	172	23	28	21	25	1.99
38053829--38053884	27	2.1	27	100	0	112	41	21	7	30	1.80
38060741--38060896	68	2.2	70	81	7	167	34	15	28	21	1.94
38067733--38067758	13	2.0	13	100	0	52	23	38	23	15	1.92
38068273--38068462	96	2.0	96	96	0	353	27	31	15	25	1.95
38072236--38072300	22	3.0	22	75	8	62	32	21	20	26	1.97
38076830--38076967	48	2.9	48	78	7	127	21	16	28	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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